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The map label for this gene is greA [H]

Identifier: 203284058

GI number: 203284058

Start: 139463

End: 142165

Strand: Reverse

Name: greA [H]

Synonym: BDU_136

Alternate gene names: 203284058

Gene position: 142165-139463 (Counterclockwise)

Preceding gene: 203284059

Following gene: 203284057

Centisome position: 15.26

GC content: 26.82

Gene sequence:

>2703_bases
ATGTCTAATATTACTATAGAAAGATTAGATAATATCTTGCAAGAGGATAAATGGACAAGAATAGTTGTTAACAATTATTC
TCTTGCTAAGATAAAGGAATTGGATGAGTTAATAGATAATATAATTTCTGAAAATTTAACAGAAGAAGCTTTGGATATTT
GTGGTAAGCATTTAAAAGATATCAAGAAAAGTATTGCTGGTCTTTATATTTCAGGAATGCTTATATATAGTAGAAGACCA
CTTAATGATATGAGTTTGCTTACAGTTGTAGATTTGTTTTCTCAGAACTTAAAGTGGTCTCTTGTTGAGCATATATGTCA
CAAGATGCTTTTAACTTCTGAGAACAAGCATGCACTCTATACACTTGCAAAGATATATGCACAAAATAATGAAAATGATA
AGTTGCCAAGTATTTGGATGCGTATTGTTGAAGCTGATGTTGATGATACTGTTTTTGTAAGACAACTTGCTACTCATTAT
GAGAATGTTGATTTGCAAAAATCAATATATTTTTTTAGAAAGGCTATTTATCGTTTTATAGATAAAAAACAAATGTCAGG
CATTAGAGAAATATGGTCTAAATTGATAAGATATGTCTCTGATGATTTTGATTCCTTTTTGTTAATCCTTCAGAAAGTTG
AAAAAGAACTTGGTTTTAAAAAGGTAGTGGTTCTTTATGAAGATTTGTATGAACATTATTCTGTAAGTGGCAATATCGAT
GAGACAATAGAAATTTTAAAAGGAATTTTAAAACTTGATAATAAAAATCAGAAAGCAAGAGAAAATTTAGTGATTTTTTT
AAGAGAAAAGTATAAGGATGTTAATAATATCGAAGAGTATCTTGAAAAGTCTGATATTGAAAATTTAGATAAAAATTTTG
TTGATGTTTATTCTGATTTTGAAAAATATTTGTTTTTTGCTAAAGGCAATTTTGTTTATCATCAGACTTGGTTTGTAGGA
ATAGTTAAAGATGTAAATGATCAGGGTATTTTAGTTGATTTTGTATCTAAACGCGGACATTTTATTAGTTTTGATATGGC
TATATCTGCTTTATCTCCTCTTGAGAGGGAAGATATTAGAGTTTTAAAGGCTATTAAACCTAAAGAAGAGCTTGTTGAGC
ATCTAAAGAGAGATATTGAATGGGCGTTAAAAGTAATTATTAAAAGTTATAAGTCGATTGATCTTAAAGGGATTAAAAGA
GAACTTGTTCCAAGTTTGATGACTCAGAGTGCTTGGAATTTATGGAGTGTGAAAGCTAAACAAATTTTAAAAGATAATCC
TCATTTTGTTATGGCATCTGGAAAAGCTGACTGTTATATATATAATGAGCGAGCTTCTAATTTTAATGAAAAGATTTATG
ATAAGTTTAAGGTAGAAAAAGATTTTTATAAAAGATATGAAATTTTTATGCATTATTATACTTCTGGTGGTATTGTAAAA
GATTCACATATTGAAGAAGAAATGTTAAATTATTTTTTGATTTATGTTAATAATTTTGCAAAAGTTGATCATTATGTTAT
AAGTTCTTACGTAATACTTAAATCTTTAAAAGATTTTGATGATAAGATTGCTTTAAAAATTAATATTGAAAGAGATATTA
ATTTAGAAGTTCTCTTGAAGGAATATTCTAAGAGTATAGTTGATCTTTTTGATGCTATTTTGAATGCAGATATTAAAAAG
GAATTGATATCTTTGATTAAAGAAGAATTGGTTGATTGGGTTGCTTATTATAAGCAGCTTTTTCCTTGTTATGTGAATAA
AAAATTAATTGATTCTCTTTATAAAGAAGATATAAAAGAAACCGAACATCTTTTTAATTATGTTACCAAGAATTATAAGA
TGTATAAAGATGCTTATATTTGGATTTTAAAACATTATACTTCTTATTCTCTTAATTTAGATTATTCTGATGCAGATTTA
TTGGTAAATTTGATTAAAATTTTAACAGATAGTGTTATTAAGATTAATAATAAAAATAATTCTGTTGCTAATAAGCGGAT
TTATAAGATGGTAAGTAATCTTTTAATTAAAGATAAATATCTTAGTATTGTTTTAAGTAATGTTATGGATGAGGAACTTG
CTAAGAGGATATATATGACTTGTTTTTACATAAGAGATTTTCCGCCAAAAGATTTAATACATATTAAAACTGCAATAAGA
ACTGTATTTGGTAATATTGAATTTGAAGACGAGAAGATGCAAGTTTCAGGAGATAAGGTTGAGATAGGATTTTTAACTAT
TTTAAGTTCTCTTAGCAAAAAGCAAAAAGAATTACAATATTTAAAAGATGTAGAAATACCAGAAAATTCGAAAGAAATTG
GTAAGGCACGTGAACTTGGTGATTTAAAAGAAAATGCAGAATATCATTCTGCAAAAGAGAGACAACAGTTTTTAACAAAG
AGATTAAATACTCTTATGTCTGAGATAGATGTTGCTAAGGTTATTGATATTAAAGAACTTCAAAGTTCTGTTGTTGGATT
TGGAACGAAAGTTACTATGATTAATAAAGATACGGAACGAGAGGAGTCTTATTTAATATTTGGTCCTTGGGAATCAAATC
CTGATGAAGGTATTATATCTTATAAATCACCTTTTGGAGAAAATTTGTTAGATTCTCGGGAAGGTGATAGTCTTGATTTT
GTTATAAATGATACTCATTTTCAATATTATGTTAAGAAGATAGAGCCTGCCAAAATTAATTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TCGATGAAATTTTATCTTATATTAAAGAAATAGATATAGGAATATATCAGCAATATGTCAATTAGATTGGTTTTAATAAA
ATTGATATTAGGAGAGTTGA

Downstream 100 bases:

>100_bases
GAGAGATAAGATGTCAAAATTAAAAGATCCAATGGATGATTCTTTGAAAAATAAATTGAACAAAGAAAAAGCCATTGAAC
TTGCTAGAGTGCAAATAGAG

Product: transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein

Products: NA

Alternate protein names: Transcript cleavage factor greA [H]

Number of amino acids: Translated: 900; Mature: 899

Protein sequence:

>900_residues
MSNITIERLDNILQEDKWTRIVVNNYSLAKIKELDELIDNIISENLTEEALDICGKHLKDIKKSIAGLYISGMLIYSRRP
LNDMSLLTVVDLFSQNLKWSLVEHICHKMLLTSENKHALYTLAKIYAQNNENDKLPSIWMRIVEADVDDTVFVRQLATHY
ENVDLQKSIYFFRKAIYRFIDKKQMSGIREIWSKLIRYVSDDFDSFLLILQKVEKELGFKKVVVLYEDLYEHYSVSGNID
ETIEILKGILKLDNKNQKARENLVIFLREKYKDVNNIEEYLEKSDIENLDKNFVDVYSDFEKYLFFAKGNFVYHQTWFVG
IVKDVNDQGILVDFVSKRGHFISFDMAISALSPLEREDIRVLKAIKPKEELVEHLKRDIEWALKVIIKSYKSIDLKGIKR
ELVPSLMTQSAWNLWSVKAKQILKDNPHFVMASGKADCYIYNERASNFNEKIYDKFKVEKDFYKRYEIFMHYYTSGGIVK
DSHIEEEMLNYFLIYVNNFAKVDHYVISSYVILKSLKDFDDKIALKINIERDINLEVLLKEYSKSIVDLFDAILNADIKK
ELISLIKEELVDWVAYYKQLFPCYVNKKLIDSLYKEDIKETEHLFNYVTKNYKMYKDAYIWILKHYTSYSLNLDYSDADL
LVNLIKILTDSVIKINNKNNSVANKRIYKMVSNLLIKDKYLSIVLSNVMDEELAKRIYMTCFYIRDFPPKDLIHIKTAIR
TVFGNIEFEDEKMQVSGDKVEIGFLTILSSLSKKQKELQYLKDVEIPENSKEIGKARELGDLKENAEYHSAKERQQFLTK
RLNTLMSEIDVAKVIDIKELQSSVVGFGTKVTMINKDTEREESYLIFGPWESNPDEGIISYKSPFGENLLDSREGDSLDF
VINDTHFQYYVKKIEPAKIN

Sequences:

>Translated_900_residues
MSNITIERLDNILQEDKWTRIVVNNYSLAKIKELDELIDNIISENLTEEALDICGKHLKDIKKSIAGLYISGMLIYSRRP
LNDMSLLTVVDLFSQNLKWSLVEHICHKMLLTSENKHALYTLAKIYAQNNENDKLPSIWMRIVEADVDDTVFVRQLATHY
ENVDLQKSIYFFRKAIYRFIDKKQMSGIREIWSKLIRYVSDDFDSFLLILQKVEKELGFKKVVVLYEDLYEHYSVSGNID
ETIEILKGILKLDNKNQKARENLVIFLREKYKDVNNIEEYLEKSDIENLDKNFVDVYSDFEKYLFFAKGNFVYHQTWFVG
IVKDVNDQGILVDFVSKRGHFISFDMAISALSPLEREDIRVLKAIKPKEELVEHLKRDIEWALKVIIKSYKSIDLKGIKR
ELVPSLMTQSAWNLWSVKAKQILKDNPHFVMASGKADCYIYNERASNFNEKIYDKFKVEKDFYKRYEIFMHYYTSGGIVK
DSHIEEEMLNYFLIYVNNFAKVDHYVISSYVILKSLKDFDDKIALKINIERDINLEVLLKEYSKSIVDLFDAILNADIKK
ELISLIKEELVDWVAYYKQLFPCYVNKKLIDSLYKEDIKETEHLFNYVTKNYKMYKDAYIWILKHYTSYSLNLDYSDADL
LVNLIKILTDSVIKINNKNNSVANKRIYKMVSNLLIKDKYLSIVLSNVMDEELAKRIYMTCFYIRDFPPKDLIHIKTAIR
TVFGNIEFEDEKMQVSGDKVEIGFLTILSSLSKKQKELQYLKDVEIPENSKEIGKARELGDLKENAEYHSAKERQQFLTK
RLNTLMSEIDVAKVIDIKELQSSVVGFGTKVTMINKDTEREESYLIFGPWESNPDEGIISYKSPFGENLLDSREGDSLDF
VINDTHFQYYVKKIEPAKIN
>Mature_899_residues
SNITIERLDNILQEDKWTRIVVNNYSLAKIKELDELIDNIISENLTEEALDICGKHLKDIKKSIAGLYISGMLIYSRRPL
NDMSLLTVVDLFSQNLKWSLVEHICHKMLLTSENKHALYTLAKIYAQNNENDKLPSIWMRIVEADVDDTVFVRQLATHYE
NVDLQKSIYFFRKAIYRFIDKKQMSGIREIWSKLIRYVSDDFDSFLLILQKVEKELGFKKVVVLYEDLYEHYSVSGNIDE
TIEILKGILKLDNKNQKARENLVIFLREKYKDVNNIEEYLEKSDIENLDKNFVDVYSDFEKYLFFAKGNFVYHQTWFVGI
VKDVNDQGILVDFVSKRGHFISFDMAISALSPLEREDIRVLKAIKPKEELVEHLKRDIEWALKVIIKSYKSIDLKGIKRE
LVPSLMTQSAWNLWSVKAKQILKDNPHFVMASGKADCYIYNERASNFNEKIYDKFKVEKDFYKRYEIFMHYYTSGGIVKD
SHIEEEMLNYFLIYVNNFAKVDHYVISSYVILKSLKDFDDKIALKINIERDINLEVLLKEYSKSIVDLFDAILNADIKKE
LISLIKEELVDWVAYYKQLFPCYVNKKLIDSLYKEDIKETEHLFNYVTKNYKMYKDAYIWILKHYTSYSLNLDYSDADLL
VNLIKILTDSVIKINNKNNSVANKRIYKMVSNLLIKDKYLSIVLSNVMDEELAKRIYMTCFYIRDFPPKDLIHIKTAIRT
VFGNIEFEDEKMQVSGDKVEIGFLTILSSLSKKQKELQYLKDVEIPENSKEIGKARELGDLKENAEYHSAKERQQFLTKR
LNTLMSEIDVAKVIDIKELQSSVVGFGTKVTMINKDTEREESYLIFGPWESNPDEGIISYKSPFGENLLDSREGDSLDFV
INDTHFQYYVKKIEPAKIN

Specific function: Necessary for efficient RNA polymerase transcription elongation past template-encoded arresting sites. The arresting sites in DNA have the property of trapping a certain fraction of elongating RNA polymerases that pass through, resulting in locked ternary

COG id: COG1747

COG function: function code S; Uncharacterized N-terminal domain of the transcription elongation factor GreA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 GRAD2 (greA associated 2) domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI87082225, Length=149, Percent_Identity=36.241610738255, Blast_Score=93, Evalue=8e-20,

Paralogues:

None

Copy number: 259 Molecules/Cell In: Growth Phase, Glucose-minimal MOPS Media. [C]

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR018151
- InterPro:   IPR011990
- InterPro:   IPR006359
- InterPro:   IPR001437
- InterPro:   IPR022691 [H]

Pfam domain/function: PF01272 GreA_GreB; PF03449 GreA_GreB_N [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 105714; Mature: 105583

Theoretical pI: Translated: 6.19; Mature: 6.19

Prosite motif: PS00829 GREAB_1 ; PS00830 GREAB_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.6 %Cys     (Translated Protein)
2.0 %Met     (Translated Protein)
2.6 %Cys+Met (Translated Protein)
0.6 %Cys     (Mature Protein)
1.9 %Met     (Mature Protein)
2.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSNITIERLDNILQEDKWTRIVVNNYSLAKIKELDELIDNIISENLTEEALDICGKHLKD
CCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
IKKSIAGLYISGMLIYSRRPLNDMSLLTVVDLFSQNLKWSLVEHICHKMLLTSENKHALY
HHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHH
TLAKIYAQNNENDKLPSIWMRIVEADVDDTVFVRQLATHYENVDLQKSIYFFRKAIYRFI
HHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
DKKQMSGIREIWSKLIRYVSDDFDSFLLILQKVEKELGFKKVVVLYEDLYEHYSVSGNID
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH
ETIEILKGILKLDNKNQKARENLVIFLREKYKDVNNIEEYLEKSDIENLDKNFVDVYSDF
HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHEEEEHHHCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHH
EKYLFFAKGNFVYHQTWFVGIVKDVNDQGILVDFVSKRGHFISFDMAISALSPLEREDIR
HHHEEEECCCEEEEHHEEEHHHHCCCCCCEEEEEHHCCCCEEEHHHHHHHHCCCCHHHHH
VLKAIKPKEELVEHLKRDIEWALKVIIKSYKSIDLKGIKRELVPSLMTQSAWNLWSVKAK
HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH
QILKDNPHFVMASGKADCYIYNERASNFNEKIYDKFKVEKDFYKRYEIFMHYYTSGGIVK
HHHCCCCCEEEECCCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEE
DSHIEEEMLNYFLIYVNNFAKVDHYVISSYVILKSLKDFDDKIALKINIERDINLEVLLK
CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHH
EYSKSIVDLFDAILNADIKKELISLIKEELVDWVAYYKQLFPCYVNKKLIDSLYKEDIKE
HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH
TEHLFNYVTKNYKMYKDAYIWILKHYTSYSLNLDYSDADLLVNLIKILTDSVIKINNKNN
HHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCC
SVANKRIYKMVSNLLIKDKYLSIVLSNVMDEELAKRIYMTCFYIRDFPPKDLIHIKTAIR
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHH
TVFGNIEFEDEKMQVSGDKVEIGFLTILSSLSKKQKELQYLKDVEIPENSKEIGKARELG
HHHCCCEEECCCEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHC
DLKENAEYHSAKERQQFLTKRLNTLMSEIDVAKVIDIKELQSSVVGFGTKVTMINKDTER
CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCC
EESYLIFGPWESNPDEGIISYKSPFGENLLDSREGDSLDFVINDTHFQYYVKKIEPAKIN
CCCEEEEECCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
SNITIERLDNILQEDKWTRIVVNNYSLAKIKELDELIDNIISENLTEEALDICGKHLKD
CCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
IKKSIAGLYISGMLIYSRRPLNDMSLLTVVDLFSQNLKWSLVEHICHKMLLTSENKHALY
HHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHH
TLAKIYAQNNENDKLPSIWMRIVEADVDDTVFVRQLATHYENVDLQKSIYFFRKAIYRFI
HHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
DKKQMSGIREIWSKLIRYVSDDFDSFLLILQKVEKELGFKKVVVLYEDLYEHYSVSGNID
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHH
ETIEILKGILKLDNKNQKARENLVIFLREKYKDVNNIEEYLEKSDIENLDKNFVDVYSDF
HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHEEEEHHHCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHH
EKYLFFAKGNFVYHQTWFVGIVKDVNDQGILVDFVSKRGHFISFDMAISALSPLEREDIR
HHHEEEECCCEEEEHHEEEHHHHCCCCCCEEEEEHHCCCCEEEHHHHHHHHCCCCHHHHH
VLKAIKPKEELVEHLKRDIEWALKVIIKSYKSIDLKGIKRELVPSLMTQSAWNLWSVKAK
HHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH
QILKDNPHFVMASGKADCYIYNERASNFNEKIYDKFKVEKDFYKRYEIFMHYYTSGGIVK
HHHCCCCCEEEECCCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEE
DSHIEEEMLNYFLIYVNNFAKVDHYVISSYVILKSLKDFDDKIALKINIERDINLEVLLK
CCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHH
EYSKSIVDLFDAILNADIKKELISLIKEELVDWVAYYKQLFPCYVNKKLIDSLYKEDIKE
HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHH
TEHLFNYVTKNYKMYKDAYIWILKHYTSYSLNLDYSDADLLVNLIKILTDSVIKINNKNN
HHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCC
SVANKRIYKMVSNLLIKDKYLSIVLSNVMDEELAKRIYMTCFYIRDFPPKDLIHIKTAIR
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHH
TVFGNIEFEDEKMQVSGDKVEIGFLTILSSLSKKQKELQYLKDVEIPENSKEIGKARELG
HHHCCCEEECCCEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHC
DLKENAEYHSAKERQQFLTKRLNTLMSEIDVAKVIDIKELQSSVVGFGTKVTMINKDTER
CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCC
EESYLIFGPWESNPDEGIISYKSPFGENLLDSREGDSLDFVINDTHFQYYVKKIEPAKIN
CCCEEEEECCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: DNA [C]

Specific reaction: Protein + DNA = Protein-DNA [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9403685 [H]