| Definition | Helicobacter pylori Shi470, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010698 |
| Length | 1,608,548 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is virB4 [H]
Identifier: 188526828
GI number: 188526828
Start: 14002
End: 16365
Strand: Direct
Name: virB4 [H]
Synonym: HPSH_00090
Alternate gene names: 188526828
Gene position: 14002-16365 (Clockwise)
Preceding gene: 188526827
Following gene: 188526829
Centisome position: 0.87
GC content: 38.2
Gene sequence:
>2364_bases ATGTTAGAAAAGCTTTTGAGCGCTGTCAAACAAAAAGTTTCAAACTATTTTTTAGGGGTTTTGCCTAAAAGCTATTCTAT GAGCGAAGAAAACAACATTTTAGGCTTGTATGATGAGCATTTCTTGCTCACTAAAAACGAAAACTTAGTGGGAATCCTCC GTCTAGAGGGGGTGAGTTACACCCATTTAAGCACAGAGCAATTGCAAGATCTCTTCACCGAGCGCCAGATGGCGTTGGAT TCTTTAGAAAAAGTCGTGGCGCGCCTTGTGGTTAAAAGGCGTAAAATTGATCACCAACAAAATATCCAAACCAATTCCAA ATACTTGCAAGCGATTTTGAATCAATTTGAAAATAAAGAAGTGTATGAAAATCAGTATTTTTTAGTTTTAGAAAGCGCGC ACTCTTTACAAGGCGTTTTAGAGCATAAGAAAAAATCTCTTATGCATGCCAATAGGGAAAATTTTAAGGACATCCTCTCT TATAAGGCGCATTTTTTGCAAGAAACTTTAAAAAGCTTAGAAATCCAGCTCAAAAATTATGCCCCCAAACTCTTAAGCTC TAAAGAGGTTTTGAATTTTTATGCGGAATACATTAACGGGTTTGATCTCCCTTTAAAGCCCCTAGTAGGGGGGTATTTGA GCGATAGCTATATCGCTAGTTCTATCACTTTTGAAAAAGATTATTTCCTTCAAGAGAGCTTTAATCAAAAAACCTATAAC CGCTTGATTGGCATTAAAGCTTATGAGAGCGAGCGCATCACTTCTATAGCGATCGGAGCGCTTTTATACCAAGAAACGCC CTTAGACATTATCTTTTCTATAGAGCCTATGAGCGTCAACAAAACGCTGAGCTTTTTAAAAGAGAGGGCCAAATTTAGCA TGTCCAATCTCGTTAAAAACGAGCTGCTAGAATACCAAGAGCTAGTCAAAACCAAACGCCTATCCATGCAAAAATTCGCC CTAAACATTCTTATCAAAGCCCCTAGTTTAGAGGATTTAGACGCTCAAACAAGCTTAGTTTTAGGGCTTTTATTTAAAGA AAACCTAGTGGGCGTTATAGAAACTTTTGGCTTGAAGGGGGGGTATTTTTCCTTTTTCCCTGAACGCATCCATTTAAACC ACCGCTTGCGTTTTTTAACCTCTAAAGCCCTAGCGTGTTTAATGGTGTTTGAAAGGCAAAATTTAGGTTTTAAGGCTAAT TCATGGGGGAATAGCCCTTTGAGCGTGTTTAAAAATTTGGATTATTCCCCTTTTTTATTCAATTTCCACAACCAAGAAGT GAGCCACAACAACGCTAAAGAAATCGCCAGAGTGAATGGGCATACTCTAATCATAGGGGCTACCGGGAGCGGTAAAAGCA CGCTGATTAGTTTTTTAATGATGAGCGCTTTGAAATACCAAAACATGCGCCTTTTAGCTTTTGACAGGATGCAAGGGCTG TATTCTTTCACAAAATTTTTTAAAGGGCATTACCATGACGGCAAATCTTTTAGCATTAATCCCTTTTGTTTAGAGCCTAA TTTGCAGAATTTAGAATTTTTGCAATCCTTCTTTTTGAGCATGTTTGATCTTGCCCCTTCAAGGGATAAAGAAGCCTTAG AAGACATGAATGCGATTTCTGGCGCGATTAAGAGCCTTTATGAGACTTTATACCCTAAAGCTTTTAGTTTGCTAGATTTT AAAGAAACGCTTAAAAGAACCTCATCTAACCAATTGGGCTTGAGTTTAGAGCCGTATTTGAATAACCCCCTTTTTAACGC TTTGAATGACGCGTTCAACTCCAACGCTTTTTTAAATGTGATAAACTTAGACACCATCACCCAAAACCCTAAAGACTTAG GGCTTTTAGCCTATTATTTGTTTTATAAAATCTTAGAAGAATCCAGGAAAAACGACAGCGGTTTTTTGGTTTTTTTAGAC GAGTTTAAATCCTATGTGGAAAACGATTTATTGAACGCTAAAATTAACGCTTTAATCACGCAAGCCAGAAAAGCTAATGG CGTGGTGGTGTTGGCTTTGCAAGACATTTACCAATTAAGCGGGGTTAAAAACGCCCATAGTTTTTTAAGCAACATGGGGA CTCTTATTTTGTACCCGCAAAAAAACGCTAGGGAGTTGAAACACCACTTCAATGTGCCTTTGAGCGAAACTGAAATTTCT TTTTTAGAAAACACCCCTTTGTATGCTAGGCAGGTTTTAGTCAAAAATCTGGGTAACGGGAGTTCTAACATGATTGATGT GAGCTTGGAGGGTTTGGGGCGTTATTTGAAAATCTTTAATTCAGACTCTAGCCATGTGAATAAAGTGAAAGCGTTACAAA AAGACTACCCTACAGAGTGGCGTGAGAAACTTTTGAAGAGCTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases GCACTCTTTAGCGTGCTGGAATTTTTTGATGAAGATATTGCAGATATTATTATTGCTAGAAGCAAAATAAAGACTAAAAC CAAATGTTATAGAGCGTAGA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTAAAAAGTTAGTTTTGTTTTAAAAAGTTAATATGATCTTGAAGCACTCCTATTCAGATGGCTAAGGCACACAAGAAA TTAGGGGACTCTGCTGTATT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 787; Mature: 787
Protein sequence:
>787_residues MLEKLLSAVKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQTNSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFLQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVNKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLVLGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLAPSRDKEALEDMNAISGAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNAKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLEGLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPTEWREKLLKS
Sequences:
>Translated_787_residues MLEKLLSAVKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQTNSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFLQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVNKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLVLGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLAPSRDKEALEDMNAISGAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNAKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLEGLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPTEWREKLLKS >Mature_787_residues MLEKLLSAVKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQTNSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFLQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVNKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLVLGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLAPSRDKEALEDMNAISGAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNAKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLEGLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPTEWREKLLKS
Specific function: The type IV secretion system VirB/VirD4 is a major virulence determinant for subversion of human endothelial cell (HEC) function. VirB-dependent changes of HEC include massive cytoskeletal rearrangements, a proinflammatory activation by nuclear factor NF-
COG id: COG3451
COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB4 components
Gene ontology:
Cell location: Cell inner membrane (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the trbE/virB4 family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003593 - InterPro: IPR004346 - InterPro: IPR018145 [H]
Pfam domain/function: PF03135 CagE_TrbE_VirB [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 90127; Mature: 90127
Theoretical pI: Translated: 9.03; Mature: 9.03
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 2.0 %Met (Translated Protein) 2.3 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 2.0 %Met (Mature Protein) 2.3 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLEKLLSAVKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCEE THLSTEQLQDLFTERQMALDSLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQTNSKYLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKAHFLQETLKSLEIQLKNY HHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFLQESFNQKTYN CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHHEEECHHHHHHHHCCHHHHH RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVNKTLSFLKERAKFSMSNLVKN HHHCEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLEDLDAQTSLVLGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTKFFKGHYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLAPSRDKEALEDMNAIS HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH GAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNAKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLEGLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPTEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC >Mature Secondary Structure MLEKLLSAVKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCEE THLSTEQLQDLFTERQMALDSLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQTNSKYLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKAHFLQETLKSLEIQLKNY HHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFLQESFNQKTYN CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHHEEECHHHHHHHHCCHHHHH RLIGIKAYESERITSIAIGALLYQETPLDIIFSIEPMSVNKTLSFLKERAKFSMSNLVKN HHHCEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLEDLDAQTSLVLGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTKFFKGHYHDGKSFSINPFCLEPNLQNLEFLQSFFLSMFDLAPSRDKEALEDMNAIS HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH GAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLGLSLEPYLNNPLFNALNDAFNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNAKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGSSNMIDVSLEGLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPTEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 10749166; 10882236; 7494028 [H]