| Definition | Clostridium botulinum B1 str. Okra, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010516 |
| Length | 3,958,233 |
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The map label for this gene is spoIIE
Identifier: 170756604
GI number: 170756604
Start: 3842521
End: 3844908
Strand: Reverse
Name: spoIIE
Synonym: CLD_0963
Alternate gene names: 170756604
Gene position: 3844908-3842521 (Counterclockwise)
Preceding gene: 170756411
Following gene: 170757599
Centisome position: 97.14
GC content: 26.51
Gene sequence:
>2388_bases ATGCAATATGGTGCAGAACTTTTACCATACCAAAGATTAAAAAAAATAGACAAGCAAAAGTATAAAAAGTCTATTAATTT TAGCTCTATTGTAAATATGATTATTTTCTTTATCAGTTCATTTCTAGTAAGTAGAGTAATTTTTATTAATAACATGGCTC CTTTTGGGATAGCTTTTTTATTATCTATATCTAGACAGAAAGAATATAATAAATATTTATTTATATCAGCGGTTGGCTCT ATCATAGGATATATATCTTTAATAAATAATATAGGGTATATATCTTTAAATATGTTAGAGGTAGTAACTATAACACTTTT ATCTTATGTATTCAAAAATGTAGAAGATAAAAAAAATACTATAATTATATGTATGATTATATATTTAGAAATATTCACAT ATAAAATTTTTGTTACTAAAATTTCAACAACTATGGCCATGCTAGGAGCTACTTTTGAAATAGGCTGTATCTTCCCAATA TATTATATTATTAATTATTCAATTTTATGTTTTAAGAATATGAATACTAGTCATTTATATTCTAATGAAGAAATAGTAAG TATGGCTATTACATTATCTCTTGTGGTTTCCGGAACTTGGGGAGCTAATATAGCAGGAATAAATTTAATGAATTTAATAT CTATTACTATGATATTAATTATAGGATATGTAAAAGGAAGTACTAGTGCCTCAGCTATTGGTGTAGCTATGGGAGCTATA TCGGGGTTAAGTTCTAACAACATGATGATTTATATTTCTATATATGGATTATGTGGGCTTATATCTGGAGTTTTCAAAGA AACAGGTAAGCTGATGACTGGCATATCTTATCTGGTTAGTTTTTTAATATTAAAATTTTACTCTAATATTAACTATGATT TTAAGATAATAGAAGTGTTAATATCTTTAACTTTATTTTATATAATACCTAATAAAATATATATGAAAATGGAGTATGAA TTAGATTATCAAAAGAAACAAAAAAATTTACAAGAAAACTACATGGATAAGATTAAAGGTATTATTACAGACAGATTGGG TAATTTTTCTGATGTATTATATAATATGGGTAATATATTGGAAAAATTAGTGGACAATGAAAAATTAGCTATGAAAAATA AAAGTGGTGCATTAATAGAAAATTTAGCAGATAGAGTTTGCAGTAGTTGTAATATGAATCATATATGTTGGAAAAGAGAA GGATATTATACTTATAATGCTTTAGGCGAGTTAATACGAAATTATCAAGAAAATAAAAAAGAACTTCCTTATGAAATAGA AAGGAAATGTGTAAAGAGAACCCAACTTATTAACAATACAGAAGATATAGCGAATAATTATATAATAAATGAAATGTGGA AAAAAAGACTTAGTGAGTGTAGAGAAGTGTTGGCTAATCAAATAAACACGATGGCTTATTCTGTTGAAGAAATTACAAAG GAATTTGGGCAAAGTATTAGATTTAGTAATTTAACAGAAAAAGATATTAGAAGAATGTTAAATAAAAATAATATAAAATA TAAAGATATATTTTGTTATAATAATGAAAATGGAAGACTTATAATAAATTTAAAAATAGATGCTTGTACAGGGAAACAGA AATGTGTAAAGGAAATATTACCCCTAATAAATAAGGTTACAGGTAAATTAATGTGCGTGGCTAATGAAAGTTGTAACTTA GATTTAAAAAATAATGACTGTAATATGATTTTTGAGGAAACGCCTAAATATCATGTAGCCTCTTATGTTAATAAGATGGC AAAAGATGGAGAACAATGTAATGGGGATAGTTACTCTTTTGGCAAATTACAAAGTGGTAGTTATATGACCATAATAAGTG ACGGTATGGGGTCAGGGCCTCAAGCAGTTCAAGAAAGTAGTGCAGTAGTTGAACTTATTGAAAGATTTGCCCAGTCAGGA TTTAGTAAGATTACAGCTATAAATACAATAAATTCTATAATGAGCATAAAGTTTTCTCAGGATGAAAAATTTTCAACAGT AGATTTATCAAATATAGATTTATATGAAGGAAAAATAGATTTTATGAAGGTAGGTGCAGTGGCTAGTTTTATAAAGCGAG GAACTGAGGTATATACTATCAAATCTAAAACATTACCAATAGGGGTTCTGGATAAAGTAGATATTGATATTGAAACAAGA GATTTAAAAAATGGAGATATAATAGTAATGGTAAGTGATGGTGTTTTAGATTATGAAAGTAGTTCTGCAGGCAAAGTAGA ATGGGTAGTAGAATTCTTAAAAAACACTACATTAAACAATCCTAAAGAAATAAGCGAAGAGTTAATAGAAAATGCTAAAA AATTAAGCAAAGGTAAGGTAAAGGATGATATGACTGCAATAGTGCAAAAAGTGTATAGTTTATACTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases ATGTCCTAAAAAAAATTAGATCTGGCTTCAGCTTATGACAATTATTTCCAAACACCCTTGATATAATTGAGAAGTAACTT AATGGGGGTGATTAATTATT
Downstream 100 bases:
>100_bases AATATAGAAAGAGAATATAAAGTTAGGTAGTAAATACTTAATTTGTTTAAATATTCTCTTTTTTTTATATAAAACCCTGC TAAAAGTATAATGATTAGAG
Product: stage II sporulation protein E
Products: NA
Alternate protein names: Stage II sporulation protein H [H]
Number of amino acids: Translated: 795; Mature: 795
Protein sequence:
>795_residues MQYGAELLPYQRLKKIDKQKYKKSINFSSIVNMIIFFISSFLVSRVIFINNMAPFGIAFLLSISRQKEYNKYLFISAVGS IIGYISLINNIGYISLNMLEVVTITLLSYVFKNVEDKKNTIIICMIIYLEIFTYKIFVTKISTTMAMLGATFEIGCIFPI YYIINYSILCFKNMNTSHLYSNEEIVSMAITLSLVVSGTWGANIAGINLMNLISITMILIIGYVKGSTSASAIGVAMGAI SGLSSNNMMIYISIYGLCGLISGVFKETGKLMTGISYLVSFLILKFYSNINYDFKIIEVLISLTLFYIIPNKIYMKMEYE LDYQKKQKNLQENYMDKIKGIITDRLGNFSDVLYNMGNILEKLVDNEKLAMKNKSGALIENLADRVCSSCNMNHICWKRE GYYTYNALGELIRNYQENKKELPYEIERKCVKRTQLINNTEDIANNYIINEMWKKRLSECREVLANQINTMAYSVEEITK EFGQSIRFSNLTEKDIRRMLNKNNIKYKDIFCYNNENGRLIINLKIDACTGKQKCVKEILPLINKVTGKLMCVANESCNL DLKNNDCNMIFEETPKYHVASYVNKMAKDGEQCNGDSYSFGKLQSGSYMTIISDGMGSGPQAVQESSAVVELIERFAQSG FSKITAINTINSIMSIKFSQDEKFSTVDLSNIDLYEGKIDFMKVGAVASFIKRGTEVYTIKSKTLPIGVLDKVDIDIETR DLKNGDIIVMVSDGVLDYESSSAGKVEWVVEFLKNTTLNNPKEISEELIENAKKLSKGKVKDDMTAIVQKVYSLY
Sequences:
>Translated_795_residues MQYGAELLPYQRLKKIDKQKYKKSINFSSIVNMIIFFISSFLVSRVIFINNMAPFGIAFLLSISRQKEYNKYLFISAVGS IIGYISLINNIGYISLNMLEVVTITLLSYVFKNVEDKKNTIIICMIIYLEIFTYKIFVTKISTTMAMLGATFEIGCIFPI YYIINYSILCFKNMNTSHLYSNEEIVSMAITLSLVVSGTWGANIAGINLMNLISITMILIIGYVKGSTSASAIGVAMGAI SGLSSNNMMIYISIYGLCGLISGVFKETGKLMTGISYLVSFLILKFYSNINYDFKIIEVLISLTLFYIIPNKIYMKMEYE LDYQKKQKNLQENYMDKIKGIITDRLGNFSDVLYNMGNILEKLVDNEKLAMKNKSGALIENLADRVCSSCNMNHICWKRE GYYTYNALGELIRNYQENKKELPYEIERKCVKRTQLINNTEDIANNYIINEMWKKRLSECREVLANQINTMAYSVEEITK EFGQSIRFSNLTEKDIRRMLNKNNIKYKDIFCYNNENGRLIINLKIDACTGKQKCVKEILPLINKVTGKLMCVANESCNL DLKNNDCNMIFEETPKYHVASYVNKMAKDGEQCNGDSYSFGKLQSGSYMTIISDGMGSGPQAVQESSAVVELIERFAQSG FSKITAINTINSIMSIKFSQDEKFSTVDLSNIDLYEGKIDFMKVGAVASFIKRGTEVYTIKSKTLPIGVLDKVDIDIETR DLKNGDIIVMVSDGVLDYESSSAGKVEWVVEFLKNTTLNNPKEISEELIENAKKLSKGKVKDDMTAIVQKVYSLY >Mature_795_residues MQYGAELLPYQRLKKIDKQKYKKSINFSSIVNMIIFFISSFLVSRVIFINNMAPFGIAFLLSISRQKEYNKYLFISAVGS IIGYISLINNIGYISLNMLEVVTITLLSYVFKNVEDKKNTIIICMIIYLEIFTYKIFVTKISTTMAMLGATFEIGCIFPI YYIINYSILCFKNMNTSHLYSNEEIVSMAITLSLVVSGTWGANIAGINLMNLISITMILIIGYVKGSTSASAIGVAMGAI SGLSSNNMMIYISIYGLCGLISGVFKETGKLMTGISYLVSFLILKFYSNINYDFKIIEVLISLTLFYIIPNKIYMKMEYE LDYQKKQKNLQENYMDKIKGIITDRLGNFSDVLYNMGNILEKLVDNEKLAMKNKSGALIENLADRVCSSCNMNHICWKRE GYYTYNALGELIRNYQENKKELPYEIERKCVKRTQLINNTEDIANNYIINEMWKKRLSECREVLANQINTMAYSVEEITK EFGQSIRFSNLTEKDIRRMLNKNNIKYKDIFCYNNENGRLIINLKIDACTGKQKCVKEILPLINKVTGKLMCVANESCNL DLKNNDCNMIFEETPKYHVASYVNKMAKDGEQCNGDSYSFGKLQSGSYMTIISDGMGSGPQAVQESSAVVELIERFAQSG FSKITAINTINSIMSIKFSQDEKFSTVDLSNIDLYEGKIDFMKVGAVASFIKRGTEVYTIKSKTLPIGVLDKVDIDIETR DLKNGDIIVMVSDGVLDYESSSAGKVEWVVEFLKNTTLNNPKEISEELIENAKKLSKGKVKDDMTAIVQKVYSLY
Specific function: Normally needed for pro-sigma E processing during sporulation but can be bypassed in vegetative cells. Activates spoIIAA by dephosphorylation [H]
COG id: COG2208
COG function: function code TK; Serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein. Note=Polar septum [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 PP2C-like domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR001932 - InterPro: IPR014221 - InterPro: IPR010822 [H]
Pfam domain/function: PF07228 SpoIIE [H]
EC number: =3.1.3.16 [H]
Molecular weight: Translated: 90160; Mature: 90160
Theoretical pI: Translated: 8.43; Mature: 8.43
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
2.0 %Cys (Translated Protein) 4.2 %Met (Translated Protein) 6.2 %Cys+Met (Translated Protein) 2.0 %Cys (Mature Protein) 4.2 %Met (Mature Protein) 6.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MQYGAELLPYQRLKKIDKQKYKKSINFSSIVNMIIFFISSFLVSRVIFINNMAPFGIAFL CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH LSISRQKEYNKYLFISAVGSIIGYISLINNIGYISLNMLEVVTITLLSYVFKNVEDKKNT HHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCE IIICMIIYLEIFTYKIFVTKISTTMAMLGATFEIGCIFPIYYIINYSILCFKNMNTSHLY EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCHHCC SNEEIVSMAITLSLVVSGTWGANIAGINLMNLISITMILIIGYVKGSTSASAIGVAMGAI CCHHHHHHHHEEEHEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH SGLSSNNMMIYISIYGLCGLISGVFKETGKLMTGISYLVSFLILKFYSNINYDFKIIEVL HCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH ISLTLFYIIPNKIYMKMEYELDYQKKQKNLQENYMDKIKGIITDRLGNFSDVLYNMGNIL HHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH EKLVDNEKLAMKNKSGALIENLADRVCSSCNMNHICWKREGYYTYNALGELIRNYQENKK HHHHCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHH ELPYEIERKCVKRTQLINNTEDIANNYIINEMWKKRLSECREVLANQINTMAYSVEEITK CCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EFGQSIRFSNLTEKDIRRMLNKNNIKYKDIFCYNNENGRLIINLKIDACTGKQKCVKEIL HHCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHH PLINKVTGKLMCVANESCNLDLKNNDCNMIFEETPKYHVASYVNKMAKDGEQCNGDSYSF HHHHHHCCCEEEEECCCCCEEECCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC GKLQSGSYMTIISDGMGSGPQAVQESSAVVELIERFAQSGFSKITAINTINSIMSIKFSQ CCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHEEEECC DEKFSTVDLSNIDLYEGKIDFMKVGAVASFIKRGTEVYTIKSKTLPIGVLDKVDIDIETR CCCCCEEECCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCEEEECCEECCEEEC DLKNGDIIVMVSDGVLDYESSSAGKVEWVVEFLKNTTLNNPKEISEELIENAKKLSKGKV CCCCCCEEEEEECCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC KDDMTAIVQKVYSLY HHHHHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MQYGAELLPYQRLKKIDKQKYKKSINFSSIVNMIIFFISSFLVSRVIFINNMAPFGIAFL CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH LSISRQKEYNKYLFISAVGSIIGYISLINNIGYISLNMLEVVTITLLSYVFKNVEDKKNT HHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCE IIICMIIYLEIFTYKIFVTKISTTMAMLGATFEIGCIFPIYYIINYSILCFKNMNTSHLY EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCHHCC SNEEIVSMAITLSLVVSGTWGANIAGINLMNLISITMILIIGYVKGSTSASAIGVAMGAI CCHHHHHHHHEEEHEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH SGLSSNNMMIYISIYGLCGLISGVFKETGKLMTGISYLVSFLILKFYSNINYDFKIIEVL HCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH ISLTLFYIIPNKIYMKMEYELDYQKKQKNLQENYMDKIKGIITDRLGNFSDVLYNMGNIL HHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH EKLVDNEKLAMKNKSGALIENLADRVCSSCNMNHICWKREGYYTYNALGELIRNYQENKK HHHHCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHH ELPYEIERKCVKRTQLINNTEDIANNYIINEMWKKRLSECREVLANQINTMAYSVEEITK CCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EFGQSIRFSNLTEKDIRRMLNKNNIKYKDIFCYNNENGRLIINLKIDACTGKQKCVKEIL HHCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHH PLINKVTGKLMCVANESCNLDLKNNDCNMIFEETPKYHVASYVNKMAKDGEQCNGDSYSF HHHHHHCCCEEEEECCCCCEEECCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC GKLQSGSYMTIISDGMGSGPQAVQESSAVVELIERFAQSGFSKITAINTINSIMSIKFSQ CCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHEEEECC DEKFSTVDLSNIDLYEGKIDFMKVGAVASFIKRGTEVYTIKSKTLPIGVLDKVDIDIETR CCCCCEEECCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCEEEECCEECCEEEC DLKNGDIIVMVSDGVLDYESSSAGKVEWVVEFLKNTTLNNPKEISEELIENAKKLSKGKV CCCCCCEEEEEECCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC KDDMTAIVQKVYSLY HHHHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7584024; 8830262; 9384377; 2832371; 8113187; 7570023 [H]