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The map label for this gene is dsbD [H]

Identifier: 119947209

GI number: 119947209

Start: 4421400

End: 4423604

Strand: Reverse

Name: dsbD [H]

Synonym: Ping_3607

Alternate gene names: 119947209

Gene position: 4423604-4421400 (Counterclockwise)

Preceding gene: 119947216

Following gene: 119947208

Centisome position: 97.02

GC content: 43.9

Gene sequence:

>2205_bases
ATGTGCTCGAGAATAAGATTTTTATTTCAAGCCATTGCCTGCATTTTTATTATTTGGAGCTCCACCATTAAAAAAATTCA
ATTTATAGTCCGGCCAGTTTTAAGCGCTTTATTATTGATTAGCTGCTTATTTAGCACTTTGGCATTGGCTGATGTTAAGC
AAACCTCTACAGGTTGGGTAACCGATCCTAATCATCCCCCAGTGAGCGTGTTGGCTGAGTTAACCGGGCAAATAGATAAA
GATAAAGATAAACAAAGTGTTAATGCTCTATTACAAGTTCGCCTTGCAGGCGAATGGAAAACCTATTGGCGTTCACCCGG
TGAAGGGGGAGTTGCGCCGAGCTTTGATTTTTCCAACTCAACCAATATCAAAGAGGTTAATTGGTTGTGGCCGGCCCCCA
AACGTTACCCGGTATCAGGTGTGGAAACAATCGGTTATAAAGGGCAGGTTAATTTCCCGTTAACCATAGTGCTACAAGAT
ATGGGGCAACCGGCTAGATTAAAGGGGATATTAACCCTTGCTTCGTGCACCAATATTTGTGTTTTAGGCGATTATGAAAT
TGACCTTACATTTGCTCCTAATACCCTGGTTAGCTTACCTGAAGTGGTATTTAAGTTCGGCCTGGCACTCGGCACTATTC
CCATTTTAATAACTGAACAGCAACTTTTACAGCAGCAAGATAACGCCACTATTAGCCAAGTGCGTTCTTCCTGGAATCCA
TTAAAACAGCAGTTAGTGGTACAGATGAATAATCGCTTTGGCTGGTCTAAACCGGATCTGTTTATTGACTCAGACTCGCC
TGACCTTGCTTATGTTACTTTTTCAGTTCCTGAAGTTAATATTTCAAACAAGACTATGACGGCAACCATTAAAGCCTCAA
GTTGGTCCGGTGAGGTTGATTTGGCCAATAAAGTCCTTCACGCAACGGTACTTGATACTAATCTTGCCGTGGAGTTAGTG
ACAACAACATCGGATCAAATTATCAGCAGTAAAACGGCAGACGGTCTTTTGCCCATATTTTTAATTGCCCTGTTAGGTGG
TTTAATTCTCAATATTCTGCCCTGTGTTTTGCCTGTTTTAGGAATGAAACTGAGTTCTATTTTATCTGCCCATGGCATAC
AGCGCGGTCAAATTCGCAGACAATTCTTAGCCTCCTCGCTGGGTATCTTAACTTCATTCTGGTTATTGGCCGTTTTCTTA
CTGCTATTAAAGTTATCCGGTCAGGCATTAGGCTGGGGTATTCAATTCCAAAGCCCTTATTTTATTGCTGTGATGGTGAT
TATAACGGCGCTGTTTGCGGCGAATATGTTAGGGCTGTTTGAGATTCAACTACCGGTGGCGATGCAAACCTGGCTTGCCG
GCAAAGGTTCCCAATCTTATCTTGGTCATTACCTGCAGGGCATGTTTGCAACCCTATTAGCAACACCCTGCAGTGCTCCC
TTTTTAGGTACTGCGGTGGCATTTGCGCTTGGGGGATCGATAGTAGAGTTGTTTGTTATTTTCACGGCATTAGGTCTGGG
CATGTCACTACCCTGGTTATTAATTGCTCTTTTCCCTGCGATTGCATTGTTACTGCCTAAACCCGGCAGATGGATGGGGA
CAGTTAAGTTAGTCTTTGCTCTGATGATTTTGGCAACTACTTTCTGGTTGTTAAGCCTGCTCGGCAACTTTATCGGTACG
TCAAATATGTTTTTGACGGCAGCGCTGCTGCTGGTTGTTTTATTTACTTTGACGCTCAGAAAATATGGTAAACGGATTCT
GCTAATTGCATTAATTTCATTACTCTTAAGCTCTGCACTTGGTTTTTTGCTTGGTAGTCTAACGACTGAACATTGGGCTA
GCCCGATAGCCGGCGAGCTGGATTGGTCTCCATTGGATGCAGCAGCAATCCAGCAGCAGGTGGCGTCGGGTAAGACAGTT
TTTGTTGATGTCACCGCGGACTGGTGTATTACCTGTAAAGCGAATAAAATTGGCGTGATTTTACAGGAACCGGTGTACAC
GGCTCTGCAGGCAGAAAACATCCAGTTAATGCAGGGAGATTGGACCGTCCGATCTGATTCAGTCACTGCCTATTTACAGT
CATATGGCCGATACGGTGTACCCTTTAATATTGTTTATGGGCCCGGGGCTCCAGAGGGACTGCCTTTACCGACAATATTA
AGCAGCAAGCAGGTTTTATCTGCGCTTCAACAGGCGCAAAAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GGATTTTTCGCAGAACTTTTTAAAGCGATAAATAGTGTTAAGCACTTTGAGTCATTATAATGACCAGCACCTATCCTTTA
AATTATAATATGACTGATCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TAACTGCTGCCGGTAGTTCTCCAGATATCAACTTCACGAGTTGCGATTAAAGCTGTTTTAACTGCGGTAACAACACTTTT
TTTGTTTTTTTTGAGGCAAT

Product: cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region

Products: NA

Alternate protein names: Protein-disulfide reductase; Disulfide reductase [H]

Number of amino acids: Translated: 734; Mature: 734

Protein sequence:

>734_residues
MCSRIRFLFQAIACIFIIWSSTIKKIQFIVRPVLSALLLISCLFSTLALADVKQTSTGWVTDPNHPPVSVLAELTGQIDK
DKDKQSVNALLQVRLAGEWKTYWRSPGEGGVAPSFDFSNSTNIKEVNWLWPAPKRYPVSGVETIGYKGQVNFPLTIVLQD
MGQPARLKGILTLASCTNICVLGDYEIDLTFAPNTLVSLPEVVFKFGLALGTIPILITEQQLLQQQDNATISQVRSSWNP
LKQQLVVQMNNRFGWSKPDLFIDSDSPDLAYVTFSVPEVNISNKTMTATIKASSWSGEVDLANKVLHATVLDTNLAVELV
TTTSDQIISSKTADGLLPIFLIALLGGLILNILPCVLPVLGMKLSSILSAHGIQRGQIRRQFLASSLGILTSFWLLAVFL
LLLKLSGQALGWGIQFQSPYFIAVMVIITALFAANMLGLFEIQLPVAMQTWLAGKGSQSYLGHYLQGMFATLLATPCSAP
FLGTAVAFALGGSIVELFVIFTALGLGMSLPWLLIALFPAIALLLPKPGRWMGTVKLVFALMILATTFWLLSLLGNFIGT
SNMFLTAALLLVVLFTLTLRKYGKRILLIALISLLLSSALGFLLGSLTTEHWASPIAGELDWSPLDAAAIQQQVASGKTV
FVDVTADWCITCKANKIGVILQEPVYTALQAENIQLMQGDWTVRSDSVTAYLQSYGRYGVPFNIVYGPGAPEGLPLPTIL
SSKQVLSALQQAQK

Sequences:

>Translated_734_residues
MCSRIRFLFQAIACIFIIWSSTIKKIQFIVRPVLSALLLISCLFSTLALADVKQTSTGWVTDPNHPPVSVLAELTGQIDK
DKDKQSVNALLQVRLAGEWKTYWRSPGEGGVAPSFDFSNSTNIKEVNWLWPAPKRYPVSGVETIGYKGQVNFPLTIVLQD
MGQPARLKGILTLASCTNICVLGDYEIDLTFAPNTLVSLPEVVFKFGLALGTIPILITEQQLLQQQDNATISQVRSSWNP
LKQQLVVQMNNRFGWSKPDLFIDSDSPDLAYVTFSVPEVNISNKTMTATIKASSWSGEVDLANKVLHATVLDTNLAVELV
TTTSDQIISSKTADGLLPIFLIALLGGLILNILPCVLPVLGMKLSSILSAHGIQRGQIRRQFLASSLGILTSFWLLAVFL
LLLKLSGQALGWGIQFQSPYFIAVMVIITALFAANMLGLFEIQLPVAMQTWLAGKGSQSYLGHYLQGMFATLLATPCSAP
FLGTAVAFALGGSIVELFVIFTALGLGMSLPWLLIALFPAIALLLPKPGRWMGTVKLVFALMILATTFWLLSLLGNFIGT
SNMFLTAALLLVVLFTLTLRKYGKRILLIALISLLLSSALGFLLGSLTTEHWASPIAGELDWSPLDAAAIQQQVASGKTV
FVDVTADWCITCKANKIGVILQEPVYTALQAENIQLMQGDWTVRSDSVTAYLQSYGRYGVPFNIVYGPGAPEGLPLPTIL
SSKQVLSALQQAQK
>Mature_734_residues
MCSRIRFLFQAIACIFIIWSSTIKKIQFIVRPVLSALLLISCLFSTLALADVKQTSTGWVTDPNHPPVSVLAELTGQIDK
DKDKQSVNALLQVRLAGEWKTYWRSPGEGGVAPSFDFSNSTNIKEVNWLWPAPKRYPVSGVETIGYKGQVNFPLTIVLQD
MGQPARLKGILTLASCTNICVLGDYEIDLTFAPNTLVSLPEVVFKFGLALGTIPILITEQQLLQQQDNATISQVRSSWNP
LKQQLVVQMNNRFGWSKPDLFIDSDSPDLAYVTFSVPEVNISNKTMTATIKASSWSGEVDLANKVLHATVLDTNLAVELV
TTTSDQIISSKTADGLLPIFLIALLGGLILNILPCVLPVLGMKLSSILSAHGIQRGQIRRQFLASSLGILTSFWLLAVFL
LLLKLSGQALGWGIQFQSPYFIAVMVIITALFAANMLGLFEIQLPVAMQTWLAGKGSQSYLGHYLQGMFATLLATPCSAP
FLGTAVAFALGGSIVELFVIFTALGLGMSLPWLLIALFPAIALLLPKPGRWMGTVKLVFALMILATTFWLLSLLGNFIGT
SNMFLTAALLLVVLFTLTLRKYGKRILLIALISLLLSSALGFLLGSLTTEHWASPIAGELDWSPLDAAAIQQQVASGKTV
FVDVTADWCITCKANKIGVILQEPVYTALQAENIQLMQGDWTVRSDSVTAYLQSYGRYGVPFNIVYGPGAPEGLPLPTIL
SSKQVLSALQQAQK

Specific function: Required to facilitate the formation of correct disulfide bonds in some periplasmic proteins and for the assembly of the periplasmic c-type cytochromes. Acts by transferring electrons from cytoplasmic thioredoxin to the periplasm. This transfer involves a

COG id: COG4232

COG function: function code OC; Thiol:disulfide interchange protein

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 thioredoxin domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790578, Length=389, Percent_Identity=28.5347043701799, Blast_Score=92, Evalue=1e-19,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003834
- InterPro:   IPR022910
- InterPro:   IPR017936
- InterPro:   IPR012336
- InterPro:   IPR017937
- InterPro:   IPR013766
- InterPro:   IPR012335 [H]

Pfam domain/function: PF02683 DsbD; PF00085 Thioredoxin [H]

EC number: =1.8.1.8 [H]

Molecular weight: Translated: 79803; Mature: 79803

Theoretical pI: Translated: 8.44; Mature: 8.44

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.2 %Cys     (Translated Protein)
1.9 %Met     (Translated Protein)
3.1 %Cys+Met (Translated Protein)
1.2 %Cys     (Mature Protein)
1.9 %Met     (Mature Protein)
3.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MCSRIRFLFQAIACIFIIWSSTIKKIQFIVRPVLSALLLISCLFSTLALADVKQTSTGWV
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
TDPNHPPVSVLAELTGQIDKDKDKQSVNALLQVRLAGEWKTYWRSPGEGGVAPSFDFSNS
CCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC
TNIKEVNWLWPAPKRYPVSGVETIGYKGQVNFPLTIVLQDMGQPARLKGILTLASCTNIC
CCCEEEEEECCCCCCCCCCCCHHCCCCCEECCCEEEEEECCCCCCHHHHHEEHHHHCCEE
VLGDYEIDLTFAPNTLVSLPEVVFKFGLALGTIPILITEQQLLQQQDNATISQVRSSWNP
EEECEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHEEEEHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH
LKQQLVVQMNNRFGWSKPDLFIDSDSPDLAYVTFSVPEVNISNKTMTATIKASSWSGEVD
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEECCEEEECCCEEEEEEEECCCCCCHH
LANKVLHATVLDTNLAVELVTTTSDQIISSKTADGLLPIFLIALLGGLILNILPCVLPVL
HHHHHHHHHEECCCEEEEEEECCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GMKLSSILSAHGIQRGQIRRQFLASSLGILTSFWLLAVFLLLLKLSGQALGWGIQFQSPY
HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCH
FIAVMVIITALFAANMLGLFEIQLPVAMQTWLAGKGSQSYLGHYLQGMFATLLATPCSAP
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
FLGTAVAFALGGSIVELFVIFTALGLGMSLPWLLIALFPAIALLLPKPGRWMGTVKLVFA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHH
LMILATTFWLLSLLGNFIGTSNMFLTAALLLVVLFTLTLRKYGKRILLIALISLLLSSAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
GFLLGSLTTEHWASPIAGELDWSPLDAAAIQQQVASGKTVFVDVTADWCITCKANKIGVI
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCEEEEEECCCEEEE
LQEPVYTALQAENIQLMQGDWTVRSDSVTAYLQSYGRYGVPFNIVYGPGAPEGLPLPTIL
ECCCHHHHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCHHH
SSKQVLSALQQAQK
CHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure
MCSRIRFLFQAIACIFIIWSSTIKKIQFIVRPVLSALLLISCLFSTLALADVKQTSTGWV
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
TDPNHPPVSVLAELTGQIDKDKDKQSVNALLQVRLAGEWKTYWRSPGEGGVAPSFDFSNS
CCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC
TNIKEVNWLWPAPKRYPVSGVETIGYKGQVNFPLTIVLQDMGQPARLKGILTLASCTNIC
CCCEEEEEECCCCCCCCCCCCHHCCCCCEECCCEEEEEECCCCCCHHHHHEEHHHHCCEE
VLGDYEIDLTFAPNTLVSLPEVVFKFGLALGTIPILITEQQLLQQQDNATISQVRSSWNP
EEECEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHEEEEHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH
LKQQLVVQMNNRFGWSKPDLFIDSDSPDLAYVTFSVPEVNISNKTMTATIKASSWSGEVD
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEECCEEEECCCEEEEEEEECCCCCCHH
LANKVLHATVLDTNLAVELVTTTSDQIISSKTADGLLPIFLIALLGGLILNILPCVLPVL
HHHHHHHHHEECCCEEEEEEECCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GMKLSSILSAHGIQRGQIRRQFLASSLGILTSFWLLAVFLLLLKLSGQALGWGIQFQSPY
HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCH
FIAVMVIITALFAANMLGLFEIQLPVAMQTWLAGKGSQSYLGHYLQGMFATLLATPCSAP
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
FLGTAVAFALGGSIVELFVIFTALGLGMSLPWLLIALFPAIALLLPKPGRWMGTVKLVFA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHH
LMILATTFWLLSLLGNFIGTSNMFLTAALLLVVLFTLTLRKYGKRILLIALISLLLSSAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
GFLLGSLTTEHWASPIAGELDWSPLDAAAIQQQVASGKTVFVDVTADWCITCKANKIGVI
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCEEEEEECCCEEEE
LQEPVYTALQAENIQLMQGDWTVRSDSVTAYLQSYGRYGVPFNIVYGPGAPEGLPLPTIL
ECCCHHHHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCHHH
SSKQVLSALQQAQK
CHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA