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The map label for this gene is lssY [H]

Identifier: 148359046

GI number: 148359046

Start: 1738706

End: 1740742

Strand: Direct

Name: lssY [H]

Synonym: LPC_0932

Alternate gene names: 148359046

Gene position: 1738706-1740742 (Clockwise)

Preceding gene: 148359045

Following gene: 148359047

Centisome position: 48.62

GC content: 34.56

Gene sequence:

>2037_bases
ATGAATTTGTTAGCAGATTATGTGCAACCACTGACTTATTGGCTACAAGCAAACCCACATTGGTCACTGTTTATTACTTT
CTTAATCGCTTTAAGCGAATCTTTAGCTGTCATTGGGAGTATTATACCCGGCTCTGTTACTATGACTGCAATAGGGATAT
TAGCAGGTTCTGGAATCATGCGTATTGATTTGACATTACTTGCCGCTACTCTGGGGGCTATTTGTGGAGATAGCCTTAGT
TATTTCTTGGGATATTTCTACAGTGATCGTTTAATTGAGATTTGGCCTTTTAGAAAATACCCGGGCTTATTGAAGTATGG
TAAAGATTTTTTTGCAAGCCATGGCGGTAAAAGTGTATTAATTGGTCGTTTTGTTGGCCCATTGCGTTCTATCATTCCAG
TTATTGCTGGAATAATGCATATGAAACAATGGAGATTCCTGATCGCAAATATAGTTTCTGCTATCGGATGGTCTATTTTA
TATGTTATGCCAGGGGTGTTGATTGGTGCAGCAGGACATGAGTTATCAGCAGAAGGAGCTACAAGGTTTTTTATCTTGAT
ATTGGTCATTCTTGCTGTTATTTGGTTGAGTAGCCTCGTTCTCAAATGGTTATTTATTAAGTTAAATTCATTTTTGAGAA
ATAACTTGCATCGTTTTTGGTTAGAGATTAAGACAAGCCCCGGATTATCTAAAGTATATTATGCTATCACTCCTGTTCAG
GAGGAAAATCATTACAATACGGTTGGTTTATTACTTTTTGCTCTCGTGATTTTTTTTCTCTTTTTAATTTTAGTTATTTT
TACCATTGAAGGTCAACTACTAGACTATATTAATGTGCCCGTGCATTTTTTTATGCAAAGCTTTCACAGTTCCTTGCTGG
AAGCAGTTTTTATTGTATGTGCTCAATTAACAAGTAAATCAACTTTAGCTGGATTATTTATCGCTTCTTGTATATGGTTT
ATTTATCATAAAAATTACCGAGCTACGGTTTATTTAAGCAGCATAACCCTATTGAGCGGTGTTATTGCTTTATTTTTAAC
TAAGATTATTGATAGCCCCAGACCGCAAGGACTATTGATTACTTTGCCTGGTTCTTCTTTTCCATCTGTTAGTGTTTCCA
TCGCAACAGCACTGTATGGTTTTATTTTATTTTACATAAATAGTAAGTATTCCTTAATAACCAGCAGTTTTAAAACAGTT
ATTTTAATTGTGCTCGGATTAAGTGGGTTTGCTAATATCTATTTAGGTGATTTTTGGTTTTCTGATATTTTAGCTGCTTA
TCTGTTGGGAGCTGAAGTATGTTTGATTCATTGTTTGGTATATAGAAGGTTTAGCACTTCTGCTATAAAGAATGTACATC
CTTTAATTATGCTCATATCACTGCTTATGGTTATTGTATTTGCAACAGCTGTTTCAACAGTTGTGAATTTTAAAGAACTG
GTTCATGACCATATGCCCTATCACAAGGAGTTTACTTTAACAGAAAAACAATGGTGGGATCAGCAAAGACCTCTTTTACC
TTTGTACAGGCTAAGCAGAATTGGAAAACGAATAAGTCTCTTAAACATTCAATATGTCGGTGATCTGGATGCATTGCAAA
ATAAGCTAGAACAATTTGGTTGGGAACCACAGAGCGATAAAACTTTTTTTACCAGATTGCTGATGCGAATGAATAGTGCA
CCATCAAACGTTAAACTGCCTTTACTCACTCAATTATATGAAAATAAAAAACCAGGCTTGATAATGACGTATCAAGATAA
AAAATCAAAGTTGATTTTTGATTTGACTATTTGGCAATCGAACTATTATTTATCTGAGCCTAAAAGAATGGTGTGGATAG
GCTCCATTCATCAAAATATTTTTAATTTAAAGCAAAAAAAATCCAAGCATAATTTACCACCAGTATTAAATCCATTGTCT
TATGTAATCCCTGCTCTTGATGACTTTACCCTTAGAAGGATTGCGCTAACTGATGATTTGGTAAAGACATCAGTTTTCCC
TACTGCTCCCTTTATTCTTTTGATAAAAACCAAATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATGACACAGATGAGTCATTTCCATCCTAATATTCAGTTAGAGGAAGTAAGCCAACATTTTGTACAGTATTTTTTGACTC
AATTTAAATAATAGGAAATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TAGAGCATAGTTGATTACAGTAAGCATGTTCTGATTTATTTATATTAGGCCTGGCTAGTAACCCATGTAAATTACTGATA
TAACTATATATGTTCTTATA

Product: DedA/PAP2 domain-containing protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 678; Mature: 678

Protein sequence:

>678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIKLNSFLRNNLHRFWLEIKTSPGLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLFALVIFFLFLILVIFTIEGQLLDYINVPVHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLAGLFIASCIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLITLPGSSFPSVSVSIATALYGFILFYINSKYSLITSSFKTV
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSAIKNVHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEL
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNSA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDKKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRMVWIGSIHQNIFNLKQKKSKHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIALTDDLVKTSVFPTAPFILLIKTK

Sequences:

>Translated_678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIKLNSFLRNNLHRFWLEIKTSPGLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLFALVIFFLFLILVIFTIEGQLLDYINVPVHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLAGLFIASCIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLITLPGSSFPSVSVSIATALYGFILFYINSKYSLITSSFKTV
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSAIKNVHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEL
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNSA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDKKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRMVWIGSIHQNIFNLKQKKSKHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIALTDDLVKTSVFPTAPFILLIKTK
>Mature_678_residues
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIMRIDLTLLAATLGAICGDSLS
YFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVLIGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSIL
YVMPGVLIGAAGHELSAEGATRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIKLNSFLRNNLHRFWLEIKTSPGLSKVYYAITPVQ
EENHYNTVGLLLFALVIFFLFLILVIFTIEGQLLDYINVPVHFFMQSFHSSLLEAVFIVCAQLTSKSTLAGLFIASCIWF
IYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLITLPGSSFPSVSVSIATALYGFILFYINSKYSLITSSFKTV
ILIVLGLSGFANIYLGDFWFSDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSAIKNVHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEL
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFGWEPQSDKTFFTRLLMRMNSA
PSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDKKSKLIFDLTIWQSNYYLSEPKRMVWIGSIHQNIFNLKQKKSKHNLPPVLNPLS
YVIPALDDFTLRRIALTDDLVKTSVFPTAPFILLIKTK

Specific function: Unknown

COG id: COG0586

COG function: function code S; Uncharacterized membrane-associated protein

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the dedA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786252, Length=178, Percent_Identity=33.7078651685393, Blast_Score=100, Evalue=3e-22,
Organism=Escherichia coli, GI1788656, Length=155, Percent_Identity=28.3870967741935, Blast_Score=70, Evalue=4e-13,
Organism=Escherichia coli, GI1789481, Length=178, Percent_Identity=28.0898876404494, Blast_Score=62, Evalue=9e-11,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR015414 [H]

Pfam domain/function: PF09335 SNARE_assoc [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 76756; Mature: 76756

Theoretical pI: Translated: 9.86; Mature: 9.86

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
2.1 %Met     (Translated Protein)
2.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
2.1 %Met     (Mature Protein)
2.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIM
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCH
RIDLTLLAATLGAICGDSLSYFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHCHHHHHCCCCCEEE
IGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSILYVMPGVLIGAAGHELSAEGA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCH
TRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIKLNSFLRNNLHRFWLEIKTSPGLSKVYYAITPVQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCC
EENHYNTVGLLLFALVIFFLFLILVIFTIEGQLLDYINVPVHFFMQSFHSSLLEAVFIVC
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQLTSKSTLAGLFIASCIWFIYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLI
HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEE
TLPGSSFPSVSVSIATALYGFILFYINSKYSLITSSFKTVILIVLGLSGFANIYLGDFWF
EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHH
SDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSAIKNVHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFG
HHHHCCCCCCEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHCC
WEPQSDKTFFTRLLMRMNSAPSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDKKSKLIFDLTIWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC
NYYLSEPKRMVWIGSIHQNIFNLKQKKSKHNLPPVLNPLSYVIPALDDFTLRRIALTDDL
CCEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH
VKTSVFPTAPFILLIKTK
HHHCCCCCCCEEEEEECC
>Mature Secondary Structure
MNLLADYVQPLTYWLQANPHWSLFITFLIALSESLAVIGSIIPGSVTMTAIGILAGSGIM
CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCH
RIDLTLLAATLGAICGDSLSYFLGYFYSDRLIEIWPFRKYPGLLKYGKDFFASHGGKSVL
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHCHHHHHCCCCCEEE
IGRFVGPLRSIIPVIAGIMHMKQWRFLIANIVSAIGWSILYVMPGVLIGAAGHELSAEGA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCCCH
TRFFILILVILAVIWLSSLVLKWLFIKLNSFLRNNLHRFWLEIKTSPGLSKVYYAITPVQ
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCC
EENHYNTVGLLLFALVIFFLFLILVIFTIEGQLLDYINVPVHFFMQSFHSSLLEAVFIVC
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AQLTSKSTLAGLFIASCIWFIYHKNYRATVYLSSITLLSGVIALFLTKIIDSPRPQGLLI
HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEE
TLPGSSFPSVSVSIATALYGFILFYINSKYSLITSSFKTVILIVLGLSGFANIYLGDFWF
EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHH
SDILAAYLLGAEVCLIHCLVYRRFSTSAIKNVHPLIMLISLLMVIVFATAVSTVVNFKEL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VHDHMPYHKEFTLTEKQWWDQQRPLLPLYRLSRIGKRISLLNIQYVGDLDALQNKLEQFG
HHHHCCCCCCEEECHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHCC
WEPQSDKTFFTRLLMRMNSAPSNVKLPLLTQLYENKKPGLIMTYQDKKSKLIFDLTIWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC
NYYLSEPKRMVWIGSIHQNIFNLKQKKSKHNLPPVLNPLSYVIPALDDFTLRRIALTDDL
CCEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH
VKTSVFPTAPFILLIKTK
HHHCCCCCCCEEEEEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 1630901; 9278503 [H]