Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is ybaF [H]

Identifier: 220931092

GI number: 220931092

Start: 251353

End: 252144

Strand: Direct

Name: ybaF [H]

Synonym: Hore_02440

Alternate gene names: 220931092

Gene position: 251353-252144 (Clockwise)

Preceding gene: 220931091

Following gene: 220931093

Centisome position: 9.75

GC content: 37.88

Gene sequence:

>792_bases
ATGTTAACTGATATAACAATTGGCCAGTATATACCTGGAAATACAATTGTCCATAATCTTGACCCACGGATAAAAATAAT
AATTAGTATAATATTAATTACGGCCCTCTTTTTTATAAAATCTTTTACTGGATTTTTATATTTTTTATTATATATTACTT
TTATTATTTTTCTGGCAAAATTACCGGTTAAAAGAATAATCAAGGGTTTAAAACCTATTCTTTTTCTGGTGATTTTGACC
CTGCTTTTACATGTACTATTCACACGGGGCGGTAAAGTATTGTGGCAATGGTGGGTTATAAGGATTGATGAACATGGACT
TTTCACCGGTCTATTTATGGCCAGTCGTATTTTATTATTAATTGCTTTTACCTCGTTACTTACCCTGACAACATCCCCAT
TACAGCTTACAGATGGGATTGAGTACTTACTTTCTCCCTTTAAGAGGATTGGGGTACCTGCCAATGAACTGGCTATGATG
ATGACTATTGCTTTACGTTTTATACCAACCCTTATGGAAGAAGCAGAAAAAATTATGAAGGCCCAGAAGGCCCGTGGGGC
TGATTTTGAAAGTGGTAGTATTGTTCAGAGAGCCAGGAATCTAATACCCCTGTTGGTTCCCCTGTTTATCAGTGCCTTCA
GGAGAGCTGATGACCTGGCCCTGGCGATGGAGTCCCGGTGTTACCGTGGAGGAGAAGGGCGGACCCGTCTCCATGAGTTA
CAAATACAGAGAAGGGATATATTCAGCCTCATTATGTCAACTATTATTGCCATTTTTATTAGTTTTTTCTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTTTATGGGAATTAAAAAACAGAGGGTTACGGGTTAGAACAGATATTTTTAATGTTGAAGAAGCAACCCGGGAAATAATT
ACAAAAATGAGGGAAAGCCA

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATATATTTTTTCTTAATTTATTTTTCTGGGTGAGAAATATTAATACTGATATAAAATTAACTTATATATTTTATTCAATT
TATTAAATAGTTTATTAATA

Product: cobalt transport protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 263; Mature: 263

Protein sequence:

>263_residues
MLTDITIGQYIPGNTIVHNLDPRIKIIISIILITALFFIKSFTGFLYFLLYITFIIFLAKLPVKRIIKGLKPILFLVILT
LLLHVLFTRGGKVLWQWWVIRIDEHGLFTGLFMASRILLLIAFTSLLTLTTSPLQLTDGIEYLLSPFKRIGVPANELAMM
MTIALRFIPTLMEEAEKIMKAQKARGADFESGSIVQRARNLIPLLVPLFISAFRRADDLALAMESRCYRGGEGRTRLHEL
QIQRRDIFSLIMSTIIAIFISFF

Sequences:

>Translated_263_residues
MLTDITIGQYIPGNTIVHNLDPRIKIIISIILITALFFIKSFTGFLYFLLYITFIIFLAKLPVKRIIKGLKPILFLVILT
LLLHVLFTRGGKVLWQWWVIRIDEHGLFTGLFMASRILLLIAFTSLLTLTTSPLQLTDGIEYLLSPFKRIGVPANELAMM
MTIALRFIPTLMEEAEKIMKAQKARGADFESGSIVQRARNLIPLLVPLFISAFRRADDLALAMESRCYRGGEGRTRLHEL
QIQRRDIFSLIMSTIIAIFISFF
>Mature_263_residues
MLTDITIGQYIPGNTIVHNLDPRIKIIISIILITALFFIKSFTGFLYFLLYITFIIFLAKLPVKRIIKGLKPILFLVILT
LLLHVLFTRGGKVLWQWWVIRIDEHGLFTGLFMASRILLLIAFTSLLTLTTSPLQLTDGIEYLLSPFKRIGVPANELAMM
MTIALRFIPTLMEEAEKIMKAQKARGADFESGSIVQRARNLIPLLVPLFISAFRRADDLALAMESRCYRGGEGRTRLHEL
QIQRRDIFSLIMSTIIAIFISFF

Specific function: Unknown

COG id: COG0619

COG function: function code P; ABC-type cobalt transport system, permease component CbiQ and related transporters

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the CbiQ family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003339 [H]

Pfam domain/function: PF02361 CbiQ [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 30035; Mature: 30035

Theoretical pI: Translated: 10.68; Mature: 10.68

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
3.4 %Met     (Translated Protein)
3.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
3.4 %Met     (Mature Protein)
3.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MLTDITIGQYIPGNTIVHNLDPRIKIIISIILITALFFIKSFTGFLYFLLYITFIIFLAK
CCCCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LPVKRIIKGLKPILFLVILTLLLHVLFTRGGKVLWQWWVIRIDEHGLFTGLFMASRILLL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEHHHHHEECCCHHHHHHHHHHHHHHH
IAFTSLLTLTTSPLQLTDGIEYLLSPFKRIGVPANELAMMMTIALRFIPTLMEEAEKIMK
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQKARGADFESGSIVQRARNLIPLLVPLFISAFRRADDLALAMESRCYRGGEGRTRLHEL
HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH
QIQRRDIFSLIMSTIIAIFISFF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
>Mature Secondary Structure
MLTDITIGQYIPGNTIVHNLDPRIKIIISIILITALFFIKSFTGFLYFLLYITFIIFLAK
CCCCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LPVKRIIKGLKPILFLVILTLLLHVLFTRGGKVLWQWWVIRIDEHGLFTGLFMASRILLL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEHHHHHEECCCHHHHHHHHHHHHHHH
IAFTSLLTLTTSPLQLTDGIEYLLSPFKRIGVPANELAMMMTIALRFIPTLMEEAEKIMK
HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQKARGADFESGSIVQRARNLIPLLVPLFISAFRRADDLALAMESRCYRGGEGRTRLHEL
HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH
QIQRRDIFSLIMSTIIAIFISFF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 7.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]