Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 27364811

Identifier: 27364811

GI number: 27364811

Start: 1406230

End: 1407993

Strand: Reverse

Name: 27364811

Synonym: VV1_1426

Alternate gene names: NA

Gene position: 1407993-1406230 (Counterclockwise)

Preceding gene: 27364812

Following gene: 326423836

Centisome position: 42.9

GC content: 46.49

Gene sequence:

>1764_bases
ATGGCAACGATACACGTAAGCGGTACGCAATTAGCAGAACCTAAGGCACAAGTGCCTCTCAACAAAAAGTTTTTACTGGC
ACTGGCGATCCTCTTTCTCGTCGCTATGCATTTCTTTATGCCCAATCCTGGAGGCGCGGGGCTTGCGCTCTCTTTCAACC
CAACCACTTGGATTGCGTTCTCCTTTGTCTTTGCGCTTGGTTGCTACCAGCTTGCTAGCCAGCAATATTTACGTTATTCC
AAACTGACCATTGGCCTATTTGTCAGTTGTCTCATTCTGACCGTGCCACTTTTTTATGCCAACAGTCACTACATGCAGTC
GGTGAGTCGCTTAGTTGGCCTCTGGGCTGGCTTTGGCTTCTTTGTGTTACTGCAACAATTTAGCTTTAGTAATAAATACA
AACAACGCTTGTTATGGCTGGTCGTATTGGCTGTCGTGATCGAATCCTTCATCGGTTATTACCAGTTCCTTTGGCTCAAA
CCCGGTAATTGGATGGGGTATGACACGCTGTCAAATCGACCATATGGCATATTTCAACAACCCAATGTGATGGCAAGCTT
CCTTGCAACGGGGTTAATTATTTCTGGCTACCTACTAGCGAGACAGCCACACAAATACAATAAGCATCTGAGTGAAATCA
CTTTACTCTATTTGATTCCACTGCTCACCGTCCCTTTGATCGTGGTGTTAGCCTCTCGTACCGGTTGGCTAGCCGCTATG
ATTGCCACTCTTTTGTTGCTGCCCTATCTCTACCGATTTGGTACTAAAATTCGTTTTTGGGGTTGGCTGGGGTCCATTAT
TCTGGGTTTAAGCTTATCCGGTGCGCTACTTCAAAGCACCGAGAGCAATTTGGCGGGGCAGAAAACCAATTTAGAATCAG
CAAGAGCCTATACCTTCCCACAAGCACTCGACATGCTGATAGAGAAGCCTTTTACTGGCTACGGTTACGGCAATTTTGAA
TCGGCTTACACCTTGTACACGGCAAGGCAGCACTTACTCAACAAGCAATATCCACCAGCACTTCCGGCGATGGATCATCC
ACATAACGAGCTACTCTATTGGGGTGTAGAAGGTGGGCTTGTTCCACTATTAGGGATTTTTCTCGCAGCCATCTTGGTAT
TGAACCGAATCTACAGTGCCAAGAAAGGCACGCGTTTGGCCATGTTTGCCTTGTTTGTGCCGATCGTACTACACAGTCAA
CTGGAGTACCCTTTTTATCACTCTGCGGCACACTGGCTGATTTTCATCATACTCATCTATTGGGTTGATCAACGTGTAGC
GAAAGTCAAAAGCGTGAATTTTTCTCGCATCAGTAAAACGGCATTACGAATCGCCAGTTTAGTGGTGCCGATACTGACCA
CTTTCTACATGCTGAGCGCCCTGCATACTAACTACGTGCTGACCAAGTTTGAAACCACTCGCCCAGTCAATCCAGATCTC
TTACAACGCGTCACCAATCCCGTGGTGTGGAAAGATCGTTTCGATTGGGATGTCTACAGCACCTACCTCAACATTGGCTT
AGCAACACAAGATGCCAAATTGATTCAGCCCTATATTGATTGGTCCCTTGACATTATTAAGACCAAGCCAAGACCAGCGT
TTTATTCCAATTTAATCTTAGCCTACCAAGGGCTTGGCGATTTGAGTAAGGCAGAACAAGTAAAGACGGAAGCTGAATTC
CTCTTCCCTAAAAACGACTTCAGCAACATTCACTATCAACCACCGTCAGCGGCATTGTCTCACTCCGTGTCGTCCGGTCA
GTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TACCGCACGCTTCCTTAAGCCTATGTTGAAATAGAAAAAACAGGTAAAGTGATGAAACCAGCGTAAAGCTGGTTTCTTTT
TTCAGATTAAGAATCACGTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTTGTCATGTAATACAAAAGCGAAGCTCACCAGCTTCGCTTTTTTATTGTTAACTGACCAAAGATTATTGAGTGAGCGAC
TCTTCAAGCGCTCTTAAACA

Product: lipid A core-O-antigen ligase

Products: NA

Alternate protein names: Lipid A Core; O-Antigen Polymerase Family; Inner Membrane Protein

Number of amino acids: Translated: 587; Mature: 586

Protein sequence:

>587_residues
MATIHVSGTQLAEPKAQVPLNKKFLLALAILFLVAMHFFMPNPGGAGLALSFNPTTWIAFSFVFALGCYQLASQQYLRYS
KLTIGLFVSCLILTVPLFYANSHYMQSVSRLVGLWAGFGFFVLLQQFSFSNKYKQRLLWLVVLAVVIESFIGYYQFLWLK
PGNWMGYDTLSNRPYGIFQQPNVMASFLATGLIISGYLLARQPHKYNKHLSEITLLYLIPLLTVPLIVVLASRTGWLAAM
IATLLLLPYLYRFGTKIRFWGWLGSIILGLSLSGALLQSTESNLAGQKTNLESARAYTFPQALDMLIEKPFTGYGYGNFE
SAYTLYTARQHLLNKQYPPALPAMDHPHNELLYWGVEGGLVPLLGIFLAAILVLNRIYSAKKGTRLAMFALFVPIVLHSQ
LEYPFYHSAAHWLIFIILIYWVDQRVAKVKSVNFSRISKTALRIASLVVPILTTFYMLSALHTNYVLTKFETTRPVNPDL
LQRVTNPVVWKDRFDWDVYSTYLNIGLATQDAKLIQPYIDWSLDIIKTKPRPAFYSNLILAYQGLGDLSKAEQVKTEAEF
LFPKNDFSNIHYQPPSAALSHSVSSGQ

Sequences:

>Translated_587_residues
MATIHVSGTQLAEPKAQVPLNKKFLLALAILFLVAMHFFMPNPGGAGLALSFNPTTWIAFSFVFALGCYQLASQQYLRYS
KLTIGLFVSCLILTVPLFYANSHYMQSVSRLVGLWAGFGFFVLLQQFSFSNKYKQRLLWLVVLAVVIESFIGYYQFLWLK
PGNWMGYDTLSNRPYGIFQQPNVMASFLATGLIISGYLLARQPHKYNKHLSEITLLYLIPLLTVPLIVVLASRTGWLAAM
IATLLLLPYLYRFGTKIRFWGWLGSIILGLSLSGALLQSTESNLAGQKTNLESARAYTFPQALDMLIEKPFTGYGYGNFE
SAYTLYTARQHLLNKQYPPALPAMDHPHNELLYWGVEGGLVPLLGIFLAAILVLNRIYSAKKGTRLAMFALFVPIVLHSQ
LEYPFYHSAAHWLIFIILIYWVDQRVAKVKSVNFSRISKTALRIASLVVPILTTFYMLSALHTNYVLTKFETTRPVNPDL
LQRVTNPVVWKDRFDWDVYSTYLNIGLATQDAKLIQPYIDWSLDIIKTKPRPAFYSNLILAYQGLGDLSKAEQVKTEAEF
LFPKNDFSNIHYQPPSAALSHSVSSGQ
>Mature_586_residues
ATIHVSGTQLAEPKAQVPLNKKFLLALAILFLVAMHFFMPNPGGAGLALSFNPTTWIAFSFVFALGCYQLASQQYLRYSK
LTIGLFVSCLILTVPLFYANSHYMQSVSRLVGLWAGFGFFVLLQQFSFSNKYKQRLLWLVVLAVVIESFIGYYQFLWLKP
GNWMGYDTLSNRPYGIFQQPNVMASFLATGLIISGYLLARQPHKYNKHLSEITLLYLIPLLTVPLIVVLASRTGWLAAMI
ATLLLLPYLYRFGTKIRFWGWLGSIILGLSLSGALLQSTESNLAGQKTNLESARAYTFPQALDMLIEKPFTGYGYGNFES
AYTLYTARQHLLNKQYPPALPAMDHPHNELLYWGVEGGLVPLLGIFLAAILVLNRIYSAKKGTRLAMFALFVPIVLHSQL
EYPFYHSAAHWLIFIILIYWVDQRVAKVKSVNFSRISKTALRIASLVVPILTTFYMLSALHTNYVLTKFETTRPVNPDLL
QRVTNPVVWKDRFDWDVYSTYLNIGLATQDAKLIQPYIDWSLDIIKTKPRPAFYSNLILAYQGLGDLSKAEQVKTEAEFL
FPKNDFSNIHYQPPSAALSHSVSSGQ

Specific function: Unknown

COG id: COG3307

COG function: function code M; Lipid A core - O-antigen ligase and related enzymes

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 66353; Mature: 66221

Theoretical pI: Translated: 9.86; Mature: 9.86

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.3 %Cys     (Translated Protein)
1.9 %Met     (Translated Protein)
2.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.3 %Cys     (Mature Protein)
1.7 %Met     (Mature Protein)
2.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MATIHVSGTQLAEPKAQVPLNKKFLLALAILFLVAMHFFMPNPGGAGLALSFNPTTWIAF
CEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHH
SFVFALGCYQLASQQYLRYSKLTIGLFVSCLILTVPLFYANSHYMQSVSRLVGLWAGFGF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FVLLQQFSFSNKYKQRLLWLVVLAVVIESFIGYYQFLWLKPGNWMGYDTLSNRPYGIFQQ
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
PNVMASFLATGLIISGYLLARQPHKYNKHLSEITLLYLIPLLTVPLIVVLASRTGWLAAM
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH
IATLLLLPYLYRFGTKIRFWGWLGSIILGLSLSGALLQSTESNLAGQKTNLESARAYTFP
HHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCH
QALDMLIEKPFTGYGYGNFESAYTLYTARQHLLNKQYPPALPAMDHPHNELLYWGVEGGL
HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCH
VPLLGIFLAAILVLNRIYSAKKGTRLAMFALFVPIVLHSQLEYPFYHSAAHWLIFIILIY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
WVDQRVAKVKSVNFSRISKTALRIASLVVPILTTFYMLSALHTNYVLTKFETTRPVNPDL
HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHH
LQRVTNPVVWKDRFDWDVYSTYLNIGLATQDAKLIQPYIDWSLDIIKTKPRPAFYSNLIL
HHHHCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCHHHHHHHH
AYQGLGDLSKAEQVKTEAEFLFPKNDFSNIHYQPPSAALSHSVSSGQ
HHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
ATIHVSGTQLAEPKAQVPLNKKFLLALAILFLVAMHFFMPNPGGAGLALSFNPTTWIAF
EEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHH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HHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA