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The map label for this gene is priA [H]

Identifier: 197294260

GI number: 197294260

Start: 137056

End: 139419

Strand: Direct

Name: priA [H]

Synonym: PAa_0123

Alternate gene names: 197294260

Gene position: 137056-139419 (Clockwise)

Preceding gene: 197294258

Following gene: 197294261

Centisome position: 15.58

GC content: 27.28

Gene sequence:

>2364_bases
TTGATAGCGCAAGTAATTATAGATCTTAAAACCTCTTCTTTAAACCAATGTTTTGATTATTTAATTCCTCCCCAATTTGC
CTCTTTAGTTCAAAAAGGTATACGCGTCATTGTTCCTTTCGGTCAAAAAAATGCTCCTCGCTTGGGGTATGTAATTGATT
TAAAAAAAGAAAGTTCTTTTGCGAACAAAAATTTAATTGATGTTTTAGATGAAAAACCTTATTTTAACGAAGAGTTGTTT
TTATTAGCAAAAGAAATGTTAAAAACTCCTTTTAGCATTAAATCTTTAGTTTATCAAACTATTATCCCTAAAGTTTCTTT
AATAACTTATTTAAAAGAAATTTGTATCCTTAAAAAAGAATTAATCCCCGAACAACTTATCAAGGTTTTGCCTTCAAAAA
ATATTTTTTTAGTTAATGCTAAAAATAAAATCATGAAAGATTTGCAAAAACTATCACAAAAAGGGATTGTTTCAATTAAA
GATATTGCAAAAACTAAAAAAAACAAAAAAACAATTATTAGTTATTTTTTAAATGTTGAATTAAAAACCTTATCAACGTT
ATTATTAAAAGATAAAGAAAAAGATTTTATTAACAAATTAATTGCTTTAAATGAAAATGCCAAAAGCAAAATTGTCATCA
ATAGAAAAGATGCTTTAAAGATAAGCACTCCCAGCGTTATAAAATCACTTCTTCAAAAAGAAATCATTAAAGAGTTTTAC
CAAAAAAAAACCATCATTTTAAACCATCATTTTGAATATCTCAAACAAGATAAAAAAATCACCTTAAACCAAGAACAAAT
ACAAGTTATCAAAAGTGTTTCTTTGAATAAATACCAAACTTATCTTTTGCATGGCAAAACAGGTTCTGGTAAAACAGAAA
TTTATTTAAATTTGATTCAAGAGGTTTTAAAACAAAAAAAACAAATCTTATTTTTAGTTCCTGAAGTGATGTTAATTGCT
CCTTTAATTCAACGTTTAGAAGCTAAATTTAAAAAGATTGAAATAGCTTTTTTTCATAGTTATTTAACGCCTTTGCAAAA
ACAAGCTCAATTTAATAAAATCATTTCCCAAGAAGCTCAAATTGTTTTAGGGACTAGAAGTGCTATTTTTGCCCCTTTAA
ATAATTTAGGGATTATCATTATTGATGAAGAACATGACGAATCTTTAATCGAAAAAGAAAAAGCCGCTTATGATGCCAAA
GAATTAGCTCAAATAAGGGCTTGTTATCACCAAATCCCTTTAATTCTTGGAAGTGCTACCCCTTCTTTAGAAAGTTATTA
TCAAGTTGTTCAAAAAAAATACCAATTGTTGAAATTAACCAAAAGAGCTTTAATCAACAAATTCCCGCCTATTAAATTAG
TTGATATGAAGCAAGAGTTAAAAAACGGCAACTTAGAACCTTTTTCAACAGTTTTCAAAAACACCTTGCAAGAAACTTTA
CAAAAAGGAGAGCAGGCAATCTTATTTATTAATACCAAAGGTTTTTCTCCTTTTGTTTTATGTCGTTTTTGCGGCTTGGT
TCCTAAATGCCTTAATTGCAATAACAGCTTAACTTATTATTGTAAAAAACAACTTTTAAAATGTAATCATTGTGGTTTTC
AAAAACAATTCACTTATCAATGTAGCAATTGCAACCATAAAACCGTTAAGGCTTTGGGGGTGGGGATTGAATATATTCAA
AATTATTTGCAAAAAAAATTTCCTCAAGCAAAAACAATTGTCTTTGATTCAGATAATGTCACTCGTTTATCCCAATACGA
AAAGTTATGGAATGATTTTCAACAACAAAAAAGCGATATTTTATTAGGAACACAAATGATTGCCAAAGGGCTTGATTTTC
ATCAAGTTACTTTTGTAGGAATATTAATGGCAGACTCTCTTTTAAAAATTCCTAGCTTTAAAGCTTCTGAAAAAACATTT
CAGTTATTAATTCAGGCTGCAGGACGTTGTGCGAGAAAAAAAGAAGGTCAAGTTATCGTTCAAAGTTATAATTTAGAACA
TTTTGCCATTAAAAAAGCTGTTCTTTATGATGAAGTTAATTTTTTGAAAGAGTTGTTACAAGAAAGATCAATCACTCAAA
TGCCACCATTTGGTTATATCAGCAAAATGATGATTACAAATAAAAATTTTCAAAAAACTTTTGAGATTGCCTGTCGTATT
AAAAATATTTTGGAAATCCATCATTATCAAAAAATAAAAGTGTTAGGTCCTGTTTTATCATCTATTCCAAAAAAAAATAA
CCATTATCGTTTTTTATTAACCTTAAAATATCATCGTTGGCCTTTAAATTTAGATTTTATTATTGAAGGTAAAATTCAAC
AAGATGCATTAATTTTTTTTGATCGTTTTGCTTATTTATTATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATAATCATTATCTTTCCAAATCAAGCCCAAAATTGACAAATTAAAAAAAAGAATAAAAATTAAATACAAATTATTAATA
AATAAAAAAGGATAGTTAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AATTTAATACTTTCTCTTTTTTTAATATTTTATTTCTAAAAAAACAACTTTAATGTAATTTTGTAAATTTTTAAATCAAA
AACTTATCTAATTTTTTATG

Product: Primosomal protein N

Products: NA

Alternate protein names: ATP-dependent helicase priA; Replication factor Y [H]

Number of amino acids: Translated: 787; Mature: 787

Protein sequence:

>787_residues
MIAQVIIDLKTSSLNQCFDYLIPPQFASLVQKGIRVIVPFGQKNAPRLGYVIDLKKESSFANKNLIDVLDEKPYFNEELF
LLAKEMLKTPFSIKSLVYQTIIPKVSLITYLKEICILKKELIPEQLIKVLPSKNIFLVNAKNKIMKDLQKLSQKGIVSIK
DIAKTKKNKKTIISYFLNVELKTLSTLLLKDKEKDFINKLIALNENAKSKIVINRKDALKISTPSVIKSLLQKEIIKEFY
QKKTIILNHHFEYLKQDKKITLNQEQIQVIKSVSLNKYQTYLLHGKTGSGKTEIYLNLIQEVLKQKKQILFLVPEVMLIA
PLIQRLEAKFKKIEIAFFHSYLTPLQKQAQFNKIISQEAQIVLGTRSAIFAPLNNLGIIIIDEEHDESLIEKEKAAYDAK
ELAQIRACYHQIPLILGSATPSLESYYQVVQKKYQLLKLTKRALINKFPPIKLVDMKQELKNGNLEPFSTVFKNTLQETL
QKGEQAILFINTKGFSPFVLCRFCGLVPKCLNCNNSLTYYCKKQLLKCNHCGFQKQFTYQCSNCNHKTVKALGVGIEYIQ
NYLQKKFPQAKTIVFDSDNVTRLSQYEKLWNDFQQQKSDILLGTQMIAKGLDFHQVTFVGILMADSLLKIPSFKASEKTF
QLLIQAAGRCARKKEGQVIVQSYNLEHFAIKKAVLYDEVNFLKELLQERSITQMPPFGYISKMMITNKNFQKTFEIACRI
KNILEIHHYQKIKVLGPVLSSIPKKNNHYRFLLTLKYHRWPLNLDFIIEGKIQQDALIFFDRFAYLL

Sequences:

>Translated_787_residues
MIAQVIIDLKTSSLNQCFDYLIPPQFASLVQKGIRVIVPFGQKNAPRLGYVIDLKKESSFANKNLIDVLDEKPYFNEELF
LLAKEMLKTPFSIKSLVYQTIIPKVSLITYLKEICILKKELIPEQLIKVLPSKNIFLVNAKNKIMKDLQKLSQKGIVSIK
DIAKTKKNKKTIISYFLNVELKTLSTLLLKDKEKDFINKLIALNENAKSKIVINRKDALKISTPSVIKSLLQKEIIKEFY
QKKTIILNHHFEYLKQDKKITLNQEQIQVIKSVSLNKYQTYLLHGKTGSGKTEIYLNLIQEVLKQKKQILFLVPEVMLIA
PLIQRLEAKFKKIEIAFFHSYLTPLQKQAQFNKIISQEAQIVLGTRSAIFAPLNNLGIIIIDEEHDESLIEKEKAAYDAK
ELAQIRACYHQIPLILGSATPSLESYYQVVQKKYQLLKLTKRALINKFPPIKLVDMKQELKNGNLEPFSTVFKNTLQETL
QKGEQAILFINTKGFSPFVLCRFCGLVPKCLNCNNSLTYYCKKQLLKCNHCGFQKQFTYQCSNCNHKTVKALGVGIEYIQ
NYLQKKFPQAKTIVFDSDNVTRLSQYEKLWNDFQQQKSDILLGTQMIAKGLDFHQVTFVGILMADSLLKIPSFKASEKTF
QLLIQAAGRCARKKEGQVIVQSYNLEHFAIKKAVLYDEVNFLKELLQERSITQMPPFGYISKMMITNKNFQKTFEIACRI
KNILEIHHYQKIKVLGPVLSSIPKKNNHYRFLLTLKYHRWPLNLDFIIEGKIQQDALIFFDRFAYLL
>Mature_787_residues
MIAQVIIDLKTSSLNQCFDYLIPPQFASLVQKGIRVIVPFGQKNAPRLGYVIDLKKESSFANKNLIDVLDEKPYFNEELF
LLAKEMLKTPFSIKSLVYQTIIPKVSLITYLKEICILKKELIPEQLIKVLPSKNIFLVNAKNKIMKDLQKLSQKGIVSIK
DIAKTKKNKKTIISYFLNVELKTLSTLLLKDKEKDFINKLIALNENAKSKIVINRKDALKISTPSVIKSLLQKEIIKEFY
QKKTIILNHHFEYLKQDKKITLNQEQIQVIKSVSLNKYQTYLLHGKTGSGKTEIYLNLIQEVLKQKKQILFLVPEVMLIA
PLIQRLEAKFKKIEIAFFHSYLTPLQKQAQFNKIISQEAQIVLGTRSAIFAPLNNLGIIIIDEEHDESLIEKEKAAYDAK
ELAQIRACYHQIPLILGSATPSLESYYQVVQKKYQLLKLTKRALINKFPPIKLVDMKQELKNGNLEPFSTVFKNTLQETL
QKGEQAILFINTKGFSPFVLCRFCGLVPKCLNCNNSLTYYCKKQLLKCNHCGFQKQFTYQCSNCNHKTVKALGVGIEYIQ
NYLQKKFPQAKTIVFDSDNVTRLSQYEKLWNDFQQQKSDILLGTQMIAKGLDFHQVTFVGILMADSLLKIPSFKASEKTF
QLLIQAAGRCARKKEGQVIVQSYNLEHFAIKKAVLYDEVNFLKELLQERSITQMPPFGYISKMMITNKNFQKTFEIACRI
KNILEIHHYQKIKVLGPVLSSIPKKNNHYRFLLTLKYHRWPLNLDFIIEGKIQQDALIFFDRFAYLL

Specific function: Recognizes a specific hairpin sequence on phiX ssDNA. This structure is then recognized and bound by proteins priB and priC. Formation of the primosome proceeds with the subsequent actions of dnaB, dnaC, dnaT and primase. PriA then functions as a helicase

COG id: COG1198

COG function: function code L; Primosomal protein N' (replication factor Y) - superfamily II helicase

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 helicase C-terminal domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790370, Length=527, Percent_Identity=35.4838709677419, Blast_Score=326, Evalue=4e-90,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR011545
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR014021
- InterPro:   IPR005259 [H]

Pfam domain/function: PF00270 DEAD; PF00271 Helicase_C [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 90939; Mature: 90939

Theoretical pI: Translated: 10.15; Mature: 10.15

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.8 %Cys     (Translated Protein)
1.3 %Met     (Translated Protein)
3.0 %Cys+Met (Translated Protein)
1.8 %Cys     (Mature Protein)
1.3 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIAQVIIDLKTSSLNQCFDYLIPPQFASLVQKGIRVIVPFGQKNAPRLGYVIDLKKESSF
CCEEEEEECCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEECCCCCC
ANKNLIDVLDEKPYFNEELFLLAKEMLKTPFSIKSLVYQTIIPKVSLITYLKEICILKKE
CCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIPEQLIKVLPSKNIFLVNAKNKIMKDLQKLSQKGIVSIKDIAKTKKNKKTIISYFLNVE
HCHHHHHHHCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH
LKTLSTLLLKDKEKDFINKLIALNENAKSKIVINRKDALKISTPSVIKSLLQKEIIKEFY
HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH
QKKTIILNHHFEYLKQDKKITLNQEQIQVIKSVSLNKYQTYLLHGKTGSGKTEIYLNLIQ
HCCEEEEEHHHHHHCCCCCEECCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHH
EVLKQKKQILFLVPEVMLIAPLIQRLEAKFKKIEIAFFHSYLTPLQKQAQFNKIISQEAQ
HHHHHHHHEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCE
IVLGTRSAIFAPLNNLGIIIIDEEHDESLIEKEKAAYDAKELAQIRACYHQIPLILGSAT
EEEECCHHHHCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PSLESYYQVVQKKYQLLKLTKRALINKFPPIKLVDMKQELKNGNLEPFSTVFKNTLQETL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
QKGEQAILFINTKGFSPFVLCRFCGLVPKCLNCNNSLTYYCKKQLLKCNHCGFQKQFTYQ
HCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEE
CSNCNHKTVKALGVGIEYIQNYLQKKFPQAKTIVFDSDNVTRLSQYEKLWNDFQQQKSDI
ECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LLGTQMIAKGLDFHQVTFVGILMADSLLKIPSFKASEKTFQLLIQAAGRCARKKEGQVIV
HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEE
QSYNLEHFAIKKAVLYDEVNFLKELLQERSITQMPPFGYISKMMITNKNFQKTFEIACRI
EECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
KNILEIHHYQKIKVLGPVLSSIPKKNNHYRFLLTLKYHRWPLNLDFIIEGKIQQDALIFF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCHHHHHH
DRFAYLL
HHHHHHC
>Mature Secondary Structure
MIAQVIIDLKTSSLNQCFDYLIPPQFASLVQKGIRVIVPFGQKNAPRLGYVIDLKKESSF
CCEEEEEECCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEECCCCCC
ANKNLIDVLDEKPYFNEELFLLAKEMLKTPFSIKSLVYQTIIPKVSLITYLKEICILKKE
CCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIPEQLIKVLPSKNIFLVNAKNKIMKDLQKLSQKGIVSIKDIAKTKKNKKTIISYFLNVE
HCHHHHHHHCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH
LKTLSTLLLKDKEKDFINKLIALNENAKSKIVINRKDALKISTPSVIKSLLQKEIIKEFY
HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH
QKKTIILNHHFEYLKQDKKITLNQEQIQVIKSVSLNKYQTYLLHGKTGSGKTEIYLNLIQ
HCCEEEEEHHHHHHCCCCCEECCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHH
EVLKQKKQILFLVPEVMLIAPLIQRLEAKFKKIEIAFFHSYLTPLQKQAQFNKIISQEAQ
HHHHHHHHEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCE
IVLGTRSAIFAPLNNLGIIIIDEEHDESLIEKEKAAYDAKELAQIRACYHQIPLILGSAT
EEEECCHHHHCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PSLESYYQVVQKKYQLLKLTKRALINKFPPIKLVDMKQELKNGNLEPFSTVFKNTLQETL
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
QKGEQAILFINTKGFSPFVLCRFCGLVPKCLNCNNSLTYYCKKQLLKCNHCGFQKQFTYQ
HCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEE
CSNCNHKTVKALGVGIEYIQNYLQKKFPQAKTIVFDSDNVTRLSQYEKLWNDFQQQKSDI
ECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LLGTQMIAKGLDFHQVTFVGILMADSLLKIPSFKASEKTFQLLIQAAGRCARKKEGQVIV
HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEE
QSYNLEHFAIKKAVLYDEVNFLKELLQERSITQMPPFGYISKMMITNKNFQKTFEIACRI
EECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
KNILEIHHYQKIKVLGPVLSSIPKKNNHYRFLLTLKYHRWPLNLDFIIEGKIQQDALIFF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCHHHHHH
DRFAYLL
HHHHHHC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9534248; 9384377; 9086272 [H]