| Definition | Vibrio fischeri ES114 chromosome I, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_006840 |
| Length | 2,897,536 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is uvrA [H]
Identifier: 59710948
GI number: 59710948
Start: 368330
End: 371155
Strand: Reverse
Name: uvrA [H]
Synonym: VF_0341
Alternate gene names: 59710948
Gene position: 371155-368330 (Counterclockwise)
Preceding gene: 59710949
Following gene: 59710947
Centisome position: 12.81
GC content: 40.41
Gene sequence:
>2826_bases ATGGATAAAATTGAAGTTAGAGGGGCCAGAACCCATAACCTAAAAGACATCAGCTTAACTATCCCAAGAGATAAGTTGAT TGTAATTACAGGACTTTCAGGTTCAGGTAAGTCTTCTTTAGCCTTTGATACCTTATATGCTGAAGGCCAACGACGTTATG TTGAATCTTTATCAGCATACGCTCGTCAATTTTTATCTCTAATGGAAAAACCAGATGTAGACCACATTGAAGGTCTCTCT CCTGCCATTTCAATAGAACAAAAGTCCACCTCTCATAACCCTAGATCAACGGTTGGAACTATTACCGAGATTTACGATTA TTTACGTCTTCTTTATGCTCGTATTGGTGAACCTCGCTGCCCTGAGCACCATGTTGAGTTAACTGCACAGACTATCAGCC AAATGGTAGACAAAGCATTAGAGCTACCAGAAGGCACAAAGCTGATGCTATTAGCTCCTATTGTTAAAGAACGCAAAGGT GAGCATGTTAAAACCCTTGAAAACCTAGCTGCGCAAGGGTTTATTCGTGCACGTATTGATGGTGAAGTTTGCGATCTTTC TGATCCACCGACATTAGAATTACATAAAAAACATACTATTGAAGTTGTCGTTGATCGCTTTAAGGTCAGAGATGATCTTC AACAACGCCTCGCAGAATCATTTGAAACTGCTTTGGAATTAACAGGCGGTATTGCGGTTATCGATTATATGGATGACAGC GAACACGATCCTTTAATCTTCTCTGCGAACTTTGCCTGCCCACATTGTGGTTATAGCATGCAAGAACTTGAGCCTCGTCT GTTCTCTTTTAATAATCCAGCTGGGGCCTGTGGCACTTGTGATGGCTTAGGCGTACAACAATATTTTGATGCCGACAGAG TCGTTTTAGACGATAAGCTAAGTATCGCAGAAGGTGCTATTAAAGGTTGGGATCAAAAAAATTATTACTATTTCCAAATG CTAGGTTCACTTGCTAAACATTATGGTTTTGATTTATTCGCACCATTTAAATCCATTTCAAAGAAATTCCAAAACATTAT TCTTAACGGCTCAGGTAATGAGGAAATTGAATTTCAATACAGTAATGATCGTGGTGATCTACGAGTCAAACGTCACCCAT TCGAAGGAATATTAAACACCCTAGATCGTCGCTATAAAGAAACGGAATCAAGTGCTGTTCGAGATGATCTATCCAAATAT ATTTCAACTCAATCTTGTTCAAGTTGCCACGGTACACGCTTACGTTTAGAAGCGAGAAATGTGTTTGTGGGTGATACCAC ATTGCCTGAAATCTGCGAAATGAGTATTCAAGACTCAATGGCTTTCTTTAGTTCATTAACGTTACAAGGGCAAAAAGCAC AAATTGCCGATAAAGTAATGAAAGAGATTAACGAACGCCTTCACTTTTTGATTAATGTTGGCCTTAGTTATCTCAATTTA TCACGCAGTGCCGATACCTTATCCGGTGGTGAAGCCCAACGTATTCGTTTAGCCAGTCAAATCGGAGCCGGCCTAGTTGG TGTAATGTATGTTCTTGATGAGCCATCTATTGGTCTCCATCAACGAGATAATGAACGCCTATTAAAGACGCTAAATCATC TCCGAGACTTAGGGAATACGGTTATCGTAGTAGAGCATGATGAAGATGCTATTCGCAGTGCCGATCATATCATTGATATT GGACCAGGAGCTGGTGTTCATGGTGGTCATATTGTTGCCGAAGGTGATTATGAGGCCATCATTTCAAACCCAGAATCATT AACTGGCCAATATTTAAATGGAACAAAAGAAATAGCGGTACCAAATGAGCGTGTTAAAGCTGATCCGAAGAAACAAGTAG AACTTATTGGAGCCACAGGAAACAACTTAAAGAACGTGACATTAAAGCTGCCTGTAGGATTGTTTACATGTATCACGGGG GTTTCAGGTTCAGGTAAATCAACCTTAATCAATGATACTTTCTTTAAAATTGCTCATACTCAATTGAACGGAGCCACCAC ATCAGAGCCAGCTCCGTATAAAAAAATTAAAGGTATCGAACATTTTGATAAAGTTATCGATATTGATCAAAGCCCAATAG GTCGAACACCTCGTTCAAATCCAGCAACTTATACTGGTATTTTCACACCGATACGTGAGCTTTTCTCTGGAACACCAGAA TCACGCTCTCGTGGTTATAAACCTGGCCGATTTAGCTTTAACGTTCGAGGTGGACGTTGTGAAGCATGTCAGGGTGATGG TGTTATCAAAGTAGAAATGCACTTCTTGCCAGACGTTTATGTTCCATGTGATGTTTGTTCAGGTAAGCGATATAACCGCG AGACATTAGAAGTAAAATACAAAGGAAAAAGTATTGATGAAGTCCTTCAAATGACCATTGAAGATGCTCATACCTTCTTT GAGCCAGTTCCTGTTATTGCTCGTAAGCTACAAACTTTAATGGATGTTGGACTCTCTTATATTCGCTTAGGTCAGGCAGC CACCACTCTTTCGGGTGGTGAGGCTCAACGTGTAAAACTAGCAAGAGAACTCTCAAAACGAGATACAGGTAAAACACTGT ATATCCTTGATGAACCAACAACAGGTCTTCACTTTCATGATATACAACAATTATTAACGGTTCTTCATCGTCTGCGTGAA CGAGGCAATACAATTGTCGTAATTGAGCATAACTTGGATGTAGTGAAAACAGCTGACTGGATTGTTGATTTAGGTCCAGA AGGCGGTCAAGGCGGCGGTGAGATCATAGCAGAAGGCACACCTGAAGATGTTGCACAAGTTGAAGGCTCTCATACGGCAC GCTTCTTAAAACCGATGCTAAAATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases ACCATCACTACACTGTTTTTTTATCCAGTAAAATGCTTTTCTGTTTTCTTACTCTGTGCAATACTTAACCCTTAGTTATT TTTATTGCAGTGAGACTCCC
Downstream 100 bases:
>100_bases CGTAACTCAGCAGAAAGTCCGCACTTTCATCTATGGATAAGATAGAATAAGGCCAACATTTTTGTTGGCTTTATTATATA AGGAAATAGTTGGAAAATGG
Product: excinuclease ABC subunit A
Products: NA
Alternate protein names: UvrA protein; Excinuclease ABC subunit A [H]
Number of amino acids: Translated: 941; Mature: 941
Protein sequence:
>941_residues MDKIEVRGARTHNLKDISLTIPRDKLIVITGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAYARQFLSLMEKPDVDHIEGLS PAISIEQKSTSHNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARIGEPRCPEHHVELTAQTISQMVDKALELPEGTKLMLLAPIVKERKG EHVKTLENLAAQGFIRARIDGEVCDLSDPPTLELHKKHTIEVVVDRFKVRDDLQQRLAESFETALELTGGIAVIDYMDDS EHDPLIFSANFACPHCGYSMQELEPRLFSFNNPAGACGTCDGLGVQQYFDADRVVLDDKLSIAEGAIKGWDQKNYYYFQM LGSLAKHYGFDLFAPFKSISKKFQNIILNGSGNEEIEFQYSNDRGDLRVKRHPFEGILNTLDRRYKETESSAVRDDLSKY ISTQSCSSCHGTRLRLEARNVFVGDTTLPEICEMSIQDSMAFFSSLTLQGQKAQIADKVMKEINERLHFLINVGLSYLNL SRSADTLSGGEAQRIRLASQIGAGLVGVMYVLDEPSIGLHQRDNERLLKTLNHLRDLGNTVIVVEHDEDAIRSADHIIDI GPGAGVHGGHIVAEGDYEAIISNPESLTGQYLNGTKEIAVPNERVKADPKKQVELIGATGNNLKNVTLKLPVGLFTCITG VSGSGKSTLINDTFFKIAHTQLNGATTSEPAPYKKIKGIEHFDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGIFTPIRELFSGTPE SRSRGYKPGRFSFNVRGGRCEACQGDGVIKVEMHFLPDVYVPCDVCSGKRYNRETLEVKYKGKSIDEVLQMTIEDAHTFF EPVPVIARKLQTLMDVGLSYIRLGQAATTLSGGEAQRVKLARELSKRDTGKTLYILDEPTTGLHFHDIQQLLTVLHRLRE RGNTIVVIEHNLDVVKTADWIVDLGPEGGQGGGEIIAEGTPEDVAQVEGSHTARFLKPMLK
Sequences:
>Translated_941_residues MDKIEVRGARTHNLKDISLTIPRDKLIVITGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAYARQFLSLMEKPDVDHIEGLS PAISIEQKSTSHNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARIGEPRCPEHHVELTAQTISQMVDKALELPEGTKLMLLAPIVKERKG EHVKTLENLAAQGFIRARIDGEVCDLSDPPTLELHKKHTIEVVVDRFKVRDDLQQRLAESFETALELTGGIAVIDYMDDS EHDPLIFSANFACPHCGYSMQELEPRLFSFNNPAGACGTCDGLGVQQYFDADRVVLDDKLSIAEGAIKGWDQKNYYYFQM LGSLAKHYGFDLFAPFKSISKKFQNIILNGSGNEEIEFQYSNDRGDLRVKRHPFEGILNTLDRRYKETESSAVRDDLSKY ISTQSCSSCHGTRLRLEARNVFVGDTTLPEICEMSIQDSMAFFSSLTLQGQKAQIADKVMKEINERLHFLINVGLSYLNL SRSADTLSGGEAQRIRLASQIGAGLVGVMYVLDEPSIGLHQRDNERLLKTLNHLRDLGNTVIVVEHDEDAIRSADHIIDI GPGAGVHGGHIVAEGDYEAIISNPESLTGQYLNGTKEIAVPNERVKADPKKQVELIGATGNNLKNVTLKLPVGLFTCITG VSGSGKSTLINDTFFKIAHTQLNGATTSEPAPYKKIKGIEHFDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGIFTPIRELFSGTPE SRSRGYKPGRFSFNVRGGRCEACQGDGVIKVEMHFLPDVYVPCDVCSGKRYNRETLEVKYKGKSIDEVLQMTIEDAHTFF EPVPVIARKLQTLMDVGLSYIRLGQAATTLSGGEAQRVKLARELSKRDTGKTLYILDEPTTGLHFHDIQQLLTVLHRLRE RGNTIVVIEHNLDVVKTADWIVDLGPEGGQGGGEIIAEGTPEDVAQVEGSHTARFLKPMLK >Mature_941_residues MDKIEVRGARTHNLKDISLTIPRDKLIVITGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAYARQFLSLMEKPDVDHIEGLS PAISIEQKSTSHNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARIGEPRCPEHHVELTAQTISQMVDKALELPEGTKLMLLAPIVKERKG EHVKTLENLAAQGFIRARIDGEVCDLSDPPTLELHKKHTIEVVVDRFKVRDDLQQRLAESFETALELTGGIAVIDYMDDS EHDPLIFSANFACPHCGYSMQELEPRLFSFNNPAGACGTCDGLGVQQYFDADRVVLDDKLSIAEGAIKGWDQKNYYYFQM LGSLAKHYGFDLFAPFKSISKKFQNIILNGSGNEEIEFQYSNDRGDLRVKRHPFEGILNTLDRRYKETESSAVRDDLSKY ISTQSCSSCHGTRLRLEARNVFVGDTTLPEICEMSIQDSMAFFSSLTLQGQKAQIADKVMKEINERLHFLINVGLSYLNL SRSADTLSGGEAQRIRLASQIGAGLVGVMYVLDEPSIGLHQRDNERLLKTLNHLRDLGNTVIVVEHDEDAIRSADHIIDI GPGAGVHGGHIVAEGDYEAIISNPESLTGQYLNGTKEIAVPNERVKADPKKQVELIGATGNNLKNVTLKLPVGLFTCITG VSGSGKSTLINDTFFKIAHTQLNGATTSEPAPYKKIKGIEHFDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGIFTPIRELFSGTPE SRSRGYKPGRFSFNVRGGRCEACQGDGVIKVEMHFLPDVYVPCDVCSGKRYNRETLEVKYKGKSIDEVLQMTIEDAHTFF EPVPVIARKLQTLMDVGLSYIRLGQAATTLSGGEAQRVKLARELSKRDTGKTLYILDEPTTGLHFHDIQQLLTVLHRLRE RGNTIVVIEHNLDVVKTADWIVDLGPEGGQGGGEIIAEGTPEDVAQVEGSHTARFLKPMLK
Specific function: The UvrABC repair system catalyzes the recognition and processing of DNA lesions. UvrA is an ATPase and a DNA-binding protein. A damage recognition complex composed of 2 UvrA and 2 UvrB subunits scans DNA for abnormalities. When the presence of a lesion h
COG id: COG0178
COG function: function code L; Excinuclease ATPase subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 2 ABC transporter domains [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI2367343, Length=940, Percent_Identity=79.2553191489362, Blast_Score=1549, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003439 - InterPro: IPR017871 - InterPro: IPR013815 - InterPro: IPR004602 [H]
Pfam domain/function: PF00005 ABC_tran [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 104307; Mature: 104307
Theoretical pI: Translated: 6.20; Mature: 6.20
Prosite motif: PS00211 ABC_TRANSPORTER_1 ; PS50893 ABC_TRANSPORTER_2
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.5 %Cys (Translated Protein) 1.6 %Met (Translated Protein) 3.1 %Cys+Met (Translated Protein) 1.5 %Cys (Mature Protein) 1.6 %Met (Mature Protein) 3.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MDKIEVRGARTHNLKDISLTIPRDKLIVITGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAY CCCEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ARQFLSLMEKPDVDHIEGLSPAISIEQKSTSHNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARIGEPRC HHHHHHHHCCCCCCHHCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC PEHHVELTAQTISQMVDKALELPEGTKLMLLAPIVKERKGEHVKTLENLAAQGFIRARID CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCEEEEEEC GEVCDLSDPPTLELHKKHTIEVVVDRFKVRDDLQQRLAESFETALELTGGIAVIDYMDDS CCEECCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCC EHDPLIFSANFACPHCGYSMQELEPRLFSFNNPAGACGTCDGLGVQQYFDADRVVLDDKL CCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHCCCHHEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCEEECCCH SIAEGAIKGWDQKNYYYFQMLGSLAKHYGFDLFAPFKSISKKFQNIILNGSGNEEIEFQY HHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCEEEEEE SNDRGDLRVKRHPFEGILNTLDRRYKETESSAVRDDLSKYISTQSCSSCHGTRLRLEARN CCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECE VFVGDTTLPEICEMSIQDSMAFFSSLTLQGQKAQIADKVMKEINERLHFLINVGLSYLNL EEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC SRSADTLSGGEAQRIRLASQIGAGLVGVMYVLDEPSIGLHQRDNERLLKTLNHLRDLGNT CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEHEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCE VIVVEHDEDAIRSADHIIDIGPGAGVHGGHIVAEGDYEAIISNPESLTGQYLNGTKEIAV EEEEECCHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCEEEECCCHHHEECCCHHHCHHHCCCCEEECC PNERVKADPKKQVELIGATGNNLKNVTLKLPVGLFTCITGVSGSGKSTLINDTFFKIAHT CCHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCEEEEEEECHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCHHHEEEEE QLNGATTSEPAPYKKIKGIEHFDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGIFTPIRELFSGTPE ECCCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHCCCCC SRSRGYKPGRFSFNVRGGRCEACQGDGVIKVEMHFLPDVYVPCDVCSGKRYNRETLEVKY HHHCCCCCCCEEEEECCCEECCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEE KGKSIDEVLQMTIEDAHTFFEPVPVIARKLQTLMDVGLSYIRLGQAATTLSGGEAQRVKL CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCHHHCCCCCCHHHHHH ARELSKRDTGKTLYILDEPTTGLHFHDIQQLLTVLHRLRERGNTIVVIEHNLDVVKTADW HHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEEEECCE IVDLGPEGGQGGGEIIAEGTPEDVAQVEGSHTARFLKPMLK EEEECCCCCCCCCCEEECCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MDKIEVRGARTHNLKDISLTIPRDKLIVITGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAY CCCEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ARQFLSLMEKPDVDHIEGLSPAISIEQKSTSHNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARIGEPRC HHHHHHHHCCCCCCHHCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC PEHHVELTAQTISQMVDKALELPEGTKLMLLAPIVKERKGEHVKTLENLAAQGFIRARID CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCEEEEEEC GEVCDLSDPPTLELHKKHTIEVVVDRFKVRDDLQQRLAESFETALELTGGIAVIDYMDDS CCEECCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCC EHDPLIFSANFACPHCGYSMQELEPRLFSFNNPAGACGTCDGLGVQQYFDADRVVLDDKL CCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHCCCHHEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCEEECCCH SIAEGAIKGWDQKNYYYFQMLGSLAKHYGFDLFAPFKSISKKFQNIILNGSGNEEIEFQY HHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCEEEEEE SNDRGDLRVKRHPFEGILNTLDRRYKETESSAVRDDLSKYISTQSCSSCHGTRLRLEARN CCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECE VFVGDTTLPEICEMSIQDSMAFFSSLTLQGQKAQIADKVMKEINERLHFLINVGLSYLNL EEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC SRSADTLSGGEAQRIRLASQIGAGLVGVMYVLDEPSIGLHQRDNERLLKTLNHLRDLGNT CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEHEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCE VIVVEHDEDAIRSADHIIDIGPGAGVHGGHIVAEGDYEAIISNPESLTGQYLNGTKEIAV EEEEECCHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCEEEECCCHHHEECCCHHHCHHHCCCCEEECC PNERVKADPKKQVELIGATGNNLKNVTLKLPVGLFTCITGVSGSGKSTLINDTFFKIAHT CCHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCEEEEEEECHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCHHHEEEEE QLNGATTSEPAPYKKIKGIEHFDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGIFTPIRELFSGTPE ECCCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHCCCCC SRSRGYKPGRFSFNVRGGRCEACQGDGVIKVEMHFLPDVYVPCDVCSGKRYNRETLEVKY HHHCCCCCCCEEEEECCCEECCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEE KGKSIDEVLQMTIEDAHTFFEPVPVIARKLQTLMDVGLSYIRLGQAATTLSGGEAQRVKL CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCHHHCCCCCCHHHHHH ARELSKRDTGKTLYILDEPTTGLHFHDIQQLLTVLHRLRERGNTIVVIEHNLDVVKTADW HHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEEEECCE IVDLGPEGGQGGGEIIAEGTPEDVAQVEGSHTARFLKPMLK EEEECCCCCCCCCCEEECCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: DNA [C]
Specific reaction: Protein + DNA = Protein-DNA [C]
General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 10952301 [H]