Definition Nostoc sp. PCC 7120, complete genome.
Accession NC_003272
Length 6,413,771

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The map label for this gene is nifD

Identifier: 17228936

GI number: 17228936

Start: 1700481

End: 1700612

Strand: Direct

Name: nifD

Synonym: all1454

Alternate gene names: NA

Gene position: 1700481-1700612 (Clockwise)

Preceding gene: 17228923

Following gene: 17228937

Centisome position: 26.51

GC content: 54.55

Gene sequence:

>12783_bases
ATGACACCTCCTGAAAACAAGAATCTTGTAGATGAAAATAAGGAACTTATTCAAGAAGTTCTGAAAGCTTATCCCGAAAA
ATCTCGCAAAAAGCGCGAAAAACACCTCAACGTCCACGAAGAAAACAAGTCTGATTGCGGCGTTAAGTCTAACATCAAAT
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TGAGGGTTGTGTTCATTTTCCTCAGATATCATGTGGCGAATTTGACGTATTTGGCTGATTGCCTGATCATTCTCCGTCAT
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TACGCGATCGCTATGGTAAGCTACGCCAAGGTATAAAAGACACAGTGATGGCGATCGCAAATTAGTCCGAGCCCAATGAT
TGTTAGCTTGCTGTTGAGGACTTTGGTTGTACTTCAAACTCAAACTGGGAACGGTAAAAGCAAACGTCGAACTCAATAAA
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TGTATTCTGAAGGAGAATATTGCCGTTCTATAAAACGTTCTGGTCGAAATTGTTGAGGATTAGGATACAAGTCTTCCCGG
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AATGCGTGGAAAAAGTGTTGGTAAGACTGGATACATCCGCAGAGTTTCTTGAGAAACTGCTGTTAGGTAAGGAAGCTGGG
CAATTTCCATTGGGTTAGGGTTTGCTCCCAATCTGTCGAGTTCCTGCTGTAATTTTTCCTGCACATTTACATTTTTTAAA
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TTCCTCGTCTGTCATGGCTTGCCCATTTTCATCTCGTGCTGCCATCATCAAACTTAGAACATCACCGCGCTGCTCATTTT
CCTTTGTTCTTTTCTCTTCTATTTCTGCTTGGAGTAGATCATAAATAGAACGTTGTTTATGTTTCATCTGTCCCCAAGGA
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GTGCTTGGGTCACGGATATACAGACCTAGTGTAAGCGATCGCATGACTTCATCCCAAACAGGTGTCATTTGCTCTGCTTG
ATCAGCCCAAAACTCGAATGTAATCAAACATTGCACATTTGACCCCAAACCAATGCAAATCCGCGAAAAAGCTTCCCGTG
GTTCTTCTTGGGTATCGATAAATTTGAGTTCTGTCCAGACAATTTTGGCAGTTTGGCGCTTGAGGCTAATGATTTCTCCT
TTCTCAATCACATCACGGCCGTCGTCTTCTACTACTTTCCTCAAGGTGGATTTGAGGGGAAACAGAGTCCAGTCGTTGGG
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GTTTTTGCAAATCTGCTATTCTGGCGATGGTCTCCGATCGGAGTTTATTACCTAATTTGGATTGTAGGCAATTCTCAATT
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AGTCTCCATGGTCGATTTGTCGATTAGTCAACACTGTTGCATTATGACTGTAGACATTATTGGGAGCTAAAGCTGGTAAG
GGGTTGAGACCAAGGCTGCTCTCCCAACGTTTTTGCAAGTCGGGGCCGGTGAATAACTCGAATCCTTTCTGCAATGACTC
ACGAATTGCGTCTTTTTCAACTACTGAGGCTTTTAGTGCATTATCGTAGCGAGAGTAGAATACATGACTTTCTTGAACCA
GGTGTTCCAGACCAGAGTAAAACGGGCCTGTATATTCAGATCCGCCTAGATCACACTTGGTCACTTCCCGACGTTCCACA
TCAGGAGCTAACATAAAATAGCGATCGACAAAAAAAGTATTTTCTCCGCCTCTATCTTTTCGTTTTAATCTGTTTTTAAT
CTCCTCATTCAATTCTGTTGGCTCAAAGGCTTGGTTAACTAGCTGTTCCAACATATGGCAAACAAGGTAACTGCCCATAC
TGTGAGCTATGACGTAGATTTTAATGTCAGGTTTTTTAGTGCGAATATAACTGATCAGATTAGCTAAGGCTGGGGCAGAT
TGTACACACTCAGTACGATCCGAATTGTAATCTAAAACTTTGCCATTGGAAGGCCAGGAAAATCCGACAAAAGCGATTAA
ATTTTGGTTGGAGTTGTCGATATCTATCTTTTCTTCTGGATCAGCAATCAAAGTAAAATTATGCTTTTTTAAGGCTCCCT
TAAGGGTGTCTGCCAAAATCGAAAAAGAAGTTAATGCCCCATGAAAAGGAACATTGTAACCATGAGTGCCAATGATAATG
TGTTTTACGGCCTCTTTTTTGAGAAACTTGTTAAATACAGTCTCCTCAGAATCTTCAATAATTACTCCTGGTGGCATAGT
TGAAGGATCAGTAGTCGCCAAATAGTGAGCCATATATTTTTTCATATCAACCCAGTGATAACCAAATTTTAGTAATTTAA
TGCGTGTATCACGGTCAACATTGAGACCTAGATTTTGGCGATCGCGGTTGGTAGCAAAAAAGCGTATTTGCATATTTTTA
AATTAAAGGCGTTTTTGTCAGTATAAATGCTTAAGCTTGTAATAAATAATAAATTTTGCAAGCAATTATTACGGTAATTA
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TCTGGTTGGTTGTAGGCGATCGCGGATCAACCGTGTCACTGACAAAAACTCCACCCACAAGGGAATATAGTTTTTATTTG
GAATTTTGAATTGAGTTATTTCTTAAGTTCTCCAAATTTAACATTTTTAAGATACTCATACCTATTCTGCAATTCCCGAA
AGTTACTTTCAATCATGGGAAAAAGCTTGTCAGGAAAAGGCTCATTTAAATCAACTGGATTAATTGTTTGCAGTTCTTTA
ACAGAGCGAATTGTTTTGTATACCGCGACGTGTTTGATATATTTTAATAGTTCATTAATCAAGTCTTTGCTGTTATTAGC
ATTTTCCGCTAAATGAATTTTGGATTCTATAATTTCAACCATTTCTTGATGATTTTTCAGGATAAATTCTTTTTCTATAG
CGTCACTCGCCGCTTCCGGTAAAACATTTTGTTCAGGACTTAAAGACTTGATGCGCTTCCACATGACATTATCTTTTTCT
AGTCTCAAGTATATAGGCCAGTAAAACTCAGATATTTGTCTTTCTATCAAGTTAATCTCTGCGTTGTGCCTAGCTATGGC
AATCTCATTCTCTAGCTCAGAAACTTGTTGCTTCTGTTGATTTTCCAGTTCAGCAATTAGCTGCCTTTGGTAATACTTTT
CATTAGTTTCATTCTTAAATATCTCAAACCTTTTGTTAAGCCAGTGACCTGCTACCAAAACAATGCCACCAAGCAAAACT
TTATCAAGGACTAATTCAATAATCTTTTCCGTAAGAGCCATTTCACAGTTTTCTCCCTTGTCCAATATAAAAAGATAAAT
AATCTCACAATTGTAATCAGGAGAACGGAAAACGCACCTACGTAATATCACAGTATTCTTAATATTGAGAGGAATACAAC
TGCTATAGTTACTTTCTTTCGTACTGCCGCATTTTATTCTCAGCATAAAATTGTCACTAAATCTGTGACAAAATGTTATT
GTTGTGCTAAAGCCGACGTGATGGGCTACGACCTATGGTTTCTACTAAGCGCCGCTACAGTTTGGATGAATATCGCGCTC
TTGAGGAAAAAGCAGAAAGACGCAGCGAATATCGAGATGGGGAAATAGTGCCTATGCCTGGAGGAACTCTCAAACATAGT
CGTATTAGTCGAAATATTTTGACTTATCTTACCTCTGTGCTGTGAGATACTCAATTCGAGCCAATTAACAGCGATTTGCG
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TTTCGGATGTATCAGACAATTCAGATTTTTAGGGAATATTTATTAATCGAGCAGGATGAGCCGTTCGTGGAACGTTACAG
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TGGCGATCGCCGAAATTTATTGCGGTGTAATTTTCGATTAAAATAACTTAGAAAAGTGATAACTTTCACTACAGCAACCA
ACTAAACAAATCTTGAATAGTCAATTGAAGTTCACTCGCAAATGATGGTACAGCTATGAGTGCATCTGGCTCATCAAATA
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TTCAAACAATGCAGGATATTTTTGGTTACTTTCGTCTGACTTTGGTCAGGTGATAAAATTTCAATTGTCCAATCGGGAGC
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TTGAACGACCGACAAATGTACAACGCAGTTCAGGAAAAGCACGAGCGATACGTTGAGGTTTAACTACACTATTAATAACA
GGTACAAATTCGCCTTGAATTGCACTGTGCTTTCCTTGCGGCATAGGTTTTTGGATAATCTTACCTTCTATATATTCACT
GGCGGGTTCTGTTGCTGGTAATTTCAGGAACTCGTCTAATGTGATGGGTTTGGATGGGGTCTGTACCATTAAGACTGCCT
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AAAATTATTCTGTAGGGTGCGTCAGCGTTAATTAATATTCATGATGAAATGTATATCCAAGCTGACGCACCCTAATTGCT
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ATTTTATTGAACTGAATAAACATTCAGTTTCCTCAATAGTAACTTCCTCTGGTAAACGAGTACCATGAGCGGATGCATTA
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TTTTGTACTTCCAGCCTTAAAACGTAAAATTCTCTCGAATGCTCTGAATGCGTAGTCGCAAGCTTCGCTATACCGACATG
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TTAAAAGTGACGGCTATACTAGGAACTTCTTGACCCCAATGAAGAATGTTATGAAATAGGCTTGTAGCATCACTACTAGG
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GTGTACCTCTTCTGCTCGAAATAAGCACCTCAGCGTTCAATATTCCCTCAAATGAAAAGTAACTATACAGATCAACTTTC
TCTTTGCCCGTAAGGTCGTTACAAATAGGGTGATCGGGCTGTTGTACTTGAATAGAGACTGTTTGTTTACGTCTAGAGCC
TTGATGTAACTTTAAAGTTCCAACTGGTAACCAGTTTATTAGTAAGCAAGTACGTTCTTCATGGTACCAATAGTCAGTTG
GTAGTTGAGATGGAGGACAAAAAAGGATGCGTCCTCCACGTTCCAAAAATCGCTCCATGCAAGTTGGAAAAGCTATATTA
TTATTAATTGCATTAGCACATATCCTAGCAAATGTAAATAATCGTGATGGAAAAATGAGAAATTTAAAGCGACGGTATTC
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CTCTTCCCCCAAAAATTCCAACAGTACTCATAAATTCTTTATTTATCTCTTTAAACAAAGATTAATACTAAAATATAAGA
ATCTCTTTTATTCATTATACTTACCTTGCTCAATATAAAATACTTTTAAGATATTAATTACTCATATTTTATGATTGTAT
TTTTTTTAAATATTATTTAAAGCTTTTTTTACTGTAAGCATTGAGCAGATTATTTTTATAAAATTCAACTATTCTTATAA
GCTATTTCCATCTTTAACTTCTCAATTTCCATCCTCAACCTTTCATTTTCTATCTGCAATTTAGCATTCTCCTCCCTAAT
CACCTCAAATTCATTCCTCTTAGTCAAAGCCTGATTAATCGCTAACTTCCGCATATCTAGCGAGAACCAGCGCTGATAGG
TTTGTGTATGAACCTGCATACTATGCCCCAAATTATCAGCCGCCGCTTTGATTGGTATGCCTAAAATATGCGCTCTAATT
GCCCAGGCGTGACGTAAATCATAGGGTTTAAAATCTAATTCGACTTTCCGAAACCACCAACTAATACGCTGAGTTAAGGC
TGTTATTTCAGCATGATTTGTTTTATCTTTTTTACTAATTGCTGTTGCCAGCATTTCTAAATATTTCGGATTTCTTAAAT
CAAACTCATCAATCCATTCTTTATGTAAGGGTAATGCTTGTCTTTCACCAGTTTTACATTCTTTGTCTACTTTCCATGTG
AGGTCTATATTCTCTTTGCTTAACCACCAATCAATATTAGGGTTAATAAAAATTTCCCTGGGGCGTAAACCAAAAACTGC
TAACATTCCATATGTCCAGCGCCAAAGTTGCCAGCTATCTTTTACATCTTCATTAACTTGATTTCCTCTGGTAACTAGAT
AGTCTTCAAATTTGGTAATTCCTGATAGTATTTCTGCATCTGTGGGGATGTTGCGCGAATTGCGATCAGGCATTTTGGAA
TACTGGGACAAATCAATTTCTATATTGAATGTTATGCAAAAAGCTGATATGGCTCTGGCGGCATTATATCTCGCCCATTC
TTTATCGATTTGCTCAATTGAATTGATGAGATTTTCCGCCGTTGCTAAATCTTTGGAATTGGTATATCGTTGGGTGCGGG
AAAAATAGTAAAAAAAGGTATGTTCGCTTTTAGTGGTGCGTTTATGGGTTTTAAAATACTCTTCTGCAAATTTTTCTAGT
AAATCACCTATTGTTTGTGAATCTTTTTTAGTGGCTTCTTTGCCTAAATATTTATCATTCCATTCAAAGGTTTTCCGAGC
GATTAATTTACCTAATTCATAAGCTTCTTCCTCAGCCGTCTTCAGTCCATCCAAGTTTGCAGGGATATTCAAGCTGAGAT
TGTATTGCTTTCTGCCTGTACCGTTGGTGTCCTTATCTCCAGGTTTAATTGGTAACGTTGCTCGTAATTGCAGACTTCCG
TTAGATTCTCGAACTGAGACTTTCGTCTTTGCAGACTTCAAACGCAGATTTACCTTGTCTAGGTCTTGTAGTACTTTTGT
TCTCATGTGTTCTCTTTGCTGCTGTGCTTGCAGACTTGAGCCGAGAAAACTGCCGTCGGTAGATGAAAGTGGCTCTAAGT
CTGCAAAGGCTTGTTGATATTTGTCTTGACCCTGATTTTGCATCGCTGTGGTATTAGCCTATATTTAGCCTAAAAATTAA
TGTGTTATCAGCAAACAATGTTCATCACTAACACTGCTCAGTGCAAACATTAAGCTGTTGAAAGCCATTAAACCACAAAA
AGGATTACTCCGGCCCTTATCACGGTTACGACGGATTCGCTATCTTCGCCCGTGACATGGATTTAGCCCTCAACAGCCCA
ACTTGGAGCTTGATTGGCGCTCCTTGGAAGAAAGCGGCTGCAAAGGCTAAGGCTGCTGCCTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAGATGAGGAAGCAATTCCTCTTCCCACTCTCCCTTCCCGACTCCTCACTCTCCCAAATATACTTCTATTCCCCCATTCG
TAAGAGTCACTGAGGCAGAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTCCAGGTAAATAGAGGGATAGCCTGGGGTTGTTGCCCCAGGAACCCAGGGAAGAATGGTGAATGCTGAATGCTGGATGA
AGATTTTTATTCATTATTCA

Product: nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 44; Mature: 44

Protein sequence:

>497_residues
MTPPENKNLVDENKELIQEVLKAYPEKSRKKREKHLNVHEENKSDCGVKSNIKSVPGVMTARGCAYAGSKGVVWGPIKDM
IHISHGPVGCGYWSWSGRRNYYVGVTGINSFGTMHFTSDFQERDIVFGGDKKLTKLIEELDVLFPLNRGVSIQSECPIGL
IGDDIEAVAKKTSKQIGKPVVPLRCEGFRGVSQSLGHHIANDAIRDWIFPEYDKLKKENRLDFEPSPYDVALIGDYNIGG
DAWASRMLLEEMGLRVVAQWSGDGTLNELIQGPAAKLVLIHCYRSMNYICRSLEEQYGMPWMEFNFFGPTKIAASLREIA
AKFDSKIQENAEKVIAKYTPVMNAVLDKYRPRLEGNTVMLYVGGLRPRHVVPAFEDLGIKVVGTGYEFAHNDDYKRTTHY
IDNATIIYDDVTAYEFEEFVKAKKPDLIASGIKEKYVFQKMGLPFRQMHSWDYSGPYHGYDGFAIFARDMDLALNSPTWS
LIGAPWKKAAAKAKAAA

Sequences:

>Translated_44_residues
LGSSLSLCSRFLPRSANQAPSWAVEG*IHVTGEDSESVVTVIRA
>Mature_44_residues
LGSSLSLCSRFLPRSANQAPSWAVEG*IHVTGEDSESVVTVIRA

Specific function: Unknown

COG id: COG2710

COG function: function code C; Nitrogenase molybdenum-iron protein, alpha and beta chains

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 4510; Mature: 4510

Theoretical pI: Translated: 5.62; Mature: 5.62

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.3 %Cys     (Translated Protein)
0.0 %Met     (Translated Protein)
2.3 %Cys+Met (Translated Protein)
2.3 %Cys     (Mature Protein)
0.0 %Met     (Mature Protein)
2.3 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
LGSSLSLCSRFLPRSANQAPSWAVEGIHVTGEDSESVVTVIRA
CCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCEECCEEEECCCCCCCEEEEEEC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 10.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA