| Definition | Orientia tsutsugamushi str. Ikeda, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010793 |
| Length | 2,008,987 |
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The map label for this gene is dnaE [H]
Identifier: 189184300
GI number: 189184300
Start: 1421443
End: 1425147
Strand: Reverse
Name: dnaE [H]
Synonym: OTT_1393
Alternate gene names: 189184300
Gene position: 1425147-1421443 (Counterclockwise)
Preceding gene: 189184301
Following gene: 189184298
Centisome position: 70.94
GC content: 28.99
Gene sequence:
>3705_bases ATGAATGCTAAGTTTATTCATTTAAGAGTACAAAGTTCTTACTCATTGTTGGAAAGTACTTTATCAACACAAAAAATATT ATCTCTTGCTCAAAGATATGAAATGCCAGCAGTTGCTCTTACTGATAAGAGCAACTTATTTGGTTCTTTAGAATTCGCTC TTGCAGCGGCAAAGGAAGGTATTCAAGCAATTCATGGTATAATATTAAATATTCAGTATTATGGCCAGAATGATAGCCCC AAATATAGCGAGATATTGTTAATTGCTCAAAATAAAGCAGGGTATCAAAACTTACTTAAATTAGCAAGCTTTCCTTATAT TAAAAATGATAGAACTACTATTAATCATGTTACACTAGATGATTTATTTACTTATAACGAAGGTATTATTGTTCTATCTG GTTATTTTTACGGAATTATTGGCAATTTATTATTTGAAAAAAATTTTGTATTAGCAGAAAATTATGCCAAAAAATTCAAA ACAATATTTGGTAATCGCTTTTACTTTGAAATTAACAGAATTACTAGCAAACAGATCTATGCTATTGAAAAAAGCTATGT TCAGTTAGCACAAAAACTAAATATACCTTTAGTAGCAACAAATAATATTTTATTTGATGAAGGAGAAAAGTATGCTACAC ATGAAGTATTAATGAAGATTTGCAATCCAAATATTGAAATTGATAAGTTTAAAATAAATAATCAATGTTATTTTAAGTCT CAGAATGAGATGATTGAAACATTTTGGGATCTACCGCAAGCTATTAAAAATACAGTATATTTAGCTCAGCGTATATCTTT TATGTTAGAGGCTAAAAAACCATTATTGCCTAAATTTGCTAAAGATGCTGATGAGGAGAATAAACTTATTAGACAATTGT CTGAAGAAGGATTATCTCAAAAGTTAAAGCTGCAATTCAAAAATTATTCAACTGCTGAATTTGAAGATAAAAAAAAAATA TATTTTGATAGGCTGAATTATGAGCTTAGCGTTATTTGCAGTATGAATTTTTCTGGATATTTTCTGATAGTTGCTGACTT TATAAAATGGAGTAAAGAAAATAATATATCTGTTAATCCTAGAGGATCAGGAGCAGCCTCAGTAGTAGCTTGGGGACTAG GAATTACCAATCTTGATCCAATAAGATTTGGTCTGTTGTTTGAACGATTTTTAAATCCAGAAAGAGTATCAATGCCTGAT TTTGATATTGATTTTTGTCAAGAAAGAAGGGGCGAGGTTATTAATTATGTTAGAAGAAAATATGGAGAGGGTAAAGTAGG GCAAATTATTACCTTTGGGAAATTGCAAGCAAAAGCTGTAGTAAAAGACGTAGCTCGTGCACTAGGATTAGGTTATAATT ATGCTAATTATATTACTTCATTAATTCCATTTAATGCAGTACGTCCTGTGACATTACAAGAAGCTATTGATAAAGTTAAT GAACTTAATAATGCATATACAGGAAATGATTTGTATAATTTTGAAGCATTAATTAATGTAGATACTAGATATTTAAAACT TTTAGATAAGTGGCAAAGTCAAAATTATATTAAAATTCAACAAATACTTAATAATATTAGTATAAAAGGTGAGCAATTAA ATCTAATTAAGGAACTTGATAACAAGCAAGATATACAAGATTATATAGATATCATCAAGTCTGAATCTACTTATCAGAAG GTAATTAGTTACTGCCAAAAATTGAATTTAGATAGCTTAGCATCAGAATTTCAGCAAATGCACGATGAATATCAAGATCT AATTAGTAACCGTAAAGCTCAAATTCAAGATGTTATCAAAACAGCTTTAGAGTTAGAAGGTTTACATCGTCATGTTTCTG TACACGCTGCTGGTATAGTAATTGGTAGGCAAAATTTAATTGACACAATAGCTCTATATAAAGATAAAAATTCAGATATT CCTGTAGTCCAATATTCAATGAAATATTTAGAAGCAGCTGGACTAATCAAATTTGATTTTTTGGGCCTACAGACGCTTAC AATTATTTCTAAATGTTTAGAATTATTAAAAAATAAGAATATTAATTTTGAAATCAATAATTTAGAGTTTAATGATAAGT TAACTTATCAACTGCTTTCTAACGGAAATACTATAGGTGTTTTTCAGTTTGAAAGTTCAGGTATGCAAGATGCTTTAAAG AGATTGAAGCCAGACTGTATTGAAGACTTGATTGCTCTCGGCGCATTATATCGTCCTGGTCCAATGGATAATCTTCGAAC ATATATTGATTGTAAGCATGGTAGATTACAGCCTAATTATTTACATTCAAAACTGGAGCCTATCTTAAAAGAAACTTATG GAACCATTATCTATCAAGAACAAGTAATGGAAATAGCAAGGGTTCTTGCTAAATATACCCTTAGTAAAGCTGATTTTTTA CGTCAAGCTATGGCTAAAAAAATTAAATCTGAAATGGAAAATCAAAAAGTAATTTTTATTAATGGAGCTATAGAAAATGG TATTAGTAAAAACCAAGCTGAAAGTATTTTTGCTGAAGTAGAAAAATTTGCTGGATATGGATTTAATAAATCTCACGCTG CAATATATGCAGTAATCTCATACCAAACTGCATATTTAAAAGCAAATTATCCAACAGAATTTTTAGTTGCTTGCTTAAAC CTTGATATTAATGATCAAGATAAAATAGATTTATTTATTCAAGAAGCTAAACAATTAGGTATAAAGGTTATACCTCCAAA TATAAATAAATCTAAAGAATATTTTAGTATGTCAGCAGATAATGCAATAATATTTGCTTTAGGGGCTATCAAAAATGTTA CTCCTAATATAGGTAAGATAATAGTTGAAGAAAGATTACATAGAGGGGAATTTAAAACTATTTTAGACTTTGCTGTAAGA GCTGACTCTTATTCTATTAGTAGAAAAGTATTTGAAAGCTTAATATATGCAGGCTGTTTTGATGATTTTCAGCAACAAGT TAACCGCCACCAATTATTTGCCAGCATAGATCGTATTAACAACTATGCTAGCAAACAGGCAAAGCATATTCATCAGTTCA GTTTTATTACTAGCACGGTTGAAGACGTGCTTAGTCAAATATCTGAATATTCTCTGCATGAAAAAGCTATGAAAGAATTT GAAGTATTGGGATCATTTCTGACTTGTAATCCAATTGCTCCATATGAATCGCTCTTAGCTAAGCATGGAGTCATTAATTC TAAGTATTTAAGTACAACATTAAAATCTGGAAGTACAGCAGTTAAAATTGCTGGCATAGTGCAGAAAAAAAATTCTAGAA TGTCGCCAAGAGGAAAATTTAATATAATTAAATTATCTGATAGTTGTGGAAATTCTGAAGTGAAAATTTTTGATGAAGAA ATATTACGTAAATATAGCTCACTATTAGAAATAGGATCATTAGTGATAGCTCAATGTGATGTTTTTAAGGATGAAGGTGG TATTAGAATTGTAGCTACTGAGTTTAAAGATATTGAAACCATTAAAAATGATCTTGATAAACACCTGCAATTAACTATAA ATCATGAACAAGATTTAGATGAAGTAATAAATGTAATTACCAGCACTAATATTACCAAAGGGGATACTGAGATAGATATG ACATTACCATTTTTTAATAAAAAGTTTCAAGTAATTGTTACTATTAAATTGAAGTATTCTTTAACTATTGATCAGTTGAT AAATCTAAACAAATTTATTAGTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AGTAATGATTTTTCAATTGTTACTAATTTTACTACTATTGATGATTTAATAACTGGGGATGGAATTACAGTTAATATAGT CTATCCTGGGTCAATGAAAC
Downstream 100 bases:
>100_bases CTTTCATTGCATACAATAATGATCTTGCTATAATAAAATAGAAATATAGAAGTTAGACAATAAACTAAGAAAGTATTAAT GTAAAAATGAATTAGCATCT
Product: DNA polymerase III alpha chain
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1234; Mature: 1234
Protein sequence:
>1234_residues MNAKFIHLRVQSSYSLLESTLSTQKILSLAQRYEMPAVALTDKSNLFGSLEFALAAAKEGIQAIHGIILNIQYYGQNDSP KYSEILLIAQNKAGYQNLLKLASFPYIKNDRTTINHVTLDDLFTYNEGIIVLSGYFYGIIGNLLFEKNFVLAENYAKKFK TIFGNRFYFEINRITSKQIYAIEKSYVQLAQKLNIPLVATNNILFDEGEKYATHEVLMKICNPNIEIDKFKINNQCYFKS QNEMIETFWDLPQAIKNTVYLAQRISFMLEAKKPLLPKFAKDADEENKLIRQLSEEGLSQKLKLQFKNYSTAEFEDKKKI YFDRLNYELSVICSMNFSGYFLIVADFIKWSKENNISVNPRGSGAASVVAWGLGITNLDPIRFGLLFERFLNPERVSMPD FDIDFCQERRGEVINYVRRKYGEGKVGQIITFGKLQAKAVVKDVARALGLGYNYANYITSLIPFNAVRPVTLQEAIDKVN ELNNAYTGNDLYNFEALINVDTRYLKLLDKWQSQNYIKIQQILNNISIKGEQLNLIKELDNKQDIQDYIDIIKSESTYQK VISYCQKLNLDSLASEFQQMHDEYQDLISNRKAQIQDVIKTALELEGLHRHVSVHAAGIVIGRQNLIDTIALYKDKNSDI PVVQYSMKYLEAAGLIKFDFLGLQTLTIISKCLELLKNKNINFEINNLEFNDKLTYQLLSNGNTIGVFQFESSGMQDALK RLKPDCIEDLIALGALYRPGPMDNLRTYIDCKHGRLQPNYLHSKLEPILKETYGTIIYQEQVMEIARVLAKYTLSKADFL RQAMAKKIKSEMENQKVIFINGAIENGISKNQAESIFAEVEKFAGYGFNKSHAAIYAVISYQTAYLKANYPTEFLVACLN LDINDQDKIDLFIQEAKQLGIKVIPPNINKSKEYFSMSADNAIIFALGAIKNVTPNIGKIIVEERLHRGEFKTILDFAVR ADSYSISRKVFESLIYAGCFDDFQQQVNRHQLFASIDRINNYASKQAKHIHQFSFITSTVEDVLSQISEYSLHEKAMKEF EVLGSFLTCNPIAPYESLLAKHGVINSKYLSTTLKSGSTAVKIAGIVQKKNSRMSPRGKFNIIKLSDSCGNSEVKIFDEE ILRKYSSLLEIGSLVIAQCDVFKDEGGIRIVATEFKDIETIKNDLDKHLQLTINHEQDLDEVINVITSTNITKGDTEIDM TLPFFNKKFQVIVTIKLKYSLTIDQLINLNKFIS
Sequences:
>Translated_1234_residues MNAKFIHLRVQSSYSLLESTLSTQKILSLAQRYEMPAVALTDKSNLFGSLEFALAAAKEGIQAIHGIILNIQYYGQNDSP KYSEILLIAQNKAGYQNLLKLASFPYIKNDRTTINHVTLDDLFTYNEGIIVLSGYFYGIIGNLLFEKNFVLAENYAKKFK TIFGNRFYFEINRITSKQIYAIEKSYVQLAQKLNIPLVATNNILFDEGEKYATHEVLMKICNPNIEIDKFKINNQCYFKS QNEMIETFWDLPQAIKNTVYLAQRISFMLEAKKPLLPKFAKDADEENKLIRQLSEEGLSQKLKLQFKNYSTAEFEDKKKI YFDRLNYELSVICSMNFSGYFLIVADFIKWSKENNISVNPRGSGAASVVAWGLGITNLDPIRFGLLFERFLNPERVSMPD FDIDFCQERRGEVINYVRRKYGEGKVGQIITFGKLQAKAVVKDVARALGLGYNYANYITSLIPFNAVRPVTLQEAIDKVN ELNNAYTGNDLYNFEALINVDTRYLKLLDKWQSQNYIKIQQILNNISIKGEQLNLIKELDNKQDIQDYIDIIKSESTYQK VISYCQKLNLDSLASEFQQMHDEYQDLISNRKAQIQDVIKTALELEGLHRHVSVHAAGIVIGRQNLIDTIALYKDKNSDI PVVQYSMKYLEAAGLIKFDFLGLQTLTIISKCLELLKNKNINFEINNLEFNDKLTYQLLSNGNTIGVFQFESSGMQDALK RLKPDCIEDLIALGALYRPGPMDNLRTYIDCKHGRLQPNYLHSKLEPILKETYGTIIYQEQVMEIARVLAKYTLSKADFL RQAMAKKIKSEMENQKVIFINGAIENGISKNQAESIFAEVEKFAGYGFNKSHAAIYAVISYQTAYLKANYPTEFLVACLN LDINDQDKIDLFIQEAKQLGIKVIPPNINKSKEYFSMSADNAIIFALGAIKNVTPNIGKIIVEERLHRGEFKTILDFAVR ADSYSISRKVFESLIYAGCFDDFQQQVNRHQLFASIDRINNYASKQAKHIHQFSFITSTVEDVLSQISEYSLHEKAMKEF EVLGSFLTCNPIAPYESLLAKHGVINSKYLSTTLKSGSTAVKIAGIVQKKNSRMSPRGKFNIIKLSDSCGNSEVKIFDEE ILRKYSSLLEIGSLVIAQCDVFKDEGGIRIVATEFKDIETIKNDLDKHLQLTINHEQDLDEVINVITSTNITKGDTEIDM TLPFFNKKFQVIVTIKLKYSLTIDQLINLNKFIS >Mature_1234_residues MNAKFIHLRVQSSYSLLESTLSTQKILSLAQRYEMPAVALTDKSNLFGSLEFALAAAKEGIQAIHGIILNIQYYGQNDSP KYSEILLIAQNKAGYQNLLKLASFPYIKNDRTTINHVTLDDLFTYNEGIIVLSGYFYGIIGNLLFEKNFVLAENYAKKFK TIFGNRFYFEINRITSKQIYAIEKSYVQLAQKLNIPLVATNNILFDEGEKYATHEVLMKICNPNIEIDKFKINNQCYFKS QNEMIETFWDLPQAIKNTVYLAQRISFMLEAKKPLLPKFAKDADEENKLIRQLSEEGLSQKLKLQFKNYSTAEFEDKKKI YFDRLNYELSVICSMNFSGYFLIVADFIKWSKENNISVNPRGSGAASVVAWGLGITNLDPIRFGLLFERFLNPERVSMPD FDIDFCQERRGEVINYVRRKYGEGKVGQIITFGKLQAKAVVKDVARALGLGYNYANYITSLIPFNAVRPVTLQEAIDKVN ELNNAYTGNDLYNFEALINVDTRYLKLLDKWQSQNYIKIQQILNNISIKGEQLNLIKELDNKQDIQDYIDIIKSESTYQK VISYCQKLNLDSLASEFQQMHDEYQDLISNRKAQIQDVIKTALELEGLHRHVSVHAAGIVIGRQNLIDTIALYKDKNSDI PVVQYSMKYLEAAGLIKFDFLGLQTLTIISKCLELLKNKNINFEINNLEFNDKLTYQLLSNGNTIGVFQFESSGMQDALK RLKPDCIEDLIALGALYRPGPMDNLRTYIDCKHGRLQPNYLHSKLEPILKETYGTIIYQEQVMEIARVLAKYTLSKADFL RQAMAKKIKSEMENQKVIFINGAIENGISKNQAESIFAEVEKFAGYGFNKSHAAIYAVISYQTAYLKANYPTEFLVACLN LDINDQDKIDLFIQEAKQLGIKVIPPNINKSKEYFSMSADNAIIFALGAIKNVTPNIGKIIVEERLHRGEFKTILDFAVR ADSYSISRKVFESLIYAGCFDDFQQQVNRHQLFASIDRINNYASKQAKHIHQFSFITSTVEDVLSQISEYSLHEKAMKEF EVLGSFLTCNPIAPYESLLAKHGVINSKYLSTTLKSGSTAVKIAGIVQKKNSRMSPRGKFNIIKLSDSCGNSEVKIFDEE ILRKYSSLLEIGSLVIAQCDVFKDEGGIRIVATEFKDIETIKNDLDKHLQLTINHEQDLDEVINVITSTNITKGDTEIDM TLPFFNKKFQVIVTIKLKYSLTIDQLINLNKFIS
Specific function: DNA polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative synthesis in bacteria. This DNA polymerase also exhibits 3' to 5' exonuclease activity. The alpha chain is the DNA polymerase [H]
COG id: COG0587
COG function: function code L; DNA polymerase III, alpha subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the DNA polymerase type-C family. DnaE subfamily [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786381, Length=615, Percent_Identity=37.5609756097561, Blast_Score=394, Evalue=1e-110,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011708 - InterPro: IPR004013 - InterPro: IPR003141 - InterPro: IPR016195 - InterPro: IPR004805 [H]
Pfam domain/function: PF07733 DNA_pol3_alpha; PF02811 PHP [H]
EC number: =2.7.7.7 [H]
Molecular weight: Translated: 140763; Mature: 140763
Theoretical pI: Translated: 7.83; Mature: 7.83
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.1 %Cys (Translated Protein) 1.5 %Met (Translated Protein) 2.5 %Cys+Met (Translated Protein) 1.1 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 2.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNAKFIHLRVQSSYSLLESTLSTQKILSLAQRYEMPAVALTDKSNLFGSLEFALAAAKEG CCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHH IQAIHGIILNIQYYGQNDSPKYSEILLIAQNKAGYQNLLKLASFPYIKNDRTTINHVTLD HHHHHHEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEHH DLFTYNEGIIVLSGYFYGIIGNLLFEKNFVLAENYAKKFKTIFGNRFYFEINRITSKQIY HHHCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCHHHH AIEKSYVQLAQKLNIPLVATNNILFDEGEKYATHEVLMKICNPNIEIDKFKINNQCYFKS HHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCEEEECC QNEMIETFWDLPQAIKNTVYLAQRISFMLEAKKPLLPKFAKDADEENKLIRQLSEEGLSQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC KLKLQFKNYSTAEFEDKKKIYFDRLNYELSVICSMNFSGYFLIVADFIKWSKENNISVNP EEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHEECCCEEEEEEEECCCCEEEHHHHHHHHCCCCCEEECC RGSGAASVVAWGLGITNLDPIRFGLLFERFLNPERVSMPDFDIDFCQERRGEVINYVRRK CCCCCHHHHEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH YGEGKVGQIITFGKLQAKAVVKDVARALGLGYNYANYITSLIPFNAVRPVTLQEAIDKVN 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EEEEEHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VFKDEGGIRIVATEFKDIETIKNDLDKHLQLTINHEQDLDEVINVITSTNITKGDTEIDM HEECCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEE TLPFFNKKFQVIVTIKLKYSLTIDQLINLNKFIS EECCCCCCEEEEEEEEEEEEEEHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA