| Definition | Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008312 |
| Length | 7,750,108 |
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The map label for this gene is 113473949
Identifier: 113473949
GI number: 113473949
Start: 17126
End: 20872
Strand: Direct
Name: 113473949
Synonym: Tery_0012
Alternate gene names: NA
Gene position: 17126-20872 (Clockwise)
Preceding gene: 113473948
Following gene: 113473955
Centisome position: 0.22
GC content: 29.09
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
>100_bases TATATTTGCTCGACAAATAGAAAATATCAATTTTAATAAATTAGCATTTTTGATAAAGGTTACTAAAACCGCAGATTTAG ATTTTTAAAAAGAAACAATA
Downstream 100 bases:
>100_bases TACTAAACAATTAACAAAATTAATACTATATTTACGCGACGCTTCAATTATTAATTAACCCTCGCTGAAAAAATCTTTTA TTCAGTTAATAGAAAAGGGA
Product: helicase-like
Products: NA
Alternate protein names: Helicase-Like; Helicase Domain-Containing Protein
Number of amino acids: Translated: 1248; Mature: 1248
Protein sequence:
>1248_residues MKITDNLGFLFEVGFNIGILADIQHQKYQNNFGDLYVRDLQQLKLPRMVKRMSQNHSIIDPESIKNLEIWSRYFILKGFL GGLIFFREYIKSTKWNLEPKKLKILYYQCCFHGDNSLGTNNKDKLLGIEELLSQFLSVDDLNTNLNRYVNQYLGKKGEFL QADTLILLGDDQQLRIICVDMSIFSVASEKDLVPLNDNKLNNLRKILMTDIKHIHSKSVFSKLRIDTGNTKDFDFVFSSD FKSFFTAFKRKDKETTKLIQAGAYAESFYNFLLKETQIITDKKSVLFNIVGYSDRNISTLCLRPENLNILTTCSEIYKKE DKNKETKVARRKVLDLIKNRAVFSFINGKALTENLKTKKLNFSGDGIARVIHEEKLNDFVNSIDVISDKLAAKLGLKLGL NLRDAHAELIEKALISDNTFVFLTGNPGIGKTTAIANFLKSHLEEGFLFFYISPRIQVNLDLIHKFKSENAQDQELFDDR LFCINTNSIIIQENDNYSTVRYYSNQRQDDFTSKNVRFINYNSQAEPRKQRQRNFHRITVDKIENRKKITAGVLDSVCKG IYAIINDKISNNIVATVSTQSLKITPNGRDTIEHLKTIFKSTYDRKRGVNPDKMYEISQRIKHLFIMIDEITGDDSGVHF LKGINKFLGQYQLTNSEYGFNTKVIVADASIVEQEVIQQHLSQESPEPDKIYFRAAKSQAEALSVQDFQFKNKRAVTINA NSYPASSLNITYKVFIQSINFNQYDWKFKEKNQLTKEVDLEILSDIKYFLENYSSSQLLVYIQNKKRLKSLIKNIKESHK NFDEYTDYLEIHASLYDEKRKKIDKYKQDVKIVFMTSSASRGLSFPKAKKILVEIPRFQIEKNLMEVIQVIYRARGQYQE NGKKITLDDQEKEIIFYFSDSAIYYPKDNDTSLENYDEERTLSLEESTMNLLDMLLILKLSIMTRIVGAGNLGSKKFLMV PIGGKSISTAGNSFSEKMTNLIRELKNEHNRHPEKQSLQYVYSSLTQILKEAVFSLPNSNSDSKNITYLSLIGFLKTELP TLFNRLDKFLNFGNIETGHLTGNLLVVPIYNQALEETYQIELENQIRRFANNELVNKMLSIMKSKDYPPNIKSAIESPLE LIKILKGDKGNINTTQWFEQNSNNLDQYYAVPLFVFISGELMSKYFKQELEEEEEETAFRTLLSKYIHSLYPAYNTLPIG RKYKEFPFIVFRSYSLKEIREKIYSDRYLLTSNELNVLNLILSREERS
Sequences:
>Translated_1248_residues MKITDNLGFLFEVGFNIGILADIQHQKYQNNFGDLYVRDLQQLKLPRMVKRMSQNHSIIDPESIKNLEIWSRYFILKGFL GGLIFFREYIKSTKWNLEPKKLKILYYQCCFHGDNSLGTNNKDKLLGIEELLSQFLSVDDLNTNLNRYVNQYLGKKGEFL QADTLILLGDDQQLRIICVDMSIFSVASEKDLVPLNDNKLNNLRKILMTDIKHIHSKSVFSKLRIDTGNTKDFDFVFSSD FKSFFTAFKRKDKETTKLIQAGAYAESFYNFLLKETQIITDKKSVLFNIVGYSDRNISTLCLRPENLNILTTCSEIYKKE DKNKETKVARRKVLDLIKNRAVFSFINGKALTENLKTKKLNFSGDGIARVIHEEKLNDFVNSIDVISDKLAAKLGLKLGL NLRDAHAELIEKALISDNTFVFLTGNPGIGKTTAIANFLKSHLEEGFLFFYISPRIQVNLDLIHKFKSENAQDQELFDDR LFCINTNSIIIQENDNYSTVRYYSNQRQDDFTSKNVRFINYNSQAEPRKQRQRNFHRITVDKIENRKKITAGVLDSVCKG IYAIINDKISNNIVATVSTQSLKITPNGRDTIEHLKTIFKSTYDRKRGVNPDKMYEISQRIKHLFIMIDEITGDDSGVHF LKGINKFLGQYQLTNSEYGFNTKVIVADASIVEQEVIQQHLSQESPEPDKIYFRAAKSQAEALSVQDFQFKNKRAVTINA NSYPASSLNITYKVFIQSINFNQYDWKFKEKNQLTKEVDLEILSDIKYFLENYSSSQLLVYIQNKKRLKSLIKNIKESHK NFDEYTDYLEIHASLYDEKRKKIDKYKQDVKIVFMTSSASRGLSFPKAKKILVEIPRFQIEKNLMEVIQVIYRARGQYQE NGKKITLDDQEKEIIFYFSDSAIYYPKDNDTSLENYDEERTLSLEESTMNLLDMLLILKLSIMTRIVGAGNLGSKKFLMV PIGGKSISTAGNSFSEKMTNLIRELKNEHNRHPEKQSLQYVYSSLTQILKEAVFSLPNSNSDSKNITYLSLIGFLKTELP TLFNRLDKFLNFGNIETGHLTGNLLVVPIYNQALEETYQIELENQIRRFANNELVNKMLSIMKSKDYPPNIKSAIESPLE LIKILKGDKGNINTTQWFEQNSNNLDQYYAVPLFVFISGELMSKYFKQELEEEEEETAFRTLLSKYIHSLYPAYNTLPIG RKYKEFPFIVFRSYSLKEIREKIYSDRYLLTSNELNVLNLILSREERS >Mature_1248_residues MKITDNLGFLFEVGFNIGILADIQHQKYQNNFGDLYVRDLQQLKLPRMVKRMSQNHSIIDPESIKNLEIWSRYFILKGFL GGLIFFREYIKSTKWNLEPKKLKILYYQCCFHGDNSLGTNNKDKLLGIEELLSQFLSVDDLNTNLNRYVNQYLGKKGEFL QADTLILLGDDQQLRIICVDMSIFSVASEKDLVPLNDNKLNNLRKILMTDIKHIHSKSVFSKLRIDTGNTKDFDFVFSSD FKSFFTAFKRKDKETTKLIQAGAYAESFYNFLLKETQIITDKKSVLFNIVGYSDRNISTLCLRPENLNILTTCSEIYKKE DKNKETKVARRKVLDLIKNRAVFSFINGKALTENLKTKKLNFSGDGIARVIHEEKLNDFVNSIDVISDKLAAKLGLKLGL NLRDAHAELIEKALISDNTFVFLTGNPGIGKTTAIANFLKSHLEEGFLFFYISPRIQVNLDLIHKFKSENAQDQELFDDR LFCINTNSIIIQENDNYSTVRYYSNQRQDDFTSKNVRFINYNSQAEPRKQRQRNFHRITVDKIENRKKITAGVLDSVCKG IYAIINDKISNNIVATVSTQSLKITPNGRDTIEHLKTIFKSTYDRKRGVNPDKMYEISQRIKHLFIMIDEITGDDSGVHF LKGINKFLGQYQLTNSEYGFNTKVIVADASIVEQEVIQQHLSQESPEPDKIYFRAAKSQAEALSVQDFQFKNKRAVTINA NSYPASSLNITYKVFIQSINFNQYDWKFKEKNQLTKEVDLEILSDIKYFLENYSSSQLLVYIQNKKRLKSLIKNIKESHK NFDEYTDYLEIHASLYDEKRKKIDKYKQDVKIVFMTSSASRGLSFPKAKKILVEIPRFQIEKNLMEVIQVIYRARGQYQE NGKKITLDDQEKEIIFYFSDSAIYYPKDNDTSLENYDEERTLSLEESTMNLLDMLLILKLSIMTRIVGAGNLGSKKFLMV PIGGKSISTAGNSFSEKMTNLIRELKNEHNRHPEKQSLQYVYSSLTQILKEAVFSLPNSNSDSKNITYLSLIGFLKTELP TLFNRLDKFLNFGNIETGHLTGNLLVVPIYNQALEETYQIELENQIRRFANNELVNKMLSIMKSKDYPPNIKSAIESPLE LIKILKGDKGNINTTQWFEQNSNNLDQYYAVPLFVFISGELMSKYFKQELEEEEEETAFRTLLSKYIHSLYPAYNTLPIG RKYKEFPFIVFRSYSLKEIREKIYSDRYLLTSNELNVLNLILSREERS
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 144711; Mature: 144711
Theoretical pI: Translated: 9.30; Mature: 9.30
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKITDNLGFLFEVGFNIGILADIQHQKYQNNFGDLYVRDLQQLKLPRMVKRMSQNHSIID CEECCCCCEEEEECCCCEEEECCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC PESIKNLEIWSRYFILKGFLGGLIFFREYIKSTKWNLEPKKLKILYYQCCFHGDNSLGTN HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHEEEEEEEEEECCCCCCCCC NKDKLLGIEELLSQFLSVDDLNTNLNRYVNQYLGKKGEFLQADTLILLGDDQQLRIICVD CCHHEECHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEECEEEEECCCCCEEEEEEE MSIFSVASEKDLVPLNDNKLNNLRKILMTDIKHIHSKSVFSKLRIDTGNTKDFDFVFSSD HHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCEEEEEHHH FKSFFTAFKRKDKETTKLIQAGAYAESFYNFLLKETQIITDKKSVLFNIVGYSDRNISTL HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCHHHEEEEECCCCCCCEEE CLRPENLNILTTCSEIYKKEDKNKETKVARRKVLDLIKNRAVFSFINGKALTENLKTKKL EECCCCCCEEHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHEEEECCCHHHCCCHHEEE NFSGDGIARVIHEEKLNDFVNSIDVISDKLAAKLGLKLGLNLRDAHAELIEKALISDNTF CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCE VFLTGNPGIGKTTAIANFLKSHLEEGFLFFYISPRIQVNLDLIHKFKSENAQDQELFDDR 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
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Substrates: NA
Specific reaction: NA
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Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA