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The map label for this gene is ykoW [H]

Identifier: 119945185

GI number: 119945185

Start: 1781818

End: 1783740

Strand: Direct

Name: ykoW [H]

Synonym: Ping_1449

Alternate gene names: 119945185

Gene position: 1781818-1783740 (Clockwise)

Preceding gene: 119945184

Following gene: 119945186

Centisome position: 39.08

GC content: 38.01

Gene sequence:

>1923_bases
ATGACCCTGTTTAAGCAGATAAACTCATTATTGTTAGGACTTTTTTTGCTGGTAATGTCCACTTTATTTTATTTTCAGTT
TACCGAAACAAGTGCTTTTATGAGCGATCAAATGGAATCAGATCTCAATAATACCAGTATTTCATTAGGTCTGATGTTAA
AACCTCATCTGGAAACGGGCGATGTAGTGATGGTTGAAACCTTAATCAATGTTATTTTTGAAGGCGGTTTTTATCAAAGG
GTCAGTCTGACCTGGCTTGCAGATCAAAAACAGCAAGTATGGAAGAATCCTGTCATTATAAATGGGGTACCACAATGGTT
TGTTAACTTGGGGCTATTTAAGGGGCTAATAAGTGAAACTGTTATTACATCAGGGTGGTTACAGCTGGCAACGTTGAAAA
TCGAATCAAATCCAGCGATCGGTTACCGGGAATTATGGCGGATTATGAAACATATGGTACTGGCTTTAGTGGTTATTTTT
CTTATCGCAATTTTTTTATTCCGCTGGCGTTTAAAAACCATTTTAAAACCCGTAGATCAAGTTGCAGCACATGCCTATGA
CCTTGCCCGGTGTAAATTCAGTGAAAATTTACCCTTACCTAAAACCACTGAACTTAAAAAAATGGTTGATGCCGTTAACA
CCATGTCCGGACAATTAAAGTTAGTGTTTAATTCTCTTGCTGAGCAAGTGAATATATTAAAAAATGAAACATTGTTTGAT
GCTGTTTCGCAGCTTCCTAATAGACAGTACTTAGCGGGGCAATTGACCAGTCGCTTAGATCAGCCGGGGGTAGGGGCGCT
AATATTAGCTAAATTTCCCTGGTTAGATGAAATACACCATAAATTTGGTTATCAGGTACGTGATCAAGCCATTAAAAAAT
TGTCAGATAACCTGCTGAAAAGCCTGCCTAAAAGCTTTATTGCGCGTATTTCAAATACGGAATTTGCTTTTTTAATAATG
GATGCTGATGATAAACAGATAACTTATTATCTGCAGCTGTTAATCCGTTTAATTAATCAGGAAATTTTGCAGGACGGCTG
TATTCCCAACCGTGATTTTGCGATTGGGTTAAGTGAAAGGACCGCGAATGTAACACCCGCCGAATTATTAGCTCAGGCAG
ATCATGCTTTGCAAAAAGCGCTGTTAGAAAATAAAATCAGCCAATGGTTTAGGCCTCATACTGAGCAGGAATTTAGCCTG
GAACAATGGCGAGTTCGTCTTCTGGATGTCATTAACAAACATCAGTTTATATTCCAATGGCAAATGGTACACAGCATGGA
AAGTGATAGTGTCATGCAGAGAGAGATTTACAGTCGTTTAAAAATAGATGAAAAAGTTACCCAAGCGAATGAGTTTATAC
CCTTTGTTGAACGCTTAGCATTAGGCCATCAGTTCGACAGAAACATACTCGAAGCACTTGTCAAAAGACAGCTGCTAACG
ATTAATAAAGAACCTATTGCAGTGAATTTAACCCGTGACAGTATAGTCAATAACGAATTTCATACCTGGTTAAGTCAATT
TTTAAATAAGGTTGCCGATCCGCACCTTATTCATTTTGAGTTGCCCGAAGCGGGGGTTTTAAATTATTTAGAGGAAGCGA
TTAGACTCTCTGACATTATAAAAATTAGAGGGGCAAAATGTGGTATAGATCATTATGGTCAACAGTTAACATCCTTTGAA
TACCTGCGACTGTTAAAACCTTATTATGTAAAATTGGATCTTTCATTGTCTGCTTACCAGGATCAAGAGAAACCACACAA
TCTGAAAAATCTGGAAATCTGCCGCGCACTGGTCAATATTGCACATGGCTTTGATATTAAAGTGATTATTACGGGTATTG
AAGACGAGAAGCATCTGAAGATGGTCAAAATTTTGCGGATTGAAGGTTATCAAGGTTATATATCAGGCCCAGTTGACATA
TAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTCGGTAAATCAGATCGCCTCGACCGCTGGACAAATTTAATTCAACGTATGGAATTTTCACGGATGAAACAGCCAAAGTT
GAGAATGGAGTAAATATTCA

Downstream 100 bases:

>100_bases
ACGCAAATTACTTGAAGATGCAAATGTCTGCATCTTCAAATAATTAGGCGTTAATTTTTTATCTTCGTGGCGTTAAGCTG
CTTTAAACTCGCTTTTCTGG

Product: cyclic-di-GMP regulatory protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 640; Mature: 639

Protein sequence:

>640_residues
MTLFKQINSLLLGLFLLVMSTLFYFQFTETSAFMSDQMESDLNNTSISLGLMLKPHLETGDVVMVETLINVIFEGGFYQR
VSLTWLADQKQQVWKNPVIINGVPQWFVNLGLFKGLISETVITSGWLQLATLKIESNPAIGYRELWRIMKHMVLALVVIF
LIAIFLFRWRLKTILKPVDQVAAHAYDLARCKFSENLPLPKTTELKKMVDAVNTMSGQLKLVFNSLAEQVNILKNETLFD
AVSQLPNRQYLAGQLTSRLDQPGVGALILAKFPWLDEIHHKFGYQVRDQAIKKLSDNLLKSLPKSFIARISNTEFAFLIM
DADDKQITYYLQLLIRLINQEILQDGCIPNRDFAIGLSERTANVTPAELLAQADHALQKALLENKISQWFRPHTEQEFSL
EQWRVRLLDVINKHQFIFQWQMVHSMESDSVMQREIYSRLKIDEKVTQANEFIPFVERLALGHQFDRNILEALVKRQLLT
INKEPIAVNLTRDSIVNNEFHTWLSQFLNKVADPHLIHFELPEAGVLNYLEEAIRLSDIIKIRGAKCGIDHYGQQLTSFE
YLRLLKPYYVKLDLSLSAYQDQEKPHNLKNLEICRALVNIAHGFDIKVIITGIEDEKHLKMVKILRIEGYQGYISGPVDI

Sequences:

>Translated_640_residues
MTLFKQINSLLLGLFLLVMSTLFYFQFTETSAFMSDQMESDLNNTSISLGLMLKPHLETGDVVMVETLINVIFEGGFYQR
VSLTWLADQKQQVWKNPVIINGVPQWFVNLGLFKGLISETVITSGWLQLATLKIESNPAIGYRELWRIMKHMVLALVVIF
LIAIFLFRWRLKTILKPVDQVAAHAYDLARCKFSENLPLPKTTELKKMVDAVNTMSGQLKLVFNSLAEQVNILKNETLFD
AVSQLPNRQYLAGQLTSRLDQPGVGALILAKFPWLDEIHHKFGYQVRDQAIKKLSDNLLKSLPKSFIARISNTEFAFLIM
DADDKQITYYLQLLIRLINQEILQDGCIPNRDFAIGLSERTANVTPAELLAQADHALQKALLENKISQWFRPHTEQEFSL
EQWRVRLLDVINKHQFIFQWQMVHSMESDSVMQREIYSRLKIDEKVTQANEFIPFVERLALGHQFDRNILEALVKRQLLT
INKEPIAVNLTRDSIVNNEFHTWLSQFLNKVADPHLIHFELPEAGVLNYLEEAIRLSDIIKIRGAKCGIDHYGQQLTSFE
YLRLLKPYYVKLDLSLSAYQDQEKPHNLKNLEICRALVNIAHGFDIKVIITGIEDEKHLKMVKILRIEGYQGYISGPVDI
>Mature_639_residues
TLFKQINSLLLGLFLLVMSTLFYFQFTETSAFMSDQMESDLNNTSISLGLMLKPHLETGDVVMVETLINVIFEGGFYQRV
SLTWLADQKQQVWKNPVIINGVPQWFVNLGLFKGLISETVITSGWLQLATLKIESNPAIGYRELWRIMKHMVLALVVIFL
IAIFLFRWRLKTILKPVDQVAAHAYDLARCKFSENLPLPKTTELKKMVDAVNTMSGQLKLVFNSLAEQVNILKNETLFDA
VSQLPNRQYLAGQLTSRLDQPGVGALILAKFPWLDEIHHKFGYQVRDQAIKKLSDNLLKSLPKSFIARISNTEFAFLIMD
ADDKQITYYLQLLIRLINQEILQDGCIPNRDFAIGLSERTANVTPAELLAQADHALQKALLENKISQWFRPHTEQEFSLE
QWRVRLLDVINKHQFIFQWQMVHSMESDSVMQREIYSRLKIDEKVTQANEFIPFVERLALGHQFDRNILEALVKRQLLTI
NKEPIAVNLTRDSIVNNEFHTWLSQFLNKVADPHLIHFELPEAGVLNYLEEAIRLSDIIKIRGAKCGIDHYGQQLTSFEY
LRLLKPYYVKLDLSLSAYQDQEKPHNLKNLEICRALVNIAHGFDIKVIITGIEDEKHLKMVKILRIEGYQGYISGPVDI

Specific function: Probable signaling protein whose physiological role is not yet known [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 PAS (PER-ARNT-SIM) domain [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR001054
- InterPro:   IPR000160
- InterPro:   IPR001633
- InterPro:   IPR005330
- InterPro:   IPR000014 [H]

Pfam domain/function: PF00563 EAL; PF00990 GGDEF; PF03707 MHYT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 73727; Mature: 73596

Theoretical pI: Translated: 7.14; Mature: 7.14

Prosite motif: PS50885 HAMP ; PS50883 EAL ; PS50887 GGDEF

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.6 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
3.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.6 %Cys     (Mature Protein)
2.2 %Met     (Mature Protein)
2.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MTLFKQINSLLLGLFLLVMSTLFYFQFTETSAFMSDQMESDLNNTSISLGLMLKPHLETG
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCC
DVVMVETLINVIFEGGFYQRVSLTWLADQKQQVWKNPVIINGVPQWFVNLGLFKGLISET
CCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VITSGWLQLATLKIESNPAIGYRELWRIMKHMVLALVVIFLIAIFLFRWRLKTILKPVDQ
HHHCCCEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VAAHAYDLARCKFSENLPLPKTTELKKMVDAVNTMSGQLKLVFNSLAEQVNILKNETLFD
HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AVSQLPNRQYLAGQLTSRLDQPGVGALILAKFPWLDEIHHKFGYQVRDQAIKKLSDNLLK
HHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
SLPKSFIARISNTEFAFLIMDADDKQITYYLQLLIRLINQEILQDGCIPNRDFAIGLSER
HHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCC
TANVTPAELLAQADHALQKALLENKISQWFRPHTEQEFSLEQWRVRLLDVINKHQFIFQW
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH
QMVHSMESDSVMQREIYSRLKIDEKVTQANEFIPFVERLALGHQFDRNILEALVKRQLLT
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
INKEPIAVNLTRDSIVNNEFHTWLSQFLNKVADPHLIHFELPEAGVLNYLEEAIRLSDII
CCCCCEEEEEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
KIRGAKCGIDHYGQQLTSFEYLRLLKPYYVKLDLSLSAYQDQEKPHNLKNLEICRALVNI
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH
AHGFDIKVIITGIEDEKHLKMVKILRIEGYQGYISGPVDI
HCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHEECCCCCEECCCCCC
>Mature Secondary Structure 
TLFKQINSLLLGLFLLVMSTLFYFQFTETSAFMSDQMESDLNNTSISLGLMLKPHLETG
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCC
DVVMVETLINVIFEGGFYQRVSLTWLADQKQQVWKNPVIINGVPQWFVNLGLFKGLISET
CCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEHHHHHHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VITSGWLQLATLKIESNPAIGYRELWRIMKHMVLALVVIFLIAIFLFRWRLKTILKPVDQ
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VAAHAYDLARCKFSENLPLPKTTELKKMVDAVNTMSGQLKLVFNSLAEQVNILKNETLFD
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AVSQLPNRQYLAGQLTSRLDQPGVGALILAKFPWLDEIHHKFGYQVRDQAIKKLSDNLLK
HHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
SLPKSFIARISNTEFAFLIMDADDKQITYYLQLLIRLINQEILQDGCIPNRDFAIGLSER
HHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCC
TANVTPAELLAQADHALQKALLENKISQWFRPHTEQEFSLEQWRVRLLDVINKHQFIFQW
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QMVHSMESDSVMQREIYSRLKIDEKVTQANEFIPFVERLALGHQFDRNILEALVKRQLLT
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
INKEPIAVNLTRDSIVNNEFHTWLSQFLNKVADPHLIHFELPEAGVLNYLEEAIRLSDII
CCCCCEEEEEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
KIRGAKCGIDHYGQQLTSFEYLRLLKPYYVKLDLSLSAYQDQEKPHNLKNLEICRALVNI
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH
AHGFDIKVIITGIEDEKHLKMVKILRIEGYQGYISGPVDI
HCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHEECCCCCEECCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377; 11728710 [H]