Definition Orientia tsutsugamushi str. Ikeda, complete genome.
Accession NC_010793
Length 2,008,987

Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 189182976

Identifier: 189182976

GI number: 189182976

Start: 72798

End: 73718

Strand: Direct

Name: 189182976

Synonym: OTT_0069

Alternate gene names: NA

Gene position: 72798-73718 (Clockwise)

Preceding gene: 189182970

Following gene: 189182980

Centisome position: 3.62

GC content: 28.45

Gene sequence:

>921_bases
ATGGATTTTACTATCAAATCTGATATCAAAATCATCTCTATTATTTTAGCAACATTGAGTGCTTTGTTGTTAAGTATTGC
AATGATGTTAGCTAAAAATCTTCCCTCTGATATTTCAACATTACTTATAGTGTTTGTTAAGAGTTGTTGTGGTTTGATTT
TATTCATACCATTTTTAGCAAAGCATAAAACACGATCATTAAGTACTAATAAAGGTTATATTCATTTTTTAAGAATTATT
TTGTTAGTTGGTGCAATGTTTGCTACTTATTATGCATACCGTAACTTATCGGTAGTGCTAGCTACATCTATTGGCATGAC
AGAAGCGTTATTTATTACTATTTTTTCTAAAATTATTTTAAAAGAAACTATTGGACCTTTAAAATGGGGATTAATACTTA
TAGGATATTTAGGAGTTACATTAGTAATAATAAAATCACCAATATTATCTGAGTCAATTGATAGCACTTCAAAATTAGCT
ATAGTTGCTGCTTTGTTAGCCAATATACTGGCAGCGAATTGTACAATTATTACAAAGATTTTGTCTAAGCATGACTCCAC
AATGACCATTCTATTATATAGTTATTTAGGTACTTCTATTGTTTCTTTTTTTTTATTGATATTAAATGTTGATAATTTAT
CAACATTTGCTTTATTAAGCACACAAGATATGGCAATCTTATTTGGTGCTGCTATACTAGGAATCAGTTCGCAATTATGC
AGTGCTACTGCTATTAAATATTCTACACCTGTACTTATTGCTCCATTTCAATATATCAGAATATTATTTGCTGCATTGAT
TGGAGTAATAGTGTTTAAAGAACCATTAACTATATCAACAGCCATAGGCAGTATAATAATTATATTCTCTGCTTATTTAA
TTAACGTGGCCCCAAATAATTCTAAAGCTAAAGATTTATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CTTTTCTAGTTATAGTAACTTTCTTGAATTCTATTAAGAGTTATACTATATCTTATTTACACACCACTTAATTATAATTA
ATTTTTCTGAACTATCAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
GATAGCTGTTATAATATTAGTATTCTATGTTAGCTGGTCATAAGATATTTTTTAGCTGCTTAATATGTTTAATGTTATAT
ATGTTATAATCTGAATTAGT

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: None

Number of amino acids: Translated: 306; Mature: 306

Protein sequence:

>306_residues
MDFTIKSDIKIISIILATLSALLLSIAMMLAKNLPSDISTLLIVFVKSCCGLILFIPFLAKHKTRSLSTNKGYIHFLRII
LLVGAMFATYYAYRNLSVVLATSIGMTEALFITIFSKIILKETIGPLKWGLILIGYLGVTLVIIKSPILSESIDSTSKLA
IVAALLANILAANCTIITKILSKHDSTMTILLYSYLGTSIVSFFLLILNVDNLSTFALLSTQDMAILFGAAILGISSQLC
SATAIKYSTPVLIAPFQYIRILFAALIGVIVFKEPLTISTAIGSIIIIFSAYLINVAPNNSKAKDL

Sequences:

>Translated_306_residues
MDFTIKSDIKIISIILATLSALLLSIAMMLAKNLPSDISTLLIVFVKSCCGLILFIPFLAKHKTRSLSTNKGYIHFLRII
LLVGAMFATYYAYRNLSVVLATSIGMTEALFITIFSKIILKETIGPLKWGLILIGYLGVTLVIIKSPILSESIDSTSKLA
IVAALLANILAANCTIITKILSKHDSTMTILLYSYLGTSIVSFFLLILNVDNLSTFALLSTQDMAILFGAAILGISSQLC
SATAIKYSTPVLIAPFQYIRILFAALIGVIVFKEPLTISTAIGSIIIIFSAYLINVAPNNSKAKDL
>Mature_306_residues
MDFTIKSDIKIISIILATLSALLLSIAMMLAKNLPSDISTLLIVFVKSCCGLILFIPFLAKHKTRSLSTNKGYIHFLRII
LLVGAMFATYYAYRNLSVVLATSIGMTEALFITIFSKIILKETIGPLKWGLILIGYLGVTLVIIKSPILSESIDSTSKLA
IVAALLANILAANCTIITKILSKHDSTMTILLYSYLGTSIVSFFLLILNVDNLSTFALLSTQDMAILFGAAILGISSQLC
SATAIKYSTPVLIAPFQYIRILFAALIGVIVFKEPLTISTAIGSIIIIFSAYLINVAPNNSKAKDL

Specific function: Unknown

COG id: COG0697

COG function: function code GER; Permeases of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 33111; Mature: 33111

Theoretical pI: Translated: 9.83; Mature: 9.83

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.3 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
3.6 %Cys+Met (Translated Protein)
1.3 %Cys     (Mature Protein)
2.3 %Met     (Mature Protein)
3.6 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MDFTIKSDIKIISIILATLSALLLSIAMMLAKNLPSDISTLLIVFVKSCCGLILFIPFLA
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
KHKTRSLSTNKGYIHFLRIILLVGAMFATYYAYRNLSVVLATSIGMTEALFITIFSKIIL
HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHH
KETIGPLKWGLILIGYLGVTLVIIKSPILSESIDSTSKLAIVAALLANILAANCTIITKI
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSKHDSTMTILLYSYLGTSIVSFFLLILNVDNLSTFALLSTQDMAILFGAAILGISSQLC
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SATAIKYSTPVLIAPFQYIRILFAALIGVIVFKEPLTISTAIGSIIIIFSAYLINVAPNN
HHHHHCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCC
SKAKDL
CCCCCC
>Mature Secondary Structure
MDFTIKSDIKIISIILATLSALLLSIAMMLAKNLPSDISTLLIVFVKSCCGLILFIPFLA
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
KHKTRSLSTNKGYIHFLRIILLVGAMFATYYAYRNLSVVLATSIGMTEALFITIFSKIIL
HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHH
KETIGPLKWGLILIGYLGVTLVIIKSPILSESIDSTSKLAIVAALLANILAANCTIITKI
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSKHDSTMTILLYSYLGTSIVSFFLLILNVDNLSTFALLSTQDMAILFGAAILGISSQLC
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SATAIKYSTPVLIAPFQYIRILFAALIGVIVFKEPLTISTAIGSIIIIFSAYLINVAPNN
HHHHHCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCC
SKAKDL
CCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 10.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA