Definition Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25, complete genome.
Accession NC_005861
Length 2,414,465

Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 46445741

Identifier: 46445741

GI number: 46445741

Start: 172510

End: 174561

Strand: Reverse

Name: 46445741

Synonym: pc0107

Alternate gene names: NA

Gene position: 174561-172510 (Counterclockwise)

Preceding gene: 46445742

Following gene: 46445739

Centisome position: 7.23

GC content: 34.41

Gene sequence:

>2052_bases
ATGTCTAGTCCTCATATTCAACCTGTGCCCCCGTCAAGTTCTAATCCTGCATCAACTTTAGATCCGAAAAGAACTTTGCC
AAAAAAACCTACTGCTCCTTCAACAAAAAAAAGTGGTGGTATTTTTAATCCATTCGGCTTCAGTAAACCTTCTAGTAGCT
CCAGTTCGACAACAAAAAAAGCAGAATCGATTTTTACAAATGTTAATCCAATAACTCAATCGAGTAAAGCCAGTGCTCAA
AAACCTCTGGCAAATAGGCGTTCTTCTATTTCTTCAACCAAAACTGAATCAGGACCTTCTGATTTTATAGACAGAAAAGT
AAAGAGAGCTTCTTCAAAACAATTACCACTGACTCAAGAAACGCAAAGTTCTGAAGTTGTTTCCTTAGAATCTGTTCAAT
CAGAACTCCACAACTTCGCAAAAAACTTTACCTCCACCTTATCGCTAATCAGACAAGAATTACAACAAGAAGTGGATGAG
TTACCAGAAGAATTTAAAAATCGCATAAACTTTGCTACTGGCTTTGCGCTTGCGGATTCAGATAATGGCTTAGATGAAAG
TAAGCTGGCCCAAAAGGTTTGGAAGCGTCTTGATAGCCAGTGGAAACAGCTTGCCAGTCACGTTAATACTTCTCAAAATT
CCGCTAAAAGTCGACGGCTAAGTTTCAGCCCTGATGATGAAAGCATTAAAAAGTTAACAGAAAGCGTTTCAAGGGGAATT
CCTTCAAGATCAGATGTTGCAAAAAACTTAGAAAGTATAAAAGATGAAACGCAGCATGGAAATTATATTTGCAATGTTTA
TTACAAGCCTTTGTGTATTGATGATCTTTCTGAAAATAGTGAGATAAACGAAGTAAATCCTGGCTATTTAACCTCTGCAA
AATGCCCCACAATTACTCTATTTACCTACATGCAGCATTTACAACTAGTAGCTCAACACTTTTCTAATTTGAGTAACATA
CCACCAAAACCTTCTTTTAATGATAAAAATCTGAAGGACTTAATCACAAAATTTATAGAAAGTTTAAACAATAAATTCAA
AAAAACACCTCGTGACATTGTCCGTTTTTGTCAACAATTGGGAAGAAGTGTTCATCTTTATGTTGAAAAACTAGAAAATA
CCCTTTATATCACTTATAAAGAACCTGTTAATAAAGCTGGGGCTGATTATCAGCAAATTGCAAATCGTATTCTTGAAACT
ATCACTAGTAATGATAAAGGAAGCTGGGATGCAGATATGCGAAGAATTTTATGCAGCTATGGATTGCATATCAAAGGACT
TGCTCTACCTCCAGGATTAAATTGGGAAAAAGAATTACAAGAACACTATTTTTATTCAGATAAGCTAAATCTTCCCGATG
AATTTAAAACATGGCTTAAGCAGCAATTTAATGAGAAAAACTGGGACTTCAGTGATGTCGAGAAAACATTAAGCAATCTT
AAGAGCGTTCATCACAAAGTCTCTAACAGGTTAAAGAAAAGTTTGAAAACTTTCTTAACGTTATTAATGCAAGGAGTAAA
ATTAAATCTTCAACAACAAGAATGTATAGAGCTTTTATCTATCATGGGATCTGTAGAAAAAGAAAAAGTTAGCATTTCCA
CTATCTTTACAAGATTTAATGAAGTATTTAGCAAAATCTCAGAAAGCCAGAATAGTGAAATTAAAAAACTTCTCCCTTTT
TTACAAATTTTAAGACAAGATATGCTCATTTCTATTCATAGAGAAACTGAGAATGCCTGGCGTTTCATTCGGGGTATAGA
ATCTAAACTCATTACAGACTTACCAGAATCGAATAAAAAGGTAAATATTAAATGGGACGATTTTGGAAGTAAAATATGCA
TTTCTCGTGACGCACAGTTAGAAGGGCATCCAGAATGTATCTTAAAATCTAGCATCACTATTTCATCAACGGAAGAAGGA
GCTTGGATTGTTCTACCTAATTTAGAAATTACTTCTCCAAAAATCTCTGATATTAGCTTTAAAGAAAGATACATGGAATT
AATTGTGACATTAAAAGCCATGGGTCTTCCGTATAGCGAAATCATTGCATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAAAAATAAATATGCTTTGCAACTGTAAATCTAAATATATTAAAGTTTTATTTTAAAAATTCAATTATTAAGCTTAATTT
TAAATAAAGTATAGGTAAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
CCCTCACCTTATCGATGCTGAAGTTCCTTCAGCATCGATTGTGCGCTGCATAATCGTAGCGCACACGATCTAAGAGCTCT
TGATCAATTGGACAAGGCTC

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 683; Mature: 682

Protein sequence:

>683_residues
MSSPHIQPVPPSSSNPASTLDPKRTLPKKPTAPSTKKSGGIFNPFGFSKPSSSSSSTTKKAESIFTNVNPITQSSKASAQ
KPLANRRSSISSTKTESGPSDFIDRKVKRASSKQLPLTQETQSSEVVSLESVQSELHNFAKNFTSTLSLIRQELQQEVDE
LPEEFKNRINFATGFALADSDNGLDESKLAQKVWKRLDSQWKQLASHVNTSQNSAKSRRLSFSPDDESIKKLTESVSRGI
PSRSDVAKNLESIKDETQHGNYICNVYYKPLCIDDLSENSEINEVNPGYLTSAKCPTITLFTYMQHLQLVAQHFSNLSNI
PPKPSFNDKNLKDLITKFIESLNNKFKKTPRDIVRFCQQLGRSVHLYVEKLENTLYITYKEPVNKAGADYQQIANRILET
ITSNDKGSWDADMRRILCSYGLHIKGLALPPGLNWEKELQEHYFYSDKLNLPDEFKTWLKQQFNEKNWDFSDVEKTLSNL
KSVHHKVSNRLKKSLKTFLTLLMQGVKLNLQQQECIELLSIMGSVEKEKVSISTIFTRFNEVFSKISESQNSEIKKLLPF
LQILRQDMLISIHRETENAWRFIRGIESKLITDLPESNKKVNIKWDDFGSKICISRDAQLEGHPECILKSSITISSTEEG
AWIVLPNLEITSPKISDISFKERYMELIVTLKAMGLPYSEIIA

Sequences:

>Translated_683_residues
MSSPHIQPVPPSSSNPASTLDPKRTLPKKPTAPSTKKSGGIFNPFGFSKPSSSSSSTTKKAESIFTNVNPITQSSKASAQ
KPLANRRSSISSTKTESGPSDFIDRKVKRASSKQLPLTQETQSSEVVSLESVQSELHNFAKNFTSTLSLIRQELQQEVDE
LPEEFKNRINFATGFALADSDNGLDESKLAQKVWKRLDSQWKQLASHVNTSQNSAKSRRLSFSPDDESIKKLTESVSRGI
PSRSDVAKNLESIKDETQHGNYICNVYYKPLCIDDLSENSEINEVNPGYLTSAKCPTITLFTYMQHLQLVAQHFSNLSNI
PPKPSFNDKNLKDLITKFIESLNNKFKKTPRDIVRFCQQLGRSVHLYVEKLENTLYITYKEPVNKAGADYQQIANRILET
ITSNDKGSWDADMRRILCSYGLHIKGLALPPGLNWEKELQEHYFYSDKLNLPDEFKTWLKQQFNEKNWDFSDVEKTLSNL
KSVHHKVSNRLKKSLKTFLTLLMQGVKLNLQQQECIELLSIMGSVEKEKVSISTIFTRFNEVFSKISESQNSEIKKLLPF
LQILRQDMLISIHRETENAWRFIRGIESKLITDLPESNKKVNIKWDDFGSKICISRDAQLEGHPECILKSSITISSTEEG
AWIVLPNLEITSPKISDISFKERYMELIVTLKAMGLPYSEIIA
>Mature_682_residues
SSPHIQPVPPSSSNPASTLDPKRTLPKKPTAPSTKKSGGIFNPFGFSKPSSSSSSTTKKAESIFTNVNPITQSSKASAQK
PLANRRSSISSTKTESGPSDFIDRKVKRASSKQLPLTQETQSSEVVSLESVQSELHNFAKNFTSTLSLIRQELQQEVDEL
PEEFKNRINFATGFALADSDNGLDESKLAQKVWKRLDSQWKQLASHVNTSQNSAKSRRLSFSPDDESIKKLTESVSRGIP
SRSDVAKNLESIKDETQHGNYICNVYYKPLCIDDLSENSEINEVNPGYLTSAKCPTITLFTYMQHLQLVAQHFSNLSNIP
PKPSFNDKNLKDLITKFIESLNNKFKKTPRDIVRFCQQLGRSVHLYVEKLENTLYITYKEPVNKAGADYQQIANRILETI
TSNDKGSWDADMRRILCSYGLHIKGLALPPGLNWEKELQEHYFYSDKLNLPDEFKTWLKQQFNEKNWDFSDVEKTLSNLK
SVHHKVSNRLKKSLKTFLTLLMQGVKLNLQQQECIELLSIMGSVEKEKVSISTIFTRFNEVFSKISESQNSEIKKLLPFL
QILRQDMLISIHRETENAWRFIRGIESKLITDLPESNKKVNIKWDDFGSKICISRDAQLEGHPECILKSSITISSTEEGA
WIVLPNLEITSPKISDISFKERYMELIVTLKAMGLPYSEIIA

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 77420; Mature: 77288

Theoretical pI: Translated: 9.24; Mature: 9.24

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.2 %Cys     (Translated Protein)
1.2 %Met     (Translated Protein)
2.3 %Cys+Met (Translated Protein)
1.2 %Cys     (Mature Protein)
1.0 %Met     (Mature Protein)
2.2 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSSPHIQPVPPSSSNPASTLDPKRTLPKKPTAPSTKKSGGIFNPFGFSKPSSSSSSTTKK
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHH
AESIFTNVNPITQSSKASAQKPLANRRSSISSTKTESGPSDFIDRKVKRASSKQLPLTQE
HHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
TQSSEVVSLESVQSELHNFAKNFTSTLSLIRQELQQEVDELPEEFKNRINFATGFALADS
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEECC
DNGLDESKLAQKVWKRLDSQWKQLASHVNTSQNSAKSRRLSFSPDDESIKKLTESVSRGI
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC
PSRSDVAKNLESIKDETQHGNYICNVYYKPLCIDDLSENSEINEVNPGYLTSAKCPTITL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCEECCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCHHHH
FTYMQHLQLVAQHFSNLSNIPPKPSFNDKNLKDLITKFIESLNNKFKKTPRDIVRFCQQL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH
GRSVHLYVEKLENTLYITYKEPVNKAGADYQQIANRILETITSNDKGSWDADMRRILCSY
CCHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHC
GLHIKGLALPPGLNWEKELQEHYFYSDKLNLPDEFKTWLKQQFNEKNWDFSDVEKTLSNL
CCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH
KSVHHKVSNRLKKSLKTFLTLLMQGVKLNLQQQECIELLSIMGSVEKEKVSISTIFTRFN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
EVFSKISESQNSEIKKLLPFLQILRQDMLISIHRETENAWRFIRGIESKLITDLPESNKK
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCE
VNIKWDDFGSKICISRDAQLEGHPECILKSSITISSTEEGAWIVLPNLEITSPKISDISF
EEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHEECCEEEECCCCCCEEEECCCEECCCCCCCCHH
KERYMELIVTLKAMGLPYSEIIA
HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
SSPHIQPVPPSSSNPASTLDPKRTLPKKPTAPSTKKSGGIFNPFGFSKPSSSSSSTTKK
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHH
AESIFTNVNPITQSSKASAQKPLANRRSSISSTKTESGPSDFIDRKVKRASSKQLPLTQE
HHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
TQSSEVVSLESVQSELHNFAKNFTSTLSLIRQELQQEVDELPEEFKNRINFATGFALADS
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEECC
DNGLDESKLAQKVWKRLDSQWKQLASHVNTSQNSAKSRRLSFSPDDESIKKLTESVSRGI
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC
PSRSDVAKNLESIKDETQHGNYICNVYYKPLCIDDLSENSEINEVNPGYLTSAKCPTITL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCEECCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCHHHH
FTYMQHLQLVAQHFSNLSNIPPKPSFNDKNLKDLITKFIESLNNKFKKTPRDIVRFCQQL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH
GRSVHLYVEKLENTLYITYKEPVNKAGADYQQIANRILETITSNDKGSWDADMRRILCSY
CCHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHC
GLHIKGLALPPGLNWEKELQEHYFYSDKLNLPDEFKTWLKQQFNEKNWDFSDVEKTLSNL
CCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH
KSVHHKVSNRLKKSLKTFLTLLMQGVKLNLQQQECIELLSIMGSVEKEKVSISTIFTRFN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
EVFSKISESQNSEIKKLLPFLQILRQDMLISIHRETENAWRFIRGIESKLITDLPESNKK
HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCE
VNIKWDDFGSKICISRDAQLEGHPECILKSSITISSTEEGAWIVLPNLEITSPKISDISF
EEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHEECCEEEECCCCCCEEEECCCEECCCCCCCCHH
KERYMELIVTLKAMGLPYSEIIA
HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA