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The map label for this gene is ypnP [H]

Identifier: 226949245

GI number: 226949245

Start: 2219890

End: 2221212

Strand: Reverse

Name: ypnP [H]

Synonym: CLM_2164

Alternate gene names: 226949245

Gene position: 2221212-2219890 (Counterclockwise)

Preceding gene: 226949246

Following gene: 226949244

Centisome position: 53.46

GC content: 28.95

Gene sequence:

>1323_bases
ATGAGTAGCACAACTAAAGATTTAACTAAGGGCTCTCCTCTAAAAGTAATACTTAAGTTTTCATTACCTATGATAGTAGG
AAATATATTTCAGCAATTATATAATGTTGTAGATTCAATAATAGTAGGGAAATTTATAGGTACAAAGGCTTTAGCCGCTG
TAGGTTCTTCCTTTGCTATTATGGTTTTTATAACATCCATTTTACTGGGATTATGCATGGGCACTTCTATTGTGTTTTCA
CAATTTTTTGGAGGTAAAAAAATAAATAAACTAAAGGCTAGTATATCTACATCCTTTATTTTTATAGGAATTACTTCAAT
TATAATAAGTGCATTATCCTTAATATTTGTAGATCAGATTATTTTATTTATGAAAATTCCTAAAGAGTTATTTGTAGATA
CTAGAAGTTATCTTAAGATAATATTTAGTGGTATATTTTTTACATTTTTATATAATTGGGCGGCAGGTCTTTTAAGGGCT
CTTGGAAATTCTAAAGTCCCATTATATTTTTTGATTTTAGCTGCTATTATAAACATAGTGTTAGATCTTGTATTTGTAAT
TACTTTTAATATGGGGGTATCTGGGGCGGCTCTAGCTACAGTTATTGCCCAATTTGTTTCGGCTATCTTGTGTATTGTAT
ATTGTATAAAAAAGCTAGATTTCTTAGAGTTTAAACTAAGTGAAATTAAATTTGATAAAGAAATATTTAAGCTAACAGCG
AGTTATTCCATGCTTACATCAATACAACAATCTATTATGAATTTTGGAATATTAATGATACAGGGATTGGTAAATTCCTT
TGGTATAGCTCCTATGGCAGCCTTTGCAGCAGCAGTTAAGATTGATTCCTTTGCTTATATGCCTGTACAAGACTTTGGAA
ATGCTTTCTCTACATATATTGCCCAGAACAAAGGAGCAGAGAAAGATGAAAGAATCAAAAGTGGTATCAAAGTATCTTTA
AAGATTATAACTATATTTTGTATTTTTATATCTTTAGTTGTATGGATTATGGCAGATAAATTTATGTTAATATTTATAAA
TCCTACAGAAACTCAAGTTATAAAAATAGGAATACAGTATTTACGAATTGTATGTACATTTTATTGTTTCATAGGTTACT
TATTTATGTTTTATGGTTTATATAGAGGTTTAGGTAAGGTTAAAATGTCCATAGTTTTGACAATAATATCCCTTGGTCTG
AGAGTGGCTCTTGCTTTTATTACAGCTCCTTATTTAGGATTAAATGGAATTTGGTGGGCAATTCCTATAGGGTGGATTAT
AGCAGATATAGTAGGAATGATATATTATAAATCTATTAGTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATTTATGAGATTTAATACACATCCTTGTAAGGACAAGCTTCTTTTACCGGATCTTACCCTAGAGAATTTTGATTTATAC
ATTAGATTTGGAGAAGAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TGTTAAATTTTTATAGGGCTTAAAAATAAAATGCTCCAAAATGGAACGAAAATTATAAATTTAATAGATTTATAAAAAAT
GATATAAAAATGTGTTATAA

Product: MATE efflux family protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 440; Mature: 439

Protein sequence:

>440_residues
MSSTTKDLTKGSPLKVILKFSLPMIVGNIFQQLYNVVDSIIVGKFIGTKALAAVGSSFAIMVFITSILLGLCMGTSIVFS
QFFGGKKINKLKASISTSFIFIGITSIIISALSLIFVDQIILFMKIPKELFVDTRSYLKIIFSGIFFTFLYNWAAGLLRA
LGNSKVPLYFLILAAIINIVLDLVFVITFNMGVSGAALATVIAQFVSAILCIVYCIKKLDFLEFKLSEIKFDKEIFKLTA
SYSMLTSIQQSIMNFGILMIQGLVNSFGIAPMAAFAAAVKIDSFAYMPVQDFGNAFSTYIAQNKGAEKDERIKSGIKVSL
KIITIFCIFISLVVWIMADKFMLIFINPTETQVIKIGIQYLRIVCTFYCFIGYLFMFYGLYRGLGKVKMSIVLTIISLGL
RVALAFITAPYLGLNGIWWAIPIGWIIADIVGMIYYKSIS

Sequences:

>Translated_440_residues
MSSTTKDLTKGSPLKVILKFSLPMIVGNIFQQLYNVVDSIIVGKFIGTKALAAVGSSFAIMVFITSILLGLCMGTSIVFS
QFFGGKKINKLKASISTSFIFIGITSIIISALSLIFVDQIILFMKIPKELFVDTRSYLKIIFSGIFFTFLYNWAAGLLRA
LGNSKVPLYFLILAAIINIVLDLVFVITFNMGVSGAALATVIAQFVSAILCIVYCIKKLDFLEFKLSEIKFDKEIFKLTA
SYSMLTSIQQSIMNFGILMIQGLVNSFGIAPMAAFAAAVKIDSFAYMPVQDFGNAFSTYIAQNKGAEKDERIKSGIKVSL
KIITIFCIFISLVVWIMADKFMLIFINPTETQVIKIGIQYLRIVCTFYCFIGYLFMFYGLYRGLGKVKMSIVLTIISLGL
RVALAFITAPYLGLNGIWWAIPIGWIIADIVGMIYYKSIS
>Mature_439_residues
SSTTKDLTKGSPLKVILKFSLPMIVGNIFQQLYNVVDSIIVGKFIGTKALAAVGSSFAIMVFITSILLGLCMGTSIVFSQ
FFGGKKINKLKASISTSFIFIGITSIIISALSLIFVDQIILFMKIPKELFVDTRSYLKIIFSGIFFTFLYNWAAGLLRAL
GNSKVPLYFLILAAIINIVLDLVFVITFNMGVSGAALATVIAQFVSAILCIVYCIKKLDFLEFKLSEIKFDKEIFKLTAS
YSMLTSIQQSIMNFGILMIQGLVNSFGIAPMAAFAAAVKIDSFAYMPVQDFGNAFSTYIAQNKGAEKDERIKSGIKVSLK
IITIFCIFISLVVWIMADKFMLIFINPTETQVIKIGIQYLRIVCTFYCFIGYLFMFYGLYRGLGKVKMSIVLTIISLGLR
VALAFITAPYLGLNGIWWAIPIGWIIADIVGMIYYKSIS

Specific function: Unknown

COG id: COG0534

COG function: function code V; Na+-driven multidrug efflux pump

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the multi antimicrobial extrusion (MATE) (TC 2.A.66.1) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1790477, Length=422, Percent_Identity=23.2227488151659, Blast_Score=70, Evalue=2e-13,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002528
- InterPro:   IPR015522 [H]

Pfam domain/function: PF01554 MatE [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 48729; Mature: 48597

Theoretical pI: Translated: 9.99; Mature: 9.99

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.4 %Cys     (Translated Protein)
3.6 %Met     (Translated Protein)
5.0 %Cys+Met (Translated Protein)
1.4 %Cys     (Mature Protein)
3.4 %Met     (Mature Protein)
4.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
>Mature Secondary Structure 
SSTTKDLTKGSPLKVILKFSLPMIVGNIFQQLYNVVDSIIVGKFIGTKALAAVGSSFAI
CCCCCHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH
MVFITSILLGLCMGTSIVFSQFFGGKKINKLKASISTSFIFIGITSIIISALSLIFVDQI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILFMKIPKELFVDTRSYLKIIFSGIFFTFLYNWAAGLLRALGNSKVPLYFLILAAIINIV
HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
LDLVFVITFNMGVSGAALATVIAQFVSAILCIVYCIKKLDFLEFKLSEIKFDKEIFKLTA
HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SYSMLTSIQQSIMNFGILMIQGLVNSFGIAPMAAFAAAVKIDSFAYMPVQDFGNAFSTYI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCEEECCHHHHHHHHHHHH
AQNKGAEKDERIKSGIKVSLKIITIFCIFISLVVWIMADKFMLIFINPTETQVIKIGIQY
HHCCCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHH
LRIVCTFYCFIGYLFMFYGLYRGLGKVKMSIVLTIISLGLRVALAFITAPYLGLNGIWWA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH
IPIGWIIADIVGMIYYKSIS
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]