| Definition | Legionella pneumophila str. Lens, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_006369 |
| Length | 3,345,687 |
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The map label for this gene is sdhB
Identifier: 54293097
GI number: 54293097
Start: 159856
End: 165483
Strand: Reverse
Name: sdhB
Synonym: lpl0135
Alternate gene names: NA
Gene position: 165483-159856 (Counterclockwise)
Preceding gene: 54293098
Following gene: 54293094
Centisome position: 4.95
GC content: 37.97
Gene sequence:
>5628_bases ATGCTACTATTAAGCATAGAGGTGATAAATATGCCAGATCATAACTCATCAGATATTCCGTTATCGAAGCAAATAAATGA AGTCAGGGGGTTGCTTCTTAAGGCCCTTAAAGCGCAATTGGATGATCTGATAGCTGAAAAACTCACTCCACAACCAAGTG GCGTTCCTTTTGTTCATTTTGAGAAGGATCCACCACAAATTGCAACTCTAAAAAAAGTCATTAATTGTCTTTATCATGCT GAGGAAGCATTTAAAAGCTGGGAAAGCATTGATACCAGTACGCTATTGGGTAAAGCCAAAGCAGCACCCAAATTAATCCG TGCACTAACCCAGATATACAAATCCCTGGGTTTACTTGATGAAGCTACCCCTGAAATAAGGAGTGTCATAGCCGACAATT ATCATTTACTTGAACCGCTGTTTACTCAAGCTTATACCATAGTGCAAGAGTCTGGCTGGTTATCAGAATTCATGGAAATG GATGTGACTGATAAAGCCTCCAAAGTGATCTTTCAAGGAATGGATTTACTAGGTCCTGATATAGGCAAATCAGAGGATGC GCATCCACTTATTGACGCTTTTTCAAAAATATCAAAACTGGTAGAAACCGTATCCACACTACAAGAAAAGAGCATGACAG GAAAAGAGAAAGAACGAGCCGTAGAATTGGTTCGTTCTTTACTTGATGACTTGGACAATAATCCTTTTATCAGTAAATTA AGTATCAGTGATTTTGAAGACTCAAAAGCCATAAAGGATTTATTAGAATGGTTTAAGAACATACAAGACGATGGTTTTGA TTTTAGCAAGAAATCTATTCAGCAATATGTTTCCTGGGCTAATCACTATTTACCCACATTAATCACCTTCGCTGATCAAC TGGAACGACAAAACTATTTAAAACCAGGCAGTTTAAGTACCAATTTATGTTCTCAAATAGAGCATTTAGGCAGGCAAGTG 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Upstream 100 bases:
>100_bases TGTCATTTGAGCGCCTGGCATCTTGTTAGTTAAAGCAGTGTTCTTTCATAAACGATAAAAATGATTATTTTAATGGCACT TTAATCAAACTATCACCTCT
Downstream 100 bases:
>100_bases GACTCAATAGGCTATATTGGTAAAAAATGATTCTACACTCTGGACTTACCCCGTGAACAGTGTGTAAACAGTAATGGAAA AATATTCATGTTAAGTGCCT
Product: SdhB protein, substrate of the Dot/Icm system
Products: NA
Alternate protein names: SdhA GRIP Coiled-Coil Protein GCC
Number of amino acids: Translated: 1875; Mature: 1875
Protein sequence:
>1875_residues MLLLSIEVINMPDHNSSDIPLSKQINEVRGLLLKALKAQLDDLIAEKLTPQPSGVPFVHFEKDPPQIATLKKVINCLYHA EEAFKSWESIDTSTLLGKAKAAPKLIRALTQIYKSLGLLDEATPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYTIVQESGWLSEFMEM DVTDKASKVIFQGMDLLGPDIGKSEDAHPLIDAFSKISKLVETVSTLQEKSMTGKEKERAVELVRSLLDDLDNNPFISKL SISDFEDSKAIKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIQQYVSWANHYLPTLITFADQLERQNYLKPGSLSTNLCSQIEHLGRQV NGILSEPNFGITERVVSIESLQGKREQEIHNAQVNSVRAIMATEKQQAATADFYRILEAYKGMNLSQVTEPDRILLRQLY PQIQTALAHASLDLENLLTSVLNTTGPEKTAPKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESIDHFLSSQIASEQF KILIAEKAREKLRTGSDKLEETALQYKAEVRVNAIKSTLRKQPSPIEAPPSRFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTV KSTRTNVDTLIHRHLPEKYQACFSTLPYQVNEKEPELVKQIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASA ASKLKSSVKELSSEGQKALAPLLQQIMTLGSSFSDTNYTANDLSALQQLKTEGQAKPRGPLETSPEKTKTLPEETVKGNE KKPKEKTTELLDYADKISTARTLLLSKFKSTLSPAIADSLNPQEHGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWH GIDTSTTLGKIAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVKEYGWASQFSELNVAQKLGS ILGQGINTVQPKTDEITQTASLVKLFSEIPWLLNNMSSSLDQNAEKSVDELRINSKKIEAIGAVFELFFEENAYLLSIFK GFSAISGLLELNKKIQREGNNLQEVTIRQYQKWLKEGYPNLMMMLDEIETRHYLTPGLLSAPIALELDQINDKLNEIIET KPDFKLQKIPLSFYMGDKRMERLMAKKTEHGLALIQIEEQKKAVNTFFGILKHYAGQPLSNIKPNELVQLRFAFVKIQSA MANSNLELSNDLVAALNQLETSPPEEINKIKVTVSQLIKLQPAVENHLNEHKKSCELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSDV SKEINMPQLRRTFLEIEGKKPAIGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKLSSTVGMIREQFSALTGDNFSTRVQKYLIK PQGKPLHVINDKDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALVEIANHAYELKMAVERFSPELKQHYGP VVRAALSFSNKVQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGIREVQIDRTESAGKKAAKLGVKYAH LASPQLEKARAYLSSRYRNAFGQQPKLIRSLTREQLANEEFMSAEISRLKEALEEKYGFNLSTIKVILDLLEQIQRAGAQ AAEVAGMVNTLVTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTY INILVRQTESDLQTLKTKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLVFLRQQMALLEDKNPNQTRNVLLDMQFEVSLRNHLVYTTLK APIAQEYEQIAREYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINR ELQNRDIPIEQRAIKVKSLPNDSVFIEKLSSADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLIYIYRQKQMEQSIKNIE KSISLKEELNTIKNTDGSSLRKGEGKEGEIEFTKM
Sequences:
>Translated_1875_residues MLLLSIEVINMPDHNSSDIPLSKQINEVRGLLLKALKAQLDDLIAEKLTPQPSGVPFVHFEKDPPQIATLKKVINCLYHA EEAFKSWESIDTSTLLGKAKAAPKLIRALTQIYKSLGLLDEATPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYTIVQESGWLSEFMEM DVTDKASKVIFQGMDLLGPDIGKSEDAHPLIDAFSKISKLVETVSTLQEKSMTGKEKERAVELVRSLLDDLDNNPFISKL SISDFEDSKAIKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIQQYVSWANHYLPTLITFADQLERQNYLKPGSLSTNLCSQIEHLGRQV NGILSEPNFGITERVVSIESLQGKREQEIHNAQVNSVRAIMATEKQQAATADFYRILEAYKGMNLSQVTEPDRILLRQLY PQIQTALAHASLDLENLLTSVLNTTGPEKTAPKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESIDHFLSSQIASEQF KILIAEKAREKLRTGSDKLEETALQYKAEVRVNAIKSTLRKQPSPIEAPPSRFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTV KSTRTNVDTLIHRHLPEKYQACFSTLPYQVNEKEPELVKQIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASA ASKLKSSVKELSSEGQKALAPLLQQIMTLGSSFSDTNYTANDLSALQQLKTEGQAKPRGPLETSPEKTKTLPEETVKGNE KKPKEKTTELLDYADKISTARTLLLSKFKSTLSPAIADSLNPQEHGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWH GIDTSTTLGKIAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVKEYGWASQFSELNVAQKLGS ILGQGINTVQPKTDEITQTASLVKLFSEIPWLLNNMSSSLDQNAEKSVDELRINSKKIEAIGAVFELFFEENAYLLSIFK GFSAISGLLELNKKIQREGNNLQEVTIRQYQKWLKEGYPNLMMMLDEIETRHYLTPGLLSAPIALELDQINDKLNEIIET KPDFKLQKIPLSFYMGDKRMERLMAKKTEHGLALIQIEEQKKAVNTFFGILKHYAGQPLSNIKPNELVQLRFAFVKIQSA MANSNLELSNDLVAALNQLETSPPEEINKIKVTVSQLIKLQPAVENHLNEHKKSCELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSDV SKEINMPQLRRTFLEIEGKKPAIGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKLSSTVGMIREQFSALTGDNFSTRVQKYLIK PQGKPLHVINDKDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALVEIANHAYELKMAVERFSPELKQHYGP VVRAALSFSNKVQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGIREVQIDRTESAGKKAAKLGVKYAH LASPQLEKARAYLSSRYRNAFGQQPKLIRSLTREQLANEEFMSAEISRLKEALEEKYGFNLSTIKVILDLLEQIQRAGAQ AAEVAGMVNTLVTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTY INILVRQTESDLQTLKTKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLVFLRQQMALLEDKNPNQTRNVLLDMQFEVSLRNHLVYTTLK APIAQEYEQIAREYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINR ELQNRDIPIEQRAIKVKSLPNDSVFIEKLSSADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLIYIYRQKQMEQSIKNIE KSISLKEELNTIKNTDGSSLRKGEGKEGEIEFTKM >Mature_1875_residues MLLLSIEVINMPDHNSSDIPLSKQINEVRGLLLKALKAQLDDLIAEKLTPQPSGVPFVHFEKDPPQIATLKKVINCLYHA EEAFKSWESIDTSTLLGKAKAAPKLIRALTQIYKSLGLLDEATPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYTIVQESGWLSEFMEM DVTDKASKVIFQGMDLLGPDIGKSEDAHPLIDAFSKISKLVETVSTLQEKSMTGKEKERAVELVRSLLDDLDNNPFISKL SISDFEDSKAIKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIQQYVSWANHYLPTLITFADQLERQNYLKPGSLSTNLCSQIEHLGRQV NGILSEPNFGITERVVSIESLQGKREQEIHNAQVNSVRAIMATEKQQAATADFYRILEAYKGMNLSQVTEPDRILLRQLY PQIQTALAHASLDLENLLTSVLNTTGPEKTAPKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESIDHFLSSQIASEQF KILIAEKAREKLRTGSDKLEETALQYKAEVRVNAIKSTLRKQPSPIEAPPSRFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTV KSTRTNVDTLIHRHLPEKYQACFSTLPYQVNEKEPELVKQIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASA ASKLKSSVKELSSEGQKALAPLLQQIMTLGSSFSDTNYTANDLSALQQLKTEGQAKPRGPLETSPEKTKTLPEETVKGNE KKPKEKTTELLDYADKISTARTLLLSKFKSTLSPAIADSLNPQEHGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWH GIDTSTTLGKIAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVKEYGWASQFSELNVAQKLGS ILGQGINTVQPKTDEITQTASLVKLFSEIPWLLNNMSSSLDQNAEKSVDELRINSKKIEAIGAVFELFFEENAYLLSIFK GFSAISGLLELNKKIQREGNNLQEVTIRQYQKWLKEGYPNLMMMLDEIETRHYLTPGLLSAPIALELDQINDKLNEIIET KPDFKLQKIPLSFYMGDKRMERLMAKKTEHGLALIQIEEQKKAVNTFFGILKHYAGQPLSNIKPNELVQLRFAFVKIQSA MANSNLELSNDLVAALNQLETSPPEEINKIKVTVSQLIKLQPAVENHLNEHKKSCELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSDV SKEINMPQLRRTFLEIEGKKPAIGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKLSSTVGMIREQFSALTGDNFSTRVQKYLIK PQGKPLHVINDKDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALVEIANHAYELKMAVERFSPELKQHYGP VVRAALSFSNKVQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGIREVQIDRTESAGKKAAKLGVKYAH LASPQLEKARAYLSSRYRNAFGQQPKLIRSLTREQLANEEFMSAEISRLKEALEEKYGFNLSTIKVILDLLEQIQRAGAQ AAEVAGMVNTLVTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTY INILVRQTESDLQTLKTKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLVFLRQQMALLEDKNPNQTRNVLLDMQFEVSLRNHLVYTTLK APIAQEYEQIAREYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINR ELQNRDIPIEQRAIKVKSLPNDSVFIEKLSSADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLIYIYRQKQMEQSIKNIE KSISLKEELNTIKNTDGSSLRKGEGKEGEIEFTKM
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 212253; Mature: 212253
Theoretical pI: Translated: 7.58; Mature: 7.58
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.8 %Met (Translated Protein) 2.1 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.8 %Met (Mature Protein) 2.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLLLSIEVINMPDHNSSDIPLSKQINEVRGLLLKALKAQLDDLIAEKLTPQPSGVPFVHF CEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEE EKDPPQIATLKKVINCLYHAEEAFKSWESIDTSTLLGKAKAAPKLIRALTQIYKSLGLLD CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC EATPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYTIVQESGWLSEFMEMDVTDKASKVIFQGMDLLGPD CCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC IGKSEDAHPLIDAFSKISKLVETVSTLQEKSMTGKEKERAVELVRSLLDDLDNNPFISKL CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEC SISDFEDSKAIKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIQQYVSWANHYLPTLITFADQLERQNYL CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC KPGSLSTNLCSQIEHLGRQVNGILSEPNFGITERVVSIESLQGKREQEIHNAQVNSVRAI CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH MATEKQQAATADFYRILEAYKGMNLSQVTEPDRILLRQLYPQIQTALAHASLDLENLLTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH VLNTTGPEKTAPKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESIDHFLSSQIASEQF HHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH KILIAEKAREKLRTGSDKLEETALQYKAEVRVNAIKSTLRKQPSPIEAPPSRFVAVKPSK HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEECCHH LVNLRGTLTAIQEMQLSTTVKSTRTNVDTLIHRHLPEKYQACFSTLPYQVNEKEPELVKQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHH IKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASAASKLKSSVKELSSEGQKALA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH PLLQQIMTLGSSFSDTNYTANDLSALQQLKTEGQAKPRGPLETSPEKTKTLPEETVKGNE HHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCHHHHCCCC KKPKEKTTELLDYADKISTARTLLLSKFKSTLSPAIADSLNPQEHGVPFVHLDQDPPQIA CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHCCCCHHCCCCEEEECCCCHHHH AIKKIINSMYHAECALKTWHGIDTSTTLGKIAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LIRENHDLIAPVIIEANKLVKEYGWASQFSELNVAQKLGSILGQGINTVQPKTDEITQTA HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHH SLVKLFSEIPWLLNNMSSSLDQNAEKSVDELRINSKKIEAIGAVFELFFEENAYLLSIFK 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