| Definition | Clostridium botulinum B1 str. Okra, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010516 |
| Length | 3,958,233 |
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The map label for this gene is yomI [H]
Identifier: 170756002
GI number: 170756002
Start: 2683232
End: 2688592
Strand: Reverse
Name: yomI [H]
Synonym: CLD_2068
Alternate gene names: 170756002
Gene position: 2688592-2683232 (Counterclockwise)
Preceding gene: 170756681
Following gene: 170754970
Centisome position: 67.92
GC content: 33.63
Gene sequence:
>5361_bases ATGGCAGAGGATGTAGGAAGTTTAGTAGTGCGTGTCGCTATGGATAAGGCTAACTTTGAAGAAGGCATACAAAACCTTAA TAGATCTATGAGATTAGCACAGAGTGAATTTAAAAATGCAACTTCAGGGTTAAAGGATCATGGACAAGGGTTAGATGGAC TTAAATCTAAGCAAGAAATGTTATCAAAAAGTATTGAATTACAAGCTGAAAAAGTAGCAAAATATAAAGCTAAAATAACA GAAAGTGAAAAAACATTAGAAGACAATAGTAAAGCACATGAGAAATTAAAAGAAAAGGTAGACAATGCAAAAAAAGCCTG GGAAGATTCTGAGAAGAGCTTGGGTAAAAATGCAGAAGAAACCAAAAAACTTAAAGCAGAATATGAAAAACTTGATAAAC AGTATGCTGATAGTGAAGAGAAAATAAGAAACAACGTACGAGCGATAGAAAATTGGAATGTTAAGGCCAATAATGCTGAA GCTAAATTAAAAGAAATGAAAAGTTCACTTTCTAGTGTAAGTAAAGAAATAGATAAACAAGAAAATTCATGGAATAAAAT TTCAAAAAAACTCGATTCTGCAGGGAATAAATTTAAAACTGCAGGAAAGAAAATGGAATCTGTAGGTAAGGGTATAACTA CAAAAGTATCGGCACCTTTAGCTGGATTAGGAGCAATAGCAGTAAAGACGACAGCTGACTATGATGACAGCATGAGTCAA TTAAAAGCTATAACCAATTCTAGTACAGAAGATATGAAAAAGCTGAGTGACCAAGCCAAGGATCTGGGTGTAAAAACTAG ATATAGTGCAAAGGAAGCATCAGATAGCATGGTCATGTTAGGACAAGCCGGTTATAGAACAACAGAAATCATGAATACTA TGCCTGCAGTTCTTAATTTAGCACAAGCAGGAGCAATAGACCTAACACAAAGTACAGATGTATTAGTATCATCTATGAGC 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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases GGAGGGAGTATTAGAGTTGCAAAAATTAATATATAGAAATTCTAAAGGACAAGAAGTAACTTTAAGTAACTCTCGTCCTT TTATTTTGGAATCAGTAGGA
Product: phage related protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1786; Mature: 1785
Protein sequence:
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Sequences:
>Translated_1786_residues MAEDVGSLVVRVAMDKANFEEGIQNLNRSMRLAQSEFKNATSGLKDHGQGLDGLKSKQEMLSKSIELQAEKVAKYKAKIT ESEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEETKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIENWNVKANNAE AKLKEMKSSLSSVSKEIDKQENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESVGKGITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQ LKAITNSSTEDMKKLSDQAKDLGVKTRYSAKEASDSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNLAQAGAIDLTQSTDVLVSSMS QFGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSMANTAGWSIEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLV KPSEASAEKMEALGIKVFDNNGKMKSLGEVIDEVKKGTSELTEEQKMNTLVTIFGQEAIAGINALMNEGGDSVRKYADEL KKSDGSAAKAAQTMEDNIGGAFRSLKSAMEGAAISIGSAAAPAIREITDKITELTRKFSNLSPEMQKGIVKFGAFAIVTG PVIVGIGKLATGFGSILSVGSKVAGIMGKVTLATKGAEVASATAGATMATTGTKAGLLSTAFSGVKGAGGLAASGVVKLA GALGMSVPVLGIAALGVGAVGFGAYKLHQNLKQDAVPAVDLFDKKLKTTKTTVDQYGHKTTVATTKLVNFTKETKKAVGA YMEINKKASSALTSLVVNSDKFTKQAKDKVLKNFTDMSKKSSKLSNEQKNTMTTNFKKLVTDTGVLTKKNKDEIIKQYST MVNGTKGLTKKQKDQTIKDFADTLNKSTAITKQQSDDLQKIYKDMGDKIKVGLDKKKTDELKSQQEFFSRSNVLTTTEEA KILQTTATSWENKKKTIDGLQSQINSIIKNAADNHRQITEDEAKTIDGLQKQMKENAVKTLSTSEVEQKAILERLKSYNG RITAEQASDTIKNAEKQRQGAVDKANKQYDGTVKQIIRMRDESKVITADQADKMIKEAERQRKETINKANDQKNQVVSKI KGMNSDITNSVDTSTGKILSKWDKLKQWWANWQPDSKQFSYTLRGSEREAVQKGGKAYATGTTNATRGWNLVGEEGPELL WFDGGETVLNNRDTMNLFNKLDNKIGYNTAKEWGANLSQGLADGISSTRGLVHDSILETANGINFKTRKALGINSPSLVM QELGKFSSEGLALGILENKDKVESAANLAAQIIKDVTENKLDDIQVKTNTDDKEIKDRVARQLNWGVYNKDEYQRYLNFV DKLNKEEVEKSKEFLKEDYENRVKSLDDRLRILKNENSIELQTEKARVDQEIAYYQNLQRNTTDKSAKKNYANQIAALRQ YQKQVLNTTKANQKVQVDSLERSKKALEEYYKDGLNLLDKREKEVKKSLKIEENAFKDLMTTYNTAIKSLKVKTGDLVKD LENQEAIVVVQSKRIEDLRKRYEDLAYTLGITASETVKAREEFENARVELENMANAVKDAAKNLEDYIDKFQQDIVNALK QRYEDELKLQEESINTQIQNLEKWKDESIKRIDDVYDAKIKAIEEQLEEEEKADKDAEEMKKINSLKSAIDFEHNQFNKA EMQQELNNLLKEREKRLHKEQLEEQKKKLEKEKEDKLQNINSIYESNKKSLEKQLEDYRSFCEKRTQDAVLQAQAEKMIM DNNQKEIVELLHSYSKEYEYAGQTLGQKLVDGFSPKIQEIKDMIASITAEINEAKQKALDLSRSGVTTNNNSVTNNRNNT FNVYASNNNGGRSIESELRSLTFSMA >Mature_1785_residues AEDVGSLVVRVAMDKANFEEGIQNLNRSMRLAQSEFKNATSGLKDHGQGLDGLKSKQEMLSKSIELQAEKVAKYKAKITE SEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEETKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIENWNVKANNAEA KLKEMKSSLSSVSKEIDKQENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESVGKGITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQL KAITNSSTEDMKKLSDQAKDLGVKTRYSAKEASDSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNLAQAGAIDLTQSTDVLVSSMSQ FGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSMANTAGWSIEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLVK PSEASAEKMEALGIKVFDNNGKMKSLGEVIDEVKKGTSELTEEQKMNTLVTIFGQEAIAGINALMNEGGDSVRKYADELK KSDGSAAKAAQTMEDNIGGAFRSLKSAMEGAAISIGSAAAPAIREITDKITELTRKFSNLSPEMQKGIVKFGAFAIVTGP VIVGIGKLATGFGSILSVGSKVAGIMGKVTLATKGAEVASATAGATMATTGTKAGLLSTAFSGVKGAGGLAASGVVKLAG ALGMSVPVLGIAALGVGAVGFGAYKLHQNLKQDAVPAVDLFDKKLKTTKTTVDQYGHKTTVATTKLVNFTKETKKAVGAY MEINKKASSALTSLVVNSDKFTKQAKDKVLKNFTDMSKKSSKLSNEQKNTMTTNFKKLVTDTGVLTKKNKDEIIKQYSTM VNGTKGLTKKQKDQTIKDFADTLNKSTAITKQQSDDLQKIYKDMGDKIKVGLDKKKTDELKSQQEFFSRSNVLTTTEEAK ILQTTATSWENKKKTIDGLQSQINSIIKNAADNHRQITEDEAKTIDGLQKQMKENAVKTLSTSEVEQKAILERLKSYNGR ITAEQASDTIKNAEKQRQGAVDKANKQYDGTVKQIIRMRDESKVITADQADKMIKEAERQRKETINKANDQKNQVVSKIK GMNSDITNSVDTSTGKILSKWDKLKQWWANWQPDSKQFSYTLRGSEREAVQKGGKAYATGTTNATRGWNLVGEEGPELLW FDGGETVLNNRDTMNLFNKLDNKIGYNTAKEWGANLSQGLADGISSTRGLVHDSILETANGINFKTRKALGINSPSLVMQ ELGKFSSEGLALGILENKDKVESAANLAAQIIKDVTENKLDDIQVKTNTDDKEIKDRVARQLNWGVYNKDEYQRYLNFVD KLNKEEVEKSKEFLKEDYENRVKSLDDRLRILKNENSIELQTEKARVDQEIAYYQNLQRNTTDKSAKKNYANQIAALRQY QKQVLNTTKANQKVQVDSLERSKKALEEYYKDGLNLLDKREKEVKKSLKIEENAFKDLMTTYNTAIKSLKVKTGDLVKDL ENQEAIVVVQSKRIEDLRKRYEDLAYTLGITASETVKAREEFENARVELENMANAVKDAAKNLEDYIDKFQQDIVNALKQ RYEDELKLQEESINTQIQNLEKWKDESIKRIDDVYDAKIKAIEEQLEEEEKADKDAEEMKKINSLKSAIDFEHNQFNKAE MQQELNNLLKEREKRLHKEQLEEQKKKLEKEKEDKLQNINSIYESNKKSLEKQLEDYRSFCEKRTQDAVLQAQAEKMIMD NNQKEIVELLHSYSKEYEYAGQTLGQKLVDGFSPKIQEIKDMIASITAEINEAKQKALDLSRSGVTTNNNSVTNNRNNTF NVYASNNNGGRSIESELRSLTFSMA
Specific function: Unknown
COG id: COG5283
COG function: function code S; Phage-related tail protein
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 10 TPR repeats [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011055 - InterPro: IPR008258 - InterPro: IPR016047 - InterPro: IPR010090 - InterPro: IPR000189 [H]
Pfam domain/function: PF01551 Peptidase_M23; PF10145 PhageMin_Tail; PF01464 SLT [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 197813; Mature: 197681
Theoretical pI: Translated: 9.55; Mature: 9.55
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.1 %Cys (Translated Protein) 2.5 %Met (Translated Protein) 2.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.1 %Cys (Mature Protein) 2.5 %Met (Mature Protein) 2.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAEDVGSLVVRVAMDKANFEEGIQNLNRSMRLAQSEFKNATSGLKDHGQGLDGLKSKQEM CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCHHHHHHHH LSKSIELQAEKVAKYKAKITESEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH TKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIENWNVKANNAEAKLKEMKSSLSSVSKEIDKQ HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESVGKGITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQ CCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCHHCCCCEEEEECCCCHHHHHH LKAITNSSTEDMKKLSDQAKDLGVKTRYSAKEASDSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNL HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHH AQAGAIDLTQSTDVLVSSMSQFGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSM HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC ANTAGWSIEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLVKPSEASAEKMEALGIKVFDN CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCEEEECC NGKMKSLGEVIDEVKKGTSELTEEQKMNTLVTIFGQEAIAGINALMNEGGDSVRKYADEL 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