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The map label for this gene is opuD [H]

Identifier: 222094305

GI number: 222094305

Start: 603620

End: 605170

Strand: Reverse

Name: opuD [H]

Synonym: BCQ_0619

Alternate gene names: 222094305

Gene position: 605170-603620 (Counterclockwise)

Preceding gene: 222094312

Following gene: 222094301

Centisome position: 11.61

GC content: 36.23

Gene sequence:

>1551_bases
ATGATAAAAAAAGAGAACAGTGTATTTTATATCTCCATCTTGCTAACAACATTATTCATCATATGGGGAATTACCCCGGC
AAGTTGGATACAAGGCTATGATTTACAAAGCGTTACATCTTCCTTAAATTCATTTATCCTCAATAAATTTGGATGGTTTT
ACTCTCTACTTATGACCGCAATGATTATTTTAGCCGCTTATTTAGCATTTTCTAAGTACGGTTCTATTCGTCTTGGTAAA
GATGGAGAAAAACCAAAGTATAGTTATCCATCTTGGCTATCCATGTTATTTGGGGCAGGAATGGGAATTGGACTCCTCTT
TTATGGAATCGCTGAACCGATTTCACACTTTACAGATCCACTAACAGGAAAAGCAGGTACAGAGGAAAGCGCCAAGCTCG
CTATGCAATATTCATTTTTCCACTGGGGTCTCTTTCCATGGTCACTATACGCAATGGTTGCTTTAACAATTGCATATTTC
ACATTCCGCAAACAAAAAGGTAGCACAATTGGGGCTACAGTTACTCCATTATTTAATCGATCGAAAAATTCTCCTATCGG
AAAAACAGTCGATATTTTAGCTGTTTTAGCCACAGTATTCGGTATTGTACCATCTGTTGGGATTGGTGCTCAACAAATCG
CCGGAGGATTAAGCTATTTATTCCCTTCTATTCATAACACTTTATTTACACAGCTCATACTTATCGCCATCTTCGCTGTT
TTATATTTAACAAGTGCACAAACTGGCTTAGATCGTGGGATTAAATATTTGAGTAACTTAAATTTCTCTCTTGCAGGTAT
TTTACTCATTTCCTTTTTACTTTTAGGACCAACTGTATTTATTATGAAATATTTCACATCTACACTCGGTTCTTATATTG
GAGCTTTACCTAGTATGGGATTAAATTTAGGAGCATTTAATGAAAAATCTTCTTCTTGGATTGAAAACTGGACTATTTTC
TATTGGGGATGGTGGATCTCTTGGTCTCCATTCGTCGGTACATTCATCGCCCGTATTTCTAAAGGACGCACAATAAAAGA
ATTTATTTTTGGAGTTGTATTAGTCCCAACTCTCATCTGCACATTTTGGTTTGCAGTATTTGGCGGTACCGCTATCCATA
TGGAAATGTTCCAATCGCTTGGTATAGCTGATGAAATCGCAAAAAATGGTACAGAGATTGGATTATTTGCTGTTATTTCA
CATCTACCGTTCTCTACATTTTTAACAATTATCGGGTTAATTTTAGTAGCCACATTTTTCGTTACTTCTGCTGACTCGGC
AACATTTGTCGTTTCTATGCAAACGAGTAACGGAAGCTTATCACCAAAAAATAGTTTAAAACTTATATGGGGATTAACAA
TCGCGATCATCGCAGCTATTTTATTACAAGCTGGAGGATTAAATGCACTGCAAATTGCAGCGATCATCGCAGCACTACCA
TTTTCTATCGTAGTCGTCCTTATGGTTACTTCACTCTTTAAAGAGCTACGAAAAGAAGATATTAATTCGCAAACGAAAGA
AGTTCCGAAAAAAATAAAAAAAGTTATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTCCTTTTACACACGTTAAAAATCGAATTTTTTGACAATTAACCCTTTAATTGTTATGATTAATATAATTGTTAACTTTA
TTAAACAAGGGTGGGATTCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CAATTAGCGCCTCAAATTACTTCTAAATCTGTGATGAATGCGGAAAAAAGTAAATGAATAAAACCCATTCATATGAAATA
TCATTTTCATATGAATGGGT

Product: glycine betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 516; Mature: 516

Protein sequence:

>516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLFTQLILIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Sequences:

>Translated_516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLFTQLILIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM
>Mature_516_residues
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTAMIILAAYLAFSKYGSIRLGK
DGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYF
TFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLFTQLILIAIFAV
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIF
YWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVIS
HLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=461, Percent_Identity=37.527114967462, Blast_Score=328, Evalue=6e-91,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=455, Percent_Identity=30.989010989011, Blast_Score=205, Evalue=7e-54,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=484, Percent_Identity=28.099173553719, Blast_Score=187, Evalue=2e-48,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 56570; Mature: 56570

Theoretical pI: Translated: 9.98; Mature: 9.98

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.7 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLMTA
CCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDP
HHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LTGKAGTEESAKLAMQYSFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNR
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCC
SKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLSYLFPSIHNTLFTQLILIAIFAV
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLISFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPSMG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
LNLGAFNEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLIC
CCCCCCCCCCHHHHHCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
TFWFAVFGGTAIHMEMFQSLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFF
HHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIAAILLQAGGLNALQIAAIIAALP
HHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
FSIVVVLMVTSLFKELRKEDINSQTKEVPKKIKKVM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]