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The map label for this gene is opuD [H]

Identifier: 148652686

GI number: 148652686

Start: 1041769

End: 1043397

Strand: Direct

Name: opuD [H]

Synonym: PsycPRwf_0877

Alternate gene names: 148652686

Gene position: 1041769-1043397 (Clockwise)

Preceding gene: 148652685

Following gene: 148652692

Centisome position: 34.97

GC content: 44.87

Gene sequence:

>1629_bases
ATGAGTGAGTTGAAAATTGGTCGATTGGGTCCTTTTCCCAAGGTCAATAAGCCGGTATTTATAGCCTCAGTTGTATTGAT
TGTCGGGTTTATCATTTTTGGGGCTCTATTTCCAAAAGTGGCCAATACCGTATTTACACAAGCCCAAAGCTTTATTACCC
ACAGATTTGGTTGGTTTTTTATTGTGGTCATGAATGCCGCAGTGGTGATGTGTCTGTATTTAATTTTTAGTAAATATGGC
GACATTCGTCTGGGACATCAGACTGAAGCACCGCAGTATAGTTTGCCATCTTGGATTGGCATGTTGTTCTCGGCAGGCAT
TGGTATTGGTATTATGTACTGGGGTACTGCTGAGCCAGTGTACCATTTTATGGCACCACCTTTGGGCGAGAAAGAGACCG
TGGAAGCCGCTAAACAGGCGATGAACATCTCATTTTTGCATTATGGTATTCATGCTTGGGCTATTTATGCGTTTGTGGCG
CTGTCTTTGGCCTATTTTCATTTTCGCCGTGGTTTACCACTGGCCATTCGTTCAGCGCTATACCCTATATTAGGTAAGCG
CATTTATGGCGGCTGGGGCCATACGGTAGATACCTTAGCGGTATTTGGTACCATGTTCGGTGTGGTGACAACTTTGGGTC
TTGGCGTGTTACAGATTAACTCAGGTCTAGAGGGCCTATTTAGTCTGCCCAATAACATCACCATACAGATTGTGTTGATC
GGCTTTATTACCTTACTGGCCTGTGGCTCATTAATGCTAGGCTTGGACAAAGGTATCAAGCGGTTAAGCGATCTTAATAT
CTTTTTGACCTTTGTGCTGTTGGCTTTTGCTTTTATATTGGGCCCCAGTCAGTACATTATGGACAGTTTCGTCGAAAATA
TTGGTAATTATGCCCAAAACCTAATTCAGTTGGCCTTTTGGAATGAAGCTTACTCTAAGACAGATTGGCAGTCTGCTTGG
ACCATTTTCTATTGGGCTTGGTGGGTAAGTTGGTCACCTTTTGTTGGTGTCTTTATTGCTCGTATTAGCCGTGGCCGCAC
CATTCGTGAGTTTTTATTGGGCGTGCTATTTGTGCCAATGGCTATTTTATTCTTCTGGTTCACTACCTTTGGTGGGGTGG
CGGTGAATATGGAGCTACTAGGCAACCCAGGCTTTATCGAAGTGGTGCAAAATGATTATGGTAATGCCATCTTTAAACTG
ATGGAGTTCTACCCCTTTACTCAGGCCACCACCTTGCTGATTGTGGTGATGATTGTGCTGTGGTTTGTGACCTCATCAGA
CTCTGCAAGCTTCGTGATTGATATGTTAACCTCAGGTGGTGATGCCAATCCTCCTAAGATTCAACGTCTATTTTGGGCAG
TGGCTCAAGGATTGGTAGCTGCTATTTTGCTGGCAGCGGGTGGATTGGGTGCGTTACAAGCGGCAGCTATTGTGGCAGGC
TTTCCATTTGCCGTGGTGATAGTGGTGATGATGTACTCCTTAATGCGAGGTTTAAGCCGTGACCGCTTAATCTTATACCG
CGCTCATCAGTGGTTTATTACCGAGGAGTCGGCTGAGCACAATACTGCTGATGAATTCGTTGATGAAGAGCTGTTGAAAG
GTCCCCCTAAGATTATCTCAGGCGATTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CAATTAAAGTTGGTTAATTTATTACAGCAAAGCTGTTGCAAAAATTGCTTATTATTAAGAGGATTGTTAAGGTGGCTACT
TTTTAAAACAAGGTAGATAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
CAGCGCATAAGTATAGCGTAGCAAAAAAAATAGCCCACAAAACGTGGGCTATTTTTCTGTCTGATAAAAAAACAGAAAGC
GGGTTAACGCCGATAATCTG

Product: choline/carnitine/betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 542; Mature: 541

Protein sequence:

>542_residues
MSELKIGRLGPFPKVNKPVFIASVVLIVGFIIFGALFPKVANTVFTQAQSFITHRFGWFFIVVMNAAVVMCLYLIFSKYG
DIRLGHQTEAPQYSLPSWIGMLFSAGIGIGIMYWGTAEPVYHFMAPPLGEKETVEAAKQAMNISFLHYGIHAWAIYAFVA
LSLAYFHFRRGLPLAIRSALYPILGKRIYGGWGHTVDTLAVFGTMFGVVTTLGLGVLQINSGLEGLFSLPNNITIQIVLI
GFITLLACGSLMLGLDKGIKRLSDLNIFLTFVLLAFAFILGPSQYIMDSFVENIGNYAQNLIQLAFWNEAYSKTDWQSAW
TIFYWAWWVSWSPFVGVFIARISRGRTIREFLLGVLFVPMAILFFWFTTFGGVAVNMELLGNPGFIEVVQNDYGNAIFKL
MEFYPFTQATTLLIVVMIVLWFVTSSDSASFVIDMLTSGGDANPPKIQRLFWAVAQGLVAAILLAAGGLGALQAAAIVAG
FPFAVVIVVMMYSLMRGLSRDRLILYRAHQWFITEESAEHNTADEFVDEELLKGPPKIISGD

Sequences:

>Translated_542_residues
MSELKIGRLGPFPKVNKPVFIASVVLIVGFIIFGALFPKVANTVFTQAQSFITHRFGWFFIVVMNAAVVMCLYLIFSKYG
DIRLGHQTEAPQYSLPSWIGMLFSAGIGIGIMYWGTAEPVYHFMAPPLGEKETVEAAKQAMNISFLHYGIHAWAIYAFVA
LSLAYFHFRRGLPLAIRSALYPILGKRIYGGWGHTVDTLAVFGTMFGVVTTLGLGVLQINSGLEGLFSLPNNITIQIVLI
GFITLLACGSLMLGLDKGIKRLSDLNIFLTFVLLAFAFILGPSQYIMDSFVENIGNYAQNLIQLAFWNEAYSKTDWQSAW
TIFYWAWWVSWSPFVGVFIARISRGRTIREFLLGVLFVPMAILFFWFTTFGGVAVNMELLGNPGFIEVVQNDYGNAIFKL
MEFYPFTQATTLLIVVMIVLWFVTSSDSASFVIDMLTSGGDANPPKIQRLFWAVAQGLVAAILLAAGGLGALQAAAIVAG
FPFAVVIVVMMYSLMRGLSRDRLILYRAHQWFITEESAEHNTADEFVDEELLKGPPKIISGD
>Mature_541_residues
SELKIGRLGPFPKVNKPVFIASVVLIVGFIIFGALFPKVANTVFTQAQSFITHRFGWFFIVVMNAAVVMCLYLIFSKYGD
IRLGHQTEAPQYSLPSWIGMLFSAGIGIGIMYWGTAEPVYHFMAPPLGEKETVEAAKQAMNISFLHYGIHAWAIYAFVAL
SLAYFHFRRGLPLAIRSALYPILGKRIYGGWGHTVDTLAVFGTMFGVVTTLGLGVLQINSGLEGLFSLPNNITIQIVLIG
FITLLACGSLMLGLDKGIKRLSDLNIFLTFVLLAFAFILGPSQYIMDSFVENIGNYAQNLIQLAFWNEAYSKTDWQSAWT
IFYWAWWVSWSPFVGVFIARISRGRTIREFLLGVLFVPMAILFFWFTTFGGVAVNMELLGNPGFIEVVQNDYGNAIFKLM
EFYPFTQATTLLIVVMIVLWFVTSSDSASFVIDMLTSGGDANPPKIQRLFWAVAQGLVAAILLAAGGLGALQAAAIVAGF
PFAVVIVVMMYSLMRGLSRDRLILYRAHQWFITEESAEHNTADEFVDEELLKGPPKIISGD

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=514, Percent_Identity=38.1322957198444, Blast_Score=372, Evalue=1e-104,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=471, Percent_Identity=29.5116772823779, Blast_Score=223, Evalue=2e-59,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=452, Percent_Identity=29.4247787610619, Blast_Score=211, Evalue=1e-55,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 60137; Mature: 60005

Theoretical pI: Translated: 7.32; Mature: 7.32

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
3.3 %Met     (Translated Protein)
3.7 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
3.1 %Met     (Mature Protein)
3.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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CC
>Mature Secondary Structure 
SELKIGRLGPFPKVNKPVFIASVVLIVGFIIFGALFPKVANTVFTQAQSFITHRFGWFF
CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IVVMNAAVVMCLYLIFSKYGDIRLGHQTEAPQYSLPSWIGMLFSAGIGIGIMYWGTAEPV
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHH
YHFMAPPLGEKETVEAAKQAMNISFLHYGIHAWAIYAFVALSLAYFHFRRGLPLAIRSAL
HHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH
YPILGKRIYGGWGHTVDTLAVFGTMFGVVTTLGLGVLQINSGLEGLFSLPNNITIQIVLI
HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCHHHHHHCCCCCEEEHHHH
GFITLLACGSLMLGLDKGIKRLSDLNIFLTFVLLAFAFILGPSQYIMDSFVENIGNYAQN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIQLAFWNEAYSKTDWQSAWTIFYWAWWVSWSPFVGVFIARISRGRTIREFLLGVLFVPM
HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH
AILFFWFTTFGGVAVNMELLGNPGFIEVVQNDYGNAIFKLMEFYPFTQATTLLIVVMIVL
HHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH
WFVTSSDSASFVIDMLTSGGDANPPKIQRLFWAVAQGLVAAILLAAGGLGALQAAAIVAG
HHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHC
FPFAVVIVVMMYSLMRGLSRDRLILYRAHQWFITEESAEHNTADEFVDEELLKGPPKIIS
CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCC
GD
CC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]