| Definition | Helicobacter pylori Shi470, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010698 |
| Length | 1,608,548 |
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The map label for this gene is virB10 [H]
Identifier: 188527635
GI number: 188527635
Start: 832665
End: 838229
Strand: Direct
Name: virB10 [H]
Synonym: HPSH_04285
Alternate gene names: 188527635
Gene position: 832665-838229 (Clockwise)
Preceding gene: 188527634
Following gene: 188527636
Centisome position: 51.77
GC content: 36.57
Gene sequence:
>5565_bases ATGAATGAAGAAAACGATAAACTTGAAACTTCTAAAAAAACCCAACAACATTCACCCCAAGATTTATCCAATGAAGAAAC AATAAAAGCCAATCACTTTGAAGATTCTTCAAAAGAATCCAAAGAAAGCTCAAATCATCATCTTGACAACTCCACAGAAA CTAAAACCAATTTTGATGAATACAAGTCAGAAGAAACCCAAACTCAAATGGATTCTGGAGGTAATGAAACTTCAGAATCT AGCAATCTAGCAGACAAGTTATTCAAAAAAGCCAGAAAATTAGTTGATAATAAAAGACCTTTCACTCAGCAAAAGAATTT AGATGAAGAAATCCAAGAACCGAACGAAGAAGACGATCAAGAAAATAATGGGTATCAAGAAGAAATTCAAATGGATTTAA TTGATGATGAAACTTCTAAAAAAACCCAACAACATTCACCCCAAGATCTATCCAATGAAGAAACAATAAAAGCCAATCAC TTTGAAGATTCTTCAGAAGAATCCAAAGAAAACTCAGATCATCATCTTGACAACTCCACAGAAACTAAAACCAATTTTGA TGGAGAAAAGTCAGAAGAAACCCAAACTCAAATGGATTCTGGAGGTAATGAAACTTCAGAATCTAGCAATCTAGCAGACA AGTTATTCAAAAAAGCCAGAAAATTAGTTGATAATAAAAGACCTTTCACTCAGCAAAAGAATTTAGATGAAGAAATCCAA GAACCGAACGAAGAAGACGATCAAGAAAATAATGGGTATCAAGAAGAAATTCAAATGGATTTAATTGATGATGAAACTTC TAAAAAAACCCAACAACATTCACCCCAAGATCTATCCAATGAAGAAACAATAAAAGCCAATCACTTTGAAGATTCTTCAA AAGAATCCAAAGAAAACTCAGATCATCATCTTGACAACTCCACAGAAACTAAAACCAATTTTGATGGAGAAAAGTCAGAA 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Upstream 100 bases:
>100_bases ATCCATTGACAAAAAATTACAATATCAAAAACTATGGTGAATTGGAGCGTGTGATTAAAAAGCTCCCTCTTGTCAGAGAT AAATAAAAAGGCGTTAAGAC
Downstream 100 bases:
>100_bases TTCAAAAGAAAGGATAAAATATATCTACGTTACCAAACTTGGTTCTTTACAAAATAAAAGACAAAACCAACAACAGGCTC TTCTAGAGGATGTAGTGGCG
Product: cag pathogenicity island protein (cagY, cag7)
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1854; Mature: 1854
Protein sequence:
>1854_residues MNEENDKLETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKESSNHHLDNSTETKTNFDEYKSEETQTQMDSGGNETSES SNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQEPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANH FEDSSEESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSEETQTQMDSGGNETSESSNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQ EPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSE EITNDSNDQEIIKGSKKKYIIGGIVVAVLIVIILFSRSIFHYFIPLEDKSSRFSKDRNLYVNDEIQIRQEYNRLLKERNE KGNMIDKNLFFNDDPNRTLYNYLNIAEIEDKNPLRAFYECISNGGNYEECLKLIKDKKLQDQMKKTLEAYNDCIKNAKTE EERIKCLDLIKDENLKKSLLNQQKVQVALDCLKNAKTDEERNECLKLINDPEIREKFRKELELQKELQEYKDCIKNAKTE AEKNECLKGLSKEAIERLKQQALDCLKNAKTDEERKKCLKNIPQDLQKELLADMSVKAYKDCVSKARNEKEKKECEKLLT PEAKKKLEQQVLDCLKNAKTDEERKKCLKDLPKDLQSDILAKESVKAYKDCVSQARTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEA KESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEARKLLEQQALDC LKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEAKESLKAYKDCVSQAR TEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEAKESVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEA EKKECEKLLTPEAKKLLEQQALDCLKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTP EAKKLLEEAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARKLLEEAKKSVKAYLDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARK LLEEAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKKSVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLA KQALSCLEKARNEEERKACLKNIPKDLQKNVLAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKNSVKAYL DCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLAKELQQKDKAIKDCLKNADPNDRAAIMKCLDGLSDEEKLKYLQEAREKAVLDC LKTAKTDEEKRKCQNLYSDLIQEIQNKRAQSKQNQLSKTERLHQASECLDNLDDPTDQEAIEQCLEGLSDSERALILGIK RQADEVDLIYSDLRNRKTFDNMAAKGYPLLPMDFKNGGDIATINATNVDADKIASDNPIYASIEPDITKQYETEKTIKDK NLEAKLAKALGGNKKDDDKEKSKKSTAEARVESNKIDKDVAETAKNISEIALKNKKEKSGEFVDENGNPIDDKKKTEKQD ETSPVKQAFIGKSDPTFVLAQYTPIEITLTSKVDATLTGIVSGVVAKDVWNMNGTMILLDKGTKVYGNYQSVKGGTPIMT RLMIVFTKAITPDGVIIPLANAQAAGMLGEAGVDGYVNNHFMKRIGFAVVASVVNSFLQTAPIIALDKLIGLGKGRSERT PEFNYALGQAINGSMQSSAQMSNQILGQLMNIPPSFYKNEGDSIKILTMDDIDFSGVYDVKITNKSVVDEIIKQSTKTLS REHEEITTSPKGGN
Sequences:
>Translated_1854_residues MNEENDKLETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKESSNHHLDNSTETKTNFDEYKSEETQTQMDSGGNETSES SNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQEPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANH FEDSSEESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSEETQTQMDSGGNETSESSNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQ EPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSE EITNDSNDQEIIKGSKKKYIIGGIVVAVLIVIILFSRSIFHYFIPLEDKSSRFSKDRNLYVNDEIQIRQEYNRLLKERNE KGNMIDKNLFFNDDPNRTLYNYLNIAEIEDKNPLRAFYECISNGGNYEECLKLIKDKKLQDQMKKTLEAYNDCIKNAKTE EERIKCLDLIKDENLKKSLLNQQKVQVALDCLKNAKTDEERNECLKLINDPEIREKFRKELELQKELQEYKDCIKNAKTE AEKNECLKGLSKEAIERLKQQALDCLKNAKTDEERKKCLKNIPQDLQKELLADMSVKAYKDCVSKARNEKEKKECEKLLT PEAKKKLEQQVLDCLKNAKTDEERKKCLKDLPKDLQSDILAKESVKAYKDCVSQARTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEA KESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEARKLLEQQALDC LKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEAKESLKAYKDCVSQAR TEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEAKESVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEA EKKECEKLLTPEAKKLLEQQALDCLKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTP EAKKLLEEAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARKLLEEAKKSVKAYLDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARK LLEEAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKKSVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLA KQALSCLEKARNEEERKACLKNIPKDLQKNVLAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKNSVKAYL DCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLAKELQQKDKAIKDCLKNADPNDRAAIMKCLDGLSDEEKLKYLQEAREKAVLDC LKTAKTDEEKRKCQNLYSDLIQEIQNKRAQSKQNQLSKTERLHQASECLDNLDDPTDQEAIEQCLEGLSDSERALILGIK RQADEVDLIYSDLRNRKTFDNMAAKGYPLLPMDFKNGGDIATINATNVDADKIASDNPIYASIEPDITKQYETEKTIKDK NLEAKLAKALGGNKKDDDKEKSKKSTAEARVESNKIDKDVAETAKNISEIALKNKKEKSGEFVDENGNPIDDKKKTEKQD ETSPVKQAFIGKSDPTFVLAQYTPIEITLTSKVDATLTGIVSGVVAKDVWNMNGTMILLDKGTKVYGNYQSVKGGTPIMT RLMIVFTKAITPDGVIIPLANAQAAGMLGEAGVDGYVNNHFMKRIGFAVVASVVNSFLQTAPIIALDKLIGLGKGRSERT PEFNYALGQAINGSMQSSAQMSNQILGQLMNIPPSFYKNEGDSIKILTMDDIDFSGVYDVKITNKSVVDEIIKQSTKTLS REHEEITTSPKGGN >Mature_1854_residues MNEENDKLETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKESSNHHLDNSTETKTNFDEYKSEETQTQMDSGGNETSES SNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQEPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANH FEDSSEESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSEETQTQMDSGGNETSESSNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQ EPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKENSDHHLDNSTETKTNFDGEKSE EITNDSNDQEIIKGSKKKYIIGGIVVAVLIVIILFSRSIFHYFIPLEDKSSRFSKDRNLYVNDEIQIRQEYNRLLKERNE KGNMIDKNLFFNDDPNRTLYNYLNIAEIEDKNPLRAFYECISNGGNYEECLKLIKDKKLQDQMKKTLEAYNDCIKNAKTE EERIKCLDLIKDENLKKSLLNQQKVQVALDCLKNAKTDEERNECLKLINDPEIREKFRKELELQKELQEYKDCIKNAKTE AEKNECLKGLSKEAIERLKQQALDCLKNAKTDEERKKCLKNIPQDLQKELLADMSVKAYKDCVSKARNEKEKKECEKLLT PEAKKKLEQQVLDCLKNAKTDEERKKCLKDLPKDLQSDILAKESVKAYKDCVSQARTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEA KESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEARKLLEQQALDC LKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESVKAYLDCVSQAKTEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEAKESLKAYKDCVSQAR TEAEKKECEKLLTPEAKKLLEEEAKESVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKKLEEAKKSVKAYLDCVSQAKTEA EKKECEKLLTPEAKKLLEQQALDCLKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTP EAKKLLEEAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARKLLEEAKKSVKAYLDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARK LLEEAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKKSVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLA KQALSCLEKARNEEERKACLKNIPKDLQKNVLAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKNSVKAYL DCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLAKELQQKDKAIKDCLKNADPNDRAAIMKCLDGLSDEEKLKYLQEAREKAVLDC LKTAKTDEEKRKCQNLYSDLIQEIQNKRAQSKQNQLSKTERLHQASECLDNLDDPTDQEAIEQCLEGLSDSERALILGIK RQADEVDLIYSDLRNRKTFDNMAAKGYPLLPMDFKNGGDIATINATNVDADKIASDNPIYASIEPDITKQYETEKTIKDK NLEAKLAKALGGNKKDDDKEKSKKSTAEARVESNKIDKDVAETAKNISEIALKNKKEKSGEFVDENGNPIDDKKKTEKQD ETSPVKQAFIGKSDPTFVLAQYTPIEITLTSKVDATLTGIVSGVVAKDVWNMNGTMILLDKGTKVYGNYQSVKGGTPIMT RLMIVFTKAITPDGVIIPLANAQAAGMLGEAGVDGYVNNHFMKRIGFAVVASVVNSFLQTAPIIALDKLIGLGKGRSERT PEFNYALGQAINGSMQSSAQMSNQILGQLMNIPPSFYKNEGDSIKILTMDDIDFSGVYDVKITNKSVVDEIIKQSTKTLS REHEEITTSPKGGN
Specific function: The virB system could be required for the establishment of the replication niche in the host [H]
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Single-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the trbI/virB10 family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005498 [H]
Pfam domain/function: PF03743 TrbI [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 211414; Mature: 211414
Theoretical pI: Translated: 5.57; Mature: 5.57
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
2.9 %Cys (Translated Protein) 1.1 %Met (Translated Protein) 4.0 %Cys+Met (Translated Protein) 2.9 %Cys (Mature Protein) 1.1 %Met (Mature Protein) 4.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNEENDKLETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKESSNHHLDNSTETKTNFDE CCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHH YKSEETQTQMDSGGNETSESSNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQEPNEEDDQ HHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCCCHHHHHCCCCCCCC ENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSEESKENSDHHLDNST CCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCC ETKTNFDGEKSEETQTQMDSGGNETSESSNLADKLFKKARKLVDNKRPFTQQKNLDEEIQ CCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCCCHHHHH EPNEEDDQENNGYQEEIQMDLIDDETSKKTQQHSPQDLSNEETIKANHFEDSSKESKENS CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCHHHCCCC DHHLDNSTETKTNFDGEKSEEITNDSNDQEIIKGSKKKYIIGGIVVAVLIVIILFSRSIF CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HYFIPLEDKSSRFSKDRNLYVNDEIQIRQEYNRLLKERNEKGNMIDKNLFFNDDPNRTLY HHHCCCCCCHHHHCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHH NYLNIAEIEDKNPLRAFYECISNGGNYEECLKLIKDKKLQDQMKKTLEAYNDCIKNAKTE 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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EKKECEKLLTPEAKKLLEQQALDCLKNAKTEAEKKRCVKDLPKDLQKKVLAKESLKAYKD HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH CVSRARNEKEKKECEKLLTPEAKKLLEEAKESLKAYKDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEA HHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHH RKLLEEAKKSVKAYLDCVSRARNEKEKKECEKLLTPEARKLLEEAKESLKAYKDCLSQAR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC NEEERKACEKLLTPEARKLLEQEVKKSVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLA CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHH KQALSCLEKARNEEERKACLKNIPKDLQKNVLAKESLKAYKDCLSQARNEEERKACEKLL HHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHC TPEARKLLEQEVKNSVKAYLDCVSRARNEKEKQECEKLLTPEARKFLAKELQQKDKAIKD CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH CLKNADPNDRAAIMKCLDGLSDEEKLKYLQEAREKAVLDCLKTAKTDEEKRKCQNLYSDL HHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH IQEIQNKRAQSKQNQLSKTERLHQASECLDNLDDPTDQEAIEQCLEGLSDSERALILGIK 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