Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is hlyB [H]

Identifier: 59712396

GI number: 59712396

Start: 2019150

End: 2021243

Strand: Direct

Name: hlyB [H]

Synonym: VF_1789

Alternate gene names: 59712396

Gene position: 2019150-2021243 (Clockwise)

Preceding gene: 172087728

Following gene: 59712397

Centisome position: 69.69

GC content: 37.25

Gene sequence:

>2094_bases
ATGTTCAAATCAATAAAAACACGCATAGCAGTTAGCGCAGGTCTTGCAATATTCATCACTCTAAGTACAGCAATGTTTTT
TACAACGGTGTCGTATAATGGGGTAAATAAAGAGATCACTCAGCAAGTATCAAATCAACTTGCTGCAAATATTGACTATA
AATTGTTGTCTATCGCAGACCAACAACGTGCCGAATTAAACGGTCAATTTGCACCTGTAATCAGTAACCTAAAACAGTTA
CAGTCACTACTAGAACTATCAAACCAACACCAAGCAAATGCGAGTCTTTTAGTTGAGCAATTCACTTCATCTCTAAAAAT
TCAAAATGAGAGCGTATTTGCTGGCTACATGGTATGGGAAGAAGAAAACTTCATTAAAGACGATTCTGAACTCACACAAA
AAGCGCTCAATAAACAAGGCATATTATCCCCATTTTTCTCTCCTACAGGTTCAAGCTTTGAAGCTTTAGGTATGGATAGC
TTTAACAATACGTCTTTAAATAATAATGGTGAACGTATTGATGAATGGCATCTAGCTCCTTTTGAATCTGGTAAAAGCTT
TGTAATGGAACCATATTATTACAATGTAAGGGGCAACCAAGAGCTTATTACAACCATCAGCTTACCATTACTTTACAACA
ATAAAATTGTAGGTTCATTAGGATACGATTGGTCGATCAAAAGCTTCCAAGAAATCAGTAAAAAAGCAGCTCAATCTATT
GGCATCCCTGGCGCTGTTGTATCTATTGCATCATGGAACGGTACACTGCTTTCCTTCAGTCAAAATGAAGAATTTGTCGG
AAAAAAAGTTAAAGACGATTTCGCCAAAAACTGGGGACAAATCCAACAAGAAGCTCAGAATAAAACGGCTTTCTTAAAAG
ACATTGGCCAATTTAAAACCGCGATTGCAACGATTGAAACAGGCTCTAAACCGTGGATCGTTATGGTTTCCATACCATCA
AATGTATTACAAAAAGAGATCACCGATTTCAATACACTCAGCAATGAGTTAAGTAATAATGCCCTTTCAAACGGTCTGCT
GAGCGGTGTAATTTCATCGATTATTGGTATTGTTATCATCTTTATTCTAGCAAGACAGATCGGTAATACACTTATGAATT
TAACCTCTCGCTTTGAGAATATTGCTCAAGGTGATGGTGATTTAACTCAACGTATTGATATTGATTCAAAAGATGAAATT
GGTCAATTAGCATTCTGGTTTAATACGTTTATCGAGAAAGTTCAAAATACATTACATAACGCTAAAGACACGGCTGAATT
AGTATCTCAATCTTCAATGAACACCATGGCAGAGACTGAGAAATCACAAGTTAAACTTCAAAACCAAGTAAATGAAGTAA
CTCAGTTGGCAACAGCGATTAATGAAATGAGTGCAACGGCAATGGAAGTGGCTTCATCAGCCCTACAAGCAGCAACAGCA
GCAAGCCAGATTCAAACAAGCAGCGAAGATGGTCAGAAGATCATGGATAGAGCTGCGGCTTCTGTTGAAGAACTCGCACA
ATTTATTAATGAAGCTCAAGAACAAGTGGTTAACCTATCAGCATCAAGCAATGATATTCAAAATATCTTGGCTGAAATTG
GAGGTATTGCAGAGCAAACCAACCTACTTGCACTTAATGCCGCTATTGAAGCCGCTCGTGCAGGTGAATATGGTCGTGGT
TTTGCTGTTGTTGCGGATGAAGTGAGAAATCTTGCTAGTCGTACGCAAACTTCAACTCAAGAGATCAATAACATGCTTGG
GGTTCTACAACAAAATACTCAAAGCATTGTTACTGTAATGGATAACAGCCAAAAACAAGCATTATCAACAAAAGAAGAAA
CATTAATTGCACAAGAAAATCTCAAAGAGATCAGCAGTGCAATTCTGGTTGCTAATGATATGAACAATCAAATTGCTTCC
GCAGCTGAAGAGCAAAGCTCAGTATCAGAAGAAATTAATCGTAATGTTACAAGCATTAATGAAGCAGCTAACGAAGTGCT
GTGTGATATGCAAACATCACTAAAAGATACAGAAGAGCTAACCAAAGAAAGTCATTCATTAACTGAAAAATTGAATGAGT
TCAAAACCCAGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATAAGAACAAAACTTATAAAACATCCTTTGTTTTATTAAGGATTATTTATTTTCCGCCGATAAGTAAGTCTATAAATAA
TTATTTGGCATGGAAGGATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CATTTAAGCAATTATCCACTCTAATTAAACACCAATACTAAGAAAGGTATTGGTGTTTATTCCTCTGCTGTCATTTCTTT
TTTTCATGCTACAATCCTCT

Product: methyl-accepting chemotaxis protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 697; Mature: 697

Protein sequence:

>697_residues
MFKSIKTRIAVSAGLAIFITLSTAMFFTTVSYNGVNKEITQQVSNQLAANIDYKLLSIADQQRAELNGQFAPVISNLKQL
QSLLELSNQHQANASLLVEQFTSSLKIQNESVFAGYMVWEEENFIKDDSELTQKALNKQGILSPFFSPTGSSFEALGMDS
FNNTSLNNNGERIDEWHLAPFESGKSFVMEPYYYNVRGNQELITTISLPLLYNNKIVGSLGYDWSIKSFQEISKKAAQSI
GIPGAVVSIASWNGTLLSFSQNEEFVGKKVKDDFAKNWGQIQQEAQNKTAFLKDIGQFKTAIATIETGSKPWIVMVSIPS
NVLQKEITDFNTLSNELSNNALSNGLLSGVISSIIGIVIIFILARQIGNTLMNLTSRFENIAQGDGDLTQRIDIDSKDEI
GQLAFWFNTFIEKVQNTLHNAKDTAELVSQSSMNTMAETEKSQVKLQNQVNEVTQLATAINEMSATAMEVASSALQAATA
ASQIQTSSEDGQKIMDRAAASVEELAQFINEAQEQVVNLSASSNDIQNILAEIGGIAEQTNLLALNAAIEAARAGEYGRG
FAVVADEVRNLASRTQTSTQEINNMLGVLQQNTQSIVTVMDNSQKQALSTKEETLIAQENLKEISSAILVANDMNNQIAS
AAEEQSSVSEEINRNVTSINEAANEVLCDMQTSLKDTEELTKESHSLTEKLNEFKTQ

Sequences:

>Translated_697_residues
MFKSIKTRIAVSAGLAIFITLSTAMFFTTVSYNGVNKEITQQVSNQLAANIDYKLLSIADQQRAELNGQFAPVISNLKQL
QSLLELSNQHQANASLLVEQFTSSLKIQNESVFAGYMVWEEENFIKDDSELTQKALNKQGILSPFFSPTGSSFEALGMDS
FNNTSLNNNGERIDEWHLAPFESGKSFVMEPYYYNVRGNQELITTISLPLLYNNKIVGSLGYDWSIKSFQEISKKAAQSI
GIPGAVVSIASWNGTLLSFSQNEEFVGKKVKDDFAKNWGQIQQEAQNKTAFLKDIGQFKTAIATIETGSKPWIVMVSIPS
NVLQKEITDFNTLSNELSNNALSNGLLSGVISSIIGIVIIFILARQIGNTLMNLTSRFENIAQGDGDLTQRIDIDSKDEI
GQLAFWFNTFIEKVQNTLHNAKDTAELVSQSSMNTMAETEKSQVKLQNQVNEVTQLATAINEMSATAMEVASSALQAATA
ASQIQTSSEDGQKIMDRAAASVEELAQFINEAQEQVVNLSASSNDIQNILAEIGGIAEQTNLLALNAAIEAARAGEYGRG
FAVVADEVRNLASRTQTSTQEINNMLGVLQQNTQSIVTVMDNSQKQALSTKEETLIAQENLKEISSAILVANDMNNQIAS
AAEEQSSVSEEINRNVTSINEAANEVLCDMQTSLKDTEELTKESHSLTEKLNEFKTQ
>Mature_697_residues
MFKSIKTRIAVSAGLAIFITLSTAMFFTTVSYNGVNKEITQQVSNQLAANIDYKLLSIADQQRAELNGQFAPVISNLKQL
QSLLELSNQHQANASLLVEQFTSSLKIQNESVFAGYMVWEEENFIKDDSELTQKALNKQGILSPFFSPTGSSFEALGMDS
FNNTSLNNNGERIDEWHLAPFESGKSFVMEPYYYNVRGNQELITTISLPLLYNNKIVGSLGYDWSIKSFQEISKKAAQSI
GIPGAVVSIASWNGTLLSFSQNEEFVGKKVKDDFAKNWGQIQQEAQNKTAFLKDIGQFKTAIATIETGSKPWIVMVSIPS
NVLQKEITDFNTLSNELSNNALSNGLLSGVISSIIGIVIIFILARQIGNTLMNLTSRFENIAQGDGDLTQRIDIDSKDEI
GQLAFWFNTFIEKVQNTLHNAKDTAELVSQSSMNTMAETEKSQVKLQNQVNEVTQLATAINEMSATAMEVASSALQAATA
ASQIQTSSEDGQKIMDRAAASVEELAQFINEAQEQVVNLSASSNDIQNILAEIGGIAEQTNLLALNAAIEAARAGEYGRG
FAVVADEVRNLASRTQTSTQEINNMLGVLQQNTQSIVTVMDNSQKQALSTKEETLIAQENLKEISSAILVANDMNNQIAS
AAEEQSSVSEEINRNVTSINEAANEVLCDMQTSLKDTEELTKESHSLTEKLNEFKTQ

Specific function: May form a pore through which the hemolysin can be exported [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 methyl-accepting transducer domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI2367378, Length=356, Percent_Identity=29.2134831460674, Blast_Score=114, Evalue=2e-26,
Organism=Escherichia coli, GI1787690, Length=390, Percent_Identity=27.1794871794872, Blast_Score=112, Evalue=1e-25,
Organism=Escherichia coli, GI1788195, Length=288, Percent_Identity=29.8611111111111, Blast_Score=110, Evalue=4e-25,
Organism=Escherichia coli, GI1788194, Length=355, Percent_Identity=27.6056338028169, Blast_Score=105, Evalue=8e-24,
Organism=Escherichia coli, GI1789453, Length=261, Percent_Identity=28.735632183908, Blast_Score=82, Evalue=1e-16,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR004090
- InterPro:   IPR004089
- InterPro:   IPR003660
- InterPro:   IPR000727 [H]

Pfam domain/function: PF00672 HAMP; PF00015 MCPsignal [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 76356; Mature: 76356

Theoretical pI: Translated: 4.31; Mature: 4.31

Prosite motif: PS50885 HAMP ; PS50111 CHEMOTAXIS_TRANSDUC_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.1 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
2.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.1 %Cys     (Mature Protein)
2.3 %Met     (Mature Protein)
2.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MFKSIKTRIAVSAGLAIFITLSTAMFFTTVSYNGVNKEITQQVSNQLAANIDYKLLSIAD
CCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
QQRAELNGQFAPVISNLKQLQSLLELSNQHQANASLLVEQFTSSLKIQNESVFAGYMVWE
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEEEEEEEE
EENFIKDDSELTQKALNKQGILSPFFSPTGSSFEALGMDSFNNTSLNNNGERIDEWHLAP
CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
FESGKSFVMEPYYYNVRGNQELITTISLPLLYNNKIVGSLGYDWSIKSFQEISKKAAQSI
CCCCCCEEECCEEEECCCCCEEEEEEEEEEEECCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC
GIPGAVVSIASWNGTLLSFSQNEEFVGKKVKDDFAKNWGQIQQEAQNKTAFLKDIGQFKT
CCCHHHEEEECCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AIATIETGSKPWIVMVSIPSNVLQKEITDFNTLSNELSNNALSNGLLSGVISSIIGIVII
HHHHEECCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FILARQIGNTLMNLTSRFENIAQGDGDLTQRIDIDSKDEIGQLAFWFNTFIEKVQNTLHN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
AKDTAELVSQSSMNTMAETEKSQVKLQNQVNEVTQLATAINEMSATAMEVASSALQAATA
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ASQIQTSSEDGQKIMDRAAASVEELAQFINEAQEQVVNLSASSNDIQNILAEIGGIAEQT
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHC
NLLALNAAIEAARAGEYGRGFAVVADEVRNLASRTQTSTQEINNMLGVLQQNTQSIVTVM
CEEEHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHEEEC
DNSQKQALSTKEETLIAQENLKEISSAILVANDMNNQIASAAEEQSSVSEEINRNVTSIN
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH
EAANEVLCDMQTSLKDTEELTKESHSLTEKLNEFKTQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
>Mature Secondary Structure
MFKSIKTRIAVSAGLAIFITLSTAMFFTTVSYNGVNKEITQQVSNQLAANIDYKLLSIAD
CCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
QQRAELNGQFAPVISNLKQLQSLLELSNQHQANASLLVEQFTSSLKIQNESVFAGYMVWE
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEEEEEEEE
EENFIKDDSELTQKALNKQGILSPFFSPTGSSFEALGMDSFNNTSLNNNGERIDEWHLAP
CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
FESGKSFVMEPYYYNVRGNQELITTISLPLLYNNKIVGSLGYDWSIKSFQEISKKAAQSI
CCCCCCEEECCEEEECCCCCEEEEEEEEEEEECCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC
GIPGAVVSIASWNGTLLSFSQNEEFVGKKVKDDFAKNWGQIQQEAQNKTAFLKDIGQFKT
CCCHHHEEEECCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AIATIETGSKPWIVMVSIPSNVLQKEITDFNTLSNELSNNALSNGLLSGVISSIIGIVII
HHHHEECCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FILARQIGNTLMNLTSRFENIAQGDGDLTQRIDIDSKDEIGQLAFWFNTFIEKVQNTLHN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
AKDTAELVSQSSMNTMAETEKSQVKLQNQVNEVTQLATAINEMSATAMEVASSALQAATA
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ASQIQTSSEDGQKIMDRAAASVEELAQFINEAQEQVVNLSASSNDIQNILAEIGGIAEQT
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHC
NLLALNAAIEAARAGEYGRGFAVVADEVRNLASRTQTSTQEINNMLGVLQQNTQSIVTVM
CEEEHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHEEEC
DNSQKQALSTKEETLIAQENLKEISSAILVANDMNNQIASAAEEQSSVSEEINRNVTSIN
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH
EAANEVLCDMQTSLKDTEELTKESHSLTEKLNEFKTQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 2162464; 10952301 [H]