Definition Orientia tsutsugamushi str. Ikeda, complete genome.
Accession NC_010793
Length 2,008,987

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The map label for this gene is 189184673

Identifier: 189184673

GI number: 189184673

Start: 1787957

End: 1790218

Strand: Direct

Name: 189184673

Synonym: OTT_1766

Alternate gene names: NA

Gene position: 1787957-1790218 (Clockwise)

Preceding gene: 189184670

Following gene: 189184674

Centisome position: 89.0

GC content: 33.16

Gene sequence:

>2262_bases
GTGTACCTTATGATAAAAATTAATAAAAAAGTAGCTTTAGTTAAAGTATCACTAATTTTTTCTGCGTTATTTTTTATTGG
CAATGCTCAAAGTATATTCAACGTAAATGCGCAGTCCAATAGTACAAAGCAAGATCAATTATATGCAACAAAATCTCAAC
TGCTTCAACAACAACAAAATCTAGAGCGAGACAGAGAGAAGATATATAATCGTATAGATTTAGAGAAGATAAAGTCACAT
TCAAACATATTGGATAAATTACTATTATATCCGTCTAATCAAGTAACAGTATACTTGAATGAACAAGACCCGCATGATAA
AAACTATGTTAGACCACGCAGTAACATGCTTTATCGACACATAAATGACGCTGCAAATTATATTAACAATATGTGTACAT
TAATGGTCGATATAGTACCAGGTTATACGAGTAATGGCCCAAATGCCACAGACCCAGCTAGACTTGTTACAATGACAGAT
CAGGAAGCACAACTTAACAGTAAGGTTCAGCGTTTTGCTAATAGGCTACGCGGAGTAAATAATGCAAAACAACAATGTCG
CGGAGTTACAACTGAAATAAATGAGTTAAGTCAAGAATTGAATCAATTTCATCAAGCTCTAGTGAATGTGCAGGCTCAAA
TTCAGGCTTTGTCTTTACCGTCACTAAATGATTTATCAACAGAAGTAAGGAAGTTGCATTTAGGTATTGCTAATCAACTA
GTAGCTGTTGACCAAGATATACAAGCGTGTGAACGAGGCAGTAATTCCATGTTAAAGCTGGGCCAGTATGAGCAATTGCT
TGATGATCTATATCGTACATCTGAAAACATAGTACAGATATTGCAAAATAACGTGCAAGCAGGTAATGCTCAAGCTATTA
CGCCGATTATACCACAGGATGAACTAAATCAAATGTATAAGCAAATGCAAGACATAGAAACACTTATGCCAAAATTTACA
CAAGATCTAGGAATGTTGGCTAAACAATTACGGGATATATCATGCTTGATAGCTACGCTTGATCCTAGAGCTGAGCTTGA
CCCTGCTCAAATCGGATTGCAGCAAGTACAGCCAGGTTTATCAGAAAAAATCAGAAAAATCGTTAATGATATCATCAATG
ATTTTCCACAAGTGTTACAACAATATAAAAATAATTTAGAAAACGACTTAAAAAGTATAAATCATAAAATAGCTAATATT
GATCAGTTGGTTAGTTCTCTCAACCAAAAACTAGATACACTTCAGCAGGAGCAACTACTTAGTGATCAAATCGCTCCTAC
CAAAGCAATTACCAGCTTTGAAAAGCAACAGCCGCTACATCAAGTATCTCAACATAATGCAATGCTAGCTAATGCTATTA
GTTTTACTGCTGATACTGCAGTGAGTGCTACAACATCAATTTTATCTAAAATAGCAACAGTACAAAATCAATCTCCAAAG
ATTATAAGTTCTGGATCAAATATTTATAACAGCAATGGGTGGAATATTGATGGTAATGTATTCTGTGGTAAAACTAAGAA
AACTGAACACAAGGAAATTCAAGGATACAGCACGGACATTAGTGGAGCATTTATTACAGTAAATAAATATTTAAATAAGA
AGGTTGTTATTGGTGTTACTGGATTATATTCAAATCTTGATATTAAATATGGTCAAAATGTAATATTAAATAAAACAAAC
TGTAAAGTATACTCATTATCTTTAAATGGTAGATATTATCCTCGACAAGATATATTTATGCAAAGTATCGTTGGGGTGAT
TAAATATGATGGTACAACTAGATATTATGCTACTGTTCAGCCATCTAGTAATATTGATGGCAAAGGCTGGTATGGTGATT
TTATGTTAGCTGGTAATGTATATCCATTAAAACATAATTCAAAACTAACTTTTTCACCAATAGTTGGTATTGTATATACT
AATTCTAGTCATGCATTTGAAACTACTATAAGAGATATAGATTATAACATATTAACAGGTAGAGCAGGAATTACGATAAA
ATATGTTATTGATAATATTAATAACAATATGTCGATAGTACCTGAATTTCATGCCTTCATTCATCGCTTGTTATGTGTTA
AGAGTAACAAACCGGAGTATGTTAACTCCTTTGCTGAACAAATACCTCAGTCACTCGGCCAATTAGGTGTAGGAGTAACT
GTATGGCATGGCAAAGTAGGTATAGGAATATCATATAGTGCTTACTTAGCTAACGAATATATTTCTCATATTGGGTCTGC
AAATATAAAAGCTAGTTTCTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
GGGTGATTTAATCAATACAACATCTACCTAATAAAGCACTCTAGGCTGTTATAGTCTTTTTAATTTATTACATAAATTAC
AAAAACAATTTAAAATTATT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CTTTTATATTTTTCAAATTAGTAAAATATATATAGGATAATGAAGCATGCTATTCTCTTTTGGTTTTAATGATAAAGTGT
TAGATCAAATTTAGAGTTTT

Product: outer membrane protein

Products: NA

Alternate protein names: Outer Membrane Protein; Cell Surface Antigen

Number of amino acids: Translated: 753; Mature: 753

Protein sequence:

>753_residues
MYLMIKINKKVALVKVSLIFSALFFIGNAQSIFNVNAQSNSTKQDQLYATKSQLLQQQQNLERDREKIYNRIDLEKIKSH
SNILDKLLLYPSNQVTVYLNEQDPHDKNYVRPRSNMLYRHINDAANYINNMCTLMVDIVPGYTSNGPNATDPARLVTMTD
QEAQLNSKVQRFANRLRGVNNAKQQCRGVTTEINELSQELNQFHQALVNVQAQIQALSLPSLNDLSTEVRKLHLGIANQL
VAVDQDIQACERGSNSMLKLGQYEQLLDDLYRTSENIVQILQNNVQAGNAQAITPIIPQDELNQMYKQMQDIETLMPKFT
QDLGMLAKQLRDISCLIATLDPRAELDPAQIGLQQVQPGLSEKIRKIVNDIINDFPQVLQQYKNNLENDLKSINHKIANI
DQLVSSLNQKLDTLQQEQLLSDQIAPTKAITSFEKQQPLHQVSQHNAMLANAISFTADTAVSATTSILSKIATVQNQSPK
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CKVYSLSLNGRYYPRQDIFMQSIVGVIKYDGTTRYYATVQPSSNIDGKGWYGDFMLAGNVYPLKHNSKLTFSPIVGIVYT
NSSHAFETTIRDIDYNILTGRAGITIKYVIDNINNNMSIVPEFHAFIHRLLCVKSNKPEYVNSFAEQIPQSLGQLGVGVT
VWHGKVGIGISYSAYLANEYISHIGSANIKASF

Sequences:

>Translated_753_residues
MYLMIKINKKVALVKVSLIFSALFFIGNAQSIFNVNAQSNSTKQDQLYATKSQLLQQQQNLERDREKIYNRIDLEKIKSH
SNILDKLLLYPSNQVTVYLNEQDPHDKNYVRPRSNMLYRHINDAANYINNMCTLMVDIVPGYTSNGPNATDPARLVTMTD
QEAQLNSKVQRFANRLRGVNNAKQQCRGVTTEINELSQELNQFHQALVNVQAQIQALSLPSLNDLSTEVRKLHLGIANQL
VAVDQDIQACERGSNSMLKLGQYEQLLDDLYRTSENIVQILQNNVQAGNAQAITPIIPQDELNQMYKQMQDIETLMPKFT
QDLGMLAKQLRDISCLIATLDPRAELDPAQIGLQQVQPGLSEKIRKIVNDIINDFPQVLQQYKNNLENDLKSINHKIANI
DQLVSSLNQKLDTLQQEQLLSDQIAPTKAITSFEKQQPLHQVSQHNAMLANAISFTADTAVSATTSILSKIATVQNQSPK
IISSGSNIYNSNGWNIDGNVFCGKTKKTEHKEIQGYSTDISGAFITVNKYLNKKVVIGVTGLYSNLDIKYGQNVILNKTN
CKVYSLSLNGRYYPRQDIFMQSIVGVIKYDGTTRYYATVQPSSNIDGKGWYGDFMLAGNVYPLKHNSKLTFSPIVGIVYT
NSSHAFETTIRDIDYNILTGRAGITIKYVIDNINNNMSIVPEFHAFIHRLLCVKSNKPEYVNSFAEQIPQSLGQLGVGVT
VWHGKVGIGISYSAYLANEYISHIGSANIKASF
>Mature_753_residues
MYLMIKINKKVALVKVSLIFSALFFIGNAQSIFNVNAQSNSTKQDQLYATKSQLLQQQQNLERDREKIYNRIDLEKIKSH
SNILDKLLLYPSNQVTVYLNEQDPHDKNYVRPRSNMLYRHINDAANYINNMCTLMVDIVPGYTSNGPNATDPARLVTMTD
QEAQLNSKVQRFANRLRGVNNAKQQCRGVTTEINELSQELNQFHQALVNVQAQIQALSLPSLNDLSTEVRKLHLGIANQL
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CKVYSLSLNGRYYPRQDIFMQSIVGVIKYDGTTRYYATVQPSSNIDGKGWYGDFMLAGNVYPLKHNSKLTFSPIVGIVYT
NSSHAFETTIRDIDYNILTGRAGITIKYVIDNINNNMSIVPEFHAFIHRLLCVKSNKPEYVNSFAEQIPQSLGQLGVGVT
VWHGKVGIGISYSAYLANEYISHIGSANIKASF

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 84450; Mature: 84450

Theoretical pI: Translated: 8.65; Mature: 8.65

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.9 %Cys     (Translated Protein)
2.0 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.9 %Cys     (Mature Protein)
2.0 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MYLMIKINKKVALVKVSLIFSALFFIGNAQSIFNVNAQSNSTKQDQLYATKSQLLQQQQN
CEEEEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
LERDREKIYNRIDLEKIKSHSNILDKLLLYPSNQVTVYLNEQDPHDKNYVRPRSNMLYRH
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHH
INDAANYINNMCTLMVDIVPGYTSNGPNATDPARLVTMTDQEAQLNSKVQRFANRLRGVN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
NAKQQCRGVTTEINELSQELNQFHQALVNVQAQIQALSLPSLNDLSTEVRKLHLGIANQL
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VAVDQDIQACERGSNSMLKLGQYEQLLDDLYRTSENIVQILQNNVQAGNAQAITPIIPQD
HHHCHHHHHHHCCCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECCCCCHH
ELNQMYKQMQDIETLMPKFTQDLGMLAKQLRDISCLIATLDPRAELDPAQIGLQQVQPGL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCH
SEKIRKIVNDIINDFPQVLQQYKNNLENDLKSINHKIANIDQLVSSLNQKLDTLQQEQLL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SDQIAPTKAITSFEKQQPLHQVSQHNAMLANAISFTADTAVSATTSILSKIATVQNQSPK
HHCCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
IISSGSNIYNSNGWNIDGNVFCGKTKKTEHKEIQGYSTDISGAFITVNKYLNKKVVIGVT
EEECCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCHHHHCCCCCCCCCEEEEEEHHHCCEEEEEEE
GLYSNLDIKYGQNVILNKTNCKVYSLSLNGRYYPRQDIFMQSIVGVIKYDGTTRYYATVQ
CCCCCCEEECCCEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCEEEEEEEC
PSSNIDGKGWYGDFMLAGNVYPLKHNSKLTFSPIVGIVYTNSSHAFETTIRDIDYNILTG
CCCCCCCCCCEEEEEEECCEEEECCCCEEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHCCCEEEEC
RAGITIKYVIDNINNNMSIVPEFHAFIHRLLCVKSNKPEYVNSFAEQIPQSLGQLGVGVT
CCCEEEEEEEECCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
VWHGKVGIGISYSAYLANEYISHIGSANIKASF
EEECCEECCEEHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECC
>Mature Secondary Structure
MYLMIKINKKVALVKVSLIFSALFFIGNAQSIFNVNAQSNSTKQDQLYATKSQLLQQQQN
CEEEEEECCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
LERDREKIYNRIDLEKIKSHSNILDKLLLYPSNQVTVYLNEQDPHDKNYVRPRSNMLYRH
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHH
INDAANYINNMCTLMVDIVPGYTSNGPNATDPARLVTMTDQEAQLNSKVQRFANRLRGVN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
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HHHCHHHHHHHCCCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECCCCCHH
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SEKIRKIVNDIINDFPQVLQQYKNNLENDLKSINHKIANIDQLVSSLNQKLDTLQQEQLL
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CCCEEEEEEEECCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE
VWHGKVGIGISYSAYLANEYISHIGSANIKASF
EEECCEECCEEHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA