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The map label for this gene is ygcB [C]

Identifier: 148642226

GI number: 148642226

Start: 157490

End: 159694

Strand: Reverse

Name: ygcB [C]

Synonym: Msm_0166

Alternate gene names: 148642226

Gene position: 159694-157490 (Counterclockwise)

Preceding gene: 148642227

Following gene: 148642225

Centisome position: 8.62

GC content: 24.72

Gene sequence:

>2205_bases
ATGGTTATTTTAGCTAAACCTAATGAAACATTAATGGAGCATACGGAAAATACTTTAAAAGTTTTTAAATGTATTAAAGA
ATGTTATCCTGATGTTCCTAAAATATGTGGTGTTCCTGATTTTTGGGAACATCTTTTTTATATTTTATTTTTCCACGATT
TTGGTAAAGCAGCAGTAGGTTTTCAAAATTCTTTAAATTCAAATAATTATTGGGGATATAGGCATGAAATACTATCTGCA
TGTTTTATTATTTCTTTAAATGATATTTTTCCAGAAGTTACAATAAATGCAATTGGTTTAACAATTATAACTCACCATAA
AGATGTTAAAAAGTTAAGGAAAGATTATCAAATAAAAAATAAAGAAGCTAAACGTGTTTTTGACGAAAAATTATTTGAGT
TAAAACCTAATTTTGATGAGTTAATATCTTATTTAAATTTAGTTCCAAAATTGAGCGAAAAATATTTGGGATATAAATTA
AAAACGCCTAATAATATTTCTTTTGAAGATTTAAGAAGTGTTTATAATCAAACAGTGCTTAATTATTTTAAAGATTTTAA
GATAGGTAATTATAATGAATTACATGGTATTTATGGTTATTTTTTAAAAGGTTTTATGAATGCTTGTGATTATTTAGCTT
CAGGATCTAAATATGAAATACTTTCAGCAGTAAAAAATGGAGATTTATATACTTTTGATTCATTAAGAAAAACACAACTG
ATAGCTTCTAAAACAAAAGGAAGTAGTTTCTTAATAGCCCCAACTGGTAGTGGTAAAACAGAAGCTTCTTTTTTATGGGC
GGATAATAATCAGACTGATAATTTTTCTAAAAGGATTTTTTATGTTTTGCCGTTTACTGCAAGCATAAATGCTATGTATA
ATAGATTAGTCAAAGATTTGGGCTCTGATGAATTAGTAGGCATTTCTCATGGTAAAGCATCTTATTTTATTTATAAATCT
GTTGAGTCTGGAGATTATGATGAGTCTAACTTTGAAACTAAAAGAATTCAAAATTTAACAAAGAAAATATATAGGCCTTA
TAAAATTTTAACACCTTTTCAACTTATTAAATTCTTTTTTGGAGTTAAAGGTTTTGAAATGGGATTATCTGAATTAACAA
ACAGTTTATTAATTTTAGATGAAATTCATGCATATGATGCTAGAGTCACTTGTTTGTTATTAGAATCTCTTAAAATTTTA
AAAAGTAAATTTGATGTAGATATTTTTATCATGTCTGCTACACTTCCGTCTTTTTTAAAAAATCTTTTTTCTAAGGAATT
GGATATTTCTAATTTCATATCTTTAGATTCAAAAGAATTAGATTCATTTACTCGCCATAAAGTTAATATAATTAATAATT
GTATTGAGAATTGTTGCGATAAAATATTAAATGATATAAATTCTGGTAAAAAAGTATTGATTGTCTGCAATACTGTGGAT
AAAGCCCAATTTATTTATGAATGGTTTAAGGAAAAGGATGTGGATAATTCTGCATTATTACATAGTAGATTTATATTAAA
AGATAGGGAAAGAATAGAAAAAAATTTAGATAATTTAAATCTGTTAATAGGTACTCAAGCTATTGAAGTTTCTTTAGATA
TTGATTATGATGTTTTATATTCTGAGCCAGCTCCATTGGATGCATTAATTCAAAGATTTGGTAGGGTTAATCGCAGAGGA
TGGAAAGATGATATTATTAAACAGGTTAATATTTTTAAAATAGGGTCTGATAATGATAAATATATTTATAATCAAAATTT
GGTTAATAAAACATTAGATGTTTTAAATAATTTTGATATTTTACCAGAAAGTAAAATTCAAGAGATTATTGATCATGTAT
ACAGTGAGGGTTATGATTCAAAAAATCAAGAAACTTTTGATGAAGTAAAACTCTCTTTTAACAGGTTATTAAAAAATATT
GTCCCTTTTATAAATTTTAATAAAGATAATGATTTTTATAATCTTTTTGATTCTTATGAGGTTGTTCCTCAAAAATTTAG
GGAAGAATATTTGGATGAAATAAATAATAAACGATATTATAAATCTATGAGTTATTGTTTGTCAATTAGTAAAGGTCAAT
TTTTTAAACTTCAAAAGGATAATAATGTTGAATTTGATTGTAATAGCAATACTTACTTTATCGATGTAAAATATGATTCG
GAATTGGGATTAAAACTTTCGGATGAAGAATCCACAATTTTATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AACCATATCTATTGATGAATCAATTTTTTGATTATTCTGGTGATTGTTATTTTGATTCTGAGTTAAATTGGGGAGTTTGG
ATTCATAAGTAGGTTATATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATGAATTTTATGATTTCTAAAATTAATGGAACTCAAATTAATTACTATTTCATATGTAAAACTAAACTATGGTTATTTTC
TCATAATATCCAATTAGAAG

Product: helicase

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 734; Mature: 734

Protein sequence:

>734_residues
MVILAKPNETLMEHTENTLKVFKCIKECYPDVPKICGVPDFWEHLFYILFFHDFGKAAVGFQNSLNSNNYWGYRHEILSA
CFIISLNDIFPEVTINAIGLTIITHHKDVKKLRKDYQIKNKEAKRVFDEKLFELKPNFDELISYLNLVPKLSEKYLGYKL
KTPNNISFEDLRSVYNQTVLNYFKDFKIGNYNELHGIYGYFLKGFMNACDYLASGSKYEILSAVKNGDLYTFDSLRKTQL
IASKTKGSSFLIAPTGSGKTEASFLWADNNQTDNFSKRIFYVLPFTASINAMYNRLVKDLGSDELVGISHGKASYFIYKS
VESGDYDESNFETKRIQNLTKKIYRPYKILTPFQLIKFFFGVKGFEMGLSELTNSLLILDEIHAYDARVTCLLLESLKIL
KSKFDVDIFIMSATLPSFLKNLFSKELDISNFISLDSKELDSFTRHKVNIINNCIENCCDKILNDINSGKKVLIVCNTVD
KAQFIYEWFKEKDVDNSALLHSRFILKDRERIEKNLDNLNLLIGTQAIEVSLDIDYDVLYSEPAPLDALIQRFGRVNRRG
WKDDIIKQVNIFKIGSDNDKYIYNQNLVNKTLDVLNNFDILPESKIQEIIDHVYSEGYDSKNQETFDEVKLSFNRLLKNI
VPFINFNKDNDFYNLFDSYEVVPQKFREEYLDEINNKRYYKSMSYCLSISKGQFFKLQKDNNVEFDCNSNTYFIDVKYDS
ELGLKLSDEESTIL

Sequences:

>Translated_734_residues
MVILAKPNETLMEHTENTLKVFKCIKECYPDVPKICGVPDFWEHLFYILFFHDFGKAAVGFQNSLNSNNYWGYRHEILSA
CFIISLNDIFPEVTINAIGLTIITHHKDVKKLRKDYQIKNKEAKRVFDEKLFELKPNFDELISYLNLVPKLSEKYLGYKL
KTPNNISFEDLRSVYNQTVLNYFKDFKIGNYNELHGIYGYFLKGFMNACDYLASGSKYEILSAVKNGDLYTFDSLRKTQL
IASKTKGSSFLIAPTGSGKTEASFLWADNNQTDNFSKRIFYVLPFTASINAMYNRLVKDLGSDELVGISHGKASYFIYKS
VESGDYDESNFETKRIQNLTKKIYRPYKILTPFQLIKFFFGVKGFEMGLSELTNSLLILDEIHAYDARVTCLLLESLKIL
KSKFDVDIFIMSATLPSFLKNLFSKELDISNFISLDSKELDSFTRHKVNIINNCIENCCDKILNDINSGKKVLIVCNTVD
KAQFIYEWFKEKDVDNSALLHSRFILKDRERIEKNLDNLNLLIGTQAIEVSLDIDYDVLYSEPAPLDALIQRFGRVNRRG
WKDDIIKQVNIFKIGSDNDKYIYNQNLVNKTLDVLNNFDILPESKIQEIIDHVYSEGYDSKNQETFDEVKLSFNRLLKNI
VPFINFNKDNDFYNLFDSYEVVPQKFREEYLDEINNKRYYKSMSYCLSISKGQFFKLQKDNNVEFDCNSNTYFIDVKYDS
ELGLKLSDEESTIL
>Mature_734_residues
MVILAKPNETLMEHTENTLKVFKCIKECYPDVPKICGVPDFWEHLFYILFFHDFGKAAVGFQNSLNSNNYWGYRHEILSA
CFIISLNDIFPEVTINAIGLTIITHHKDVKKLRKDYQIKNKEAKRVFDEKLFELKPNFDELISYLNLVPKLSEKYLGYKL
KTPNNISFEDLRSVYNQTVLNYFKDFKIGNYNELHGIYGYFLKGFMNACDYLASGSKYEILSAVKNGDLYTFDSLRKTQL
IASKTKGSSFLIAPTGSGKTEASFLWADNNQTDNFSKRIFYVLPFTASINAMYNRLVKDLGSDELVGISHGKASYFIYKS
VESGDYDESNFETKRIQNLTKKIYRPYKILTPFQLIKFFFGVKGFEMGLSELTNSLLILDEIHAYDARVTCLLLESLKIL
KSKFDVDIFIMSATLPSFLKNLFSKELDISNFISLDSKELDSFTRHKVNIINNCIENCCDKILNDINSGKKVLIVCNTVD
KAQFIYEWFKEKDVDNSALLHSRFILKDRERIEKNLDNLNLLIGTQAIEVSLDIDYDVLYSEPAPLDALIQRFGRVNRRG
WKDDIIKQVNIFKIGSDNDKYIYNQNLVNKTLDVLNNFDILPESKIQEIIDHVYSEGYDSKNQETFDEVKLSFNRLLKNI
VPFINFNKDNDFYNLFDSYEVVPQKFREEYLDEINNKRYYKSMSYCLSISKGQFFKLQKDNNVEFDCNSNTYFIDVKYDS
ELGLKLSDEESTIL

Specific function: Unknown

COG id: COG1203

COG function: function code R; Predicted helicases

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 helicase C-terminal domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1789119, Length=370, Percent_Identity=27.5675675675676, Blast_Score=113, Evalue=5e-26,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR011545
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR006474
- InterPro:   IPR014021 [H]

Pfam domain/function: PF00270 DEAD [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 85339; Mature: 85339

Theoretical pI: Translated: 6.14; Mature: 6.14

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.6 %Cys     (Translated Protein)
1.0 %Met     (Translated Protein)
2.6 %Cys+Met (Translated Protein)
1.6 %Cys     (Mature Protein)
1.0 %Met     (Mature Protein)
2.6 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MVILAKPNETLMEHTENTLKVFKCIKECYPDVPKICGVPDFWEHLFYILFFHDFGKAAVG
CEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHC
FQNSLNSNNYWGYRHEILSACFIISLNDIFPEVTINAIGLTIITHHKDVKKLRKDYQIKN
HHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHEEHHHHCCCCEEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCC
KEAKRVFDEKLFELKPNFDELISYLNLVPKLSEKYLGYKLKTPNNISFEDLRSVYNQTVL
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
NYFKDFKIGNYNELHGIYGYFLKGFMNACDYLASGSKYEILSAVKNGDLYTFDSLRKTQL
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHH
IASKTKGSSFLIAPTGSGKTEASFLWADNNQTDNFSKRIFYVLPFTASINAMYNRLVKDL
HHCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHC
GSDELVGISHGKASYFIYKSVESGDYDESNFETKRIQNLTKKIYRPYKILTPFQLIKFFF
CCCCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHHHHHHH
GVKGFEMGLSELTNSLLILDEIHAYDARVTCLLLESLKILKSKFDVDIFIMSATLPSFLK
CCCHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEHHHHHHHHH
NLFSKELDISNFISLDSKELDSFTRHKVNIINNCIENCCDKILNDINSGKKVLIVCNTVD
HHHHHCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCH
KAQFIYEWFKEKDVDNSALLHSRFILKDRERIEKNLDNLNLLIGTQAIEVSLDIDYDVLY
HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCEEEEE
SEPAPLDALIQRFGRVNRRGWKDDIIKQVNIFKIGSDNDKYIYNQNLVNKTLDVLNNFDI
CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCEEEEECCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHCCCC
LPESKIQEIIDHVYSEGYDSKNQETFDEVKLSFNRLLKNIVPFINFNKDNDFYNLFDSYE
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEECCCCCCHHHHHHHHH
VVPQKFREEYLDEINNKRYYKSMSYCLSISKGQFFKLQKDNNVEFDCNSNTYFIDVKYDS
HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHEECCCCEEEEECCCCEEEEECCCEEEEEEEECC
ELGLKLSDEESTIL
CCCCEECCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MVILAKPNETLMEHTENTLKVFKCIKECYPDVPKICGVPDFWEHLFYILFFHDFGKAAVG
CEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHC
FQNSLNSNNYWGYRHEILSACFIISLNDIFPEVTINAIGLTIITHHKDVKKLRKDYQIKN
HHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHEEHHHHCCCCEEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCC
KEAKRVFDEKLFELKPNFDELISYLNLVPKLSEKYLGYKLKTPNNISFEDLRSVYNQTVL
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
NYFKDFKIGNYNELHGIYGYFLKGFMNACDYLASGSKYEILSAVKNGDLYTFDSLRKTQL
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHH
IASKTKGSSFLIAPTGSGKTEASFLWADNNQTDNFSKRIFYVLPFTASINAMYNRLVKDL
HHCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHC
GSDELVGISHGKASYFIYKSVESGDYDESNFETKRIQNLTKKIYRPYKILTPFQLIKFFF
CCCCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHHHHHHH
GVKGFEMGLSELTNSLLILDEIHAYDARVTCLLLESLKILKSKFDVDIFIMSATLPSFLK
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NLFSKELDISNFISLDSKELDSFTRHKVNIINNCIENCCDKILNDINSGKKVLIVCNTVD
HHHHHCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCH
KAQFIYEWFKEKDVDNSALLHSRFILKDRERIEKNLDNLNLLIGTQAIEVSLDIDYDVLY
HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCEEEEE
SEPAPLDALIQRFGRVNRRGWKDDIIKQVNIFKIGSDNDKYIYNQNLVNKTLDVLNNFDI
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CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEECCCCCCHHHHHHHHH
VVPQKFREEYLDEINNKRYYKSMSYCLSISKGQFFKLQKDNNVEFDCNSNTYFIDVKYDS
HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHEECCCCEEEEECCCCEEEEECCCEEEEEEEECC
ELGLKLSDEESTIL
CCCCEECCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8688087 [H]