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The map label for this gene is lssY [H]

Identifier: 54294444

GI number: 54294444

Start: 1685062

End: 1687098

Strand: Reverse

Name: lssY [H]

Synonym: lpl1513

Alternate gene names: 54294444

Gene position: 1687098-1685062 (Counterclockwise)

Preceding gene: 54294445

Following gene: 54294443

Centisome position: 50.43

GC content: 34.71

Gene sequence:

>2037_bases
ATGAATTTGTTAGCAGACTATGTGCAACCACTGACTTATTGGCTACAAGCAAACCCACATTGGTCCCTGTTTATTACTTT
CTTAATCGCTTTAAGCGAATCTTTAGCTGTCATTGGGAGTATTATACCTGGCTCTGTTACCATGACTGCAATAGGGATAT
TAGCAGGTTCTGGAATCATGCGTATTGATTTGACATTGCTTGCTGCTACTCTGGGAGCTATTTGTGGAGATAGCCTTAGT
TATTTTTTGGGATATTTCTATAGTGATCGTTTAATTGAGATTTGGCCTTTTAGAAAATACCCGGGCTTATTGAAGTATGG
TAAAGATTTTTTTGCAAGCCATGGCGGTAAAAGCGTATTAATCGGTCGTTTTGTTGGTCCATTGCGTTCTATAATTCCAG
TAATTGCTGGAATAATGCATATGAAACAGTGGAGGTTTCTGATCGCAAATATAGTTTCTGCTATCGGATGGTCTATTTTA
TATGTTATGCCAGGGGTGCTGATTGGCGCGGCAGGACATGAATTATCAGCAGAGGGAGCTACAAGGTTTTTTATCTTGAT
ATTGGTCATTCTTGCTGTTATTTGGTTGAGTAGCCTCGTTCTCAAATGGTTATTTATTAGATTAAATTCTTTTTTGAGAA
GTAACTTGCATCGTTTTTGGTTAGAAATTAAGACAAGCCCCAGATTATCTAAAGTGTATTATGCTATCACCCCTGTTCAG
GAAGAAAATCATTACAATACGGTTGGTTTATTACTTATTGCTCTCGTGATTTTTTTTCTCTTTTTAACGTTAGTTATTTT
TACCATTGAAGGTCAACTGCTAGACTATATTAATGTGCCTCTTCATTTTTTTATGCAAAGCTTTCACAGTTCCTTACTGG
AAGCAGTTTTCATTGTTTGTGCTCAATTAACAAGCAAATCAACCTTAACTGGGTTATTTGTCGCTGCTTGTATATGGTTT
ATTTATCATAAAAATTACCGAGCTACGGTTTATTTAAGCAGCATAACCCTATTGAGTGGTGTTATTGCTTTATTTTTAAC
TAAAATTATTGATAGCCCCAGACCTCAAGGGCTATTGGTTACTTTGCCTGGTTCCTCTTTTCCATCTGTTAGTATTTCCA
TTGCAACTGCATTGTATGGTTTTGTTTTATTTTACATAAATAGTAAGTATTCCTTAGTAACCAGCAGTTTTAAAACAATT
ATTCTAATTGTGCTCGGATTAAGTGGGTTTGCTAATATCTATTTAGGTGATTTTTGGTTTTCTGATATTTTAGCTGCTTA
TCTGTTGGGAGCTGAAGTATGCTTAATTCATTGTTTGGTATATAGAAGGTTTAGTACTTCTGTTATAAAGAATGAACATC
CTTTAATTATGCTCATATCACTGCTTATGGTTATTGTATTTGCGACAGCTGTTTCAACAGTTGTGAATTTTAAAGAGCAG
GTTCATGATCATATGCCCTATCACAAGGAGTTTACTTTAACAGAAAAACAATGGTGGGATCAGCAAAGACCTCTTTTACC
TTTGTACAGGTTAAGCAGAATTGGAAAAAGAATAAGTCTCTTAAACATTCAATACGTAGGTGATCTGGATGCATTGCAAA
ATAAGTTAGAACAATTTGGTTGGGAGCCACAGAGCGATAAAACTTTTTTTACCAGATTGCTGATGCGAATGAATAATGCA
CCATCAAACGTTAAACTGCCTTTACTCACTCAACTATATGAAAATAAAAAGCCAGGCTTGATAATGACGTATCAAGATCA
AAAATCAAAGTTGATTTTTGATTTAACTATTTGGCAATCAAACTATTATTTATCTGAGCCTAAAAGAATTGTGTGGATAG
GCTCCATTCATCAAAATATTTTTAATTTAAAGCAAAAAAAATCCAGGCATAATTTACCACCGGTATTAAATCCATTGTCT
TATGTAATCCCTGCTCTTGATGACTTTACCCTTAGAAGGATTATGCTATCTGATGATTTGGTAAAGACATCGGTTTTCCC
TACTGCCCCCTATATTCTTTTGATAAAAACTAAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATGACACAGATGAGTCATTTCCATCCTAATATTCAGTTAGAAGAAGTAAGCCAACATTTTGTACAGTATTTTTTGACTC
AATTTAAATAATAGGAAATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CAGAGCGTCATTGATTGCAGGAAGCATGTTCTGATTTATTTATATTAGGCCTGGCTAGTAACCCATGTAAATTACTGATA
TAACTATGTATGTTCTTATA

Product: secretion system protein Y

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 678; Mature: 678

Protein sequence:

>678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIRLNSFLRSNLHRFWLEIKTSPRLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLIALVIFFLFLTLVIFTIEGQLLDYINVPLHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLTGLFVAACIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLVTLPGSSFPSVSISIATALYGFVLFYINSKYSLVTSSFKTI
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSVIKNEHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEQ
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNNA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDQKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRIVWIGSIHQNIFNLKQKKSRHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIMLSDDLVKTSVFPTAPYILLIKTK

Sequences:

>Translated_678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIRLNSFLRSNLHRFWLEIKTSPRLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLIALVIFFLFLTLVIFTIEGQLLDYINVPLHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLTGLFVAACIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLVTLPGSSFPSVSISIATALYGFVLFYINSKYSLVTSSFKTI
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSVIKNEHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEQ
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNNA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDQKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRIVWIGSIHQNIFNLKQKKSRHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIMLSDDLVKTSVFPTAPYILLIKTK
>Mature_678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIRLNSFLRSNLHRFWLEIKTSPRLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLIALVIFFLFLTLVIFTIEGQLLDYINVPLHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLTGLFVAACIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLVTLPGSSFPSVSISIATALYGFVLFYINSKYSLVTSSFKTI
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSVIKNEHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEQ
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNNA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDQKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRIVWIGSIHQNIFNLKQKKSRHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIMLSDDLVKTSVFPTAPYILLIKTK

Specific function: Unknown

COG id: COG0586

COG function: function code S; Uncharacterized membrane-associated protein

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the dedA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786252, Length=210, Percent_Identity=32.8571428571429, Blast_Score=102, Evalue=1e-22,
Organism=Escherichia coli, GI1788656, Length=155, Percent_Identity=28.3870967741935, Blast_Score=70, Evalue=4e-13,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR015414 [H]

Pfam domain/function: PF09335 SNARE_assoc [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 76982; Mature: 76982

Theoretical pI: Translated: 9.81; Mature: 9.81

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
2.1 %Met     (Translated Protein)
2.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
2.1 %Met     (Mature Protein)
2.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIM
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCH
RIDLTLLAATLGAICGDSLSYFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHCHHHHHCCCCCEEE
IGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSILYVMPGVLIGAAGHELSAEGA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCH
TRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIRLNSFLRSNLHRFWLEIKTSPRLSKVYYAITPVQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCEEEEEEEECCC
EENHYNTVGLLLIALVIFFLFLTLVIFTIEGQLLDYINVPLHFFMQSFHSSLLEAVFIVC
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQLTSKSTLTGLFVAACIWFIYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLV
HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEE
TLPGSSFPSVSISIATALYGFVLFYINSKYSLVTSSFKTIILIVLGLSGFANIYLGDFWF
EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHH
SDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSVIKNEHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFG
HHHCCCCCCCEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHCC
WEPQSDKTFFTRLLMRMNNAPSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDQKSKLIFDLTIWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC
NYYLSEPKRIVWIGSIHQNIFNLKQKKSRHNLPPVLNPLSYVIPALDDFTLRRIMLSDDL
CCEECCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCHH
VKTSVFPTAPYILLIKTK
HHHCCCCCCCEEEEEECC
>Mature Secondary Structure
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIM
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCH
RIDLTLLAATLGAICGDSLSYFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHCHHHHHCCCCCEEE
IGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSILYVMPGVLIGAAGHELSAEGA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCH
TRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIRLNSFLRSNLHRFWLEIKTSPRLSKVYYAITPVQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCEEEEEEEECCC
EENHYNTVGLLLIALVIFFLFLTLVIFTIEGQLLDYINVPLHFFMQSFHSSLLEAVFIVC
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQLTSKSTLTGLFVAACIWFIYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLV
HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEE
TLPGSSFPSVSISIATALYGFVLFYINSKYSLVTSSFKTIILIVLGLSGFANIYLGDFWF
EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHH
SDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSVIKNEHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFG
HHHCCCCCCCEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHCC
WEPQSDKTFFTRLLMRMNNAPSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDQKSKLIFDLTIWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC
NYYLSEPKRIVWIGSIHQNIFNLKQKKSRHNLPPVLNPLSYVIPALDDFTLRRIMLSDDL
CCEECCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCHH
VKTSVFPTAPYILLIKTK
HHHCCCCCCCEEEEEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 1630901; 9278503 [H]