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The map label for this gene is yddU [C]

Identifier: 172087637

GI number: 172087637

Start: 104345

End: 106810

Strand: Reverse

Name: yddU [C]

Synonym: VF_0091

Alternate gene names: 172087637

Gene position: 106810-104345 (Counterclockwise)

Preceding gene: 172087639

Following gene: 59710696

Centisome position: 3.69

GC content: 37.96

Gene sequence:

>2466_bases
ATGACAGTGGTACTTAACAGCCAAGCAAGCATTTATAGAGATATGATCAGTCACATCAGTGAAAAGTTATTAGATTCTTC
CTCTCGCAGTATTGATGCAGCTCTTTACCATCAATTAGAAGACCCATTAAATGCAAATATCAATATGCGCAATACGATTG
AGCGTAATGAGCTTTATTTGCCAGAAAACGCTAAAAAACTACAGCGTTACCTAAATCAAAACTTAAAAAAAGAAGTCAGT
ACACTTAAACAAGTCGATATCATTGGCTATGGCAATAAAAAAGGTGATTACATTGGCTTTAGAAAAAATAAAAATAACGG
TACTACCCATTTACTTCTAAAAGAGCAGAACAGCCACTTATATATTTATCAAGGCGATAATTTACAATCACCAGTACTTA
ACATCATAAAAAACTATGATCCAAGAACTCGTCCTTGGTATCAAAAGTCACTCGAAGATCCGAAAGCTCGATGGAGTGAT
ATTTACTCAAACGTAGAAGAAAATGAGTCCTCTCTGCTCTCTGCAATATCTCCGGTTTATAATAAAAATAAAGAACTTGA
AGGCGTTATTACAACAGATGTTTTACTTACGTCATTCAATAAATTTTTAGACAAAGAAGCCGATGAAATCAACGGTAATA
TCTCTATTGTTGATAGCAATGGGACCGTCTGGCTACATTCAGATCATAATCCTAATGCACCAATGCATCATGATATCTCA
CGCATAGACAGCATTGAAAATCCAATCGTTAAAGAGACGATTCTATATATTGAAAAAGTAGGATTTGATAAGGCATTACA
AGAAAAAATAATCTCACTAAATATTGATGGTCAAAAGCACTTTATGATGATCAGCCCTTTCCGGAAACGTATTCCTGTTG
AAGGCTATATCATTGCATCAATACCAGAATCAACTCTACTTGGGGCATTGCCACAGCGACGACAGTTCACCATTATTATT
ACGGTTATCGCCTGCCTTATCGCTTTTGTGCTTGCGGTTTATGTTATTCGAAAATTAATAAAGCCGATTATTGATACCGC
CAATTCAGCAAAGGAGCTAGCTCAAGGTAATTGGGATACGCCTTTGCCAATTAATTGCACAACTCAAGAAGTCATGGTTC
TAACCCGTTCGTTTAAATTTATGGCACACAACCTAAAACGATCGTTTCAAGAGTTACAAGATAAAGTAACCTACGACTCA
CTGACTCATTTATACAGTCGAACAGGTCTCGATAACGTTATCTCTCCTGCTATTACAGATAATTCAGGACTCATCTCTTT
TACCATTAATGGTTTTCGAGACATCAATGACTCTGTTGGACACTTAAGTGGTGACCATCTTCTTGTTGATATTTCAGAGC
GATTAAAAACGCACTATCAAGATCAAAATATAGAAATGGCCCGCATTGGTGGCGCTGAGTTTGCTCTTTTCTTTTATCAT
ATTGATGATATTCAAGAGTTAATTAATTACGCCCAGCAGCTGCAATCTATATTTAATACCCCTATACAATCCGCCTCTGG
TGAGGTTGTTATCCAATTATCTACGGGATTGGTTTATCAATTAAATAACCACAATGCGATGCACTGGCTACGTTGCGCAA
GTCTGGCTCTTGCTTATGCACAAAGCAAATCAAGCAAACTGGCTGTGTTTGAGCCTTATATGGCCGACATCTCTCAGAAA
AAAACCAAGCTAGCTGCGGAGTTATCGCACGCAATAAAAAATGAAGAGTTACTCCCTTACTATCAACCATTAGTGAATTT
TGAAGACGGTAAAATTCATGGTGCAGAAGCGTTAATTCGTTGGAATTCACCACAACGAGGTATCGTATCACCAAATGAAT
TTATTCCTCTTGCTGAGGATAACGGCATGATAATCAATATTGGTCGTATGGTATTAAGACAAGCGTGCATCGACACTGCA
CAAAAAATTGCATCTGGTGAATGGCCAGACGATTTTGTTATGCATGTTAATGTTTCAACAGAGCAACTGCATGATGGGAA
TAGCTATCAGCGCTTACAAGCCGCATTAACAGAATCAGGTCTTGAGCCTAAAAACTTAAGCTTAGAGATCATTGAGTCTC
GCTTATTGAATAACGATGCCTTTATTATTGAGCTATTAAATAAGGTTCGAGCGCTTGGGGTTCATATTGCAATTGATGAC
TTTGGCACAGGCTACTCATCACTGTCTTACTTGCACACTCTGCCTTTTGACTGCTTAAAGATAGATCGCTCGTTTGTAAA
AAATCTAACTCGAGATAATGCAGAAACATCGATTGTTAACGCTATCATTCACATGGCAAAAGGGTTTAACGTTTCGATTG
TTGTTGAAGGGGTTGAGACAAAAGAGCAAGCAGAAATATTGGACTCTTTAGGTTGTGATATTGCACAAGGCTACCTATAC
AGCAAGCCGTTACCAATTGAACAATGGGGAGAGTTGTCACACCTGATTCATCGTTCTCAGGCGTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATTAAGTGTGATTCTGGTCGCTATTTTTATGTCATGTAAAAACAACATATCTCTAAAGTTTGCCATTACCATCCCATTTA
TGATCATTTTTACTTTGATC

Downstream 100 bases:

>100_bases
CAAAAAATAAGTGCGATTACTTAATTAGCTCTACCGCTTCTTTTGCTAATAACGTGACTTTATTCCAATCTTTTGCTGCT
ACTGCATCTTTTGGTAGCAT

Product: GGDEF domain-containing protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 821; Mature: 820

Protein sequence:

>821_residues
MTVVLNSQASIYRDMISHISEKLLDSSSRSIDAALYHQLEDPLNANINMRNTIERNELYLPENAKKLQRYLNQNLKKEVS
TLKQVDIIGYGNKKGDYIGFRKNKNNGTTHLLLKEQNSHLYIYQGDNLQSPVLNIIKNYDPRTRPWYQKSLEDPKARWSD
IYSNVEENESSLLSAISPVYNKNKELEGVITTDVLLTSFNKFLDKEADEINGNISIVDSNGTVWLHSDHNPNAPMHHDIS
RIDSIENPIVKETILYIEKVGFDKALQEKIISLNIDGQKHFMMISPFRKRIPVEGYIIASIPESTLLGALPQRRQFTIII
TVIACLIAFVLAVYVIRKLIKPIIDTANSAKELAQGNWDTPLPINCTTQEVMVLTRSFKFMAHNLKRSFQELQDKVTYDS
LTHLYSRTGLDNVISPAITDNSGLISFTINGFRDINDSVGHLSGDHLLVDISERLKTHYQDQNIEMARIGGAEFALFFYH
IDDIQELINYAQQLQSIFNTPIQSASGEVVIQLSTGLVYQLNNHNAMHWLRCASLALAYAQSKSSKLAVFEPYMADISQK
KTKLAAELSHAIKNEELLPYYQPLVNFEDGKIHGAEALIRWNSPQRGIVSPNEFIPLAEDNGMIINIGRMVLRQACIDTA
QKIASGEWPDDFVMHVNVSTEQLHDGNSYQRLQAALTESGLEPKNLSLEIIESRLLNNDAFIIELLNKVRALGVHIAIDD
FGTGYSSLSYLHTLPFDCLKIDRSFVKNLTRDNAETSIVNAIIHMAKGFNVSIVVEGVETKEQAEILDSLGCDIAQGYLY
SKPLPIEQWGELSHLIHRSQA

Sequences:

>Translated_821_residues
MTVVLNSQASIYRDMISHISEKLLDSSSRSIDAALYHQLEDPLNANINMRNTIERNELYLPENAKKLQRYLNQNLKKEVS
TLKQVDIIGYGNKKGDYIGFRKNKNNGTTHLLLKEQNSHLYIYQGDNLQSPVLNIIKNYDPRTRPWYQKSLEDPKARWSD
IYSNVEENESSLLSAISPVYNKNKELEGVITTDVLLTSFNKFLDKEADEINGNISIVDSNGTVWLHSDHNPNAPMHHDIS
RIDSIENPIVKETILYIEKVGFDKALQEKIISLNIDGQKHFMMISPFRKRIPVEGYIIASIPESTLLGALPQRRQFTIII
TVIACLIAFVLAVYVIRKLIKPIIDTANSAKELAQGNWDTPLPINCTTQEVMVLTRSFKFMAHNLKRSFQELQDKVTYDS
LTHLYSRTGLDNVISPAITDNSGLISFTINGFRDINDSVGHLSGDHLLVDISERLKTHYQDQNIEMARIGGAEFALFFYH
IDDIQELINYAQQLQSIFNTPIQSASGEVVIQLSTGLVYQLNNHNAMHWLRCASLALAYAQSKSSKLAVFEPYMADISQK
KTKLAAELSHAIKNEELLPYYQPLVNFEDGKIHGAEALIRWNSPQRGIVSPNEFIPLAEDNGMIINIGRMVLRQACIDTA
QKIASGEWPDDFVMHVNVSTEQLHDGNSYQRLQAALTESGLEPKNLSLEIIESRLLNNDAFIIELLNKVRALGVHIAIDD
FGTGYSSLSYLHTLPFDCLKIDRSFVKNLTRDNAETSIVNAIIHMAKGFNVSIVVEGVETKEQAEILDSLGCDIAQGYLY
SKPLPIEQWGELSHLIHRSQA
>Mature_820_residues
TVVLNSQASIYRDMISHISEKLLDSSSRSIDAALYHQLEDPLNANINMRNTIERNELYLPENAKKLQRYLNQNLKKEVST
LKQVDIIGYGNKKGDYIGFRKNKNNGTTHLLLKEQNSHLYIYQGDNLQSPVLNIIKNYDPRTRPWYQKSLEDPKARWSDI
YSNVEENESSLLSAISPVYNKNKELEGVITTDVLLTSFNKFLDKEADEINGNISIVDSNGTVWLHSDHNPNAPMHHDISR
IDSIENPIVKETILYIEKVGFDKALQEKIISLNIDGQKHFMMISPFRKRIPVEGYIIASIPESTLLGALPQRRQFTIIIT
VIACLIAFVLAVYVIRKLIKPIIDTANSAKELAQGNWDTPLPINCTTQEVMVLTRSFKFMAHNLKRSFQELQDKVTYDSL
THLYSRTGLDNVISPAITDNSGLISFTINGFRDINDSVGHLSGDHLLVDISERLKTHYQDQNIEMARIGGAEFALFFYHI
DDIQELINYAQQLQSIFNTPIQSASGEVVIQLSTGLVYQLNNHNAMHWLRCASLALAYAQSKSSKLAVFEPYMADISQKK
TKLAAELSHAIKNEELLPYYQPLVNFEDGKIHGAEALIRWNSPQRGIVSPNEFIPLAEDNGMIINIGRMVLRQACIDTAQ
KIASGEWPDDFVMHVNVSTEQLHDGNSYQRLQAALTESGLEPKNLSLEIIESRLLNNDAFIIELLNKVRALGVHIAIDDF
GTGYSSLSYLHTLPFDCLKIDRSFVKNLTRDNAETSIVNAIIHMAKGFNVSIVVEGVETKEQAEILDSLGCDIAQGYLYS
KPLPIEQWGELSHLIHRSQA

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 MHYT domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI87081921, Length=457, Percent_Identity=30.4157549234136, Blast_Score=224, Evalue=2e-59,
Organism=Escherichia coli, GI1787541, Length=436, Percent_Identity=30.7339449541284, Blast_Score=216, Evalue=4e-57,
Organism=Escherichia coli, GI226510982, Length=522, Percent_Identity=26.2452107279693, Blast_Score=179, Evalue=7e-46,
Organism=Escherichia coli, GI1787055, Length=254, Percent_Identity=36.2204724409449, Blast_Score=167, Evalue=2e-42,
Organism=Escherichia coli, GI87081845, Length=240, Percent_Identity=39.1666666666667, Blast_Score=164, Evalue=2e-41,
Organism=Escherichia coli, GI1786507, Length=246, Percent_Identity=34.5528455284553, Blast_Score=155, Evalue=1e-38,
Organism=Escherichia coli, GI1790496, Length=248, Percent_Identity=34.6774193548387, Blast_Score=150, Evalue=3e-37,
Organism=Escherichia coli, GI87081743, Length=251, Percent_Identity=36.6533864541833, Blast_Score=145, Evalue=9e-36,
Organism=Escherichia coli, GI1788502, Length=247, Percent_Identity=33.1983805668016, Blast_Score=144, Evalue=3e-35,
Organism=Escherichia coli, GI87081980, Length=248, Percent_Identity=34.6774193548387, Blast_Score=139, Evalue=1e-33,
Organism=Escherichia coli, GI1788849, Length=248, Percent_Identity=30.241935483871, Blast_Score=106, Evalue=6e-24,
Organism=Escherichia coli, GI87082096, Length=249, Percent_Identity=29.3172690763052, Blast_Score=100, Evalue=3e-22,
Organism=Escherichia coli, GI1787410, Length=136, Percent_Identity=27.9411764705882, Blast_Score=68, Evalue=3e-12,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR001054
- InterPro:   IPR000160
- InterPro:   IPR001633
- InterPro:   IPR005330 [H]

Pfam domain/function: PF00563 EAL; PF00990 GGDEF; PF03707 MHYT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 92710; Mature: 92579

Theoretical pI: Translated: 6.05; Mature: 6.05

Prosite motif: PS50885 HAMP ; PS50883 EAL ; PS50887 GGDEF

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
1.8 %Met     (Translated Protein)
2.6 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
1.7 %Met     (Mature Protein)
2.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MTVVLNSQASIYRDMISHISEKLLDSSSRSIDAALYHQLEDPLNANINMRNTIERNELYL
CEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEC
PENAKKLQRYLNQNLKKEVSTLKQVDIIGYGNKKGDYIGFRKNKNNGTTHLLLKEQNSHL
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCEE
YIYQGDNLQSPVLNIIKNYDPRTRPWYQKSLEDPKARWSDIYSNVEENESSLLSAISPVY
EEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH
NKNKELEGVITTDVLLTSFNKFLDKEADEINGNISIVDSNGTVWLHSDHNPNAPMHHDIS
CCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEEEEECCCEEEEECCCCCCCCCCHHHH
RIDSIENPIVKETILYIEKVGFDKALQEKIISLNIDGQKHFMMISPFRKRIPVEGYIIAS
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHEEEEECCCEEEEEECCHHHCCCCCCEEEEE
IPESTLLGALPQRRQFTIIITVIACLIAFVLAVYVIRKLIKPIIDTANSAKELAQGNWDT
CCCHHHHHCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCC
PLPINCTTQEVMVLTRSFKFMAHNLKRSFQELQDKVTYDSLTHLYSRTGLDNVISPAITD
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEEC
NSGLISFTINGFRDINDSVGHLSGDHLLVDISERLKTHYQDQNIEMARIGGAEFALFFYH
CCCEEEEEECCCCCCCCHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCEEEEEEEE
IDDIQELINYAQQLQSIFNTPIQSASGEVVIQLSTGLVYQLNNHNAMHWLRCASLALAYA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHH
QSKSSKLAVFEPYMADISQKKTKLAAELSHAIKNEELLPYYQPLVNFEDGKIHGAEALIR
HCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCEECCEEEEE
WNSPQRGIVSPNEFIPLAEDNGMIINIGRMVLRQACIDTAQKIASGEWPDDFVMHVNVST
ECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCH
EQLHDGNSYQRLQAALTESGLEPKNLSLEIIESRLLNNDAFIIELLNKVRALGVHIAIDD
HHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEC
FGTGYSSLSYLHTLPFDCLKIDRSFVKNLTRDNAETSIVNAIIHMAKGFNVSIVVEGVET
CCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCC
KEQAEILDSLGCDIAQGYLYSKPLPIEQWGELSHLIHRSQA
HHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC
>Mature Secondary Structure 
TVVLNSQASIYRDMISHISEKLLDSSSRSIDAALYHQLEDPLNANINMRNTIERNELYL
EEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEC
PENAKKLQRYLNQNLKKEVSTLKQVDIIGYGNKKGDYIGFRKNKNNGTTHLLLKEQNSHL
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCEE
YIYQGDNLQSPVLNIIKNYDPRTRPWYQKSLEDPKARWSDIYSNVEENESSLLSAISPVY
EEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH
NKNKELEGVITTDVLLTSFNKFLDKEADEINGNISIVDSNGTVWLHSDHNPNAPMHHDIS
CCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEEEEECCCEEEEECCCCCCCCCCHHHH
RIDSIENPIVKETILYIEKVGFDKALQEKIISLNIDGQKHFMMISPFRKRIPVEGYIIAS
HHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHEEEEECCCEEEEEECCHHHCCCCCCEEEEE
IPESTLLGALPQRRQFTIIITVIACLIAFVLAVYVIRKLIKPIIDTANSAKELAQGNWDT
CCCHHHHHCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCC
PLPINCTTQEVMVLTRSFKFMAHNLKRSFQELQDKVTYDSLTHLYSRTGLDNVISPAITD
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCEEC
NSGLISFTINGFRDINDSVGHLSGDHLLVDISERLKTHYQDQNIEMARIGGAEFALFFYH
CCCEEEEEECCCCCCCCHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCEEEEEEEE
IDDIQELINYAQQLQSIFNTPIQSASGEVVIQLSTGLVYQLNNHNAMHWLRCASLALAYA
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHH
QSKSSKLAVFEPYMADISQKKTKLAAELSHAIKNEELLPYYQPLVNFEDGKIHGAEALIR
HCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCEECCEEEEE
WNSPQRGIVSPNEFIPLAEDNGMIINIGRMVLRQACIDTAQKIASGEWPDDFVMHVNVST
ECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCH
EQLHDGNSYQRLQAALTESGLEPKNLSLEIIESRLLNNDAFIIELLNKVRALGVHIAIDD
HHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEC
FGTGYSSLSYLHTLPFDCLKIDRSFVKNLTRDNAETSIVNAIIHMAKGFNVSIVVEGVET
CCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCC
KEQAEILDSLGCDIAQGYLYSKPLPIEQWGELSHLIHRSQA
HHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 10984043 [H]