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The map label for this gene is ccl1 [H]

Identifier: 225630052

GI number: 225630052

Start: 226877

End: 228970

Strand: Direct

Name: ccl1 [H]

Synonym: WRi_002210

Alternate gene names: 225630052

Gene position: 226877-228970 (Clockwise)

Preceding gene: 225630045

Following gene: 225630053

Centisome position: 15.69

GC content: 37.3

Gene sequence:

>2094_bases
ATGCCTGAACTTGGGAATATATTGCTATTGCTAGCCTGCTTATTGTCTTTGACATATTTGTTTTTACCGCTTAGTTCTTG
TCGGTTTATTACCACTGCCATATTTTTTTGTGTATCAACATCAATGGCTATTTTGATCTACTGCCACATTACAAATGATT
TTTCACTTGAAAACGTATACTACCACTCACACACAACAAAACCTTTAATCTACAAGATTTGTGGTGTTTGGGGAAATAAA
GAAGGGTCCATGTTGCTTTGGACCTTAGTGCTCACCATGTATTTATTACTAATGGATATTTATATACCTTCTGTCATCCC
AGTGCTTGACTACTTGGATCCAGACAATTTAATTGCAAATGAGTACATCAAATGGCAGTATAATAAAAACTGGATTCCAG
TGTCAAGCACTGGAATGACACCAGAACGAACTAATGGTAGTAAATTAAAAAAAATATCTCTTATCACCCAAGGCTTGATT
TGCTTTTGTTTTTTACTGTTCACTTTACTTGAATCCAGCCCCTTCACTAAAATGCCAAGCGTTGAAAAAGATGGATTGGG
TTTTAATCCGATATTGCAAGATATAGGCCTTGCTATTCATCCACCGATATTATATTTGGGGTACCTTGGATTTAGCGTTC
CTTTTTCGCTCTCTATAGCTGGATTAATTGCAAAAGTTGAAGGAAATGTTTGGGCTAAAATTGTCAGGCCTTGGGTACTT
ATTTCTTGGTCGCTGCTCACTTTGGGCATCAGCTTAGGTAGCTGGTGGGCATATCGCGAACTTGGGTGGGGTGGATTTTG
GTTTTGGGATCCAGTGGAAAACGTTTCTTTGATGCCGTGGCTAATTGCAGTAGCGCTGACACATTTGTTGCTCGTGGTGC
GAAATTTCAATGTTTTAAGGAACTTTGCTATTTTACTTACGCTTACAACTTTTATATTGAGTGTGACTGGAACATTTCTA
GTCCGCTCAGGAATACTCACCTCAGTGCACACGTTTGCAGATGACCCAAGATATGGACTATATATATTAGCTCTACTTGG
TGTAATTACAGTCAGTAGCCTTGTAGTATTTATCGCATTTGCAAAAAAGAATAGATCTCTTACACCACCACCTGTCATCC
CAGTGCTTGGCACTGGGATCCAGGAAAAAAATATAGAGGGACCTAATTACACACCAAAGCAAAACTTCTCTGTTTTCTCC
CGCTTTACAATGATGTTAATGAACAATCTATTATTTATCACTGCCTTTTTCATTGTGTTCGTTGGCACTTTATACCCTAC
AGTGCTCGAATATTTAACCGGTGAATTAATTTCAGTTGGAGCACCATATTACAATTCTTTGTTTAATCCTATTGCACTGG
CTATTCTAGTGCTCACCATGATCGGGCAATACTGCAGTTGGCAGGGAAATAGTCTATTGCCAATATTCCGCGAATATAGA
TTTTCATTCTGCAGTGCTGCAGCTATTTTGCCGTTTATCTTTCACATGGAGCTAATAATTGTGCTATCAATTACTATCTC
CATAGCATTATTAATCTTTGTTTTAGAAGCATACAGTAAAAGAATTCGTTTATTTAAGAGCGAATCAATTTTATTAGCAA
AAAAAGTTTCTAAATCCTACTATGCAATGATGGCAGCTCATGCTGGAGTGGCAATTCTAGTGCTTGGTATAGCATATTCG
GTTGGTTGGCAGGAGAAAAAAGAAAATTACTTAAAAATAGGGGATAGCATAACAGTCAATAAATTTAAAGTTACTTTACG
AAATATTGAGCTAATAAAAGAAAAAAATTTCCATGCAGTGAGGGGTACAATGGATATCAGGAATTTGCTGAATAATAAGA
TATTAGGTGAGATAACCCCTGAATATAGATTTTACCTTGTGGAAGGTCAGAAAAATGTTGAAAGCAGTATCTACCACAAT
TTGCTTTCTGATATTTATGTTGTAATTGGAGAGATTGATAAGAGTAAGAGCAAAATCGCAGCCAAAGTGCACTATAAACC
TGGAATGTCTATAATCTGGCTTGGATCCTTTCTTATCGCTTTTGGTTCGCTCCTTGCTGCTTTTCCTTTTAGTAAACGGG
CGAAGGTTGTCTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TAAGCCACTTTAGCTATAGCATCAATAGCAAGTGTCAATTAACACTTTAACTTCTTACTTGTCATCAGTAATATTGTTTA
TATAAAAACTATAATTTTTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CTGTCGTGGATTTATTAACAACGCTCCTAGGTCCAGAGTGCAATATATGAGAAATTACCGGGCTATAGATACTGATTTGC
AAAGGTTAGAACCAAAGAAA

Product: Cytochrome c biogenesis factor

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 697; Mature: 696

Protein sequence:

>697_residues
MPELGNILLLLACLLSLTYLFLPLSSCRFITTAIFFCVSTSMAILIYCHITNDFSLENVYYHSHTTKPLIYKICGVWGNK
EGSMLLWTLVLTMYLLLMDIYIPSVIPVLDYLDPDNLIANEYIKWQYNKNWIPVSSTGMTPERTNGSKLKKISLITQGLI
CFCFLLFTLLESSPFTKMPSVEKDGLGFNPILQDIGLAIHPPILYLGYLGFSVPFSLSIAGLIAKVEGNVWAKIVRPWVL
ISWSLLTLGISLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMPWLIAVALTHLLLVVRNFNVLRNFAILLTLTTFILSVTGTFL
VRSGILTSVHTFADDPRYGLYILALLGVITVSSLVVFIAFAKKNRSLTPPPVIPVLGTGIQEKNIEGPNYTPKQNFSVFS
RFTMMLMNNLLFITAFFIVFVGTLYPTVLEYLTGELISVGAPYYNSLFNPIALAILVLTMIGQYCSWQGNSLLPIFREYR
FSFCSAAAILPFIFHMELIIVLSITISIALLIFVLEAYSKRIRLFKSESILLAKKVSKSYYAMMAAHAGVAILVLGIAYS
VGWQEKKENYLKIGDSITVNKFKVTLRNIELIKEKNFHAVRGTMDIRNLLNNKILGEITPEYRFYLVEGQKNVESSIYHN
LLSDIYVVIGEIDKSKSKIAAKVHYKPGMSIIWLGSFLIAFGSLLAAFPFSKRAKVV

Sequences:

>Translated_697_residues
MPELGNILLLLACLLSLTYLFLPLSSCRFITTAIFFCVSTSMAILIYCHITNDFSLENVYYHSHTTKPLIYKICGVWGNK
EGSMLLWTLVLTMYLLLMDIYIPSVIPVLDYLDPDNLIANEYIKWQYNKNWIPVSSTGMTPERTNGSKLKKISLITQGLI
CFCFLLFTLLESSPFTKMPSVEKDGLGFNPILQDIGLAIHPPILYLGYLGFSVPFSLSIAGLIAKVEGNVWAKIVRPWVL
ISWSLLTLGISLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMPWLIAVALTHLLLVVRNFNVLRNFAILLTLTTFILSVTGTFL
VRSGILTSVHTFADDPRYGLYILALLGVITVSSLVVFIAFAKKNRSLTPPPVIPVLGTGIQEKNIEGPNYTPKQNFSVFS
RFTMMLMNNLLFITAFFIVFVGTLYPTVLEYLTGELISVGAPYYNSLFNPIALAILVLTMIGQYCSWQGNSLLPIFREYR
FSFCSAAAILPFIFHMELIIVLSITISIALLIFVLEAYSKRIRLFKSESILLAKKVSKSYYAMMAAHAGVAILVLGIAYS
VGWQEKKENYLKIGDSITVNKFKVTLRNIELIKEKNFHAVRGTMDIRNLLNNKILGEITPEYRFYLVEGQKNVESSIYHN
LLSDIYVVIGEIDKSKSKIAAKVHYKPGMSIIWLGSFLIAFGSLLAAFPFSKRAKVV
>Mature_696_residues
PELGNILLLLACLLSLTYLFLPLSSCRFITTAIFFCVSTSMAILIYCHITNDFSLENVYYHSHTTKPLIYKICGVWGNKE
GSMLLWTLVLTMYLLLMDIYIPSVIPVLDYLDPDNLIANEYIKWQYNKNWIPVSSTGMTPERTNGSKLKKISLITQGLIC
FCFLLFTLLESSPFTKMPSVEKDGLGFNPILQDIGLAIHPPILYLGYLGFSVPFSLSIAGLIAKVEGNVWAKIVRPWVLI
SWSLLTLGISLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMPWLIAVALTHLLLVVRNFNVLRNFAILLTLTTFILSVTGTFLV
RSGILTSVHTFADDPRYGLYILALLGVITVSSLVVFIAFAKKNRSLTPPPVIPVLGTGIQEKNIEGPNYTPKQNFSVFSR
FTMMLMNNLLFITAFFIVFVGTLYPTVLEYLTGELISVGAPYYNSLFNPIALAILVLTMIGQYCSWQGNSLLPIFREYRF
SFCSAAAILPFIFHMELIIVLSITISIALLIFVLEAYSKRIRLFKSESILLAKKVSKSYYAMMAAHAGVAILVLGIAYSV
GWQEKKENYLKIGDSITVNKFKVTLRNIELIKEKNFHAVRGTMDIRNLLNNKILGEITPEYRFYLVEGQKNVESSIYHNL
LSDIYVVIGEIDKSKSKIAAKVHYKPGMSIIWLGSFLIAFGSLLAAFPFSKRAKVV

Specific function: Required for the biogenesis of c-type cytochromes. Possible subunit of a heme lyase [H]

COG id: COG1138

COG function: function code O; Cytochrome c biogenesis factor

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the ccmF/cycK/ccl1/nrfE/ccsA family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1788524, Length=711, Percent_Identity=31.5049226441632, Blast_Score=348, Evalue=5e-97,
Organism=Escherichia coli, GI1790511, Length=524, Percent_Identity=30.3435114503817, Blast_Score=215, Evalue=9e-57,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002541
- InterPro:   IPR003567
- InterPro:   IPR003568 [H]

Pfam domain/function: PF01578 Cytochrom_C_asm [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 78457; Mature: 78326

Theoretical pI: Translated: 9.36; Mature: 9.36

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.3 %Cys     (Translated Protein)
2.4 %Met     (Translated Protein)
3.7 %Cys+Met (Translated Protein)
1.3 %Cys     (Mature Protein)
2.3 %Met     (Mature Protein)
3.6 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MPELGNILLLLACLLSLTYLFLPLSSCRFITTAIFFCVSTSMAILIYCHITNDFSLENVY
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEECCCCCCCEEE
YHSHTTKPLIYKICGVWGNKEGSMLLWTLVLTMYLLLMDIYIPSVIPVLDYLDPDNLIAN
EECCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHC
EYIKWQYNKNWIPVSSTGMTPERTNGSKLKKISLITQGLICFCFLLFTLLESSPFTKMPS
CEEEEEECCCEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
VEKDGLGFNPILQDIGLAIHPPILYLGYLGFSVPFSLSIAGLIAKVEGNVWAKIVRPWVL
CCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH
ISWSLLTLGISLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMPWLIAVALTHLLLVVRNFNVLR
HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NFAILLTLTTFILSVTGTFLVRSGILTSVHTFADDPRYGLYILALLGVITVSSLVVFIAF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AKKNRSLTPPPVIPVLGTGIQEKNIEGPNYTPKQNFSVFSRFTMMLMNNLLFITAFFIVF
HHCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VGTLYPTVLEYLTGELISVGAPYYNSLFNPIALAILVLTMIGQYCSWQGNSLLPIFREYR
HHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHH
FSFCSAAAILPFIFHMELIIVLSITISIALLIFVLEAYSKRIRLFKSESILLAKKVSKSY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
YAMMAAHAGVAILVLGIAYSVGWQEKKENYLKIGDSITVNKFKVTLRNIELIKEKNFHAV
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEECCCCEEEEHEEEEHHHHHHHHCCCCHHH
RGTMDIRNLLNNKILGEITPEYRFYLVEGQKNVESSIYHNLLSDIYVVIGEIDKSKSKIA
HHHHHHHHHHCCCCEECCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEE
AKVHYKPGMSIIWLGSFLIAFGSLLAAFPFSKRAKVV
EEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
PELGNILLLLACLLSLTYLFLPLSSCRFITTAIFFCVSTSMAILIYCHITNDFSLENVY
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEECCCCCCCEEE
YHSHTTKPLIYKICGVWGNKEGSMLLWTLVLTMYLLLMDIYIPSVIPVLDYLDPDNLIAN
EECCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHC
EYIKWQYNKNWIPVSSTGMTPERTNGSKLKKISLITQGLICFCFLLFTLLESSPFTKMPS
CEEEEEECCCEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
VEKDGLGFNPILQDIGLAIHPPILYLGYLGFSVPFSLSIAGLIAKVEGNVWAKIVRPWVL
CCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH
ISWSLLTLGISLGSWWAYRELGWGGFWFWDPVENVSLMPWLIAVALTHLLLVVRNFNVLR
HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NFAILLTLTTFILSVTGTFLVRSGILTSVHTFADDPRYGLYILALLGVITVSSLVVFIAF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
AKKNRSLTPPPVIPVLGTGIQEKNIEGPNYTPKQNFSVFSRFTMMLMNNLLFITAFFIVF
HHCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VGTLYPTVLEYLTGELISVGAPYYNSLFNPIALAILVLTMIGQYCSWQGNSLLPIFREYR
HHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHH
FSFCSAAAILPFIFHMELIIVLSITISIALLIFVLEAYSKRIRLFKSESILLAKKVSKSY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH
YAMMAAHAGVAILVLGIAYSVGWQEKKENYLKIGDSITVNKFKVTLRNIELIKEKNFHAV
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEECCCCEEEEHEEEEHHHHHHHHCCCCHHH
RGTMDIRNLLNNKILGEITPEYRFYLVEGQKNVESSIYHNLLSDIYVVIGEIDKSKSKIA
HHHHHHHHHHCCCCEECCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHEE
AKVHYKPGMSIIWLGSFLIAFGSLLAAFPFSKRAKVV
EEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 1310666 [H]