| Definition | Shewanella halifaxensis HAW-EB4 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010334 |
| Length | 5,226,917 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is ybbP [H]
Identifier: 167624524
GI number: 167624524
Start: 3157138
End: 3159591
Strand: Reverse
Name: ybbP [H]
Synonym: Shal_2603
Alternate gene names: 167624524
Gene position: 3159591-3157138 (Counterclockwise)
Preceding gene: 167624525
Following gene: 167624521
Centisome position: 60.45
GC content: 49.02
Gene sequence:
>2454_bases ATGGAGCTAAGTTTAGCCTGGCGACTGTTTAAAAGAGAGTTGCATCAAGGGCAGTTATTGCTGATTATTCTCGCCATTAC TTTGGCTGTTTTATCGGTAACGGGTCTTGCTAGCGTGAGTGAGCGCTTGCAGTTAGCCATTAATGGTCAAGCGTCAACAT TTATCGCCGCAGACCGCATCATTGACTCACCGGCCAAAATTGATCCGCAAATATTAACCTTGGCTGATAAGTTAGGTTTA GCTCGCGTTGGCAGCATGCAGTTCAACTCCATGGTCTATGCTGGGGATGCCTTTCAGCTCGTGACTGTAAGGGCCGTTGA GCAAGGTTATCCACTCAAGGGCGATATTGAGCTGAGTGGCGGCAAAGCCCAAGGCTTGCCTCTGGCTGACAACATCTGGT TTGAAACGCGGCTCGGTGGCCTGTTAGGTTATCCGGAGCAGATAGAACTGGGTAATGCTAATTTTAATTTGTCCAAGGAA ATTATCCGCCTGCCTGATGCGGGATTTAACCCGTTTGCGTCATCCCCTGTTGTACTGATGCGCATCGAAGATGTTGCTAA GACGCAAGTTATCCAGCCGGGTAGTCGCGTGACCTATCGATACCAGTTTACAGGTAATAGTCGTCAGCTCAGTGCATTTG AGCAGCAAGCAAAGCCACTACTCAACACCAGTCAGCGTTGGGTCGATGTGCAGTCGGGGGACTCGCCAATCGCGGCAGCG GTACAGCGTGCCGAGCGATTCTTACTATTAGCCAGCCTATTAGGCATAGCGCTCGCCTGTGCGGCCATTGGTATTGCGGC GCAGCGATATTGCCAGCGTCATTATGATGTGGTGGCTATGCTGAAAACCTTTGGTGCATCGGCAAAACAGATCAGAGTGT TATTTGGCACTCATCTGCTGCTGGTTACCACCGTTGGCGTACTGCTTGGTTTGCTCGGTGGTTTTGCCTTAGATAGAGGG ATCACAGCATTTCTACCGATAGAGATTGCCGCTTATACCCCACCGATTGGTCGGCCAATCATGTTAGGTATAGCGACAGG CTTTATTAGTGCTTTTATGTTCTCGGCTTATCCGCTAATGCGTCTATTGGCGATTCCACCTCTTCGGGTACTACAGCGTC AACTTGAAGGCTTGCAGCTGGGGATGTGGCTACACCTTATTTTAAGCTTAGGTGCGATGGCGCTGCTGGGCTATCTCTAC TCTCAAAGCTTAGCGCTAACCTTAACCGTCGTGGCTGCCGTATTGCTGCTGGGAGCCTTACTGAGTGTGCTGGGCTTTTT TATGATCCGTTTAGGTCACAGTGTTGGGATGAAAACCACCAATCCGCTACAGCTGGCGCTCGCTGGTCTTAGGCGCAGAG CCAAGCAAAATGCGGTGCAGCTTGTTGGTTTCAGTAGCGCCTTGGTATTGTTATTAACGATTCTGGCGCTTAGACAAGAT TTGTTGCAGGAGTGGCAAAAGCAATTACCCGAAAACTCACCTAACTACTTCTTAGTCAATATTGCACCAGAAGAAACGCA AATCATTAGTGATTTCTTGGCGCCTCACCTTAAAACATCACCCATTATCTATCCTGTGGTGCGCGGTCGTTTAACTGAGA TTAATGGTGAGGAGTTGATCTCTAACGCGCAAAAGCAAGAGGGGAGTGAAGGGAGAGTTGGGATCTCTCGTGAGCTCAAC TTAACCTATCAAGCGAGCTTGCCACCCAATAATGAGATCTTAGAGGGCGAATTTAATCAAGATACACTCGATGTATCGGT GGAATCAGGAGTTGCCGAGCGCTTAGGGGTATCGATAGGTGATAGCTTAACTTACACCATAGATAATCAACCGCTTACGG TTAAGGTGACCAGTATTCGTGCGGTACATTGGGAAACGCTGCAGCCTAATTTCTTTATGATTTTTACTAAAGAAGCATTG GCACCGTTTGCTTATACCTCGATGTCGAGTTTTCACCTTGCAGACTCTCAACGAGGGTTGATTTTGGATTTGATTAAGCA GTTTCCTACCGTATCCATTATCGATGTCGGCGCTATGGTGAGTCAGCTGAGGCAGATTATCGACCAAGTGTCCTTGTCAC TGACACTCGTATTGATATTGGTGTTATTGGCGAGTGCTCTGGTGATGATAGCTCAGACCGAAGCGGGCATGGCAACGAGG CAAAGAGAGCTCGCGGTATTGCGCACCTTTGGCGCATCGGGATGGTTACTGCGAGCGGCAACCGGACTTGAGTTTGCCCT GTTAGGGACCATTGCAGGTATATTGGCCGTGATAGTGGCGGAGTTCACGCTTTACCTGCTAAAGACTCAGGTGTTTGAGC TTAATGTCTACATGCATTGGCCTTGGTGGGGGATAGCGCCGTTATGTGGTGGTTTAATTGTGGCGTTGCTCGGCATTTGG CGCTGCAGGCAGCTACTGAATAAGTCGTGTGGTGAGCTACTTAAAGGCCACTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTGCGAGTCGTTGCCAGAGACAGTTCATTATGGACTCAGGCTATTTGAGCGAAAAACAGAGCGAAAAGCACAAAAGTGAT ATCGTCGATGAGGCAAGCGC
Downstream 100 bases:
>100_bases AGTGGATGAAACGCCAATGTATAGGGATAGTTTAGCTATCCCTTTTTATAAAGTTAACTGCTTATGCTGCAGGTAAGTTG CAGATAAGCGAAGACTAAGT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 817; Mature: 817
Protein sequence:
>817_residues MELSLAWRLFKRELHQGQLLLIILAITLAVLSVTGLASVSERLQLAINGQASTFIAADRIIDSPAKIDPQILTLADKLGL ARVGSMQFNSMVYAGDAFQLVTVRAVEQGYPLKGDIELSGGKAQGLPLADNIWFETRLGGLLGYPEQIELGNANFNLSKE IIRLPDAGFNPFASSPVVLMRIEDVAKTQVIQPGSRVTYRYQFTGNSRQLSAFEQQAKPLLNTSQRWVDVQSGDSPIAAA VQRAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMLKTFGASAKQIRVLFGTHLLLVTTVGVLLGLLGGFALDRG ITAFLPIEIAAYTPPIGRPIMLGIATGFISAFMFSAYPLMRLLAIPPLRVLQRQLEGLQLGMWLHLILSLGAMALLGYLY SQSLALTLTVVAAVLLLGALLSVLGFFMIRLGHSVGMKTTNPLQLALAGLRRRAKQNAVQLVGFSSALVLLLTILALRQD LLQEWQKQLPENSPNYFLVNIAPEETQIISDFLAPHLKTSPIIYPVVRGRLTEINGEELISNAQKQEGSEGRVGISRELN LTYQASLPPNNEILEGEFNQDTLDVSVESGVAERLGVSIGDSLTYTIDNQPLTVKVTSIRAVHWETLQPNFFMIFTKEAL APFAYTSMSSFHLADSQRGLILDLIKQFPTVSIIDVGAMVSQLRQIIDQVSLSLTLVLILVLLASALVMIAQTEAGMATR QRELAVLRTFGASGWLLRAATGLEFALLGTIAGILAVIVAEFTLYLLKTQVFELNVYMHWPWWGIAPLCGGLIVALLGIW RCRQLLNKSCGELLKGH
Sequences:
>Translated_817_residues MELSLAWRLFKRELHQGQLLLIILAITLAVLSVTGLASVSERLQLAINGQASTFIAADRIIDSPAKIDPQILTLADKLGL ARVGSMQFNSMVYAGDAFQLVTVRAVEQGYPLKGDIELSGGKAQGLPLADNIWFETRLGGLLGYPEQIELGNANFNLSKE IIRLPDAGFNPFASSPVVLMRIEDVAKTQVIQPGSRVTYRYQFTGNSRQLSAFEQQAKPLLNTSQRWVDVQSGDSPIAAA VQRAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMLKTFGASAKQIRVLFGTHLLLVTTVGVLLGLLGGFALDRG ITAFLPIEIAAYTPPIGRPIMLGIATGFISAFMFSAYPLMRLLAIPPLRVLQRQLEGLQLGMWLHLILSLGAMALLGYLY SQSLALTLTVVAAVLLLGALLSVLGFFMIRLGHSVGMKTTNPLQLALAGLRRRAKQNAVQLVGFSSALVLLLTILALRQD LLQEWQKQLPENSPNYFLVNIAPEETQIISDFLAPHLKTSPIIYPVVRGRLTEINGEELISNAQKQEGSEGRVGISRELN LTYQASLPPNNEILEGEFNQDTLDVSVESGVAERLGVSIGDSLTYTIDNQPLTVKVTSIRAVHWETLQPNFFMIFTKEAL APFAYTSMSSFHLADSQRGLILDLIKQFPTVSIIDVGAMVSQLRQIIDQVSLSLTLVLILVLLASALVMIAQTEAGMATR QRELAVLRTFGASGWLLRAATGLEFALLGTIAGILAVIVAEFTLYLLKTQVFELNVYMHWPWWGIAPLCGGLIVALLGIW RCRQLLNKSCGELLKGH >Mature_817_residues MELSLAWRLFKRELHQGQLLLIILAITLAVLSVTGLASVSERLQLAINGQASTFIAADRIIDSPAKIDPQILTLADKLGL ARVGSMQFNSMVYAGDAFQLVTVRAVEQGYPLKGDIELSGGKAQGLPLADNIWFETRLGGLLGYPEQIELGNANFNLSKE IIRLPDAGFNPFASSPVVLMRIEDVAKTQVIQPGSRVTYRYQFTGNSRQLSAFEQQAKPLLNTSQRWVDVQSGDSPIAAA VQRAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMLKTFGASAKQIRVLFGTHLLLVTTVGVLLGLLGGFALDRG ITAFLPIEIAAYTPPIGRPIMLGIATGFISAFMFSAYPLMRLLAIPPLRVLQRQLEGLQLGMWLHLILSLGAMALLGYLY SQSLALTLTVVAAVLLLGALLSVLGFFMIRLGHSVGMKTTNPLQLALAGLRRRAKQNAVQLVGFSSALVLLLTILALRQD LLQEWQKQLPENSPNYFLVNIAPEETQIISDFLAPHLKTSPIIYPVVRGRLTEINGEELISNAQKQEGSEGRVGISRELN LTYQASLPPNNEILEGEFNQDTLDVSVESGVAERLGVSIGDSLTYTIDNQPLTVKVTSIRAVHWETLQPNFFMIFTKEAL APFAYTSMSSFHLADSQRGLILDLIKQFPTVSIIDVGAMVSQLRQIIDQVSLSLTLVLILVLLASALVMIAQTEAGMATR QRELAVLRTFGASGWLLRAATGLEFALLGTIAGILAVIVAEFTLYLLKTQVFELNVYMHWPWWGIAPLCGGLIVALLGIW RCRQLLNKSCGELLKGH
Specific function: Unknown
COG id: COG3127
COG function: function code Q; Predicted ABC-type transport system involved in lysophospholipase L1 biosynthesis, permease component
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the ABC-4 integral membrane protein family [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786704, Length=797, Percent_Identity=36.762860727729, Blast_Score=454, Evalue=1e-129,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003838 [H]
Pfam domain/function: PF02687 FtsX [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 89142; Mature: 89142
Theoretical pI: Translated: 8.42; Mature: 8.42
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 2.2 %Met (Translated Protein) 2.8 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 2.2 %Met (Mature Protein) 2.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MELSLAWRLFKRELHQGQLLLIILAITLAVLSVTGLASVSERLQLAINGQASTFIAADRI CCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCEEEEHHHH IDSPAKIDPQILTLADKLGLARVGSMQFNSMVYAGDAFQLVTVRAVEQGYPLKGDIELSG HCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCEEECCEEEECCCEEEEEEEEHHCCCCCCCEEEECC GKAQGLPLADNIWFETRLGGLLGYPEQIELGNANFNLSKEIIRLPDAGFNPFASSPVVLM CCCCCCCCCCCCCHHHHHCHHCCCCCCEEECCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEE RIEDVAKTQVIQPGSRVTYRYQFTGNSRQLSAFEQQAKPLLNTSQRWVDVQSGDSPIAAA EEHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEEECCCCCHHHHH VQRAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMLKTFGASAKQIRVLFGTHLL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH LVTTVGVLLGLLGGFALDRGITAFLPIEIAAYTPPIGRPIMLGIATGFISAFMFSAYPLM HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH RLLAIPPLRVLQRQLEGLQLGMWLHLILSLGAMALLGYLYSQSLALTLTVVAAVLLLGAL HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LSVLGFFMIRLGHSVGMKTTNPLQLALAGLRRRAKQNAVQLVGFSSALVLLLTILALRQD HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHH LLQEWQKQLPENSPNYFLVNIAPEETQIISDFLAPHLKTSPIIYPVVRGRLTEINGEELI HHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHCCEEECCCHHHHH SNAQKQEGSEGRVGISRELNLTYQASLPPNNEILEGEFNQDTLDVSVESGVAERLGVSIG HHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEECCCCCCCEEEEEHHCCHHHHHCCCCC DSLTYTIDNQPLTVKVTSIRAVHWETLQPNFFMIFTKEALAPFAYTSMSSFHLADSQRGL CCEEEEECCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEHHHHCCHHHHCCCCEEECCCCCCH ILDLIKQFPTVSIIDVGAMVSQLRQIIDQVSLSLTLVLILVLLASALVMIAQTEAGMATR HHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHH QRELAVLRTFGASGWLLRAATGLEFALLGTIAGILAVIVAEFTLYLLKTQVFELNVYMHW HHHHHHHHHCCCCCCEEEHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEEEC PWWGIAPLCGGLIVALLGIWRCRQLLNKSCGELLKGH CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure MELSLAWRLFKRELHQGQLLLIILAITLAVLSVTGLASVSERLQLAINGQASTFIAADRI CCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCEEEEHHHH IDSPAKIDPQILTLADKLGLARVGSMQFNSMVYAGDAFQLVTVRAVEQGYPLKGDIELSG HCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCEEECCEEEECCCEEEEEEEEHHCCCCCCCEEEECC GKAQGLPLADNIWFETRLGGLLGYPEQIELGNANFNLSKEIIRLPDAGFNPFASSPVVLM CCCCCCCCCCCCCHHHHHCHHCCCCCCEEECCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEE RIEDVAKTQVIQPGSRVTYRYQFTGNSRQLSAFEQQAKPLLNTSQRWVDVQSGDSPIAAA EEHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEEECCCCCHHHHH VQRAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMLKTFGASAKQIRVLFGTHLL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH LVTTVGVLLGLLGGFALDRGITAFLPIEIAAYTPPIGRPIMLGIATGFISAFMFSAYPLM HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH RLLAIPPLRVLQRQLEGLQLGMWLHLILSLGAMALLGYLYSQSLALTLTVVAAVLLLGAL HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LSVLGFFMIRLGHSVGMKTTNPLQLALAGLRRRAKQNAVQLVGFSSALVLLLTILALRQD HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHH LLQEWQKQLPENSPNYFLVNIAPEETQIISDFLAPHLKTSPIIYPVVRGRLTEINGEELI HHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHCCEEECCCHHHHH SNAQKQEGSEGRVGISRELNLTYQASLPPNNEILEGEFNQDTLDVSVESGVAERLGVSIG HHHHHCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEECCCCCCCEEEEEHHCCHHHHHCCCCC DSLTYTIDNQPLTVKVTSIRAVHWETLQPNFFMIFTKEALAPFAYTSMSSFHLADSQRGL CCEEEEECCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEHHHHCCHHHHCCCCEEECCCCCCH ILDLIKQFPTVSIIDVGAMVSQLRQIIDQVSLSLTLVLILVLLASALVMIAQTEAGMATR HHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHH QRELAVLRTFGASGWLLRAATGLEFALLGTIAGILAVIVAEFTLYLLKTQVFELNVYMHW HHHHHHHHHCCCCCCEEEHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEEEC PWWGIAPLCGGLIVALLGIWRCRQLLNKSCGELLKGH CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9278503 [H]