| Definition | Flavobacterium johnsoniae UW101 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009441 |
| Length | 6,096,872 |
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The map label for this gene is 146300181
Identifier: 146300181
GI number: 146300181
Start: 2902567
End: 2904036
Strand: Direct
Name: 146300181
Synonym: Fjoh_2426
Alternate gene names: NA
Gene position: 2902567-2904036 (Clockwise)
Preceding gene: 146300180
Following gene: 146300182
Centisome position: 47.61
GC content: 30.27
Gene sequence:
>1470_bases ATGGGTATTGTCTTAAACCAGTCTTTTAAAAACACCATAATTACATATATAGGCTTTGGAATTGGAGCCATTAATACGCT TTATTTATACCCTGTTTTTTTAGGCGCAACTTTTTATGGTTTAACGAATTATATCACATCTGCAGCAAATGTTATTATGC CTTTGTTTGCAATTGGAATGCAGAATACTTTGGTTAAATTTTATTCGCAGTACCAAACAGATGAAGAAAAATCCCGTTTT TTATCCTTTACGGTTTTATTTCCGCTGTTATTAATAATTCCACTTTTGCTTATTGGTCTTGTTTTTTATGATGAGATTAT ATTCTTTGTATCAAAAAAGAATGCGATTGTAAAAAGTTATATCTGGTTAATACCATTTATAGGGCTGTGCATGGCTTATT TTGAAATTTTTTATGCCTGGCTCCGTGTAAATATGCATTCCGTTTTTGGAAACTTTATTAAAGAAGTAGGTTTACGATTG TTTTCATTATTTCTATTGATAGGCGTTTATTACGATTGGCTCAGTGTAGAAGGTTTTGTGTATGCAACAGCTGTTTTATA CTTTTTGGCATTTCTGGTTACGATGTTATACGCGTTCAGTATTCAAAAGCCAACTTTTCAGTTTACAATACCAGTTAATA CAAAAGATATATTGATATATACATTTTATATTATTTTATCTGGAAGCGTTGCCAATTTGCTTTTAGATGGAGATAAAATG ATATTGAATCAGTACATGCAGATTGAAAATATTGCGTTCTATTCTGTAGCAACTTATATTGCTTTGGTAATTTCGGTTCC GAGTCGTGCCATGCACCAAATTGTATATCCCATTACGGCAAAATTAATGCATGAAAATAAACATGACGAACTGAATCAGC TTTATAAAAAGACTTCTATAAACCTGCAGATTGTGGGTGGTTTTGTAATGCTTTGCATATTCGTAAACATTAATCAGTTG TATGAGTTGGTTCCAAAAGAATACAGCGGCGGAATTGCAGTTGTATTTATGATTGGTTTATCTAAGTACTTTGATTTAAT TTTAGGAAACAATAACGCTATCATTTTTAATACTAAATATTACCGCATGGTGCTTTATTTAGGATTAATGCTGGTTGTAC TAACAGTTGTTTTAAATATGATCTTTATTCCAATTTTCGGAATATTCGGGTCTGCTTTTGCTACTTTATTATCTATTACA TTATACAGTTTAGCTAAGCTGCTTTTTGTGGTTAAAAAGCTTAATTTATATCCTTTTACAAAAGAAACAATCTCGTCAAT GCTATTAACATTTGCTTTGTTTTTAGTATTTTATTTCTGGGAGTTTCCATTTTTTCAGCTTATCAGTATTGCCTTAAAAT CTATTTTGGTAACCATTTTATATGTTTACCTGAATTACAGATTTAATATTTCTCCGGATATTAATAAAGTTATAGACAAC ATTCTGAGAAAAATAGGAATTAAAATTTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases AATTAGTACAATTGATAAATTAAAACAACAATTTCAAAAATAAAAAGAGAGCAGAAAATCAAAAATCTTAACTCTACAAT CTAAACTCTGCAATCAAAAA
Downstream 100 bases:
>100_bases TACGATTTTATTTCGAAATAAGGAGGGTAATTTAAAATCGAATCTATTTTGTTTTTATATTTGTTAGTAGTAACTAACTA ATTATAAATGAAATATGAAA
Product: polysaccharide biosynthesis protein
Products: NA
Alternate protein names: Membrane Export Protein; Polysaccharide Transporter
Number of amino acids: Translated: 489; Mature: 488
Protein sequence:
>489_residues MGIVLNQSFKNTIITYIGFGIGAINTLYLYPVFLGATFYGLTNYITSAANVIMPLFAIGMQNTLVKFYSQYQTDEEKSRF LSFTVLFPLLLIIPLLLIGLVFYDEIIFFVSKKNAIVKSYIWLIPFIGLCMAYFEIFYAWLRVNMHSVFGNFIKEVGLRL FSLFLLIGVYYDWLSVEGFVYATAVLYFLAFLVTMLYAFSIQKPTFQFTIPVNTKDILIYTFYIILSGSVANLLLDGDKM ILNQYMQIENIAFYSVATYIALVISVPSRAMHQIVYPITAKLMHENKHDELNQLYKKTSINLQIVGGFVMLCIFVNINQL YELVPKEYSGGIAVVFMIGLSKYFDLILGNNNAIIFNTKYYRMVLYLGLMLVVLTVVLNMIFIPIFGIFGSAFATLLSIT LYSLAKLLFVVKKLNLYPFTKETISSMLLTFALFLVFYFWEFPFFQLISIALKSILVTILYVYLNYRFNISPDINKVIDN ILRKIGIKI
Sequences:
>Translated_489_residues MGIVLNQSFKNTIITYIGFGIGAINTLYLYPVFLGATFYGLTNYITSAANVIMPLFAIGMQNTLVKFYSQYQTDEEKSRF LSFTVLFPLLLIIPLLLIGLVFYDEIIFFVSKKNAIVKSYIWLIPFIGLCMAYFEIFYAWLRVNMHSVFGNFIKEVGLRL FSLFLLIGVYYDWLSVEGFVYATAVLYFLAFLVTMLYAFSIQKPTFQFTIPVNTKDILIYTFYIILSGSVANLLLDGDKM ILNQYMQIENIAFYSVATYIALVISVPSRAMHQIVYPITAKLMHENKHDELNQLYKKTSINLQIVGGFVMLCIFVNINQL YELVPKEYSGGIAVVFMIGLSKYFDLILGNNNAIIFNTKYYRMVLYLGLMLVVLTVVLNMIFIPIFGIFGSAFATLLSIT LYSLAKLLFVVKKLNLYPFTKETISSMLLTFALFLVFYFWEFPFFQLISIALKSILVTILYVYLNYRFNISPDINKVIDN ILRKIGIKI >Mature_488_residues GIVLNQSFKNTIITYIGFGIGAINTLYLYPVFLGATFYGLTNYITSAANVIMPLFAIGMQNTLVKFYSQYQTDEEKSRFL SFTVLFPLLLIIPLLLIGLVFYDEIIFFVSKKNAIVKSYIWLIPFIGLCMAYFEIFYAWLRVNMHSVFGNFIKEVGLRLF SLFLLIGVYYDWLSVEGFVYATAVLYFLAFLVTMLYAFSIQKPTFQFTIPVNTKDILIYTFYIILSGSVANLLLDGDKMI LNQYMQIENIAFYSVATYIALVISVPSRAMHQIVYPITAKLMHENKHDELNQLYKKTSINLQIVGGFVMLCIFVNINQLY ELVPKEYSGGIAVVFMIGLSKYFDLILGNNNAIIFNTKYYRMVLYLGLMLVVLTVVLNMIFIPIFGIFGSAFATLLSITL YSLAKLLFVVKKLNLYPFTKETISSMLLTFALFLVFYFWEFPFFQLISIALKSILVTILYVYLNYRFNISPDINKVIDNI LRKIGIKI
Specific function: Unknown
COG id: COG2244
COG function: function code R; Membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 56206; Mature: 56075
Theoretical pI: Translated: 9.37; Mature: 9.37
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 3.3 %Met (Translated Protein) 3.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 3.1 %Met (Mature Protein) 3.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MGIVLNQSFKNTIITYIGFGIGAINTLYLYPVFLGATFYGLTNYITSAANVIMPLFAIGM CCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QNTLVKFYSQYQTDEEKSRFLSFTVLFPLLLIIPLLLIGLVFYDEIIFFVSKKNAIVKSY HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH IWLIPFIGLCMAYFEIFYAWLRVNMHSVFGNFIKEVGLRLFSLFLLIGVYYDWLSVEGFV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YATAVLYFLAFLVTMLYAFSIQKPTFQFTIPVNTKDILIYTFYIILSGSVANLLLDGDKM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCHHH ILNQYMQIENIAFYSVATYIALVISVPSRAMHQIVYPITAKLMHENKHDELNQLYKKTSI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCC NLQIVGGFVMLCIFVNINQLYELVPKEYSGGIAVVFMIGLSKYFDLILGNNNAIIFNTKY CEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECHHH YRMVLYLGLMLVVLTVVLNMIFIPIFGIFGSAFATLLSITLYSLAKLLFVVKKLNLYPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC KETISSMLLTFALFLVFYFWEFPFFQLISIALKSILVTILYVYLNYRFNISPDINKVIDN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHH ILRKIGIKI HHHHHCCCC >Mature Secondary Structure GIVLNQSFKNTIITYIGFGIGAINTLYLYPVFLGATFYGLTNYITSAANVIMPLFAIGM CEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QNTLVKFYSQYQTDEEKSRFLSFTVLFPLLLIIPLLLIGLVFYDEIIFFVSKKNAIVKSY HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH IWLIPFIGLCMAYFEIFYAWLRVNMHSVFGNFIKEVGLRLFSLFLLIGVYYDWLSVEGFV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YATAVLYFLAFLVTMLYAFSIQKPTFQFTIPVNTKDILIYTFYIILSGSVANLLLDGDKM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCHHH ILNQYMQIENIAFYSVATYIALVISVPSRAMHQIVYPITAKLMHENKHDELNQLYKKTSI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCC NLQIVGGFVMLCIFVNINQLYELVPKEYSGGIAVVFMIGLSKYFDLILGNNNAIIFNTKY CEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECHHH YRMVLYLGLMLVVLTVVLNMIFIPIFGIFGSAFATLLSITLYSLAKLLFVVKKLNLYPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC KETISSMLLTFALFLVFYFWEFPFFQLISIALKSILVTILYVYLNYRFNISPDINKVIDN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHH ILRKIGIKI HHHHHCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA