Definition Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome.
Accession NC_008312
Length 7,750,108

Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 113475714

Identifier: 113475714

GI number: 113475714

Start: 3214273

End: 3216798

Strand: Direct

Name: 113475714

Synonym: Tery_2061

Alternate gene names: NA

Gene position: 3214273-3216798 (Clockwise)

Preceding gene: 113475713

Following gene: 113475715

Centisome position: 41.47

GC content: 45.13

Gene sequence:

>2526_bases
ATGGGTAAAAAGTCGCCAAAGTTAAGCCCAGGGTGGCTAGAACCAGAACAGTTGATGGAATTCATTGATCAGCTTCGTAG
AGAATACAAATACAATATCGGTGTATCCCAATATATTGCAGCTCAAGAGTTGATACTTGCTTTGAGTGCAAAAGGAGAGC
AGTTAGAAGAACCCCAGAGGCTTAAAAGTCTTCTCGGTCCCTTGTTATGCAGTTCCCCAGCAGAACAAGAAGATTTCCAA
CTACGGTTTGACCAATGGATGGAACGTATGGGTTTTACCGTTCGCGAAGTTATTCATGCTGACGAAAATGCTGAGGCTCT
TGAACAGGAGTTAAAAAAGATGCGGCAGGAATGGCGATGGCTACGGTGGGTACGTTTAGCGATCGCTGTTTTTCTTGTTA
TTGTTCTAACCAATTTCCTGATACAGGATTTTTCGGCTTTAACTTCCCGGATGCAGCAGTTTCCCACTCCAACAGTAGAT
CCCTTGAAACTATTTCCACCTCAAACTCTTCAAGAATGGCGGACTACATTTTTATGGTTAATACTCGTGCCCCCGGTTAC
ATTCTTAGTTTGGAGACTATGGTGGCGTTGGCGTGTGGCTCTATACCTCAACCGTCGTCAGACCAGGCGGCCTCCTGAAA
TTCAGCGAGTGTCTATATCAGGGCTAAATGAGGAACTATTTCCCAGAGTTTTGTTTTTGCGCATTGCTCAGGGTTTGAGG
CGACGTATTCGGGTTCCATCCAATGAACTTGATATTGACAAGACCGTAGAAAAAACTGTCCGGGGAGGAGTTAGGTTTGC
CCCAGTATACGGCTACTATAAGCTTCTTCCTGAATACCTGGTTCTGATCGACCGGGCAAACTACAGCGACCACCAGGCGA
GACTTGTCAAGGAAATGATTGCTCAATTAACCGAGAACGAAGTCTTAATTATAGGTTACTATTTTGATGGCGACCCCAGG
GTATGTTTTCCGGTTACAGGAAAAGGCTCTCCTTGTAAGTTACGGGAAATTTCTTTGAAGTACAGCCAGCATCGGCTCCT
CATCTTCTCTGATGCAGAAGGTTTTTTTAATTCCCTGACTGGGGAACTTGAAGCCTGGCTTGATTTATTTTCAAGTTGGT
CTCAGCGGGCTGTTTTCACTCCCAAACCTTCGGAACATTGGGGATATCAGGAACTGAAATTATCCCGAGAGTTTATTGTT
CTACCTGCAACAAATGATGGGTTAATTGACTTGATACGGAGCATTGAACATGGAAAACTGCCTTATGTGTCTTCAGAAAA
AGGTAGGGCACCTTATCCGGAAGCATTGAGAGTGCGGGGGCGGCGCTGGGTTGAGCAAGATCCACCTGAGCCATGGTTGC
TGACTAATGTCCTAGGGTCTGTCCGAAACTATCTGGGGGAAGCTGGTTACTATTGGCTGAGTGCTTGTGCTGTATTTCCT
GAGTTAAATTGGAATCTCACGGTTTACCTGGGGAATGCTCTTAGTGCTGGTGATGGTCGTTCTTTGCTTCAGGCTTGTCG
GCTAACAGTTCTCGCTCGTTTGCCTTGGTTTCGATATGGTTATATGCCTGACTGGCTGCGCTTGTGGTTACTTTCTGAGT
TACCTCGCCACCAGGAGGATGAGGTTCGTCAACTGCTTAGAAGTTTCTTGGTGGCAAAACCTGATGAGCAAGGCTCAGTT
GGAAGATGGCAATTGGAAATTGCTCGGCAATACAGCAATGTTGTCTCTAGGTTGGTGCAACCACTTCTCCGCTTATTTTC
TGGGGAAGCTCCTGAGGATAGTCCTCTGCGGGATTATATTTTTCAGGAGTTTATGGCAGGTCGTAAGGGACTCGCAGTGA
GAATGCCGGAAGAGTTACGGGAGGAACTCCGTCGCAAATATTCACAACAAGTAGGATGGTGGTTTTGGTTTCAGTGGGTG
TTGGCAAATAGTGTGGGTTTGTTTGTGGGTTTGTTTGTGGGTTTGTTTGTGGGTGGACGGGTTGACAATATTATGGTTAG
TTTTCGTATTGCTGTTTTCGGTACTGTTTTCGGTGCTGTTGTGGGATCACTCCAGTGGTGGGTACTTAGAAAACGACTTT
CCCAGGCTAGATGGTGGATACTGGCAACTGCCTTGGCATCAGCTATACTATTCTCTACAGCAGAAGTTATGTTGAATGCT
GTAAGGGACGTTGTGAGCAATACTGTGATTCAGGTTGTTGTTATATCTTCTGTGGTGGGACTTGTTATCGGATCAGCTCA
ATGGTTGGTTCTCAGAAAACAACTTTCTCAATCTCACTGGTGGATACTGGCAAGTGTTTTAGGAATAACTGCTACGCTCT
TTGCTATTGTTTATTCTTCGCTCTTTGCTATTGTTTATTCTTCGCTCTTTGCTATTGTTTATTCTTCAAGGTTCGAGCTG
GGTCTGCTTAAGACTTTTATATCCTTCCTGAGCATTTTCGGCATTATATACGGAGTAATCACTGGATTTGCCTTAGTTTG
GCTGCTGCGACAACCGGGCAATTCTGTCATCAACAATAAAAAGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CAGAAAACCCCCTGGTTCAGTCTGAGCTGGCTCTGCAAACCTTGAGTAATTTGATTAAAACTGCTGAGGATCAAGATAAA
GCTAAGGAGATAATGAAGCA

Downstream 100 bases:

>100_bases
CATACTTGCGCTGCAGGCTTTAAACATCTCACATCGACGCCTCACATCAGACTCCATTAATTAACCACAATACAAAAAGA
CAGCACAGACAACCAAACTA

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: None

Number of amino acids: Translated: 841; Mature: 840

Protein sequence:

>841_residues
MGKKSPKLSPGWLEPEQLMEFIDQLRREYKYNIGVSQYIAAQELILALSAKGEQLEEPQRLKSLLGPLLCSSPAEQEDFQ
LRFDQWMERMGFTVREVIHADENAEALEQELKKMRQEWRWLRWVRLAIAVFLVIVLTNFLIQDFSALTSRMQQFPTPTVD
PLKLFPPQTLQEWRTTFLWLILVPPVTFLVWRLWWRWRVALYLNRRQTRRPPEIQRVSISGLNEELFPRVLFLRIAQGLR
RRIRVPSNELDIDKTVEKTVRGGVRFAPVYGYYKLLPEYLVLIDRANYSDHQARLVKEMIAQLTENEVLIIGYYFDGDPR
VCFPVTGKGSPCKLREISLKYSQHRLLIFSDAEGFFNSLTGELEAWLDLFSSWSQRAVFTPKPSEHWGYQELKLSREFIV
LPATNDGLIDLIRSIEHGKLPYVSSEKGRAPYPEALRVRGRRWVEQDPPEPWLLTNVLGSVRNYLGEAGYYWLSACAVFP
ELNWNLTVYLGNALSAGDGRSLLQACRLTVLARLPWFRYGYMPDWLRLWLLSELPRHQEDEVRQLLRSFLVAKPDEQGSV
GRWQLEIARQYSNVVSRLVQPLLRLFSGEAPEDSPLRDYIFQEFMAGRKGLAVRMPEELREELRRKYSQQVGWWFWFQWV
LANSVGLFVGLFVGLFVGGRVDNIMVSFRIAVFGTVFGAVVGSLQWWVLRKRLSQARWWILATALASAILFSTAEVMLNA
VRDVVSNTVIQVVVISSVVGLVIGSAQWLVLRKQLSQSHWWILASVLGITATLFAIVYSSLFAIVYSSLFAIVYSSRFEL
GLLKTFISFLSIFGIIYGVITGFALVWLLRQPGNSVINNKK

Sequences:

>Translated_841_residues
MGKKSPKLSPGWLEPEQLMEFIDQLRREYKYNIGVSQYIAAQELILALSAKGEQLEEPQRLKSLLGPLLCSSPAEQEDFQ
LRFDQWMERMGFTVREVIHADENAEALEQELKKMRQEWRWLRWVRLAIAVFLVIVLTNFLIQDFSALTSRMQQFPTPTVD
PLKLFPPQTLQEWRTTFLWLILVPPVTFLVWRLWWRWRVALYLNRRQTRRPPEIQRVSISGLNEELFPRVLFLRIAQGLR
RRIRVPSNELDIDKTVEKTVRGGVRFAPVYGYYKLLPEYLVLIDRANYSDHQARLVKEMIAQLTENEVLIIGYYFDGDPR
VCFPVTGKGSPCKLREISLKYSQHRLLIFSDAEGFFNSLTGELEAWLDLFSSWSQRAVFTPKPSEHWGYQELKLSREFIV
LPATNDGLIDLIRSIEHGKLPYVSSEKGRAPYPEALRVRGRRWVEQDPPEPWLLTNVLGSVRNYLGEAGYYWLSACAVFP
ELNWNLTVYLGNALSAGDGRSLLQACRLTVLARLPWFRYGYMPDWLRLWLLSELPRHQEDEVRQLLRSFLVAKPDEQGSV
GRWQLEIARQYSNVVSRLVQPLLRLFSGEAPEDSPLRDYIFQEFMAGRKGLAVRMPEELREELRRKYSQQVGWWFWFQWV
LANSVGLFVGLFVGLFVGGRVDNIMVSFRIAVFGTVFGAVVGSLQWWVLRKRLSQARWWILATALASAILFSTAEVMLNA
VRDVVSNTVIQVVVISSVVGLVIGSAQWLVLRKQLSQSHWWILASVLGITATLFAIVYSSLFAIVYSSLFAIVYSSRFEL
GLLKTFISFLSIFGIIYGVITGFALVWLLRQPGNSVINNKK
>Mature_840_residues
GKKSPKLSPGWLEPEQLMEFIDQLRREYKYNIGVSQYIAAQELILALSAKGEQLEEPQRLKSLLGPLLCSSPAEQEDFQL
RFDQWMERMGFTVREVIHADENAEALEQELKKMRQEWRWLRWVRLAIAVFLVIVLTNFLIQDFSALTSRMQQFPTPTVDP
LKLFPPQTLQEWRTTFLWLILVPPVTFLVWRLWWRWRVALYLNRRQTRRPPEIQRVSISGLNEELFPRVLFLRIAQGLRR
RIRVPSNELDIDKTVEKTVRGGVRFAPVYGYYKLLPEYLVLIDRANYSDHQARLVKEMIAQLTENEVLIIGYYFDGDPRV
CFPVTGKGSPCKLREISLKYSQHRLLIFSDAEGFFNSLTGELEAWLDLFSSWSQRAVFTPKPSEHWGYQELKLSREFIVL
PATNDGLIDLIRSIEHGKLPYVSSEKGRAPYPEALRVRGRRWVEQDPPEPWLLTNVLGSVRNYLGEAGYYWLSACAVFPE
LNWNLTVYLGNALSAGDGRSLLQACRLTVLARLPWFRYGYMPDWLRLWLLSELPRHQEDEVRQLLRSFLVAKPDEQGSVG
RWQLEIARQYSNVVSRLVQPLLRLFSGEAPEDSPLRDYIFQEFMAGRKGLAVRMPEELREELRRKYSQQVGWWFWFQWVL
ANSVGLFVGLFVGLFVGGRVDNIMVSFRIAVFGTVFGAVVGSLQWWVLRKRLSQARWWILATALASAILFSTAEVMLNAV
RDVVSNTVIQVVVISSVVGLVIGSAQWLVLRKQLSQSHWWILASVLGITATLFAIVYSSLFAIVYSSLFAIVYSSRFELG
LLKTFISFLSIFGIIYGVITGFALVWLLRQPGNSVINNKK

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 97282; Mature: 97151

Theoretical pI: Translated: 9.76; Mature: 9.76

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.6 %Cys     (Translated Protein)
1.4 %Met     (Translated Protein)
2.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.6 %Cys     (Mature Protein)
1.3 %Met     (Mature Protein)
1.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MGKKSPKLSPGWLEPEQLMEFIDQLRREYKYNIGVSQYIAAQELILALSAKGEQLEEPQR
CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH
LKSLLGPLLCSSPAEQEDFQLRFDQWMERMGFTVREVIHADENAEALEQELKKMRQEWRW
HHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
LRWVRLAIAVFLVIVLTNFLIQDFSALTSRMQQFPTPTVDPLKLFPPQTLQEWRTTFLWL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
ILVPPVTFLVWRLWWRWRVALYLNRRQTRRPPEIQRVSISGLNEELFPRVLFLRIAQGLR
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCHHEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
RRIRVPSNELDIDKTVEKTVRGGVRFAPVYGYYKLLPEYLVLIDRANYSDHQARLVKEMI
HHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH
AQLTENEVLIIGYYFDGDPRVCFPVTGKGSPCKLREISLKYSQHRLLIFSDAEGFFNSLT
HHHCCCCEEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEEEECCHHHHHHHH
GELEAWLDLFSSWSQRAVFTPKPSEHWGYQELKLSREFIVLPATNDGLIDLIRSIEHGKL
HHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCC
PYVSSEKGRAPYPEALRVRGRRWVEQDPPEPWLLTNVLGSVRNYLGEAGYYWLSACAVFP
CCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCC
ELNWNLTVYLGNALSAGDGRSLLQACRLTVLARLPWFRYGYMPDWLRLWLLSELPRHQED
CCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHH
EVRQLLRSFLVAKPDEQGSVGRWQLEIARQYSNVVSRLVQPLLRLFSGEAPEDSPLRDYI
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHH
FQEFMAGRKGLAVRMPEELREELRRKYSQQVGWWFWFQWVLANSVGLFVGLFVGLFVGGR
HHHHHCCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
VDNIMVSFRIAVFGTVFGAVVGSLQWWVLRKRLSQARWWILATALASAILFSTAEVMLNA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VRDVVSNTVIQVVVISSVVGLVIGSAQWLVLRKQLSQSHWWILASVLGITATLFAIVYSS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LFAIVYSSLFAIVYSSRFELGLLKTFISFLSIFGIIYGVITGFALVWLLRQPGNSVINNK
HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
K
C
>Mature Secondary Structure 
GKKSPKLSPGWLEPEQLMEFIDQLRREYKYNIGVSQYIAAQELILALSAKGEQLEEPQR
CCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH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C

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA