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The map label for this gene is rpfG [H]

Identifier: 78043869

GI number: 78043869

Start: 132380

End: 133708

Strand: Direct

Name: rpfG [H]

Synonym: CHY_0160

Alternate gene names: 78043869

Gene position: 132380-133708 (Clockwise)

Preceding gene: 78044797

Following gene: 78042770

Centisome position: 5.51

GC content: 36.34

Gene sequence:

>1329_bases
ATGGTAGCAATAAAGAGATTGCTTGATAAAAACACTATAAAGTTAAAATTATATTATATTATTATCGGAATTATAGGATT
GATTTTATTTTTAACATATTTTAGATCTGTATTTAATTTAAGTGGAAATATTTTGATAGCGTTTATTTTCTTTATTTTAT
TTGAAGCGCTTTCAGAAAAACTAGCAATTAAAATGCCTAAAGTAGGTTTTGTTTCAGTTGCATTTGGTTTAGATGTAGCT
GCATTTTTAATATTTGGGTATAAAATTGCAGCAATTATTGCAGGATTTTCTTTTTTATTGGATTTTGGACGAATTGAAAA
AAATAATATTTTATTTTCCTTGTTGACAAAAATTTTTAACTTGAGTCAAATAATTATTACAATTACTTTGGCTGGAATTA
CTTATAATATTTTAACTAAATTTTTTGTTTTAAATTCCTATATTACATTTTTTTCTATCTTTATTTTTGCTTTCACATAC
TTATTTATAAATGTGCTTTTAGTTTGCTTAGCTGCAAGCCTTTCGTTAAATTTACCTTTTATGTATATATTTATTGATAA
CTTCAGAGGATTTATTCCCAATTATGCTTTACTTGCAATTTTAGGTTATTTAATGGCTTTAGTGTATAATTCCATTGGTA
TTCCAGGGATTATACTTTTCTTCATACCATTAATTATTACCCGCTATGTATTTAAACTTTACTCCGATTTAAGAGAATCC
TACCTTTCCACCATTCGGGCTCTTGTTGCTGCCCTTGAAGCTAAAGATCCGTACACCAAAGGCCATTCAGAGCGGGTTTC
AGAACTGGCGGTGGAAATTGCTAAGGAAATGGGGTTAAATGCAGACCAAATTGACATTATTCGCCATATGGCGCTTTTAC
ATGATGTGGGCAAAATCGGTATCCTTGATACCGTTTTAAATAAAAAGGGAACGCTGGATCCCGAGGAAAAAGAGTTAATC
CAGGAGCACCCGGTACTGGGTGCGAAAATCGTGGAGGAAATACCGTTTTTAAAACAATACGCCGGGATGGTCCGGCACCA
CCACGAGCGGTTTGACGGTACCGGCTATCCCGATAAAGTTTCCGGGGAAAAAATTCCCCTCGGAGCCAGGATTATTGCTG
TGGCGGATACGTATGATGCCATGACTTCGGACCGTCCCTATCGGTCGGCGTTGACCAAAGAACAGGCGATGAGCGAACTG
GAACTGAATGCCGGACAGCAACATGACCCAAGAGTGGTTAAAGCTTTATTGAAAGTGCTGGAGCGGTTTGATCCCCGGGA
AAAAGAACGGGAAGCCATGGCCAAAGCAGCGGCGGCGGAAGGGACCTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GCTGGCGATTGTCAGCTTAATCATCGCCGGTGGTGCGAGATTTTCAATGTAATTAGATTTTTATTATGTCGGTCCTTTAA
GAAATTATTGAGGTGAAAAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
AGGGAGGAATAGTTATTTATTTAGAAGCACTGATTTTGGCGCTTATTCTCGGTTATCTTTTTAAAGGCCGGCTGAAAAAC
TTAGCCGAATTGGAATTTAC

Product: HDIG domain-containing protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 442; Mature: 442

Protein sequence:

>442_residues
MVAIKRLLDKNTIKLKLYYIIIGIIGLILFLTYFRSVFNLSGNILIAFIFFILFEALSEKLAIKMPKVGFVSVAFGLDVA
AFLIFGYKIAAIIAGFSFLLDFGRIEKNNILFSLLTKIFNLSQIIITITLAGITYNILTKFFVLNSYITFFSIFIFAFTY
LFINVLLVCLAASLSLNLPFMYIFIDNFRGFIPNYALLAILGYLMALVYNSIGIPGIILFFIPLIITRYVFKLYSDLRES
YLSTIRALVAALEAKDPYTKGHSERVSELAVEIAKEMGLNADQIDIIRHMALLHDVGKIGILDTVLNKKGTLDPEEKELI
QEHPVLGAKIVEEIPFLKQYAGMVRHHHERFDGTGYPDKVSGEKIPLGARIIAVADTYDAMTSDRPYRSALTKEQAMSEL
ELNAGQQHDPRVVKALLKVLERFDPREKEREAMAKAAAAEGT

Sequences:

>Translated_442_residues
MVAIKRLLDKNTIKLKLYYIIIGIIGLILFLTYFRSVFNLSGNILIAFIFFILFEALSEKLAIKMPKVGFVSVAFGLDVA
AFLIFGYKIAAIIAGFSFLLDFGRIEKNNILFSLLTKIFNLSQIIITITLAGITYNILTKFFVLNSYITFFSIFIFAFTY
LFINVLLVCLAASLSLNLPFMYIFIDNFRGFIPNYALLAILGYLMALVYNSIGIPGIILFFIPLIITRYVFKLYSDLRES
YLSTIRALVAALEAKDPYTKGHSERVSELAVEIAKEMGLNADQIDIIRHMALLHDVGKIGILDTVLNKKGTLDPEEKELI
QEHPVLGAKIVEEIPFLKQYAGMVRHHHERFDGTGYPDKVSGEKIPLGARIIAVADTYDAMTSDRPYRSALTKEQAMSEL
ELNAGQQHDPRVVKALLKVLERFDPREKEREAMAKAAAAEGT
>Mature_442_residues
MVAIKRLLDKNTIKLKLYYIIIGIIGLILFLTYFRSVFNLSGNILIAFIFFILFEALSEKLAIKMPKVGFVSVAFGLDVA
AFLIFGYKIAAIIAGFSFLLDFGRIEKNNILFSLLTKIFNLSQIIITITLAGITYNILTKFFVLNSYITFFSIFIFAFTY
LFINVLLVCLAASLSLNLPFMYIFIDNFRGFIPNYALLAILGYLMALVYNSIGIPGIILFFIPLIITRYVFKLYSDLRES
YLSTIRALVAALEAKDPYTKGHSERVSELAVEIAKEMGLNADQIDIIRHMALLHDVGKIGILDTVLNKKGTLDPEEKELI
QEHPVLGAKIVEEIPFLKQYAGMVRHHHERFDGTGYPDKVSGEKIPLGARIIAVADTYDAMTSDRPYRSALTKEQAMSEL
ELNAGQQHDPRVVKALLKVLERFDPREKEREAMAKAAAAEGT

Specific function: Positively regulates the synthesis of extracellular enzymes and extracellular polysaccharides. The cell-cell signaling system encoded by rpf genes is required for full virulence and is implicated in regulation of the formation and dispersal of biofilms [H

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 response regulatory domain [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR011006
- InterPro:   IPR003607
- InterPro:   IPR001789 [H]

Pfam domain/function: PF00072 Response_reg [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 49731; Mature: 49731

Theoretical pI: Translated: 8.94; Mature: 8.94

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
2.5 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.3 %Met     (Mature Protein)
2.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MVAIKRLLDKNTIKLKLYYIIIGIIGLILFLTYFRSVFNLSGNILIAFIFFILFEALSEK
CHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LAIKMPKVGFVSVAFGLDVAAFLIFGYKIAAIIAGFSFLLDFGRIEKNNILFSLLTKIFN
HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
LSQIIITITLAGITYNILTKFFVLNSYITFFSIFIFAFTYLFINVLLVCLAASLSLNLPF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCE
MYIFIDNFRGFIPNYALLAILGYLMALVYNSIGIPGIILFFIPLIITRYVFKLYSDLRES
EEEEEHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YLSTIRALVAALEAKDPYTKGHSERVSELAVEIAKEMGLNADQIDIIRHMALLHDVGKIG
HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILDTVLNKKGTLDPEEKELIQEHPVLGAKIVEEIPFLKQYAGMVRHHHERFDGTGYPDKV
HHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
SGEKIPLGARIIAVADTYDAMTSDRPYRSALTKEQAMSELELNAGQQHDPRVVKALLKVL
CCCCCCCCCEEEEEECHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHH
ERFDPREKEREAMAKAAAAEGT
HHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC
>Mature Secondary Structure
MVAIKRLLDKNTIKLKLYYIIIGIIGLILFLTYFRSVFNLSGNILIAFIFFILFEALSEK
CHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LAIKMPKVGFVSVAFGLDVAAFLIFGYKIAAIIAGFSFLLDFGRIEKNNILFSLLTKIFN
HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
LSQIIITITLAGITYNILTKFFVLNSYITFFSIFIFAFTYLFINVLLVCLAASLSLNLPF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCE
MYIFIDNFRGFIPNYALLAILGYLMALVYNSIGIPGIILFFIPLIITRYVFKLYSDLRES
EEEEEHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YLSTIRALVAALEAKDPYTKGHSERVSELAVEIAKEMGLNADQIDIIRHMALLHDVGKIG
HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILDTVLNKKGTLDPEEKELIQEHPVLGAKIVEEIPFLKQYAGMVRHHHERFDGTGYPDKV
HHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
SGEKIPLGARIIAVADTYDAMTSDRPYRSALTKEQAMSELELNAGQQHDPRVVKALLKVL
CCCCCCCCCEEEEEECHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHH
ERFDPREKEREAMAKAAAAEGT
HHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 11123673 [H]