| Definition | Vibrio cholerae M66-2 chromosome I, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_012578 |
| Length | 2,892,523 |
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The map label for this gene is 227080999
Identifier: 227080999
GI number: 227080999
Start: 837580
End: 842181
Strand: Direct
Name: 227080999
Synonym: VCM66_0779
Alternate gene names: NA
Gene position: 837580-842181 (Clockwise)
Preceding gene: 227080998
Following gene: 227081000
Centisome position: 28.96
GC content: 31.88
Gene sequence:
>4602_bases ATGTTCAATAAAAAAATTACAATAACTTCAACTGGTATTACGTTGTCTATTTTTTCCTTTATGGCTAAAGCTGATCCTAA AATTAATTTCGCAGTGGATTATTTCTCTTATGGTAGTAATGGAAGATGTATGGTTGCTATGGAGATCGAAAAAAGTAATT TAAATGAAATATATAATATAATTAATAAAAATCACTTTGATATCGATTTTGAAGTTTTACTGTATGAGAAAGATAAAAAT GGAAAAATTGAGAAGCCTCATGGTACAGAGATGGTTAAATTCAAATTTAATGAATTTGATAACCTTGTTCATGATCATGT TATTGTCATGTCAAAAATGGAACTTCCATATTCATGGTGGCATGAATGTAAAGTCTTAAGTGTTAATTTATCAGATAAGA AATATGCTAAAGTTACAATATATGACGATTTTAATGGCGACGTTTCATTTAGAAATATAGTTGAAAATAATAAGATTTCC AGTTTTGATTTCTTTTCTGATATAGTAAACATGGCATTCGCCTATAGAATGAAAGATGAAAAACCAACAGAGAATGAGAT CCTCCAGAACATATCCAAAATGAAAAGTTATAATAAGGGAAAGTCAGGGAATGAATCACTAAATAGAAAAATTATTGGAT ATACAAACACTATATCTTTAGGAGATAGTGGTATAAATGGTTCTATAGGTTTTAATATATCTGAAGATTTCATTAAATTA CGAACAAAAGATAAGATCAATAATTTTATAAAAGAAAAAATCGTAAAACCTGCAGTAGAAGTTGGTATCGTTGATCGTAA ATTTCAAGAATCAAAGTATATTGATGAATTAAGACAGAGACTACTAAAAAGTTTAAATCAAGATCATTACTTTGAATATG GTTCAGAGAAAAATTTGCAATTATCATTGGTAATGATGTTCTCAGACTTGTACAGTCAGCCTATATTATCCTACGGAAAA ACGATACCTGCATACAGCGATTCCTTTTTTAGTGATTTATGGGAGTCAATGTTAAGTGGATTCATCAATAGTATTGAACC TGTGAAATTATATGAACATGAGTCATATCATGGGCATTCGATATCATTAAACATGGATAGTGAATTTTTGCATGGCTTTA ATGATATTGCTTCATCAATAAAAATTCCGAAAGGGTGGCAAGTTACTTTATTTGAACATGGCGGATATACTGGTTCTTCT ATTGTAGCTAATAGTGATATTAAGGCATTAGGAGAGAAGAATCTGAATGATACGGTAAGTTCTTTGATGGTTGAGTATGT CGGTGATGATCCTTCCGAACTCTATGACATGTTATTGTTGACCATCAATTATGGTAACCTCTCAGGTATAGATTTTTCTC GCGAAATTTTTAATAAAAATAAGGATATTATAGTTGACTATAAAAAGGGTACCATTAACCATAGAGGTATTACTGGTGGA TTTTTGGGGAAGACTTTTGCTCAAGTTGCAGCCATTTTGTATCAAAAATCTATTGAGGAGCTCAGCTATATTGAGTTACT GAGTACTAAAAATGCATTAGAAAGTATTGGTATTGACACCGTATACCCTTATGGCAGTATGGATAATATAAAAGCAAGTC TATTCTTGAGGGTCAACAATAATCTATCAAAAAGGTTACTTCCTGAAGAGGTCGGTATTGGATCTGAGCCATTTATTATT GATGAATTATTGGCAAGAAATAATCAATTAACAATGTTTAACTTTTCTAATGCATTAGATAAGCTTACTGAAGATATTTA TTCTAATGCTAATTTATATCGTTCAGATAATGTTGTAAGACTCTATGCTGATCATAACTATACAGGTCACTATATAGATA TTGAAAATTCGACGAAATTCCTACATGGATTTAATGATACACTTTCGTCTTGGACTATCCCACATGGCTGGTCTGTACGA TTTTATGAACATGGTGACTATCAAGGACGTTATTGGACAAGAGATGCTTCTGGAAATGAATCAGGATTTAATGATGTAAT TAGCTCTATTGAGATATTGAAAAAAACATCTGGGATAAAAGGTAGCTTAATACGTAATGAGCTTGAATCATTAAAAAATA GCTACAGAGAAATAGATAAATTTCAAGTAATTGTCGGTTATGAAAATGAAACACCAATTTATGCCCTTCCTTTAACTGAT GAGCTTTTTGCTAAAGCTCAGCTGTACAGTTATGGATTAGATGCCAACTTTGTTGACAAACACTGGAAGTCATACCTAAA AAAAGGCCGCTTGTCTCTTATCCCCGGGGTTCGTGTAGGGAAGGATATTCTTAAAAAGGATGCTGCTGCATTAGGAGGAG ATGTAACAACAAAAGGTGCACAAGATTTATGGAGAAGAAAATACCAAGAAATCAGCCAAGTTATGGCAAAGTATATTGCA ACTCTTATTTCATTTAAAGCAAAGCTAGAGGGAAAAGAATCATGGGATATTCAATCTGAAAATAAAAATCGTTCAGTTAG ATTTAATTTTGGATTCGGAATTACATATTATAATATGGGTAATAATGGTAAAGCCCATTCAAGATATGAAAATATTCCAA CTCAAAGCTGGGTCATGACGGGTAAGGATATAAGTTATTCGGTTACGACACCTGGTGATTTGTTGAGCCTGTTCAGTCTT AATAATTTTAAAGTGATAGAACCTATCGATTTTAATTCAGGCTCGAATAATTATCCACTTTATCAATTGATGAACTCCGA TTACGCCGATAAGTGTTCATATTATCAAGATGGATGGTATCCTCGGTGGAATGTGTGTGATACAAAATTTATAACGAGAA ATAAAAAATCATATAATACAAAAGACATCATGTCATATGGATGGCAAGAGTTTCTAAATTTTAAAATGAACGATTTGAAG ACTGTACAAACAGATAGAGATATAGCATATCAAGTATTGATGGCGATTCTTCCTGTATGGGGAACTGTTGAAGATATTAA ATCGGGTGATGCAGGAATGGCAACCCTTGGTGTGTTAGGTGACGTAATGTTTTTTTTACCCATAGCAAAAAGTGTTTCTA GTATCGGAAAACTATCTGCTAAAGCTGCGTCGTCTAAACTACTACCGAGAAATGTTAAGTTTGTTAGAAATGTCATTGGC CTAAACAAACAAGGTAAGTATTCATTAACATCATCGCAAGCTGATAGAGCTTTCTATAAATTAAAAATACAAGGAAAACT AAAGGAACTCCCTAAAGTTATATTAAATGAACTTAATCCTATCGCAGGTTTGGATCAGCTCGTTGTTACAGGGACAAGTA AATTATATAAAAAATATTCATCGCGGGTTAGTATACCTAAAAAAAATATAATAGGTGATAACTCAGTTGTGTTTTACGAT GATTTAAAGTTTAAATCAGAGGTGTTTTCAGTATCATATTTAGATGATGGTTATTTAATTATTAATAATCAATATCGAGC TGTTTATATTGATGGTAACTACTATAGGGTCGAATATGATCCAATACTACGTGCTAATTTTATTTATGAACAAAATAGTG GGAGAAGGATAGAAATTATTAAAGATAAAAATGGCAATTGGTCTATTAAAGAAATTAATAATGGGATTTGTCCACTTGTT TCGTTAATGAATAATACTAAAGTATGTCATTTCACCAACATTGATGATGCATTAATAAGTATGGGGTTTGACCCAAAAAC CAGAACAGCATCAGGATTATTGGAGTTGATTAATGGTCGATATGGACCTGATATTAAAGAATACTTATTAAAATTAAATT CTTCGCTATCTCTTAATTATAATATCGATATAGATACTCTAAATTGGGTTTTCGATACTATAGAAAATTCTGGCATGTCT AGATATGCATTTACTCCATTTGTAAAAAATACTGATGCCATCATGTATGATATGCTAGGTAAGTTTTATAATAATAACAT GAGTATTAAACCTGTTTTTTTGAACAAATCGCAGTACAAAAAATTAAAAAAAACTTTAGACTCTGATAAAGAATTAATTA TAAATGTAATTTCAGAACAAAGGAAAATTAATCTAAATGAGGCACAGCAGCTCTTCGATGAATTTTATGCTTCTGTTACG AAAGATCCTATTTTTGGTTTGGATTCTATAACACATGATAGACCGGTTATTCATGTCGTCGGACATGGTGATGCTGGTGA TGAAGTCATCTACCCTGGTGATGCAAGCCATTACTTTTACGCTTTCGAGTTAGCTGATATGCTGAAAAATAAAGGATTAA AGCCGGATTCAATCATAAAACTTGACTTTTGTTGGAGTGCTTGCTCTCTCAAACCAAGTGATTATTCAAAAACAGAAGTA CTGACTCGTATGAATAAGGGGGATTACACTCCTTTATTTGGTGACATTGATGATAGCTTTCTGGGGGAGTTTGCTAAAGA ATTAACGGCAATGTACCCTACATTCCGTGGACCAATAATCGGATACGTAGGGACAGTATTAAACACAATTCAAGATAATG TGTTAACTTTAGCTAATACACAAGGTCGGTTTCATGCTGTAGAAATGAACTTTTCTGATGGTAAATTTTTTTTCAAGAAA GAGGATGCAGAAGTTATTTATGGGAGTTATAAAAATAAATGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTTTTTGATGACTGTGGTTTGTTCATTCATAGTTAGATTGAAAAATAAAATACTAACTATATGGTGTAATCATATAGTTA GTAAGGATTAAGGACTATTC
Downstream 100 bases:
>100_bases GAAAATCGATATTGATTAGCTTGTGCCTTTTTTCTAGCATTACAAATGCCTGTCCAATTGGTGATATTCTAGAGTCTATG GAATTACCATTAGAAATTGA
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 1533; Mature: 1533
Protein sequence:
>1533_residues MFNKKITITSTGITLSIFSFMAKADPKINFAVDYFSYGSNGRCMVAMEIEKSNLNEIYNIINKNHFDIDFEVLLYEKDKN GKIEKPHGTEMVKFKFNEFDNLVHDHVIVMSKMELPYSWWHECKVLSVNLSDKKYAKVTIYDDFNGDVSFRNIVENNKIS SFDFFSDIVNMAFAYRMKDEKPTENEILQNISKMKSYNKGKSGNESLNRKIIGYTNTISLGDSGINGSIGFNISEDFIKL RTKDKINNFIKEKIVKPAVEVGIVDRKFQESKYIDELRQRLLKSLNQDHYFEYGSEKNLQLSLVMMFSDLYSQPILSYGK TIPAYSDSFFSDLWESMLSGFINSIEPVKLYEHESYHGHSISLNMDSEFLHGFNDIASSIKIPKGWQVTLFEHGGYTGSS IVANSDIKALGEKNLNDTVSSLMVEYVGDDPSELYDMLLLTINYGNLSGIDFSREIFNKNKDIIVDYKKGTINHRGITGG FLGKTFAQVAAILYQKSIEELSYIELLSTKNALESIGIDTVYPYGSMDNIKASLFLRVNNNLSKRLLPEEVGIGSEPFII DELLARNNQLTMFNFSNALDKLTEDIYSNANLYRSDNVVRLYADHNYTGHYIDIENSTKFLHGFNDTLSSWTIPHGWSVR FYEHGDYQGRYWTRDASGNESGFNDVISSIEILKKTSGIKGSLIRNELESLKNSYREIDKFQVIVGYENETPIYALPLTD ELFAKAQLYSYGLDANFVDKHWKSYLKKGRLSLIPGVRVGKDILKKDAAALGGDVTTKGAQDLWRRKYQEISQVMAKYIA TLISFKAKLEGKESWDIQSENKNRSVRFNFGFGITYYNMGNNGKAHSRYENIPTQSWVMTGKDISYSVTTPGDLLSLFSL NNFKVIEPIDFNSGSNNYPLYQLMNSDYADKCSYYQDGWYPRWNVCDTKFITRNKKSYNTKDIMSYGWQEFLNFKMNDLK TVQTDRDIAYQVLMAILPVWGTVEDIKSGDAGMATLGVLGDVMFFLPIAKSVSSIGKLSAKAASSKLLPRNVKFVRNVIG LNKQGKYSLTSSQADRAFYKLKIQGKLKELPKVILNELNPIAGLDQLVVTGTSKLYKKYSSRVSIPKKNIIGDNSVVFYD DLKFKSEVFSVSYLDDGYLIINNQYRAVYIDGNYYRVEYDPILRANFIYEQNSGRRIEIIKDKNGNWSIKEINNGICPLV SLMNNTKVCHFTNIDDALISMGFDPKTRTASGLLELINGRYGPDIKEYLLKLNSSLSLNYNIDIDTLNWVFDTIENSGMS RYAFTPFVKNTDAIMYDMLGKFYNNNMSIKPVFLNKSQYKKLKKTLDSDKELIINVISEQRKINLNEAQQLFDEFYASVT KDPIFGLDSITHDRPVIHVVGHGDAGDEVIYPGDASHYFYAFELADMLKNKGLKPDSIIKLDFCWSACSLKPSDYSKTEV LTRMNKGDYTPLFGDIDDSFLGEFAKELTAMYPTFRGPIIGYVGTVLNTIQDNVLTLANTQGRFHAVEMNFSDGKFFFKK EDAEVIYGSYKNK
Sequences:
>Translated_1533_residues MFNKKITITSTGITLSIFSFMAKADPKINFAVDYFSYGSNGRCMVAMEIEKSNLNEIYNIINKNHFDIDFEVLLYEKDKN GKIEKPHGTEMVKFKFNEFDNLVHDHVIVMSKMELPYSWWHECKVLSVNLSDKKYAKVTIYDDFNGDVSFRNIVENNKIS SFDFFSDIVNMAFAYRMKDEKPTENEILQNISKMKSYNKGKSGNESLNRKIIGYTNTISLGDSGINGSIGFNISEDFIKL RTKDKINNFIKEKIVKPAVEVGIVDRKFQESKYIDELRQRLLKSLNQDHYFEYGSEKNLQLSLVMMFSDLYSQPILSYGK TIPAYSDSFFSDLWESMLSGFINSIEPVKLYEHESYHGHSISLNMDSEFLHGFNDIASSIKIPKGWQVTLFEHGGYTGSS IVANSDIKALGEKNLNDTVSSLMVEYVGDDPSELYDMLLLTINYGNLSGIDFSREIFNKNKDIIVDYKKGTINHRGITGG FLGKTFAQVAAILYQKSIEELSYIELLSTKNALESIGIDTVYPYGSMDNIKASLFLRVNNNLSKRLLPEEVGIGSEPFII DELLARNNQLTMFNFSNALDKLTEDIYSNANLYRSDNVVRLYADHNYTGHYIDIENSTKFLHGFNDTLSSWTIPHGWSVR FYEHGDYQGRYWTRDASGNESGFNDVISSIEILKKTSGIKGSLIRNELESLKNSYREIDKFQVIVGYENETPIYALPLTD ELFAKAQLYSYGLDANFVDKHWKSYLKKGRLSLIPGVRVGKDILKKDAAALGGDVTTKGAQDLWRRKYQEISQVMAKYIA TLISFKAKLEGKESWDIQSENKNRSVRFNFGFGITYYNMGNNGKAHSRYENIPTQSWVMTGKDISYSVTTPGDLLSLFSL NNFKVIEPIDFNSGSNNYPLYQLMNSDYADKCSYYQDGWYPRWNVCDTKFITRNKKSYNTKDIMSYGWQEFLNFKMNDLK TVQTDRDIAYQVLMAILPVWGTVEDIKSGDAGMATLGVLGDVMFFLPIAKSVSSIGKLSAKAASSKLLPRNVKFVRNVIG LNKQGKYSLTSSQADRAFYKLKIQGKLKELPKVILNELNPIAGLDQLVVTGTSKLYKKYSSRVSIPKKNIIGDNSVVFYD DLKFKSEVFSVSYLDDGYLIINNQYRAVYIDGNYYRVEYDPILRANFIYEQNSGRRIEIIKDKNGNWSIKEINNGICPLV SLMNNTKVCHFTNIDDALISMGFDPKTRTASGLLELINGRYGPDIKEYLLKLNSSLSLNYNIDIDTLNWVFDTIENSGMS RYAFTPFVKNTDAIMYDMLGKFYNNNMSIKPVFLNKSQYKKLKKTLDSDKELIINVISEQRKINLNEAQQLFDEFYASVT KDPIFGLDSITHDRPVIHVVGHGDAGDEVIYPGDASHYFYAFELADMLKNKGLKPDSIIKLDFCWSACSLKPSDYSKTEV LTRMNKGDYTPLFGDIDDSFLGEFAKELTAMYPTFRGPIIGYVGTVLNTIQDNVLTLANTQGRFHAVEMNFSDGKFFFKK EDAEVIYGSYKNK >Mature_1533_residues MFNKKITITSTGITLSIFSFMAKADPKINFAVDYFSYGSNGRCMVAMEIEKSNLNEIYNIINKNHFDIDFEVLLYEKDKN GKIEKPHGTEMVKFKFNEFDNLVHDHVIVMSKMELPYSWWHECKVLSVNLSDKKYAKVTIYDDFNGDVSFRNIVENNKIS SFDFFSDIVNMAFAYRMKDEKPTENEILQNISKMKSYNKGKSGNESLNRKIIGYTNTISLGDSGINGSIGFNISEDFIKL RTKDKINNFIKEKIVKPAVEVGIVDRKFQESKYIDELRQRLLKSLNQDHYFEYGSEKNLQLSLVMMFSDLYSQPILSYGK TIPAYSDSFFSDLWESMLSGFINSIEPVKLYEHESYHGHSISLNMDSEFLHGFNDIASSIKIPKGWQVTLFEHGGYTGSS IVANSDIKALGEKNLNDTVSSLMVEYVGDDPSELYDMLLLTINYGNLSGIDFSREIFNKNKDIIVDYKKGTINHRGITGG FLGKTFAQVAAILYQKSIEELSYIELLSTKNALESIGIDTVYPYGSMDNIKASLFLRVNNNLSKRLLPEEVGIGSEPFII DELLARNNQLTMFNFSNALDKLTEDIYSNANLYRSDNVVRLYADHNYTGHYIDIENSTKFLHGFNDTLSSWTIPHGWSVR FYEHGDYQGRYWTRDASGNESGFNDVISSIEILKKTSGIKGSLIRNELESLKNSYREIDKFQVIVGYENETPIYALPLTD ELFAKAQLYSYGLDANFVDKHWKSYLKKGRLSLIPGVRVGKDILKKDAAALGGDVTTKGAQDLWRRKYQEISQVMAKYIA TLISFKAKLEGKESWDIQSENKNRSVRFNFGFGITYYNMGNNGKAHSRYENIPTQSWVMTGKDISYSVTTPGDLLSLFSL NNFKVIEPIDFNSGSNNYPLYQLMNSDYADKCSYYQDGWYPRWNVCDTKFITRNKKSYNTKDIMSYGWQEFLNFKMNDLK TVQTDRDIAYQVLMAILPVWGTVEDIKSGDAGMATLGVLGDVMFFLPIAKSVSSIGKLSAKAASSKLLPRNVKFVRNVIG LNKQGKYSLTSSQADRAFYKLKIQGKLKELPKVILNELNPIAGLDQLVVTGTSKLYKKYSSRVSIPKKNIIGDNSVVFYD DLKFKSEVFSVSYLDDGYLIINNQYRAVYIDGNYYRVEYDPILRANFIYEQNSGRRIEIIKDKNGNWSIKEINNGICPLV SLMNNTKVCHFTNIDDALISMGFDPKTRTASGLLELINGRYGPDIKEYLLKLNSSLSLNYNIDIDTLNWVFDTIENSGMS RYAFTPFVKNTDAIMYDMLGKFYNNNMSIKPVFLNKSQYKKLKKTLDSDKELIINVISEQRKINLNEAQQLFDEFYASVT KDPIFGLDSITHDRPVIHVVGHGDAGDEVIYPGDASHYFYAFELADMLKNKGLKPDSIIKLDFCWSACSLKPSDYSKTEV LTRMNKGDYTPLFGDIDDSFLGEFAKELTAMYPTFRGPIIGYVGTVLNTIQDNVLTLANTQGRFHAVEMNFSDGKFFFKK EDAEVIYGSYKNK
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 174749; Mature: 174749
Theoretical pI: Translated: 6.83; Mature: 6.83
Prosite motif: PS50915 CRYSTALLIN_BETA_GAMMA L=rr
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.5 %Cys (Translated Protein) 2.4 %Met (Translated Protein) 2.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.5 %Cys (Mature Protein) 2.4 %Met (Mature Protein) 2.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MFNKKITITSTGITLSIFSFMAKADPKINFAVDYFSYGSNGRCMVAMEIEKSNLNEIYNI CCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHH INKNHFDIDFEVLLYEKDKNGKIEKPHGTEMVKFKFNEFDNLVHDHVIVMSKMELPYSWW HCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCHHHC HECKVLSVNLSDKKYAKVTIYDDFNGDVSFRNIVENNKISSFDFFSDIVNMAFAYRMKDE CCCEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC KPTENEILQNISKMKSYNKGKSGNESLNRKIIGYTNTISLGDSGINGSIGFNISEDFIKL CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHH RTKDKINNFIKEKIVKPAVEVGIVDRKFQESKYIDELRQRLLKSLNQDHYFEYGSEKNLQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCCCCCCE LSLVMMFSDLYSQPILSYGKTIPAYSDSFFSDLWESMLSGFINSIEPVKLYEHESYHGHS EEHHHHHHHHHHCHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCE ISLNMDSEFLHGFNDIASSIKIPKGWQVTLFEHGGYTGSSIVANSDIKALGEKNLNDTVS EEEECCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCEEECCCHHHHCCCCCHHHHH SLMVEYVGDDPSELYDMLLLTINYGNLSGIDFSREIFNKNKDIIVDYKKGTINHRGITGG 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
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Specific reaction: NA
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Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA