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The map label for this gene is ygcB [C]

Identifier: 28210839

GI number: 28210839

Start: 1212976

End: 1215306

Strand: Direct

Name: ygcB [C]

Synonym: CTC01146

Alternate gene names: 28210839

Gene position: 1212976-1215306 (Clockwise)

Preceding gene: 28210838

Following gene: 28210840

Centisome position: 43.33

GC content: 25.1

Gene sequence:

>2331_bases
ATGAAAGGCAGTAGGAATTTTTCCTGCTGCTTTATAGTTAGGAGAAGGATTATGGAAAATAAATTAAACATATTAGATGA
TGATATATTAAAGCTAATTGAAGAGAAAAAAGCAAAGCCAGATAAAACAATAAAAGAGCATACATTAGAATTAATAGAGG
TTTTAAATCTATTACGTGAGCTTGGCTATATAAAAAATGATAAGATATATAATTTAGTAGAAAAAGCGTGTATATATCAT
GATTTAGGTAAATTAAATAAAGAGTTTCAAAAAAGAGTTAATGGTAAAAATGTGAAATTTAATGAAACTAAAGAGGTAGT
ACACAATATATTATCTTTATATTTTATAAATAGTAAGAATTTTGAAAGTAAAGAAAATTACTTAAAGGTAGCTCATAGTG
TACTAAATCATCATAATTATTGTAATAACTTTGATGAAATAAGTGAAAAAGAAGAGTTAATAAAAAGTTTAATAGAAGGA
TTTAAAACTTATAAAGTAAAGAGGTCTACAATATCAAAATTAAAATCAATAGTAAGTGATATAGATAGCATAAAAGTAAA
GGGATACTTACATAAATGCGATTATAGTGCAAGTTCAGGAAATAAAGCTGAATATCCCAATAATTTTTTAGAAAATGGAT
TAAATAATCTTTTAATAAAGTGGAAAAAGGGTACTAAAGAAGCAACATGGAATGAACTTCAAAATTTCTGTATAGAAAAT
AAAGATGAAAATATAATAGCAATAGCACAAACAGGCATGGGTAAGACTGAAGCGGGGTTACTATGGATAGGAAATACAAA
AGGTTTTTTTGTACTCCCTATAAGAACAGCTATAAATGCAATATACGATAGAGTGAGAAAAGACATATTAAATAATAAAG
GTATAGATGAAAAAATAGCAATACTTCATTCAAGCTCTTTAGAGTATTATATAAGAAACATTACAGGTGATACTAATGAA
AAAGAAGAAATTGACTTAATGAATTATCATAAGATAGGAAAACAATTATCTATTCCAATAAATATATCAACAATGGATCA
AATATTTGATTTTGTATATAAATACCCAGGATATGAACTAAAATTAACTACATTATCCTATTCAAAGATAGTAATAGATG
AAATACAAGCTTATGGACCGGATTTATTAGCATATCTGATATGTGGATTAGAAAAGATAGCAGAATTGGGGGGAAGAATA
GCAATACTTACAGCAACATTGCCACCATTTATAAAAGATTTATTACAAAAAAACATAAAATTTATAGAAAACTCCACTGC
ATTTACTAATGATATGAAAAGGCATAATTTAAAGATAATAGATGAGAGAATAAACTCAGAAGATATTTACAATAAATATG
TAGAAAATAAAAAATTAAATAAAAATAATAAAATATTAGTGGTATGTAACACAATAAAGGAAGCGCAAAAGCTTTATGAA
GAATTAAAGATATTAATCAATAATGAAGAGTTGCATATATTACACAGTAAATTTATAAGAAAAGATAGGCTTAAAAAAGA
AAGTGAGATTATAGAGTTTGGAAAAACCTATGATGAAAACAAAAATATAGATAAGAAAAATGGAATTTGGATATCAACGT
CAATAGTAGAGGCTAGCTTAGACATAGACTTTGATTGTCTTTTTACAGAGCTGCAAGACTTAAATTCATTATTTCAAAGA
TTAGGTAGATGCAATAGAAAAGGAAAGAAAGACAGCAGTAATTACAATTGTTATATATATACAGAAATAGATACTGCCAA
TTTAATTAATGGAGATAAAGGCTTTATTGACAAAAGGTTATTTGATTTATCAAAAAAAGCAATAATATCATGTGATGGAC
AAATATCGGAGAGGGATAAAATAAATTTAATAGATTCATACCTTACAACAGAAAATCTAAAAGGTAGTGACTATATGAGA
AAATATAAGGAGATATATAATTTCATAAAGGATATACCTTCATATGAATTTGATTTAAATCAAATAGATTTAAGAAATAT
TCTTTCAGAAGAAATAATACCAAGTCCTGTATATGAAGAATTTTTAGAAGAAATAAAAGAAATTGAATGTAAATTAGCAA
ATGAAAATATTAGTTATTATGAAAAGATAATATTAAAAGATGAGATAAGAAAATATACAGTATCCGTTCATCCAAATGAT
ATTAGAAACTATGACAGAGCAAAGCAGAAAGGAGCAGCTATAAATTATAATAAAATTTTATTAAGTAAGTATAAAAATGA
GTACATTAAGGTTATTGAATGTAAATATGATGAAGCTGGATATAAAAGAATTAAATATGGTGAAACAACAAGAAGTTCAA
ATATATGGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AGAAAGTTATATACGGATCACAATATTTTATAGAAGAAACTAGTGAAAATATATTTATAGATAATGAAGAAAACAAAGAA
TATATTGTTAACTTTATATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TAGATTAGAATTAAGTGGGGGTGAAAAAGTGAAAAAGGAAATTACAGGGGTAATGATTTATTACTATAAGGTTTGCAAAA
GAAAGTTGTGGTATTTTTAT

Product: ATP-dependent RNA helicase

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 776; Mature: 776

Protein sequence:

>776_residues
MKGSRNFSCCFIVRRRIMENKLNILDDDILKLIEEKKAKPDKTIKEHTLELIEVLNLLRELGYIKNDKIYNLVEKACIYH
DLGKLNKEFQKRVNGKNVKFNETKEVVHNILSLYFINSKNFESKENYLKVAHSVLNHHNYCNNFDEISEKEELIKSLIEG
FKTYKVKRSTISKLKSIVSDIDSIKVKGYLHKCDYSASSGNKAEYPNNFLENGLNNLLIKWKKGTKEATWNELQNFCIEN
KDENIIAIAQTGMGKTEAGLLWIGNTKGFFVLPIRTAINAIYDRVRKDILNNKGIDEKIAILHSSSLEYYIRNITGDTNE
KEEIDLMNYHKIGKQLSIPINISTMDQIFDFVYKYPGYELKLTTLSYSKIVIDEIQAYGPDLLAYLICGLEKIAELGGRI
AILTATLPPFIKDLLQKNIKFIENSTAFTNDMKRHNLKIIDERINSEDIYNKYVENKKLNKNNKILVVCNTIKEAQKLYE
ELKILINNEELHILHSKFIRKDRLKKESEIIEFGKTYDENKNIDKKNGIWISTSIVEASLDIDFDCLFTELQDLNSLFQR
LGRCNRKGKKDSSNYNCYIYTEIDTANLINGDKGFIDKRLFDLSKKAIISCDGQISERDKINLIDSYLTTENLKGSDYMR
KYKEIYNFIKDIPSYEFDLNQIDLRNILSEEIIPSPVYEEFLEEIKEIECKLANENISYYEKIILKDEIRKYTVSVHPND
IRNYDRAKQKGAAINYNKILLSKYKNEYIKVIECKYDEAGYKRIKYGETTRSSNIW

Sequences:

>Translated_776_residues
MKGSRNFSCCFIVRRRIMENKLNILDDDILKLIEEKKAKPDKTIKEHTLELIEVLNLLRELGYIKNDKIYNLVEKACIYH
DLGKLNKEFQKRVNGKNVKFNETKEVVHNILSLYFINSKNFESKENYLKVAHSVLNHHNYCNNFDEISEKEELIKSLIEG
FKTYKVKRSTISKLKSIVSDIDSIKVKGYLHKCDYSASSGNKAEYPNNFLENGLNNLLIKWKKGTKEATWNELQNFCIEN
KDENIIAIAQTGMGKTEAGLLWIGNTKGFFVLPIRTAINAIYDRVRKDILNNKGIDEKIAILHSSSLEYYIRNITGDTNE
KEEIDLMNYHKIGKQLSIPINISTMDQIFDFVYKYPGYELKLTTLSYSKIVIDEIQAYGPDLLAYLICGLEKIAELGGRI
AILTATLPPFIKDLLQKNIKFIENSTAFTNDMKRHNLKIIDERINSEDIYNKYVENKKLNKNNKILVVCNTIKEAQKLYE
ELKILINNEELHILHSKFIRKDRLKKESEIIEFGKTYDENKNIDKKNGIWISTSIVEASLDIDFDCLFTELQDLNSLFQR
LGRCNRKGKKDSSNYNCYIYTEIDTANLINGDKGFIDKRLFDLSKKAIISCDGQISERDKINLIDSYLTTENLKGSDYMR
KYKEIYNFIKDIPSYEFDLNQIDLRNILSEEIIPSPVYEEFLEEIKEIECKLANENISYYEKIILKDEIRKYTVSVHPND
IRNYDRAKQKGAAINYNKILLSKYKNEYIKVIECKYDEAGYKRIKYGETTRSSNIW
>Mature_776_residues
MKGSRNFSCCFIVRRRIMENKLNILDDDILKLIEEKKAKPDKTIKEHTLELIEVLNLLRELGYIKNDKIYNLVEKACIYH
DLGKLNKEFQKRVNGKNVKFNETKEVVHNILSLYFINSKNFESKENYLKVAHSVLNHHNYCNNFDEISEKEELIKSLIEG
FKTYKVKRSTISKLKSIVSDIDSIKVKGYLHKCDYSASSGNKAEYPNNFLENGLNNLLIKWKKGTKEATWNELQNFCIEN
KDENIIAIAQTGMGKTEAGLLWIGNTKGFFVLPIRTAINAIYDRVRKDILNNKGIDEKIAILHSSSLEYYIRNITGDTNE
KEEIDLMNYHKIGKQLSIPINISTMDQIFDFVYKYPGYELKLTTLSYSKIVIDEIQAYGPDLLAYLICGLEKIAELGGRI
AILTATLPPFIKDLLQKNIKFIENSTAFTNDMKRHNLKIIDERINSEDIYNKYVENKKLNKNNKILVVCNTIKEAQKLYE
ELKILINNEELHILHSKFIRKDRLKKESEIIEFGKTYDENKNIDKKNGIWISTSIVEASLDIDFDCLFTELQDLNSLFQR
LGRCNRKGKKDSSNYNCYIYTEIDTANLINGDKGFIDKRLFDLSKKAIISCDGQISERDKINLIDSYLTTENLKGSDYMR
KYKEIYNFIKDIPSYEFDLNQIDLRNILSEEIIPSPVYEEFLEEIKEIECKLANENISYYEKIILKDEIRKYTVSVHPND
IRNYDRAKQKGAAINYNKILLSKYKNEYIKVIECKYDEAGYKRIKYGETTRSSNIW

Specific function: Unknown

COG id: COG1203

COG function: function code R; Predicted helicases

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 helicase C-terminal domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1789119, Length=366, Percent_Identity=26.5027322404372, Blast_Score=98, Evalue=2e-21,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR011545
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR006474
- InterPro:   IPR014021 [H]

Pfam domain/function: PF00270 DEAD [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 90557; Mature: 90557

Theoretical pI: Translated: 8.34; Mature: 8.34

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.8 %Cys     (Translated Protein)
0.9 %Met     (Translated Protein)
2.7 %Cys+Met (Translated Protein)
1.8 %Cys     (Mature Protein)
0.9 %Met     (Mature Protein)
2.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKGSRNFSCCFIVRRRIMENKLNILDDDILKLIEEKKAKPDKTIKEHTLELIEVLNLLRE
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LGYIKNDKIYNLVEKACIYHDLGKLNKEFQKRVNGKNVKFNETKEVVHNILSLYFINSKN
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCC
FESKENYLKVAHSVLNHHNYCNNFDEISEKEELIKSLIEGFKTYKVKRSTISKLKSIVSD
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IDSIKVKGYLHKCDYSASSGNKAEYPNNFLENGLNNLLIKWKKGTKEATWNELQNFCIEN
HHHEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCHHHEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCC
KDENIIAIAQTGMGKTEAGLLWIGNTKGFFVLPIRTAINAIYDRVRKDILNNKGIDEKIA
CCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEE
ILHSSSLEYYIRNITGDTNEKEEIDLMNYHKIGKQLSIPINISTMDQIFDFVYKYPGYEL
EEECCCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
KLTTLSYSKIVIDEIQAYGPDLLAYLICGLEKIAELGGRIAILTATLPPFIKDLLQKNIK
EEEEECCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHH
FIENSTAFTNDMKRHNLKIIDERINSEDIYNKYVENKKLNKNNKILVVCNTIKEAQKLYE
HHCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHH
ELKILINNEELHILHSKFIRKDRLKKESEIIEFGKTYDENKNIDKKNGIWISTSIVEASL
HHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEC
DIDFDCLFTELQDLNSLFQRLGRCNRKGKKDSSNYNCYIYTEIDTANLINGDKGFIDKRL
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHH
FDLSKKAIISCDGQISERDKINLIDSYLTTENLKGSDYMRKYKEIYNFIKDIPSYEFDLN
HHHCCHHEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC
QIDLRNILSEEIIPSPVYEEFLEEIKEIECKLANENISYYEKIILKDEIRKYTVSVHPND
HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCHH
IRNYDRAKQKGAAINYNKILLSKYKNEYIKVIECKYDEAGYKRIKYGETTRSSNIW
HHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCCCCEEECCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MKGSRNFSCCFIVRRRIMENKLNILDDDILKLIEEKKAKPDKTIKEHTLELIEVLNLLRE
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LGYIKNDKIYNLVEKACIYHDLGKLNKEFQKRVNGKNVKFNETKEVVHNILSLYFINSKN
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCC
FESKENYLKVAHSVLNHHNYCNNFDEISEKEELIKSLIEGFKTYKVKRSTISKLKSIVSD
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IDSIKVKGYLHKCDYSASSGNKAEYPNNFLENGLNNLLIKWKKGTKEATWNELQNFCIEN
HHHEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCHHHEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCC
KDENIIAIAQTGMGKTEAGLLWIGNTKGFFVLPIRTAINAIYDRVRKDILNNKGIDEKIA
CCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEE
ILHSSSLEYYIRNITGDTNEKEEIDLMNYHKIGKQLSIPINISTMDQIFDFVYKYPGYEL
EEECCCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
KLTTLSYSKIVIDEIQAYGPDLLAYLICGLEKIAELGGRIAILTATLPPFIKDLLQKNIK
EEEEECCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHH
FIENSTAFTNDMKRHNLKIIDERINSEDIYNKYVENKKLNKNNKILVVCNTIKEAQKLYE
HHCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHH
ELKILINNEELHILHSKFIRKDRLKKESEIIEFGKTYDENKNIDKKNGIWISTSIVEASL
HHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEC
DIDFDCLFTELQDLNSLFQRLGRCNRKGKKDSSNYNCYIYTEIDTANLINGDKGFIDKRL
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHH
FDLSKKAIISCDGQISERDKINLIDSYLTTENLKGSDYMRKYKEIYNFIKDIPSYEFDLN
HHHCCHHEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC
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HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCHH
IRNYDRAKQKGAAINYNKILLSKYKNEYIKVIECKYDEAGYKRIKYGETTRSSNIW
HHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCCCCEEECCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8688087 [H]