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The map label for this gene is ypbC [H]

Identifier: 125623852

GI number: 125623852

Start: 981287

End: 982666

Strand: Reverse

Name: ypbC [H]

Synonym: llmg_1015

Alternate gene names: 125623852

Gene position: 982666-981287 (Counterclockwise)

Preceding gene: 125623853

Following gene: 125623840

Centisome position: 38.85

GC content: 37.68

Gene sequence:

>1380_bases
ATGAGTAAAAAATCCAACTCTTATTATCTTAAGGAAGCGCCCATCAGAAAAGCAATTGCTCACTTATCAATTCCCATGAT
GATTGGAATTTCCGCAACAACAATCTATAACTTAATCAATGCCTACTTTATCGGCCTTGTCCATGACACCAATATGATGT
CAACAATTACTCTAGGTTTAACAATAACCATTGTTTTTATGGCCATCGGAAACCTTTTTGGCGTCGGTGGTGGAACCTTC
ATTACTCGCTTGCTAGGTTCTGGCGATAAAGAAAAAGGAAAGAAAATCGCTGGTTACTCTTTTTATATGAGTCTAACCAT
CGGTTTGCTTATTGGTCTTGTTTCACTTTTCTTTTTAAGGCCAATCGCTCATCTACTGGGGGCAGACGCTGCAACTCTTA
CCTATACTAAAGAATACGCCGCAGTCTTATTAGGTGGTGGCTTTAGTATGATTTTAAACTATGGACTGGAACAATTAGTT
CGGGCTGAAGGTGCCTCAAAAGAATCAATGTACGGTATGTTCGTTGGAGTAGCGACTAGTATTGTCTTAGATGCCCTCTT
TATCTTAGTTTTAAATCTTCATGTCATTGGTGCTGGACTTTCAATGGTAATCGCAAATCTAGCCTCTACTGCTTATTATG
TCTGGTTTTTAGAAAATAAAAGTGAATCTCTCAAAGGGTTTTTGAAACATTTTAAAATCAGCTTAAAAGACCAATTTGAA
ATCTATAAAATTGGGATTGCGGAAGTTTTTAAATCAGCCTTTATGATTGTTACAACCCTCTTATTAAACCACTTCTCCGT
TGAATATGGAGACAATGTTCTTGCTAGTTTTGGTATCGCCCTTAGAATTACTCAACTGCCTGAATTTTTGACCATGGGAC
TCTTTTTAGGGGCTATTCCTCTCTTTGCCTATAGTTTTGCTTCTAAAAACACCCAACGCTTAAAAGAAGCTCTCAAAGAA
TTATCTATTTGGATTGGTGGAATTTCTATCCTCTTTGCCCTCATTGTCTATCTATTTAGAGTTCCGGTCATGCAACTCTT
TACCGATGATAGTGCGGTAATAAAAGTTGGATTAATCGTGCTCGCCGCACAACTTGTATCGTCCGTCTTTAATGGTTTCT
CTGGTTTATTTACTGGTATTTTTGAAGCCTCTGGTCTAGGTGCCCAAACCGGCATAATGGCTACTATCCAAGGAATTCTT
TATATTCCAATCGTCATTATCCTACATCAGTTCTATGGTTTAACTGGACTGATTTGTTCAATGACCCTAACAGAAGGAAT
TGCCTTTGTAGCTGGTCTCATCATGCTTATTCCTTATCTATTAAAATTAAACAATGGTAAACTAATGGAGAATCAACCTG
AATTAGCCGTTGCTGAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AGTTTTATGTTGACAAAATAAAAAATAAGTATTAATATATATAAACAGTTAGATATCTAACTTTTAGTTATCTATCATTT
ATTTCAGAAAGAAGAAAAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
GATATAAAAAACGAGGAACTTTGTAGAACCTCGTTTTTTTATCTTAAATCACCCCACTATTAATTAAATCAGAATGATTT
CTTCCCAAATAAGTTTCTTT

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 459; Mature: 458

Protein sequence:

>459_residues
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTF
ITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLTIGLLIGLVSLFFLRPIAHLLGADAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLV
RAEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVEYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASKNTQRLKEALKE
LSIWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGIMATIQGIL
YIPIVIILHQFYGLTGLICSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE

Sequences:

>Translated_459_residues
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTF
ITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLTIGLLIGLVSLFFLRPIAHLLGADAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLV
RAEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVEYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASKNTQRLKEALKE
LSIWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGIMATIQGIL
YIPIVIILHQFYGLTGLICSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE
>Mature_458_residues
SKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTFI
TRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLTIGLLIGLVSLFFLRPIAHLLGADAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLVR
AEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFEI
YKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVEYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASKNTQRLKEALKEL
SIWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGIMATIQGILY
IPIVIILHQFYGLTGLICSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE

Specific function: Multidrug resistance efflux protein [H]

COG id: COG0534

COG function: function code V; Na+-driven multidrug efflux pump

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the multi antimicrobial extrusion (MATE) (TC 2.A.66.1) family. MepA subfamily [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002528
- InterPro:   IPR015522 [H]

Pfam domain/function: PF01554 MatE [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 49817; Mature: 49686

Theoretical pI: Translated: 8.95; Mature: 8.95

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
3.9 %Met     (Translated Protein)
4.1 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
3.7 %Met     (Mature Protein)
3.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGL
CCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCHHHHHHHHH
TITIVFMAIGNLFGVGGGTFITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLTIGLLIGLVSLFFLR
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
PIAHLLGADAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLVRAEGASKESMYGMFVGVATS
HHHHHHCCCHHHEEEHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH
IVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHH
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVEYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIP
HEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LFAYSFASKNTQRLKEALKELSIWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIV
HHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH
LAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGIMATIQGILYIPIVIILHQFYGLTGLICS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
SKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGL
CCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCHHHHHHHHH
TITIVFMAIGNLFGVGGGTFITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLTIGLLIGLVSLFFLR
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
PIAHLLGADAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLVRAEGASKESMYGMFVGVATS
HHHHHHCCCHHHEEEHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH
IVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHH
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVEYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIP
HEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LFAYSFASKNTQRLKEALKELSIWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIV
HHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH
LAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGIMATIQGILYIPIVIILHQFYGLTGLICS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA