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The map label for this gene is virB6-4

Identifier: 229586347

GI number: 229586347

Start: 143493

End: 146168

Strand: Direct

Name: virB6-4

Synonym: RAF_ORF0134

Alternate gene names: NA

Gene position: 143493-146168 (Clockwise)

Preceding gene: 229586346

Following gene: 229586348

Centisome position: 11.22

GC content: 32.36

Gene sequence:

>2676_bases
ATGAAAATTCTTAAGAGTTTAGTTTTATTAGTTTTGTTTATGGCGATGCCAGCTAAAGCCGATGATGCTTTTTCATGGAT
GTCAACCAGCTTTGGCGGGTTAAAAAGCTTATTCGGTTGTTTAGAAGTGCCTGGATTTACAAGTTTTCAAGAGGGTAATA
TAGGAATTAATTTATCTACAGCCGGACTTTGGCAATCAACAGGTAATACTGTTCAGAAAGGTAAATTGTTAAAAATAAAT
TGGTCTACTTCAGGTATTACTTTTGAACCTAGAAAATATCTAGTATTATATAGAATTGATCCAAGGTTTAGTATGCCGCA
AGTTTTCATTAAAACTTATAATTATTCTAAATTACAATTTGAAGCTTTAGGATTTCCTCGTTTTGTTACGGACAATAACA
GTGAAACACCGGGGACTATACCGCCTGATAAAAACCTTGATGCACTTTCATTTACTAAAATGTCTGATTTTGTTAAATAT
TTTAACTATTCTAACGGTAATTCGAGAATTGAAGTTAAGGCCGGCGATGTAGTAAATATTAGTTTAGTTGGTAAAGATAA
TTTTTTTAGCCCTAATACTCTAAAACTTCCTAATACCGTAGATAATATTTTAACACAGGAACTTGATAGCTCGATATTCG
CTGCTTCTGCACTTTATACTCAAAGTAACCTTGGAGATTTTGATAATAGAATAATTTACTCTTCTGCAGAGCAGGTGTGT
AATATGATAGATAAGGAAAGAAAAAGTGTATGTAGCGGCACGGGTACTGCTACAAAGTATAAAAATACCGATAATGGAGT
AATAGTCGGTAAGCCTATGATAACAGGAGCGGTACAGTATTTCATGGGCTTAATTAAGGCTTGTCCTGCTAATGCCGGTA
TAAATACTAGCCCTGCTTGCTATTACGATCAAGGTAGAGGGATGATAATTAAAGTAGGCGGGCAGGTTATTAAGGGACAA
GATCAGAGTTTTGTAAATTCAGGCAGTACTCAAAGTAGTTTTATATATTATCAAGCCACTAGCGGTGGTACTATGGATTT
TACTAGCGATTGGCAAGTTAGTAACATGTTTAGTAATTCAGTTTTAATGAGTGATTGGAGCCGAAATTTTTCAAATTATG
CTAGTTTTGTAGATTATATAAATAAGAATGATTGGTCAGCTAATTTTTTATATTTTGGTTGTTATTCGATGATTGTTGAA
ATAGGTAATGGGGCAAATTTAATTAATCCTGATGATCAACAAAATATAAAGTTAGAATATTTAATAACGTCTGATGGTAC
ATTACCTGATCCATCTGTTCGTGGTATGCCGGTAGATTATAACTTTGCGACTGATGCCCCGCAAGATGGATATTTATGGT
TAAGGGTGGTAAATCCTAATAGTAATATACAAGGGGTAGTTAGTGTAAATTATGCTAATTATACCGGTACAACTTGGTTT
TCTGATATAATATATAACGGTGCTATTAAACCTATTACCGATCAGTTTAGAACTTTTAGTCAAAACTTTTATATTAAGTT
AGTTAAAAATTCTGCAGTGCAGAATTTAGCTAAAACTGCATTAACCCTTTATGTTACTATATTTGGGCTAATGTTCGTTA
CAGGAGCATTAAAATTAACTGCCGTAGAAGTAATAACACGTATATGCAAAATAGCTATAGTAGCTTTTTTAATTAGAGAA
GAAAGTTGGAGCTTCTTTAATACATACTTCTTTAGTGCATTTACTGACGGTATTGATTTCTTTGTAACTAACGTAGTAGG
TGTTACAAGCTCTAGATCTAATATTTTTGGTTTTATTGATCCTATATTTGATAAATATACTAACGGTAGGATTTGGGGAT
TACTATTTATTGAATTATTACAAATACATAATGGTTTAGCATTTATCGCTATTATAACCATTTATTCACTTATTACTTAT
TTTAGAGCTATTTTAGAAGTTATAATAGGTTATGTGATTGCATTCATAGGGGTAACTGTTATGATTTCATTGGCACCGTT
TTTTATAATATTAATGTTATTTGAAAAAACTAAAAGTTTATTTGATAATTGGATATCGACATTGCTTAGCTATGTAGTGC
AGCCGACAATATTATTGATTTTCTTTTTATTGATAGATCAGGTTTTATCTGAGCAGCTTTTAAAAGTGGTAGTTAGAGCC
TGTTGGGATACTCTTATACCAATAAAAATAGGGCTTGATTTAACACATCTTGGTATTCCACTTCATTTCTCTTTTACATT
ACCGTTCTTACCCGGAATACCTTTCTATGTACCGGATGTTCCAGAAATTAGTAGCTCGAATATTCTAACGAACAATGCTA
ATACTTTCTTAGTATTATTTACTACGGCTTTATTATTTTATTCATATTGCTTGATGTCATATAGTTTAGTAACTTTTGTA
AATATAGTAGTTGGAATGCTTACAAATGTTACACCGGCACGAATATCAGGAAATTATCAAGAACGTTCTGATCCTGTGGG
AGCCGTTATGCAGGATATAGATTCAGTAACAAAACCGATTAAAAAGGCTGCAATGGCTCCGTCTAGAGTTTTCAAAGACA
AGATAATTGATCAAAATTATAAAGCTAGAAAACCGGAAGTAGGTGGTGAATTTACAAATAAATTTCTTGCTGAGCGTAAT
GATGTGAAGAAAGAGGAAGGAGAGAAGAAAGAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAGATTGCCGCGCAGCCATACAGCTGCTCGCAATGACGGGTTTACTATTTAATACTATGGACAAGCCACGGTATGACGTG
TTGGATAACAATTTAAAATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTGTAAATATTTTCACCGTCATTGCGAGGAAATTGCATAGCAATTGACAAAGCAATCTCAGGAATTTAGTACTGCTTCAT
GAGATTGCCACGCTCCCTAT

Product: VirB6

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 891; Mature: 891

Protein sequence:

>891_residues
MKILKSLVLLVLFMAMPAKADDAFSWMSTSFGGLKSLFGCLEVPGFTSFQEGNIGINLSTAGLWQSTGNTVQKGKLLKIN
WSTSGITFEPRKYLVLYRIDPRFSMPQVFIKTYNYSKLQFEALGFPRFVTDNNSETPGTIPPDKNLDALSFTKMSDFVKY
FNYSNGNSRIEVKAGDVVNISLVGKDNFFSPNTLKLPNTVDNILTQELDSSIFAASALYTQSNLGDFDNRIIYSSAEQVC
NMIDKERKSVCSGTGTATKYKNTDNGVIVGKPMITGAVQYFMGLIKACPANAGINTSPACYYDQGRGMIIKVGGQVIKGQ
DQSFVNSGSTQSSFIYYQATSGGTMDFTSDWQVSNMFSNSVLMSDWSRNFSNYASFVDYINKNDWSANFLYFGCYSMIVE
IGNGANLINPDDQQNIKLEYLITSDGTLPDPSVRGMPVDYNFATDAPQDGYLWLRVVNPNSNIQGVVSVNYANYTGTTWF
SDIIYNGAIKPITDQFRTFSQNFYIKLVKNSAVQNLAKTALTLYVTIFGLMFVTGALKLTAVEVITRICKIAIVAFLIRE
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FRAILEVIIGYVIAFIGVTVMISLAPFFIILMLFEKTKSLFDNWISTLLSYVVQPTILLIFFLLIDQVLSEQLLKVVVRA
CWDTLIPIKIGLDLTHLGIPLHFSFTLPFLPGIPFYVPDVPEISSSNILTNNANTFLVLFTTALLFYSYCLMSYSLVTFV
NIVVGMLTNVTPARISGNYQERSDPVGAVMQDIDSVTKPIKKAAMAPSRVFKDKIIDQNYKARKPEVGGEFTNKFLAERN
DVKKEEGEKKE

Sequences:

>Translated_891_residues
MKILKSLVLLVLFMAMPAKADDAFSWMSTSFGGLKSLFGCLEVPGFTSFQEGNIGINLSTAGLWQSTGNTVQKGKLLKIN
WSTSGITFEPRKYLVLYRIDPRFSMPQVFIKTYNYSKLQFEALGFPRFVTDNNSETPGTIPPDKNLDALSFTKMSDFVKY
FNYSNGNSRIEVKAGDVVNISLVGKDNFFSPNTLKLPNTVDNILTQELDSSIFAASALYTQSNLGDFDNRIIYSSAEQVC
NMIDKERKSVCSGTGTATKYKNTDNGVIVGKPMITGAVQYFMGLIKACPANAGINTSPACYYDQGRGMIIKVGGQVIKGQ
DQSFVNSGSTQSSFIYYQATSGGTMDFTSDWQVSNMFSNSVLMSDWSRNFSNYASFVDYINKNDWSANFLYFGCYSMIVE
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CWDTLIPIKIGLDLTHLGIPLHFSFTLPFLPGIPFYVPDVPEISSSNILTNNANTFLVLFTTALLFYSYCLMSYSLVTFV
NIVVGMLTNVTPARISGNYQERSDPVGAVMQDIDSVTKPIKKAAMAPSRVFKDKIIDQNYKARKPEVGGEFTNKFLAERN
DVKKEEGEKKE
>Mature_891_residues
MKILKSLVLLVLFMAMPAKADDAFSWMSTSFGGLKSLFGCLEVPGFTSFQEGNIGINLSTAGLWQSTGNTVQKGKLLKIN
WSTSGITFEPRKYLVLYRIDPRFSMPQVFIKTYNYSKLQFEALGFPRFVTDNNSETPGTIPPDKNLDALSFTKMSDFVKY
FNYSNGNSRIEVKAGDVVNISLVGKDNFFSPNTLKLPNTVDNILTQELDSSIFAASALYTQSNLGDFDNRIIYSSAEQVC
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DQSFVNSGSTQSSFIYYQATSGGTMDFTSDWQVSNMFSNSVLMSDWSRNFSNYASFVDYINKNDWSANFLYFGCYSMIVE
IGNGANLINPDDQQNIKLEYLITSDGTLPDPSVRGMPVDYNFATDAPQDGYLWLRVVNPNSNIQGVVSVNYANYTGTTWF
SDIIYNGAIKPITDQFRTFSQNFYIKLVKNSAVQNLAKTALTLYVTIFGLMFVTGALKLTAVEVITRICKIAIVAFLIRE
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CWDTLIPIKIGLDLTHLGIPLHFSFTLPFLPGIPFYVPDVPEISSSNILTNNANTFLVLFTTALLFYSYCLMSYSLVTFV
NIVVGMLTNVTPARISGNYQERSDPVGAVMQDIDSVTKPIKKAAMAPSRVFKDKIIDQNYKARKPEVGGEFTNKFLAERN
DVKKEEGEKKE

Specific function: Unknown

COG id: COG3704

COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB6 components

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the trbL/virB6 family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR007688 [H]

Pfam domain/function: PF04610 TrbL [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 99452; Mature: 99452

Theoretical pI: Translated: 6.76; Mature: 6.76

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.0 %Cys     (Translated Protein)
2.5 %Met     (Translated Protein)
3.5 %Cys+Met (Translated Protein)
1.0 %Cys     (Mature Protein)
2.5 %Met     (Mature Protein)
3.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKILKSLVLLVLFMAMPAKADDAFSWMSTSFGGLKSLFGCLEVPGFTSFQEGNIGINLST
CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEEEC
AGLWQSTGNTVQKGKLLKINWSTSGITFEPRKYLVLYRIDPRFSMPQVFIKTYNYSKLQF
CCCCCCCCCCHHCCEEEEEEECCCCCEECCCEEEEEEEECCCCCCCHHHHEECCCCEEEE
EALGFPRFVTDNNSETPGTIPPDKNLDALSFTKMSDFVKYFNYSNGNSRIEVKAGDVVNI
EECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCEEEE
SLVGKDNFFSPNTLKLPNTVDNILTQELDSSIFAASALYTQSNLGDFDNRIIYSSAEQVC
EEECCCCCCCCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEHHHHHHHH
NMIDKERKSVCSGTGTATKYKNTDNGVIVGKPMITGAVQYFMGLIKACPANAGINTSPAC
HHHHHHHHHHHCCCCCCCEECCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCE
YYDQGRGMIIKVGGQVIKGQDQSFVNSGSTQSSFIYYQATSGGTMDFTSDWQVSNMFSNS
EEECCCEEEEEECCEEECCCCHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHCCC
VLMSDWSRNFSNYASFVDYINKNDWSANFLYFGCYSMIVEIGNGANLINPDDQQNIKLEY
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEE
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EEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEEEECCCCCHHHH
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HHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AVEVITRICKIAIVAFLIREESWSFFNTYFFSAFTDGIDFFVTNVVGVTSSRSNIFGFID
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEHHH
PIFDKYTNGRIWGLLFIELLQIHNGLAFIAIITIYSLITYFRAILEVIIGYVIAFIGVTV
HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MISLAPFFIILMLFEKTKSLFDNWISTLLSYVVQPTILLIFFLLIDQVLSEQLLKVVVRA
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TTALLFYSYCLMSYSLVTFVNIVVGMLTNVTPARISGNYQERSDPVGAVMQDIDSVTKPI
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HHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
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CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEEEC
AGLWQSTGNTVQKGKLLKINWSTSGITFEPRKYLVLYRIDPRFSMPQVFIKTYNYSKLQF
CCCCCCCCCCHHCCEEEEEEECCCCCEECCCEEEEEEEECCCCCCCHHHHEECCCCEEEE
EALGFPRFVTDNNSETPGTIPPDKNLDALSFTKMSDFVKYFNYSNGNSRIEVKAGDVVNI
EECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCEEEE
SLVGKDNFFSPNTLKLPNTVDNILTQELDSSIFAASALYTQSNLGDFDNRIIYSSAEQVC
EEECCCCCCCCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEHHHHHHHH
NMIDKERKSVCSGTGTATKYKNTDNGVIVGKPMITGAVQYFMGLIKACPANAGINTSPAC
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YYDQGRGMIIKVGGQVIKGQDQSFVNSGSTQSSFIYYQATSGGTMDFTSDWQVSNMFSNS
EEECCCEEEEEECCEEECCCCHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHCCC
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HHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
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KKAAMAPSRVFKDKIIDQNYKARKPEVGGEFTNKFLAERNDVKKEEGEKKE
HHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 11557893 [H]