| Definition | Campylobacter jejuni RM1221, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003912 |
| Length | 1,777,831 |
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The map label for this gene is uvrA [H]
Identifier: 57237396
GI number: 57237396
Start: 348988
End: 351810
Strand: Reverse
Name: uvrA [H]
Synonym: CJE0390
Alternate gene names: 57237396
Gene position: 351810-348988 (Counterclockwise)
Preceding gene: 57237397
Following gene: 57237395
Centisome position: 19.79
GC content: 34.4
Gene sequence:
>2823_bases ATGAACGATACCATAAAAATCATTGGCGCAAGAGAAAATAACCTAAAAAATATCCACCTTGAAATTCCCAAAAACAAACT CATTGTTTTTACAGGACTGAGCGGAAGTGGAAAATCAACCCTTGCTTTTGGAACTCTTTATGCTGAAGGACAACGCCGTT ATATAGAAAGTTTAAGTGCTTACGCCAGACAATTTTTAGATAAGGTAGGCAAACCTGATGTCGATAAAATCGAAGGTTTA ACTCCAGCCATTGCCATAGATCAAAAAACTACTTCTAAAAATCCACGCTCTACTGTAGGAACCATCACTGAAATTTATGA TTATCTAAGACTTTTATACGCAAGAGTTGGCATTCAACATTGTCATCAATGCGGACAAAAAATTTCATCTATGAGTGCAA GTGATATAGTCAGTGAAATTTTAAAATTTCCAAAAGGTGCAAAAATCATCATCTACGCCCCACTCATACGAGAAAAAAAA GGAACTTATGCAGATTTGCTTGAAAATTTACGCAACAAAGGTTATGTAAGAGCTCAAATTGATGGAGTTTTGGTAAGACT TGATGAAGAAATTGAACTAGCCAAAACCAAAAAACACACCATTAAACTTGTCATAGATAGGCTTGAAATTCAAGAAGATT TACTTTCTCGTCTTGCAAGCGATATAGAAAAAGGCTTACAAGAAAGCTTTGGAGAAATAGAAATAGAAGTTTTAAATCAT GAGGAAATAAACCTTAATAAACACTATCATTTTAGCGAGCATTCAGCTTGTTTTGATTGTAAAATTTCCTTTGTTCCACT CGAGCCTTTAAGCTTTTCTTTTAATTCTCCAAAAGGAGCATGTGAAGCTTGCGATGGACTTGGAATTCGTTATACTTTAG ATATGAAAAAAATCATCGATGAAAATTTAAGTCTCGAAAACGGTGCTGTTAAAATCATGTATGGTTTTAATAAAAGTTAT TATTATAAATTCCTAATCGCCTTTTGCGAACAAAATGAAATTCCTATCAAAATACCTTTTATGCAATTAAACGAAGTACA AAAACGTCTTGTATTGTATGGTAATGCCAAAACTATAGAATTTCTTTGGAAAAGAAATCGCCTAAAACGCACTTTTGAAG GCGTGGTTAAAATGGCTTATGAAATGCTAAAAGATGAAAAAGATTTAGCTGAATATATGAGTGAAAAAATTTGTAAAGAC TGCGGTGGGCATCGTTTAAAACCCGAAAGTTTAGCCGTGAAAGTAGCCAAAAAAAGCTTGGGTGAAATTTTAGATATGAG CATAGAAGATAGTACGGCCTTTTTTGCAGATGAGAAAAATTTTTCTTATTTAAGCGAGCAACAAAAACTTATTTCTAAAC CTATCCTAAAAGAAATCAACGAAAGATTGTTTTTCTTGTATGATGTGGGGCTAGGTTATCTTTCTTTAGGGCGCGATGCA AGAACGATTAGTGGGGGTGAAGCACAAAGAATCCGCATAGCTTCACAAATTGGCAGTGGTTTAAGCGGAGTGATGTATGT CTTAGATGAGCCTAGCATAGGACTTCATGAAAGAGATACTGCAAAACTGATTAAAACTTTAAGAAATTTACAACAAAAGG GCAATACCCTAATTGTCGTAGAGCATGATAAAATGACCATAGAAGAAGCAGATTTTATTGTAGATATTGGTCCAAAAGCA GGAAAATTTGGGGGTGAGGTTGTATTTAGTGGAACTTATAAAGAACTTTTAAAAAGCAAAAGCGAAACTGCACTTTATAT GAATGGTAAAAAACAAATTTCGCAACTTCAAAACAGAACACAGAAAGAATGGCTTGAGCTTAAAAATGTAAATATTAACA ATATCCAAGATTTAAGCGTAAAATTTCCTTTGCAAAATTTAGTCGCTATAACAGGAGTTTCAGGTTCTGGAAAAAGCTCT TTGATACTTCAAACCCTACTTCCTTTTGCACAAGAGGAATTAAACCGTGTGAAAAAAGTTAAAAAACTTGGCGGAGTACA AATAGAAGGACTTGAAAAACTTGATAAAGTCATTTATCTTGATCAAAGCCCAATTGGGCGCACACCACGTTCAAATCCTG CCACCTATACAGGTGCTATGGATGAAATCAGAAATCTTTTTGCCGCCACTAAAGAAGCCAAAATGCGTGGTTATAAAGCT GGACGCTTTTCTTTTAATGTCAAGGGTGGAAGATGTGAGAAATGTAGCGGAGATGGAGAAATCAAAATAGAAATGCATTT TTTACCTGATGTTATGGTAGTTTGTGATACTTGCGAGGGCAAACGCTACAATGATGCCACGCTAGAAATCAAATATAAAG GCAAAAATATCAGTGAAATTTTAAATATGAGTGTTTTAGAAGCGAGTGAATTTTTTACAGCCGTTCCTAAAATCAAACAA AAATTAGATACTCTAGTAAAAGTGGGTTTAGATTATCTAACTCTAGGACAAAATGCCACCACCTTAAGTGGAGGTGAAGC ACAAAGAATCAAACTTGCTAAAGAACTAAGCCGTAGCGATACAGGAAAAACGCTTTATATACTTGATGAACCTACAACAG GACTGCATTTTGAAGATGTCAATAAACTCATCTTAGTTTTACAACATTTAGTTGATCTTAAAAATTCTGTTTTTGTGATA GAACATAATTTAGATGTGATTAAAAATGCTGATTATATCATCGATATGGGGCCTGAAGGCGGAGTTAAAGGTGGAAAAGT TATAAGCACAGGAAGCGTGGAAAAAGTCGCTAAAGAGCATAAGAAAACAAAATCCTATACAGGATATTATTTAGATCTAG AGCTTAAAAACGCAAGGAGTTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TAATAAGCTAAATTTTATAAATTTTTAACTTGGATTTATCCAAGTTCTTTTAATATTATTATGCTAAAATCTTAAATTTA TTTAATGTTTAGGAAAGACT
Downstream 100 bases:
>100_bases AATGACACACGAACAAAAAATTGCATTTTTTAAGATTAAAAGATTAAGTGTTTATATATTTTTCTGTGCTTTATATAATT TTTATTACTTTTTTTCTTAT
Product: excinuclease ABC subunit A
Products: NA
Alternate protein names: UvrA protein; Excinuclease ABC subunit A [H]
Number of amino acids: Translated: 940; Mature: 940
Protein sequence:
>940_residues MNDTIKIIGARENNLKNIHLEIPKNKLIVFTGLSGSGKSTLAFGTLYAEGQRRYIESLSAYARQFLDKVGKPDVDKIEGL TPAIAIDQKTTSKNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARVGIQHCHQCGQKISSMSASDIVSEILKFPKGAKIIIYAPLIREKK GTYADLLENLRNKGYVRAQIDGVLVRLDEEIELAKTKKHTIKLVIDRLEIQEDLLSRLASDIEKGLQESFGEIEIEVLNH EEINLNKHYHFSEHSACFDCKISFVPLEPLSFSFNSPKGACEACDGLGIRYTLDMKKIIDENLSLENGAVKIMYGFNKSY YYKFLIAFCEQNEIPIKIPFMQLNEVQKRLVLYGNAKTIEFLWKRNRLKRTFEGVVKMAYEMLKDEKDLAEYMSEKICKD CGGHRLKPESLAVKVAKKSLGEILDMSIEDSTAFFADEKNFSYLSEQQKLISKPILKEINERLFFLYDVGLGYLSLGRDA RTISGGEAQRIRIASQIGSGLSGVMYVLDEPSIGLHERDTAKLIKTLRNLQQKGNTLIVVEHDKMTIEEADFIVDIGPKA GKFGGEVVFSGTYKELLKSKSETALYMNGKKQISQLQNRTQKEWLELKNVNINNIQDLSVKFPLQNLVAITGVSGSGKSS LILQTLLPFAQEELNRVKKVKKLGGVQIEGLEKLDKVIYLDQSPIGRTPRSNPATYTGAMDEIRNLFAATKEAKMRGYKA GRFSFNVKGGRCEKCSGDGEIKIEMHFLPDVMVVCDTCEGKRYNDATLEIKYKGKNISEILNMSVLEASEFFTAVPKIKQ KLDTLVKVGLDYLTLGQNATTLSGGEAQRIKLAKELSRSDTGKTLYILDEPTTGLHFEDVNKLILVLQHLVDLKNSVFVI EHNLDVIKNADYIIDMGPEGGVKGGKVISTGSVEKVAKEHKKTKSYTGYYLDLELKNARS
Sequences:
>Translated_940_residues MNDTIKIIGARENNLKNIHLEIPKNKLIVFTGLSGSGKSTLAFGTLYAEGQRRYIESLSAYARQFLDKVGKPDVDKIEGL TPAIAIDQKTTSKNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARVGIQHCHQCGQKISSMSASDIVSEILKFPKGAKIIIYAPLIREKK GTYADLLENLRNKGYVRAQIDGVLVRLDEEIELAKTKKHTIKLVIDRLEIQEDLLSRLASDIEKGLQESFGEIEIEVLNH EEINLNKHYHFSEHSACFDCKISFVPLEPLSFSFNSPKGACEACDGLGIRYTLDMKKIIDENLSLENGAVKIMYGFNKSY YYKFLIAFCEQNEIPIKIPFMQLNEVQKRLVLYGNAKTIEFLWKRNRLKRTFEGVVKMAYEMLKDEKDLAEYMSEKICKD CGGHRLKPESLAVKVAKKSLGEILDMSIEDSTAFFADEKNFSYLSEQQKLISKPILKEINERLFFLYDVGLGYLSLGRDA RTISGGEAQRIRIASQIGSGLSGVMYVLDEPSIGLHERDTAKLIKTLRNLQQKGNTLIVVEHDKMTIEEADFIVDIGPKA GKFGGEVVFSGTYKELLKSKSETALYMNGKKQISQLQNRTQKEWLELKNVNINNIQDLSVKFPLQNLVAITGVSGSGKSS LILQTLLPFAQEELNRVKKVKKLGGVQIEGLEKLDKVIYLDQSPIGRTPRSNPATYTGAMDEIRNLFAATKEAKMRGYKA GRFSFNVKGGRCEKCSGDGEIKIEMHFLPDVMVVCDTCEGKRYNDATLEIKYKGKNISEILNMSVLEASEFFTAVPKIKQ KLDTLVKVGLDYLTLGQNATTLSGGEAQRIKLAKELSRSDTGKTLYILDEPTTGLHFEDVNKLILVLQHLVDLKNSVFVI EHNLDVIKNADYIIDMGPEGGVKGGKVISTGSVEKVAKEHKKTKSYTGYYLDLELKNARS >Mature_940_residues MNDTIKIIGARENNLKNIHLEIPKNKLIVFTGLSGSGKSTLAFGTLYAEGQRRYIESLSAYARQFLDKVGKPDVDKIEGL TPAIAIDQKTTSKNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARVGIQHCHQCGQKISSMSASDIVSEILKFPKGAKIIIYAPLIREKK GTYADLLENLRNKGYVRAQIDGVLVRLDEEIELAKTKKHTIKLVIDRLEIQEDLLSRLASDIEKGLQESFGEIEIEVLNH EEINLNKHYHFSEHSACFDCKISFVPLEPLSFSFNSPKGACEACDGLGIRYTLDMKKIIDENLSLENGAVKIMYGFNKSY YYKFLIAFCEQNEIPIKIPFMQLNEVQKRLVLYGNAKTIEFLWKRNRLKRTFEGVVKMAYEMLKDEKDLAEYMSEKICKD CGGHRLKPESLAVKVAKKSLGEILDMSIEDSTAFFADEKNFSYLSEQQKLISKPILKEINERLFFLYDVGLGYLSLGRDA RTISGGEAQRIRIASQIGSGLSGVMYVLDEPSIGLHERDTAKLIKTLRNLQQKGNTLIVVEHDKMTIEEADFIVDIGPKA GKFGGEVVFSGTYKELLKSKSETALYMNGKKQISQLQNRTQKEWLELKNVNINNIQDLSVKFPLQNLVAITGVSGSGKSS LILQTLLPFAQEELNRVKKVKKLGGVQIEGLEKLDKVIYLDQSPIGRTPRSNPATYTGAMDEIRNLFAATKEAKMRGYKA GRFSFNVKGGRCEKCSGDGEIKIEMHFLPDVMVVCDTCEGKRYNDATLEIKYKGKNISEILNMSVLEASEFFTAVPKIKQ KLDTLVKVGLDYLTLGQNATTLSGGEAQRIKLAKELSRSDTGKTLYILDEPTTGLHFEDVNKLILVLQHLVDLKNSVFVI EHNLDVIKNADYIIDMGPEGGVKGGKVISTGSVEKVAKEHKKTKSYTGYYLDLELKNARS
Specific function: The UvrABC repair system catalyzes the recognition and processing of DNA lesions. UvrA is an ATPase and a DNA-binding protein. A damage recognition complex composed of 2 UvrA and 2 UvrB subunits scans DNA for abnormalities. When the presence of a lesion h
COG id: COG0178
COG function: function code L; Excinuclease ATPase subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 2 ABC transporter domains [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI2367343, Length=935, Percent_Identity=51.2299465240642, Blast_Score=900, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003439 - InterPro: IPR017871 - InterPro: IPR013815 - InterPro: IPR003593 - InterPro: IPR004602 [H]
Pfam domain/function: PF00005 ABC_tran [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 105489; Mature: 105489
Theoretical pI: Translated: 8.74; Mature: 8.74
Prosite motif: PS00211 ABC_TRANSPORTER_1 ; PS50893 ABC_TRANSPORTER_2
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.4 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 3.3 %Cys+Met (Translated Protein) 1.4 %Cys (Mature Protein) 1.9 %Met (Mature Protein) 3.3 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNDTIKIIGARENNLKNIHLEIPKNKLIVFTGLSGSGKSTLAFGTLYAEGQRRYIESLSA CCCCEEEEECCCCCCCEEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHH YARQFLDKVGKPDVDKIEGLTPAIAIDQKTTSKNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARVGIQH HHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH CHQCGQKISSMSASDIVSEILKFPKGAKIIIYAPLIREKKGTYADLLENLRNKGYVRAQI HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCHHCCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEEE DGVLVRLDEEIELAKTKKHTIKLVIDRLEIQEDLLSRLASDIEKGLQESFGEIEIEVLNH CEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC EEINLNKHYHFSEHSACFDCKISFVPLEPLSFSFNSPKGACEACDGLGIRYTLDMKKIID CEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCEEEEECHHHHHC ENLSLENGAVKIMYGFNKSYYYKFLIAFCEQNEIPIKIPFMQLNEVQKRLVLYGNAKTIE CCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCHHHHHHHHHEEEECCCCHHH FLWKRNRLKRTFEGVVKMAYEMLKDEKDLAEYMSEKICKDCGGHRLKPESLAVKVAKKSL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH GEILDMSIEDSTAFFADEKNFSYLSEQQKLISKPILKEINERLFFLYDVGLGYLSLGRDA HHHHCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCHHHCCCCC RTISGGEAQRIRIASQIGSGLSGVMYVLDEPSIGLHERDTAKLIKTLRNLQQKGNTLIVV CCCCCCCHHHEEEHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEE EHDKMTIEEADFIVDIGPKAGKFGGEVVFSGTYKELLKSKSETALYMNGKKQISQLQNRT ECCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEEECCHHHHHHCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHH QKEWLELKNVNINNIQDLSVKFPLQNLVAITGVSGSGKSSLILQTLLPFAQEELNRVKKV HHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KKLGGVQIEGLEKLDKVIYLDQSPIGRTPRSNPATYTGAMDEIRNLFAATKEAKMRGYKA HHHCCCEEECHHHHCCEEEECCCCCCCCCCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC GRFSFNVKGGRCEKCSGDGEIKIEMHFLPDVMVVCDTCEGKRYNDATLEIKYKGKNISEI CEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHH LNMSVLEASEFFTAVPKIKQKLDTLVKVGLDYLTLGQNATTLSGGEAQRIKLAKELSRSD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC TGKTLYILDEPTTGLHFEDVNKLILVLQHLVDLKNSVFVIEHNLDVIKNADYIIDMGPEG CCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHCCCCCEEEEECCCC GVKGGKVISTGSVEKVAKEHKKTKSYTGYYLDLELKNARS CCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCC >Mature Secondary Structure MNDTIKIIGARENNLKNIHLEIPKNKLIVFTGLSGSGKSTLAFGTLYAEGQRRYIESLSA CCCCEEEEECCCCCCCEEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHH YARQFLDKVGKPDVDKIEGLTPAIAIDQKTTSKNPRSTVGTITEIYDYLRLLYARVGIQH HHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH CHQCGQKISSMSASDIVSEILKFPKGAKIIIYAPLIREKKGTYADLLENLRNKGYVRAQI HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCHHCCCCCHHHHHHHHHHCCEEEEEE DGVLVRLDEEIELAKTKKHTIKLVIDRLEIQEDLLSRLASDIEKGLQESFGEIEIEVLNH CEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC EEINLNKHYHFSEHSACFDCKISFVPLEPLSFSFNSPKGACEACDGLGIRYTLDMKKIID CEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCEEEEECHHHHHC ENLSLENGAVKIMYGFNKSYYYKFLIAFCEQNEIPIKIPFMQLNEVQKRLVLYGNAKTIE CCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCHHHHHHHHHEEEECCCCHHH FLWKRNRLKRTFEGVVKMAYEMLKDEKDLAEYMSEKICKDCGGHRLKPESLAVKVAKKSL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH GEILDMSIEDSTAFFADEKNFSYLSEQQKLISKPILKEINERLFFLYDVGLGYLSLGRDA HHHHCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCHHHCCCCC RTISGGEAQRIRIASQIGSGLSGVMYVLDEPSIGLHERDTAKLIKTLRNLQQKGNTLIVV CCCCCCCHHHEEEHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEE EHDKMTIEEADFIVDIGPKAGKFGGEVVFSGTYKELLKSKSETALYMNGKKQISQLQNRT ECCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEEECCHHHHHHCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHH QKEWLELKNVNINNIQDLSVKFPLQNLVAITGVSGSGKSSLILQTLLPFAQEELNRVKKV HHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KKLGGVQIEGLEKLDKVIYLDQSPIGRTPRSNPATYTGAMDEIRNLFAATKEAKMRGYKA HHHCCCEEECHHHHCCEEEECCCCCCCCCCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC GRFSFNVKGGRCEKCSGDGEIKIEMHFLPDVMVVCDTCEGKRYNDATLEIKYKGKNISEI CEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHH LNMSVLEASEFFTAVPKIKQKLDTLVKVGLDYLTLGQNATTLSGGEAQRIKLAKELSRSD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC TGKTLYILDEPTTGLHFEDVNKLILVLQHLVDLKNSVFVIEHNLDVIKNADYIIDMGPEG CCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHCCCCCEEEEECCCC GVKGGKVISTGSVEKVAKEHKKTKSYTGYYLDLELKNARS CCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: DNA [C]
Specific reaction: Protein + DNA = Protein-DNA [C]
General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9923682 [H]