| Definition | Clostridium botulinum B1 str. Okra, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010516 |
| Length | 3,958,233 |
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The map label for this gene is pip [H]
Identifier: 170755572
GI number: 170755572
Start: 1097926
End: 1100094
Strand: Direct
Name: pip [H]
Synonym: CLD_3574
Alternate gene names: 170755572
Gene position: 1097926-1100094 (Clockwise)
Preceding gene: 170757486
Following gene: 170755338
Centisome position: 27.74
GC content: 27.16
Gene sequence:
>2169_bases ATGAATAGATTTAAAAACATAATTAAGGTATATAAGAGAGATATTAAAAGCTTAAATAAGAATTTTATTGCAATAATCAT AATATTAGGGGTTTGTGTATTACCCTCACTTTATGCTTGGGTCAATATTAAAGCTTGTTGGGATCCTTATGAAAACACAA GTACAGTACCTATAGCTGTAATTAATAATGATAAAGGTACAGATTTTGGAGGTAAAGAGCTCAATGTAGGAAATGAGATG GTGAAAAAACTTAAGAGTAATGATAAAATTGGATGGAAGTTTACTAATAAAAAGGAAGCGGATATGGGTGTTATAGATGG TACATATTATGCCAGTATAGAAATACCAAAGGATTTTTCAGCAGATATAGTTAGTGTTTTATCAGATAATCCTAAACATC CAGAAATAATTTACAAAGTTGATACAAAAGAAAATCCTGTTGCAGCGAAAATAACTGGAATGGCTAAAAATACACTAATA AATGAGATAACTACTACTTTTATTACTACTGTAAATAAAACTGTATTTTCTTCTATAAATGAAATAGGTAGAAATCTTGA AAAAAATAAGAATGAAATAATAAATCTTAAAGAATCTATTATTTCAATGAATCGAAACATGGATTTAATTTTAGCAGGAT TGGAAAGCGTAAATACTAATTCTAAAAATCTAAATGAATATTTAAGTGTAGTTAGAACTACTTTCCCAGAAATAACCAAG GGGTTAGAAAATATTAATTCTAAATCCTCAAATACAAATGAAACAATAAATCAAACTAATAATATATTTAATAATTCCTT AAATAATATAAATGTTATATTAAAGCAGGCTATATCTACTAATAATCGTGTTCAATCAGTATTGGATAATTTAATAGTTT TAAATAATGAATCTTCAAGTAACGAAGCAAATAGCTCTATAGCAAATTTAATTATGGATATAGATAGTGCAAATAAAAAT ATTGATTCTATGATAGAATTCCTTGAAAAAATAAATAACACAAAGCCAAATACTGAAGTGTCAAAATTTATAGTATCCCT TAATAATGTTAAAGGAGCTTTAAATGAAGAAAAACAAAAATTATTAAAGATACAAGAAATTGCTTCAAATTCTAGTAAAG TAAATGAAAATTCAATAAATGAATTAAAAAGAAACATATCTAATACAAATAAGCAAATTGAAAGTGTAATGAATGTTTTT AATTCAAATACAAGACAGGAATTAAGCACTATAATTAATAATTTTAAAAATTCTATTCAAGATGCTAGTAAACTTATAAA GGCAGGTAATGGATTAAATACACAAATAGAAAATTTATTAGCAACATCTACAAAGGGAGCTGATTTATCAGCAAAGCTAA GTAAAGAATTAATTGATAAGTTAACAGAATATAAAGGGATAATAGGTCAACTAAGTAAAAAATTAGAGCTGGTTAGTAAT GATGATTTAATACAAATAATAAGTATACTTCAAAATAATCCTATGTTAATGTCGCAAACCGCAGCATATCCTTTTAATAT TAAGGAAGAAGCAGTATATGATATACCTAATTATGGTTCTGCAATGACTCCAGTGTATAGTGTATTAGCTCTTTGGGTTG GAACTTTAATACTGGTATCTTTGTTAAAAACAGAGGTGGTAGATTTTGAAGGTAGTGAGAATATAACTATAAGACAAAAA TACTTTGGTAAAATGCTTACATTTATAACTTTAGCTGCTATGCAAGGGTTTATAGTAGCTGTGGGAAATAAGGCTATACT AGGAGTTTATACAGTTAGTTTTCCTCTTATGATTGCGTTTTCTGTAGTGTCATCTATTACATTTGCTATAATAACTTATA CTTTAGTAGCTATATTTGGTAAGTTTGGTAATGCCCTAGCAATAGTATTTATGATAATACAACTAGCAGGTAGTGGTGGA ACTTATCCAATACAGGTGGATCCATTAATATTTAGAATACTGCAACCATTTTTCCCATTTACCTATAGTATAGGGGGTTT TAGAGAGGCAATAGGAGGACCCCTTGTATCTAGTGTAATAGTAGATTTTATAATGCTTATATTAATGGGAAGCATATTTG TTTTAATAGGATTTTTCTTAAAATCTCCATTACATCATAAAATTAGTAAGTTTGACGAAGACTTTAAGGCTTCAGGAATA TCAGAATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TCCGTTTCACGTTTGTTTATGACTTAAATATAAAATTTGTTAGTTATGATATATTCATCTACTTTGGTTTTTATAAAGAA TTAGGAGGAAATAATTTGGA
Downstream 100 bases:
>100_bases ATATAGAAAATAAAGAGGTGAGGCATATGAAAAAGGCATTTAGAATATTTTCAAGAGATTTAAAAAATATAGTTAAACAT CCTGCAGCAATTATAGTAGT
Product: putative phage infection protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 722; Mature: 722
Protein sequence:
>722_residues MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAVINNDKGTDFGGKELNVGNEM VKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFSADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLI NEITTTFITTVNKTVFSSINEIGRNLEKNKNEIINLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITK GLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSSNEANSSIANLIMDIDSANKN IDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQKLLKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVF NSNTRQELSTIINNFKNSIQDASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSN DDLIQIISILQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYDIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVSLLKTEVVDFEGSENITIRQK YFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMIAFSVVSSITFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMIIQLAGSGG TYPIQVDPLIFRILQPFFPFTYSIGGFREAIGGPLVSSVIVDFIMLILMGSIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGI SE
Sequences:
>Translated_722_residues MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAVINNDKGTDFGGKELNVGNEM VKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFSADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLI NEITTTFITTVNKTVFSSINEIGRNLEKNKNEIINLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITK GLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSSNEANSSIANLIMDIDSANKN IDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQKLLKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVF NSNTRQELSTIINNFKNSIQDASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSN DDLIQIISILQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYDIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVSLLKTEVVDFEGSENITIRQK YFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMIAFSVVSSITFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMIIQLAGSGG TYPIQVDPLIFRILQPFFPFTYSIGGFREAIGGPLVSSVIVDFIMLILMGSIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGI SE >Mature_722_residues MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAVINNDKGTDFGGKELNVGNEM VKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFSADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLI NEITTTFITTVNKTVFSSINEIGRNLEKNKNEIINLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITK GLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSSNEANSSIANLIMDIDSANKN IDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQKLLKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVF NSNTRQELSTIINNFKNSIQDASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSN DDLIQIISILQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYDIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVSLLKTEVVDFEGSENITIRQK YFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMIAFSVVSSITFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMIIQLAGSGG TYPIQVDPLIFRILQPFFPFTYSIGGFREAIGGPLVSSVIVDFIMLILMGSIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGI SE
Specific function: Required for phage infection [H]
COG id: COG1511
COG function: function code S; Predicted membrane protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 ABC transmembrane type-2 domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR013525 - InterPro: IPR017501 - InterPro: IPR017500 [H]
Pfam domain/function: PF01061 ABC2_membrane [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 79930; Mature: 79930
Theoretical pI: Translated: 8.73; Mature: 8.73
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 2.5 %Met (Translated Protein) 2.8 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 2.5 %Met (Mature Protein) 2.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAV CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCCEEEEE INNDKGTDFGGKELNVGNEMVKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFS EECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCCEECCEEEEEEECCCCCH ADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLINEITTTFITTVNKTVFSSIN HHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EIGRNLEKNKNEIINLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITK HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH GLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSS HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCEEECCCCCC NEANSSIANLIMDIDSANKNIDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQK CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH LLKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVFNSNTRQELSTIINNFKNSIQ HHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH DASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSN HHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC DDLIQIISILQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYDIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVS CCHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LLKTEVVDFEGSENITIRQKYFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMIAF HHHHHHHCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHH SVVSSITFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMIIQLAGSGGTYPIQVDPLIFRILQPFFPF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHH TYSIGGFREAIGGPLVSSVIVDFIMLILMGSIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGI HHCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCHHHHCCCC SE CC >Mature Secondary Structure MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAV CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCCEEEEE INNDKGTDFGGKELNVGNEMVKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFS EECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCCEECCEEEEEEECCCCCH ADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLINEITTTFITTVNKTVFSSIN HHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EIGRNLEKNKNEIINLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITK HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH GLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSS HHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCEEECCCCCC NEANSSIANLIMDIDSANKNIDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQK CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH LLKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVFNSNTRQELSTIINNFKNSIQ HHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH DASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSN HHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC DDLIQIISILQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYDIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVS CCHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LLKTEVVDFEGSENITIRQKYFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMIAF HHHHHHHCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHH SVVSSITFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMIIQLAGSGGTYPIQVDPLIFRILQPFFPF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHH TYSIGGFREAIGGPLVSSVIVDFIMLILMGSIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGI HHCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCHHHHCCCC SE CC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8366036 [H]