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The map label for this gene is yccM [C]

Identifier: 78045216

GI number: 78045216

Start: 2208152

End: 2209474

Strand: Direct

Name: yccM [C]

Synonym: CHY_2464

Alternate gene names: 78045216

Gene position: 2208152-2209474 (Clockwise)

Preceding gene: 78043093

Following gene: 78044419

Centisome position: 91.95

GC content: 38.4

Gene sequence:

>1323_bases
ATGAATCAGGTACTTAAAAATATCCTTAAAAGCCGCTGGTATCCGGTAATTTTCCAGATCATTACATTATTTTTCTTTAG
CATTGTTATTTATACTCTAATCACCGGCCCCGCATCACCCCATGATAATTTTGGTACAGCTCTCACCTGGGTGCTTTGGT
GGCCGATAATCCCGTTAATTTTCCTTTTGCTTGGTCGCTTTTGGTGTGCTATCTGCCCCTTTGCCACCATCAATGATTTT
GTGCAAAAATTTGCTGGAATGAAACTTAAAGTTCCCAACTTTCTTAAAAAGTACGGAATTTGGATTATTGATGCGACCTT
TATCATCATAACCTGGTCGGACCACATCTGGGGAATCGTCGAAAACCCTCGTGGTTCAGGAATCCTGCTTCTTTTAATAA
CTACCGGTGTTATCTTTTCCGGAGTATTATTTGAAAGGCGTACCTGGTGCCGTTATCTTTGTTTCTTAGGTGGTCTTGCA
GGTAACTATTCCCGAACAGGTATGCTAAAATTACGAGCTACCCCGGATATTTGTAAAAATTGCACCACTCTTGCTTGCTA
TAAAGGTAGTAAAAATGCCCCTGGTTGCCCGTTATTTGAGGTTCCTAGAAATATGCAAACCAGCGCAACCTGTAATCTCT
GTGGCTATTGTGTTAAAAATTGTCCAAATGATTCAATAAATATCTCTTTTAAACCCCCTGCCAGTGAACTTTGGTTTATT
AAACGGCCACGCCTTGAAGAGTCATTTTTGGCAATTGTAATTATGGGTATCGTTTTTGTACAGAACCTTACCATGTTAGA
AATCTGGCAGAAATGGCAAAAAGCTTTAACTAATATTCTCCACACTGATAGTTATCCAGTATTATTTACAGTACTATTTT
TAATTGCCATGACCATACCAGTAGTCCTAACCTTAGTTGCAAGTAAAGGTGCCTCTTATGCCAATCGCCAAAAAACTTGG
GAAAATTTCGCTCGCTACGGTTATTCCCTTATTCCTTTAGATTTAGCTGGGCATATAGCTCATAACCTATTTCACCTTTT
GGCTGAAGGAAAATCAATTTATTATACAGGTTTAGCCTTTTTCACCGGCAAAAAATTAGAAGGTATGAGCCCTGCTATTG
TGAGCTCTTCGACAATAACCTTTTTGCAATATACCATATTGGTATTAGGTGCAATTTTGTCGCTATACACCGCCTGGAAA
ATCGCTAAAAACAACGAACCTAAAAATACCTTCAATGTTTTCTTACCCTTCAGTATATTAATTATCATCTTCCTCTTAAT
AAACATTTACCTCTTTATGCTCCCGATGGCTATGAGAATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATCCCTTGGAGTTTTTTAAAAGTTATAGGCATTTTAAATACAGGCATAATTTTAACTGGACTTATATCCCGTTATCTTCC
CGAAAGAGAGGAGTTGAAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TAACTTAGAAGACTTAACAAAAATACCCCCATATTTAAGGGGGTATCATCTTTATTTGGGAAGATCATTTCTTCCGTAAG
GCAGCGGGATATACTGCACC

Product: iron-sulfur cluster-binding protein

Products: NA

Alternate protein names: Sigma-54 Interaction Domain Family; Polyferredoxin-Like Protein; Nitrogen Regulatory Protein; Transcriptional Regulator; Sigma-54 Factor; Cytochrome C Oxidase Subunit II; Transcriptional Regulator Protein; Polyferredoxin

Number of amino acids: Translated: 440; Mature: 440

Protein sequence:

>440_residues
MNQVLKNILKSRWYPVIFQIITLFFFSIVIYTLITGPASPHDNFGTALTWVLWWPIIPLIFLLLGRFWCAICPFATINDF
VQKFAGMKLKVPNFLKKYGIWIIDATFIIITWSDHIWGIVENPRGSGILLLLITTGVIFSGVLFERRTWCRYLCFLGGLA
GNYSRTGMLKLRATPDICKNCTTLACYKGSKNAPGCPLFEVPRNMQTSATCNLCGYCVKNCPNDSINISFKPPASELWFI
KRPRLEESFLAIVIMGIVFVQNLTMLEIWQKWQKALTNILHTDSYPVLFTVLFLIAMTIPVVLTLVASKGASYANRQKTW
ENFARYGYSLIPLDLAGHIAHNLFHLLAEGKSIYYTGLAFFTGKKLEGMSPAIVSSSTITFLQYTILVLGAILSLYTAWK
IAKNNEPKNTFNVFLPFSILIIIFLLINIYLFMLPMAMRM

Sequences:

>Translated_440_residues
MNQVLKNILKSRWYPVIFQIITLFFFSIVIYTLITGPASPHDNFGTALTWVLWWPIIPLIFLLLGRFWCAICPFATINDF
VQKFAGMKLKVPNFLKKYGIWIIDATFIIITWSDHIWGIVENPRGSGILLLLITTGVIFSGVLFERRTWCRYLCFLGGLA
GNYSRTGMLKLRATPDICKNCTTLACYKGSKNAPGCPLFEVPRNMQTSATCNLCGYCVKNCPNDSINISFKPPASELWFI
KRPRLEESFLAIVIMGIVFVQNLTMLEIWQKWQKALTNILHTDSYPVLFTVLFLIAMTIPVVLTLVASKGASYANRQKTW
ENFARYGYSLIPLDLAGHIAHNLFHLLAEGKSIYYTGLAFFTGKKLEGMSPAIVSSSTITFLQYTILVLGAILSLYTAWK
IAKNNEPKNTFNVFLPFSILIIIFLLINIYLFMLPMAMRM
>Mature_440_residues
MNQVLKNILKSRWYPVIFQIITLFFFSIVIYTLITGPASPHDNFGTALTWVLWWPIIPLIFLLLGRFWCAICPFATINDF
VQKFAGMKLKVPNFLKKYGIWIIDATFIIITWSDHIWGIVENPRGSGILLLLITTGVIFSGVLFERRTWCRYLCFLGGLA
GNYSRTGMLKLRATPDICKNCTTLACYKGSKNAPGCPLFEVPRNMQTSATCNLCGYCVKNCPNDSINISFKPPASELWFI
KRPRLEESFLAIVIMGIVFVQNLTMLEIWQKWQKALTNILHTDSYPVLFTVLFLIAMTIPVVLTLVASKGASYANRQKTW
ENFARYGYSLIPLDLAGHIAHNLFHLLAEGKSIYYTGLAFFTGKKLEGMSPAIVSSSTITFLQYTILVLGAILSLYTAWK
IAKNNEPKNTFNVFLPFSILIIIFLLINIYLFMLPMAMRM

Specific function: Unknown

COG id: COG0348

COG function: function code C; Polyferredoxin

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 49957; Mature: 49957

Theoretical pI: Translated: 9.73; Mature: 9.73

Prosite motif: PS00198 4FE4S_FERREDOXIN

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.7 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
5.5 %Cys+Met (Translated Protein)
2.7 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
5.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MNQVLKNILKSRWYPVIFQIITLFFFSIVIYTLITGPASPHDNFGTALTWVLWWPIIPLI
CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
FLLLGRFWCAICPFATINDFVQKFAGMKLKVPNFLKKYGIWIIDATFIIITWSDHIWGIV
HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCEECCHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEECCCEEEEE
ENPRGSGILLLLITTGVIFSGVLFERRTWCRYLCFLGGLAGNYSRTGMLKLRATPDICKN
ECCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHCC
CTTLACYKGSKNAPGCPLFEVPRNMQTSATCNLCGYCVKNCPNDSINISFKPPASELWFI
CCEEEEECCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCEEEE
KRPRLEESFLAIVIMGIVFVQNLTMLEIWQKWQKALTNILHTDSYPVLFTVLFLIAMTIP
ECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
VVLTLVASKGASYANRQKTWENFARYGYSLIPLDLAGHIAHNLFHLLAEGKSIYYTGLAF
HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEHH
FTGKKLEGMSPAIVSSSTITFLQYTILVLGAILSLYTAWKIAKNNEPKNTFNVFLPFSIL
HCCCCCCCCCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHH
IIIFLLINIYLFMLPMAMRM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure
MNQVLKNILKSRWYPVIFQIITLFFFSIVIYTLITGPASPHDNFGTALTWVLWWPIIPLI
CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
FLLLGRFWCAICPFATINDFVQKFAGMKLKVPNFLKKYGIWIIDATFIIITWSDHIWGIV
HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCEECCHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEECCCEEEEE
ENPRGSGILLLLITTGVIFSGVLFERRTWCRYLCFLGGLAGNYSRTGMLKLRATPDICKN
ECCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHCC
CTTLACYKGSKNAPGCPLFEVPRNMQTSATCNLCGYCVKNCPNDSINISFKPPASELWFI
CCEEEEECCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCEEEE
KRPRLEESFLAIVIMGIVFVQNLTMLEIWQKWQKALTNILHTDSYPVLFTVLFLIAMTIP
ECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
VVLTLVASKGASYANRQKTWENFARYGYSLIPLDLAGHIAHNLFHLLAEGKSIYYTGLAF
HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEHH
FTGKKLEGMSPAIVSSSTITFLQYTILVLGAILSLYTAWKIAKNNEPKNTFNVFLPFSIL
HCCCCCCCCCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEHHHHHH
IIIFLLINIYLFMLPMAMRM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: Fe [C]

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA