| Definition | Vibrio fischeri ES114 chromosome chromosome II, complete sequence. |
|---|---|
| Accession | NC_006841 |
| Length | 1,330,333 |
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The map label for this gene is ybbP [H]
Identifier: 59714225
GI number: 59714225
Start: 1175872
End: 1178331
Strand: Reverse
Name: ybbP [H]
Synonym: VF_A1042
Alternate gene names: 59714225
Gene position: 1178331-1175872 (Counterclockwise)
Preceding gene: 59714226
Following gene: 59714224
Centisome position: 88.57
GC content: 41.71
Gene sequence:
>2460_bases ATGAATGAGAAATCATTAACCTCAACTTCTTTAGGAAATCATCTACCTTCTGGAAACCGGATGATATTACGCTGGAGTTG GCGTGAGATTTGGCAGGGACAATTATGGCCTGTAATGGCGGCATTAACCTTAATTGTGGCCTGTGTTGTTGCGTTATCTG CTTTAGCTATTCGGGTTGAAAAAGTCATGACGGATCAAGGTCGCTCTATGATGGCGGCGGATTTGGTTTTCCGCTCAGCA AATCCTACCCCTGAATCTATTTTACAGCGTGCTGCTGAGCAAAACTTAGTTACTTCTTCCCAAGTTCGTTTTCAAACCAT GGCATTTAGTGATACTGGAATGCAATTGGTGAGCGTTAAATCTGTTGAGAGCAATTACCCACTTCGTGGTGAGTTATTAT TGCATGGCGAAAACAATGAAGTATATACGCAGGTTAATCAAGGAGAGGTATGGGTTGCGGATCGCCTTTTATCTCTTCTG GAGTTACATATTGGTGATGTGATTGCCATTGGTGATGCTGAGTTACCGATCTCTGGTGTGATTGAATCTGAGCCTGAGCT TGCGTTTAATCCATTTCGCACCATGCCAAGTGTGTTTATTCATCAATCTGATTTAGATAAAACAGGTGCTATTCAACTGG GCAGCCGAGTGCAATATCGAACGTTATTTAAAGGGGATGATAATGGAGTCTCATTGCTTCAAAGTGAGTATGAATTGCAA GCTGGAGAAAGTTGGATAAGTGAAGAAACTCAAGGTCGAACTGCAGATTTAATGCAGAAAGCGAAGCAATACTTGTCATT GACGATTTTGATGGTGATCTTAATGGCTTCGGTCACTTTAGTATTAACTTGTCAGCACTATGCAACCAGTCGTGCGAATA CCGTTGCGATGCTAAAGAGTATGGGTGCAAGCAAAGCGTGGCTTAAGCGCTGGTTATTCAATCAAGTGGGTTTGATGTTT ATTACAGGGGTGATTGCAGGTTCGTTAATCGGGTTAGGGCTTGAATTATTATTGCGTATACCTCTTGCCGATATTCTGCC TGAAGAGTTACCCAGCTATGGTTGGCAACCTTTTCTATTTGGTTCTATCGTTGCGTTATTCATTGGGCTACCAGCACTTG GTATTCCACTATTACGCTTATTAGAGACGCCTGCGATTTCTGTTCTCCAGTCTCAAATAAGTCATTCGTCTAAAAAAGGG TTATGGCTAATTTTGGTTCCTACAGCGGCATTTTTGCTGATGTACGGCAGTAACAGTCTAGTTTGGATGGTTTCGATTGG ATTGGTTGTTTTATTTATTCTGCTTGCTGGAGTGAGTTATGGCTTAGTGCATTTTTTAGGACGTTTTAAATGGGGAGCCG CGATGACATTAGCATTGAGTCGAATTAAGCGTTCCCCAAAAAATAGCATGATGCAATTGGCTGCACTGTCTGGCTCTTTA ATGTTAGTGGCTGTGATTTGGCTAGTGAGAACCGATTTATTAGGAGATTGGCAGCAAACCTTACCACCAGATGCTCCCAA TGTATTTGCGATGAATATAGCGCCTTATGAGCAACAAGATTACCTGCAAGCATTGGATAATGAAAAATTGGATCGCTCAG AAGGGTATCCGATTGTTCGTGGTCGCTTAACGGAAATTAATGGTGAAAGCACCAAAGAAAAAATGAAAGGTGAAGGGCAA GGCTCAGATGCGCTGCGCCGTGAAATTAATTTTACATGGCGTAATACTTTGCCTGTTCATAATCAGGTGACTGCAGGGGC GTGGACGAGTGAAAATGGGGTGTCTGTTGAGCAAGATGTTGCGAACGATTTAGATATTACTATTGGTGATACATTGAGTT TTTCTGTTAATAGTCAGCCCTTTACCGCTGTAGTTAACTCGATTCGTGTTGTTGATTGGCAAAGCATGAAACCGAATTTT TATTTTATCTTCACACCAGATGTGATTGCGGATTTACCTGCAACGTGGTTAGTGAGTTTTAAAGTTAACGATGATGAGAA CACATTATTGAATCAATTGGCTCGTGATTACCCAACGGTTAGCTTATTGGACTTTAGAACCATGGGTGGAAAGATCCAAG CCATGCTAGCTCAAATTACGTGGTCATTAACCGTATTAGCCGGATTAGGCGTAGTGAGTGGTATTTTATTGATATTCACG TTACTTCGTTTGAGTTTGTATCAACGTCAGCGTGAAATCACTCTTTATCGTACTCTTGGGGCTAGCCGTCAGCGCATCAG TAATACATTGTGGAGTGAATACGGTGTAATGGCATTGGCTGCGGGATTTGTGGCGGTGATGGGAGCTGAGACTATTGTAT TCAGCTTAGTGAAATGGGGCTTTAAATTAGAACCGACACTTCATATCAGTATGTGGCTTGTATTGCCTTTAATAGCAATG ATGATTGTCTTTATGAGTTTAGTTAGTGTGATTAATCAGCTATTAAAGCCGTTAAAGTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases ACTACCTTGGTTCTTATTACTCATGATCCCAAATTAGCAGAGCGATGTGAGCGAACATTGACGATAGATGCTGGGCGAAT TTTTGAAGAGGTGGTGTGAA
Downstream 100 bases:
>100_bases GTATTTAAAATTATTATTTTAGTTTTTATGCAGGTTTTAATTATATTAAAACCTGCCTTTTATCTATGTTCATATTTTAC TTTTTTGGATGAAACTTTAC
Product: inner membrane protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 819; Mature: 819
Protein sequence:
>819_residues MNEKSLTSTSLGNHLPSGNRMILRWSWREIWQGQLWPVMAALTLIVACVVALSALAIRVEKVMTDQGRSMMAADLVFRSA NPTPESILQRAAEQNLVTSSQVRFQTMAFSDTGMQLVSVKSVESNYPLRGELLLHGENNEVYTQVNQGEVWVADRLLSLL ELHIGDVIAIGDAELPISGVIESEPELAFNPFRTMPSVFIHQSDLDKTGAIQLGSRVQYRTLFKGDDNGVSLLQSEYELQ AGESWISEETQGRTADLMQKAKQYLSLTILMVILMASVTLVLTCQHYATSRANTVAMLKSMGASKAWLKRWLFNQVGLMF ITGVIAGSLIGLGLELLLRIPLADILPEELPSYGWQPFLFGSIVALFIGLPALGIPLLRLLETPAISVLQSQISHSSKKG LWLILVPTAAFLLMYGSNSLVWMVSIGLVVLFILLAGVSYGLVHFLGRFKWGAAMTLALSRIKRSPKNSMMQLAALSGSL MLVAVIWLVRTDLLGDWQQTLPPDAPNVFAMNIAPYEQQDYLQALDNEKLDRSEGYPIVRGRLTEINGESTKEKMKGEGQ GSDALRREINFTWRNTLPVHNQVTAGAWTSENGVSVEQDVANDLDITIGDTLSFSVNSQPFTAVVNSIRVVDWQSMKPNF YFIFTPDVIADLPATWLVSFKVNDDENTLLNQLARDYPTVSLLDFRTMGGKIQAMLAQITWSLTVLAGLGVVSGILLIFT LLRLSLYQRQREITLYRTLGASRQRISNTLWSEYGVMALAAGFVAVMGAETIVFSLVKWGFKLEPTLHISMWLVLPLIAM MIVFMSLVSVINQLLKPLK
Sequences:
>Translated_819_residues MNEKSLTSTSLGNHLPSGNRMILRWSWREIWQGQLWPVMAALTLIVACVVALSALAIRVEKVMTDQGRSMMAADLVFRSA NPTPESILQRAAEQNLVTSSQVRFQTMAFSDTGMQLVSVKSVESNYPLRGELLLHGENNEVYTQVNQGEVWVADRLLSLL ELHIGDVIAIGDAELPISGVIESEPELAFNPFRTMPSVFIHQSDLDKTGAIQLGSRVQYRTLFKGDDNGVSLLQSEYELQ AGESWISEETQGRTADLMQKAKQYLSLTILMVILMASVTLVLTCQHYATSRANTVAMLKSMGASKAWLKRWLFNQVGLMF ITGVIAGSLIGLGLELLLRIPLADILPEELPSYGWQPFLFGSIVALFIGLPALGIPLLRLLETPAISVLQSQISHSSKKG LWLILVPTAAFLLMYGSNSLVWMVSIGLVVLFILLAGVSYGLVHFLGRFKWGAAMTLALSRIKRSPKNSMMQLAALSGSL MLVAVIWLVRTDLLGDWQQTLPPDAPNVFAMNIAPYEQQDYLQALDNEKLDRSEGYPIVRGRLTEINGESTKEKMKGEGQ GSDALRREINFTWRNTLPVHNQVTAGAWTSENGVSVEQDVANDLDITIGDTLSFSVNSQPFTAVVNSIRVVDWQSMKPNF YFIFTPDVIADLPATWLVSFKVNDDENTLLNQLARDYPTVSLLDFRTMGGKIQAMLAQITWSLTVLAGLGVVSGILLIFT LLRLSLYQRQREITLYRTLGASRQRISNTLWSEYGVMALAAGFVAVMGAETIVFSLVKWGFKLEPTLHISMWLVLPLIAM MIVFMSLVSVINQLLKPLK >Mature_819_residues MNEKSLTSTSLGNHLPSGNRMILRWSWREIWQGQLWPVMAALTLIVACVVALSALAIRVEKVMTDQGRSMMAADLVFRSA NPTPESILQRAAEQNLVTSSQVRFQTMAFSDTGMQLVSVKSVESNYPLRGELLLHGENNEVYTQVNQGEVWVADRLLSLL ELHIGDVIAIGDAELPISGVIESEPELAFNPFRTMPSVFIHQSDLDKTGAIQLGSRVQYRTLFKGDDNGVSLLQSEYELQ AGESWISEETQGRTADLMQKAKQYLSLTILMVILMASVTLVLTCQHYATSRANTVAMLKSMGASKAWLKRWLFNQVGLMF ITGVIAGSLIGLGLELLLRIPLADILPEELPSYGWQPFLFGSIVALFIGLPALGIPLLRLLETPAISVLQSQISHSSKKG LWLILVPTAAFLLMYGSNSLVWMVSIGLVVLFILLAGVSYGLVHFLGRFKWGAAMTLALSRIKRSPKNSMMQLAALSGSL MLVAVIWLVRTDLLGDWQQTLPPDAPNVFAMNIAPYEQQDYLQALDNEKLDRSEGYPIVRGRLTEINGESTKEKMKGEGQ GSDALRREINFTWRNTLPVHNQVTAGAWTSENGVSVEQDVANDLDITIGDTLSFSVNSQPFTAVVNSIRVVDWQSMKPNF YFIFTPDVIADLPATWLVSFKVNDDENTLLNQLARDYPTVSLLDFRTMGGKIQAMLAQITWSLTVLAGLGVVSGILLIFT LLRLSLYQRQREITLYRTLGASRQRISNTLWSEYGVMALAAGFVAVMGAETIVFSLVKWGFKLEPTLHISMWLVLPLIAM MIVFMSLVSVINQLLKPLK
Specific function: Unknown
COG id: COG3127
COG function: function code Q; Predicted ABC-type transport system involved in lysophospholipase L1 biosynthesis, permease component
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the ABC-4 integral membrane protein family [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786704, Length=803, Percent_Identity=35.491905354919, Blast_Score=434, Evalue=1e-122,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003838 [H]
Pfam domain/function: PF02687 FtsX [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 90740; Mature: 90740
Theoretical pI: Translated: 6.28; Mature: 6.28
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 3.9 %Met (Translated Protein) 4.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 3.9 %Met (Mature Protein) 4.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNEKSLTSTSLGNHLPSGNRMILRWSWREIWQGQLWPVMAALTLIVACVVALSALAIRVE CCCCCCCHHHHCCCCCCCCEEEEEECHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KVMTDQGRSMMAADLVFRSANPTPESILQRAAEQNLVTSSQVRFQTMAFSDTGMQLVSVK HHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEEEEEEECCCCCEEEEEE SVESNYPLRGELLLHGENNEVYTQVNQGEVWVADRLLSLLELHIGDVIAIGDAELPISGV ECCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCCCCC IESEPELAFNPFRTMPSVFIHQSDLDKTGAIQLGSRVQYRTLFKGDDNGVSLLQSEYELQ CCCCCCCCCCCHHHCCHHHEECCCCCCCCCEEECCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHH AGESWISEETQGRTADLMQKAKQYLSLTILMVILMASVTLVLTCQHYATSRANTVAMLKS CCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH MGASKAWLKRWLFNQVGLMFITGVIAGSLIGLGLELLLRIPLADILPEELPSYGWQPFLF CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCHHHHHCCCCCHHHH GSIVALFIGLPALGIPLLRLLETPAISVLQSQISHSSKKGLWLILVPTAAFLLMYGSNSL HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCCCCE VWMVSIGLVVLFILLAGVSYGLVHFLGRFKWGAAMTLALSRIKRSPKNSMMQLAALSGSL EHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHH MLVAVIWLVRTDLLGDWQQTLPPDAPNVFAMNIAPYEQQDYLQALDNEKLDRSEGYPIVR HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEE GRLTEINGESTKEKMKGEGQGSDALRREINFTWRNTLPVHNQVTAGAWTSENGVSVEQDV CEEEECCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCEECCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCHHHH ANDLDITIGDTLSFSVNSQPFTAVVNSIRVVDWQSMKPNFYFIFTPDVIADLPATWLVSF CCCCCEEECCEEEEEECCCHHHHHHHHHEEEEECCCCCCEEEEECCHHHHHCCCEEEEEE KVNDDENTLLNQLARDYPTVSLLDFRTMGGKIQAMLAQITWSLTVLAGLGVVSGILLIFT EECCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LLRLSLYQRQREITLYRTLGASRQRISNTLWSEYGVMALAAGFVAVMGAETIVFSLVKWG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC FKLEPTLHISMWLVLPLIAMMIVFMSLVSVINQLLKPLK CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure MNEKSLTSTSLGNHLPSGNRMILRWSWREIWQGQLWPVMAALTLIVACVVALSALAIRVE CCCCCCCHHHHCCCCCCCCEEEEEECHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KVMTDQGRSMMAADLVFRSANPTPESILQRAAEQNLVTSSQVRFQTMAFSDTGMQLVSVK HHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEEEEEEECCCCCEEEEEE SVESNYPLRGELLLHGENNEVYTQVNQGEVWVADRLLSLLELHIGDVIAIGDAELPISGV ECCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCCCCC IESEPELAFNPFRTMPSVFIHQSDLDKTGAIQLGSRVQYRTLFKGDDNGVSLLQSEYELQ CCCCCCCCCCCHHHCCHHHEECCCCCCCCCEEECCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHH AGESWISEETQGRTADLMQKAKQYLSLTILMVILMASVTLVLTCQHYATSRANTVAMLKS CCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH MGASKAWLKRWLFNQVGLMFITGVIAGSLIGLGLELLLRIPLADILPEELPSYGWQPFLF CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCHHHHHCCCCCHHHH GSIVALFIGLPALGIPLLRLLETPAISVLQSQISHSSKKGLWLILVPTAAFLLMYGSNSL HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCCCCE VWMVSIGLVVLFILLAGVSYGLVHFLGRFKWGAAMTLALSRIKRSPKNSMMQLAALSGSL EHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHH MLVAVIWLVRTDLLGDWQQTLPPDAPNVFAMNIAPYEQQDYLQALDNEKLDRSEGYPIVR HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEE GRLTEINGESTKEKMKGEGQGSDALRREINFTWRNTLPVHNQVTAGAWTSENGVSVEQDV CEEEECCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCEECCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCHHHH ANDLDITIGDTLSFSVNSQPFTAVVNSIRVVDWQSMKPNFYFIFTPDVIADLPATWLVSF CCCCCEEECCEEEEEECCCHHHHHHHHHEEEEECCCCCCEEEEECCHHHHHCCCEEEEEE KVNDDENTLLNQLARDYPTVSLLDFRTMGGKIQAMLAQITWSLTVLAGLGVVSGILLIFT EECCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LLRLSLYQRQREITLYRTLGASRQRISNTLWSEYGVMALAAGFVAVMGAETIVFSLVKWG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC FKLEPTLHISMWLVLPLIAMMIVFMSLVSVINQLLKPLK CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9278503 [H]