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The map label for this gene is ccmF [H]

Identifier: 229587062

GI number: 229587062

Start: 1012497

End: 1014485

Strand: Direct

Name: ccmF [H]

Synonym: RAF_ORF0985

Alternate gene names: 229587062

Gene position: 1012497-1014485 (Clockwise)

Preceding gene: 229587061

Following gene: 229587069

Centisome position: 79.19

GC content: 32.68

Gene sequence:

>1989_bases
GTGAGTGAAATCGGTAATTTTTTACTACTAACAACGATGTACTTGTCGGTTATCGGTTTGTCTTTTGTCTTTTATGTCAT
TCCTGCGCAAGCGGGAATCCATAAAAAATCTCTACTTTATAGACTGGATTGCCGCTTGCGCAGGAATGACAACTACCTCA
TTACTTGCCCCTTCTACATAGCTGCCTCATGTACTATACTTGCCTTTTTTACCCTAGTCTATGCTTTTATTATCTCTGAC
TTTTCACTACAAAATGTTTTCTTAAATTCCAGTACTTTAAAACCTTTAATATATAAAATAGCCGGTAGTTGGTCGAGCCA
CGAAGGCTCAATGTTATTATGGTTTTGTTTATTACAAATCGTTAGTTGCTGTTATATATTTTTACTTGAAGATAACCGTC
TTAAATTTTTATCTATTATTATTCTATCAGCCATACAATTATTTTTTAGCAGCTTTATTTACTTTACCTCCAATCCTTTT
AACGTGTTTTCTTTCGTTCCTAAAGAAGGGTTAGGCTTAAACCCGATGCTACAAGATATTGCTTTGAGCATCCATCCTCC
TCTGCTTTATTTAGGCTATGTTAGCTATGTAGTACCGTTTACTATTGTTTGTGCCTCTATGTCATTCTCATACCCACTTA
TGTCATTCCCGCGAAAGCGGGAATCCATTAATGACATAAGACTTCTCAAAACATTTTCCAATATCGGTATCTTATTTACT
ACCATAGGAATTAGCCTTGGTTCTTGGTGGGCATATAGAGAACTCGGCTGGGGCGGATTTTGGTTTTTTGATCCGGTAGA
AAATATTTCACTATTTCCTTGGTTATCTGGAATTATGCTCCATCATTCTATAATTGTAACAACAAAAACCAGACGTATGC
AAAACTGGACAGTAATTTTATCCATCATTACTTTTTTATTAGTAATATTTAGTGCTTTTTTAGTACGTTCCGGTTTTATT
ACCTCAATTCACTCTTTTGCATTCTCACCTGAGAGAGGAATATACTTGCTTGGAATATTTTTGATTATGGGGATTGGTAG
TATTGGGTGGTATACTACCACATCATTGCGAGGAAATGCATTAACATTGACGAAGCAATCTCAGGAAGCTAACCGAGATT
GCCACAGCCACTTTCGTGGCTTCGCAATGACGCATTGTGGAAACTCCATACTCCTCGGTAATATATTCCTCCTTCTTAGC
CTTATTGTACTAATAGCTGCCACACTTTATCCGCCAATTTACTCTTTATTCGACGATAAATCTATTATTATTAGTGAAAC
ATTTTTTGTTAATAATTTTATTATATTCGTTATCCCTATTCTTGGTACCATAGGATTATTTACTACTAGAAGCTCTATTA
AAAAACATATTATAATTCTAATATTATCTCTAATAATTACTTATTTAATATCATTAAAAGTAACATTTAGTGTTATATCG
ATTTTAACTATAATCGCATCTATATTTCTTATGCTTCATAATATTCATTATCTTTTGGTTAAAACTAATTATTGTAGAAA
TAGACTTAAAGCAAGTAACGCTAGTATGATCCTTGGGCATTTTGGTTTTGCACTAATTAGTTTTAGTATTACTATGAATA
CATTATTACAAAGTGAAATGGATTTTACCGGCAGAGTAGGAACAAGTAAAACATTTAACGAATTTAAAGTAACATTGCAA
AATATTAAGTTTGCTCAAGGTAAAAATTATTATAGACAAATCGCTGAATTTTGGCTTGAGGATAATAGCCGTAATATAAC
TATATTAAAGCCGGAAAATAGACTTTATATAGTTGAAAAGAGTTTATCGCAAGAAAGTGATATATACTCTTACTTATTAT
ATGATCTTTACGCAGTTTTAAGTAATATAGACGGCGATATAATCCATGCTAAAATATATTACAAGCCAACGATAAGCTTT
ATTTGGCTTGGAATTATTCTTACCGCGTCCGGTTTTTTTATTGCACTAATCAGAAAAAATTCTAGCTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAAATATTTAATTTAAAGGTAATTATTTTAAAGAAAATTGCCAATAAGATTGATAGCGTAAAAATTACCGTATTACCTAC
TACCGAGGCAACAATAAGCA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTTGAACCATCACATTTAAGGTTTAAAATTTTAATACTATTCGGATGATCAGCACTGAATTGTTCTATCTGATTATTACG
GAATTTTTCATACCAAAATT

Product: Cytochrome c-type biogenesis protein ccmF

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 662; Mature: 661

Protein sequence:

>662_residues
MSEIGNFLLLTTMYLSVIGLSFVFYVIPAQAGIHKKSLLYRLDCRLRRNDNYLITCPFYIAASCTILAFFTLVYAFIISD
FSLQNVFLNSSTLKPLIYKIAGSWSSHEGSMLLWFCLLQIVSCCYIFLLEDNRLKFLSIIILSAIQLFFSSFIYFTSNPF
NVFSFVPKEGLGLNPMLQDIALSIHPPLLYLGYVSYVVPFTIVCASMSFSYPLMSFPRKRESINDIRLLKTFSNIGILFT
TIGISLGSWWAYRELGWGGFWFFDPVENISLFPWLSGIMLHHSIIVTTKTRRMQNWTVILSIITFLLVIFSAFLVRSGFI
TSIHSFAFSPERGIYLLGIFLIMGIGSIGWYTTTSLRGNALTLTKQSQEANRDCHSHFRGFAMTHCGNSILLGNIFLLLS
LIVLIAATLYPPIYSLFDDKSIIISETFFVNNFIIFVIPILGTIGLFTTRSSIKKHIIILILSLIITYLISLKVTFSVIS
ILTIIASIFLMLHNIHYLLVKTNYCRNRLKASNASMILGHFGFALISFSITMNTLLQSEMDFTGRVGTSKTFNEFKVTLQ
NIKFAQGKNYYRQIAEFWLEDNSRNITILKPENRLYIVEKSLSQESDIYSYLLYDLYAVLSNIDGDIIHAKIYYKPTISF
IWLGIILTASGFFIALIRKNSS

Sequences:

>Translated_662_residues
MSEIGNFLLLTTMYLSVIGLSFVFYVIPAQAGIHKKSLLYRLDCRLRRNDNYLITCPFYIAASCTILAFFTLVYAFIISD
FSLQNVFLNSSTLKPLIYKIAGSWSSHEGSMLLWFCLLQIVSCCYIFLLEDNRLKFLSIIILSAIQLFFSSFIYFTSNPF
NVFSFVPKEGLGLNPMLQDIALSIHPPLLYLGYVSYVVPFTIVCASMSFSYPLMSFPRKRESINDIRLLKTFSNIGILFT
TIGISLGSWWAYRELGWGGFWFFDPVENISLFPWLSGIMLHHSIIVTTKTRRMQNWTVILSIITFLLVIFSAFLVRSGFI
TSIHSFAFSPERGIYLLGIFLIMGIGSIGWYTTTSLRGNALTLTKQSQEANRDCHSHFRGFAMTHCGNSILLGNIFLLLS
LIVLIAATLYPPIYSLFDDKSIIISETFFVNNFIIFVIPILGTIGLFTTRSSIKKHIIILILSLIITYLISLKVTFSVIS
ILTIIASIFLMLHNIHYLLVKTNYCRNRLKASNASMILGHFGFALISFSITMNTLLQSEMDFTGRVGTSKTFNEFKVTLQ
NIKFAQGKNYYRQIAEFWLEDNSRNITILKPENRLYIVEKSLSQESDIYSYLLYDLYAVLSNIDGDIIHAKIYYKPTISF
IWLGIILTASGFFIALIRKNSS
>Mature_661_residues
SEIGNFLLLTTMYLSVIGLSFVFYVIPAQAGIHKKSLLYRLDCRLRRNDNYLITCPFYIAASCTILAFFTLVYAFIISDF
SLQNVFLNSSTLKPLIYKIAGSWSSHEGSMLLWFCLLQIVSCCYIFLLEDNRLKFLSIIILSAIQLFFSSFIYFTSNPFN
VFSFVPKEGLGLNPMLQDIALSIHPPLLYLGYVSYVVPFTIVCASMSFSYPLMSFPRKRESINDIRLLKTFSNIGILFTT
IGISLGSWWAYRELGWGGFWFFDPVENISLFPWLSGIMLHHSIIVTTKTRRMQNWTVILSIITFLLVIFSAFLVRSGFIT
SIHSFAFSPERGIYLLGIFLIMGIGSIGWYTTTSLRGNALTLTKQSQEANRDCHSHFRGFAMTHCGNSILLGNIFLLLSL
IVLIAATLYPPIYSLFDDKSIIISETFFVNNFIIFVIPILGTIGLFTTRSSIKKHIIILILSLIITYLISLKVTFSVISI
LTIIASIFLMLHNIHYLLVKTNYCRNRLKASNASMILGHFGFALISFSITMNTLLQSEMDFTGRVGTSKTFNEFKVTLQN
IKFAQGKNYYRQIAEFWLEDNSRNITILKPENRLYIVEKSLSQESDIYSYLLYDLYAVLSNIDGDIIHAKIYYKPTISFI
WLGIILTASGFFIALIRKNSS

Specific function: Required for the biogenesis of c-type cytochromes. Possible subunit of a heme lyase [H]

COG id: COG1138

COG function: function code O; Cytochrome c biogenesis factor

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the ccmF/cycK/ccl1/nrfE/ccsA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1788524, Length=671, Percent_Identity=30.4023845007452, Blast_Score=268, Evalue=6e-73,
Organism=Escherichia coli, GI1790511, Length=595, Percent_Identity=27.0588235294118, Blast_Score=191, Evalue=1e-49,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002541
- InterPro:   IPR003567
- InterPro:   IPR003568 [H]

Pfam domain/function: PF01578 Cytochrom_C_asm [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 75425; Mature: 75294

Theoretical pI: Translated: 9.42; Mature: 9.42

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.5 %Cys     (Translated Protein)
2.1 %Met     (Translated Protein)
3.6 %Cys+Met (Translated Protein)
1.5 %Cys     (Mature Protein)
2.0 %Met     (Mature Protein)
3.5 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSEIGNFLLLTTMYLSVIGLSFVFYVIPAQAGIHKKSLLYRLDCRLRRNDNYLITCPFYI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHEEEECEEECCCCEEEEEHHHH
AASCTILAFFTLVYAFIISDFSLQNVFLNSSTLKPLIYKIAGSWSSHEGSMLLWFCLLQI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH
VSCCYIFLLEDNRLKFLSIIILSAIQLFFSSFIYFTSNPFNVFSFVPKEGLGLNPMLQDI
HHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHH
ALSIHPPLLYLGYVSYVVPFTIVCASMSFSYPLMSFPRKRESINDIRLLKTFSNIGILFT
HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHCCCCEEH
TIGISLGSWWAYRELGWGGFWFFDPVENISLFPWLSGIMLHHSIIVTTKTRRMQNWTVIL
HHHHHHCCCHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCHHHHHHHHH
SIITFLLVIFSAFLVRSGFITSIHSFAFSPERGIYLLGIFLIMGIGSIGWYTTTSLRGNA
HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCE
LTLTKQSQEANRDCHSHFRGFAMTHCGNSILLGNIFLLLSLIVLIAATLYPPIYSLFDDK
EEEEECHHHHCHHHHHHHCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SIIISETFFVNNFIIFVIPILGTIGLFTTRSSIKKHIIILILSLIITYLISLKVTFSVIS
CEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILTIIASIFLMLHNIHYLLVKTNYCRNRLKASNASMILGHFGFALISFSITMNTLLQSEM
HHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
DFTGRVGTSKTFNEFKVTLQNIKFAQGKNYYRQIAEFWLEDNSRNITILKPENRLYIVEK
CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCEEEEEEC
SLSQESDIYSYLLYDLYAVLSNIDGDIIHAKIYYKPTISFIWLGIILTASGFFIALIRKN
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECC
SS
CC
>Mature Secondary Structure 
SEIGNFLLLTTMYLSVIGLSFVFYVIPAQAGIHKKSLLYRLDCRLRRNDNYLITCPFYI
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHEEEECEEECCCCEEEEEHHHH
AASCTILAFFTLVYAFIISDFSLQNVFLNSSTLKPLIYKIAGSWSSHEGSMLLWFCLLQI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH
VSCCYIFLLEDNRLKFLSIIILSAIQLFFSSFIYFTSNPFNVFSFVPKEGLGLNPMLQDI
HHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHH
ALSIHPPLLYLGYVSYVVPFTIVCASMSFSYPLMSFPRKRESINDIRLLKTFSNIGILFT
HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHCCCCEEH
TIGISLGSWWAYRELGWGGFWFFDPVENISLFPWLSGIMLHHSIIVTTKTRRMQNWTVIL
HHHHHHCCCHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCHHHHHHHHH
SIITFLLVIFSAFLVRSGFITSIHSFAFSPERGIYLLGIFLIMGIGSIGWYTTTSLRGNA
HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCE
LTLTKQSQEANRDCHSHFRGFAMTHCGNSILLGNIFLLLSLIVLIAATLYPPIYSLFDDK
EEEEECHHHHCHHHHHHHCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SIIISETFFVNNFIIFVIPILGTIGLFTTRSSIKKHIIILILSLIITYLISLKVTFSVIS
CEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILTIIASIFLMLHNIHYLLVKTNYCRNRLKASNASMILGHFGFALISFSITMNTLLQSEM
HHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
DFTGRVGTSKTFNEFKVTLQNIKFAQGKNYYRQIAEFWLEDNSRNITILKPENRLYIVEK
CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCEEEEEEC
SLSQESDIYSYLLYDLYAVLSNIDGDIIHAKIYYKPTISFIWLGIILTASGFFIALIRKN
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECC
SS
CC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 1310666 [H]