| Definition | Clostridium botulinum B1 str. Okra, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010516 |
| Length | 3,958,233 |
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The map label for this gene is lolE [C]
Identifier: 170754946
GI number: 170754946
Start: 706660
End: 709128
Strand: Direct
Name: lolE [C]
Synonym: CLD_0167
Alternate gene names: 170754946
Gene position: 706660-709128 (Clockwise)
Preceding gene: 170757481
Following gene: 170755948
Centisome position: 17.85
GC content: 24.34
Gene sequence:
>2469_bases ATGAGGTTGTTTTTTAAAGTTGCATTTAACAGTATAAGAAAAAATAAGATTAGATATATGTTATTAACTTGTACCTTAAT TTTATCTACAATTATTATGTTATCTACATCTATAATAAAAGATTCTGCAATTAAAATCAGAGAAGATCAGCTAAGAAAAA CAACTTTAAATAGCCAACTGGTAATAACAACTGCAGATGAAAAAGATCCTTTTTTCAATCCTAAAGATATTATAAATTCT ATCAAGGATATAGATGGAATAAGTCATATTGTGCCTAGAATAGGGGGTATGGCAAAGGACGCTAAAACTTTAAAAGATAT AAATATTATTGGGGTTGATCTTAATAAACAGAAAGCAGCATTCCCAATAGAGTTGATAGATAAATATAAGGTTAAAGATA AAGAAAATGAGATTATAATTAATGAAAAGTATGCAAAGGAAAATTCTTTAAAAGTAGGAGCTAAGATAAAACTATTAATT GGAACTAAGAATAAAGAGTTTATTATAAGTGGAATATCAAAAAATACAGGGGTATTTGATCCTAGTATGAATACTGCAAT GATTAGTATTGATAATGCCCAGTACCTTTTAGACCAAAAGGATAATGCTTATTCAATTGGAATAACAATAAAAAATTTAG ATGATATAAATAATATGATTGAGAAAATAAAGCCTAAAGTATCATCAAAATTTATAATCCAACAACGATATGATATGGAT TATTTTAAATCCTATGTAGGAACTATAGATATGGCATTAAAGATAATTGGTGTGTTGTCTATATTTATAACATTGTTTCT AACTTATTCAACATTTTCACTTATAATTTATGAAAGGTTGCATCAAATTGGTATATTGAGAAGTTTAGGTATATCAAAGA AGGATATTAAAGTAAGTGTTATAGTAGAAAACTTACTTATAGTATTAACTTCAATAGTTATAGGGAGTATATTAACTATT CCTTTCGTAAGGATAATTTTAAACTATATAGTGCAGGATGGATATTTTACTTTAGATTTGAGAAAATTTTTATTCATTGA TTTAATAATTGTGATTTTTAGTGTACTAGTAATATTAGTTTCTTTAAGGAAGATATTAAATATGTCTGTCATAAATCTTT TAAAAGGTATTGGGAAAAAATATTATACAAATAAAATAGGGAAAATATTTAAATTTTCTTTTGGAGTTGTGTTATTAATT GTATCCATAGTTATTTTAATTAGTGAATATAAAAGGGAAAATGGAACATTAGCATTAATTTTAGGGGCTCTTTTCTTTAT TATTTCTTTTGTATTTTTAGCAAAACTACTACTTATAATGTTTAATTGGATTTACCAAAAAATATTTTCTATATTTAAAG GTTCGGTTAGCATTCTGTTTAAAGAGCTTGTAATGCAATTTTCTAATATAGTAGATATAGTAATAATTACATCAATAATT ATTTGTTCAATTTATGTAAGTGTTACACTTAAAAATATGATAAACAATGGGGTAATGAATGTATACGGTAATGCAGATTT AATGTTAAGTATTGATGGCACAGTAGAGGAAGATTTTACAAATAAAATAAAGAATATAAAATATATCAAAAACTCTCTAC TACAATCAAGAACAACAGAGGTCATAAAAGATACAAAGGTGGATATTGCAGGAATAGATGGAGCTCAGTATAAGAAAGAT TTTTCAACAGAAATTATTAAAAAAGGTGAAAATAATATATTTGATAAACTTGATGATGGAAAAAACATTATAATAACAAC AACATTTAGTAAGAATACTGGCATTAATTTAAATGATTCGTTAAAAATTAATGAAGTGAATTATAAGGTAATTGGAGTTG TTAGTAGTTTTGAGAATATGGGAAAAGTATTATTCGTATCCAAAGATAACTTCAATAAGGACATAAAGGTAAAGGATAAG GAGTTATGTCTTATAAAAGTTAATAATAAACAAATAAAGTCTACAATAAATGAAATAGAAAAATTGTTTAAAGACAAAAA TGAAAATAAATATTCTATACAGGAATTAACTGTTCTTAATGAAGAAAACAATAATAATAACAAAAAAACATTTACCATAG TAAATGTCTTAATATGTATCTCAACAATTATATGCATAATTAGTATGAGCAACAATGTTACTATAAATCTTTTATCTAGA AAAAAAGTATATGCGACTAAAGGAGCTTTAGGCATATCTAAAGGTTATTTGAGTAAATGTATTTTATTCGAAGCTATAGT CTTAGGTTCTTATAGTGGAATATTTGGATTAGGGTTAGGCGTTACATTAAGTAATTATATTAATAAAATCTTATCTTATT ACATTGGAGATATGGTCTTTATTAAGGATTACAAAATAATGGTGATTTTAGTTCTGATTTCTATAGGTATTACTGTTATT AGCTATATTTATCCTATGAGAAAAATATATAGAATAAATATAATAGATGAAATAAAGTCAGATGAATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases CTTATATAATTTCGGATGCTTTTGAACACAATGAGAGAATAGTTAAATTTTTAAAGAGAGTAGGAGTATCTAAATATAAA ACACGAATGGTGAGAAAGAT
Downstream 100 bases:
>100_bases TAGGGTGATTGATTATGAGTATATTAAAAGGTATTAATATTAAAAAGAAAATTAATATAGGAGATAATTCCTATGATATA TTAAAGGGTATTAATTTAGG
Product: putative ABC transporter, permease protein
Products: NA
Alternate protein names: ABC Transporter Permease Protein; Lipoprotein Releasing System Transmembrane Protein LolE
Number of amino acids: Translated: 822; Mature: 822
Protein sequence:
>822_residues MRLFFKVAFNSIRKNKIRYMLLTCTLILSTIIMLSTSIIKDSAIKIREDQLRKTTLNSQLVITTADEKDPFFNPKDIINS IKDIDGISHIVPRIGGMAKDAKTLKDINIIGVDLNKQKAAFPIELIDKYKVKDKENEIIINEKYAKENSLKVGAKIKLLI GTKNKEFIISGISKNTGVFDPSMNTAMISIDNAQYLLDQKDNAYSIGITIKNLDDINNMIEKIKPKVSSKFIIQQRYDMD YFKSYVGTIDMALKIIGVLSIFITLFLTYSTFSLIIYERLHQIGILRSLGISKKDIKVSVIVENLLIVLTSIVIGSILTI PFVRIILNYIVQDGYFTLDLRKFLFIDLIIVIFSVLVILVSLRKILNMSVINLLKGIGKKYYTNKIGKIFKFSFGVVLLI VSIVILISEYKRENGTLALILGALFFIISFVFLAKLLLIMFNWIYQKIFSIFKGSVSILFKELVMQFSNIVDIVIITSII ICSIYVSVTLKNMINNGVMNVYGNADLMLSIDGTVEEDFTNKIKNIKYIKNSLLQSRTTEVIKDTKVDIAGIDGAQYKKD FSTEIIKKGENNIFDKLDDGKNIIITTTFSKNTGINLNDSLKINEVNYKVIGVVSSFENMGKVLFVSKDNFNKDIKVKDK ELCLIKVNNKQIKSTINEIEKLFKDKNENKYSIQELTVLNEENNNNNKKTFTIVNVLICISTIICIISMSNNVTINLLSR KKVYATKGALGISKGYLSKCILFEAIVLGSYSGIFGLGLGVTLSNYINKILSYYIGDMVFIKDYKIMVILVLISIGITVI SYIYPMRKIYRINIIDEIKSDE
Sequences:
>Translated_822_residues MRLFFKVAFNSIRKNKIRYMLLTCTLILSTIIMLSTSIIKDSAIKIREDQLRKTTLNSQLVITTADEKDPFFNPKDIINS IKDIDGISHIVPRIGGMAKDAKTLKDINIIGVDLNKQKAAFPIELIDKYKVKDKENEIIINEKYAKENSLKVGAKIKLLI GTKNKEFIISGISKNTGVFDPSMNTAMISIDNAQYLLDQKDNAYSIGITIKNLDDINNMIEKIKPKVSSKFIIQQRYDMD YFKSYVGTIDMALKIIGVLSIFITLFLTYSTFSLIIYERLHQIGILRSLGISKKDIKVSVIVENLLIVLTSIVIGSILTI PFVRIILNYIVQDGYFTLDLRKFLFIDLIIVIFSVLVILVSLRKILNMSVINLLKGIGKKYYTNKIGKIFKFSFGVVLLI VSIVILISEYKRENGTLALILGALFFIISFVFLAKLLLIMFNWIYQKIFSIFKGSVSILFKELVMQFSNIVDIVIITSII ICSIYVSVTLKNMINNGVMNVYGNADLMLSIDGTVEEDFTNKIKNIKYIKNSLLQSRTTEVIKDTKVDIAGIDGAQYKKD FSTEIIKKGENNIFDKLDDGKNIIITTTFSKNTGINLNDSLKINEVNYKVIGVVSSFENMGKVLFVSKDNFNKDIKVKDK ELCLIKVNNKQIKSTINEIEKLFKDKNENKYSIQELTVLNEENNNNNKKTFTIVNVLICISTIICIISMSNNVTINLLSR KKVYATKGALGISKGYLSKCILFEAIVLGSYSGIFGLGLGVTLSNYINKILSYYIGDMVFIKDYKIMVILVLISIGITVI SYIYPMRKIYRINIIDEIKSDE >Mature_822_residues MRLFFKVAFNSIRKNKIRYMLLTCTLILSTIIMLSTSIIKDSAIKIREDQLRKTTLNSQLVITTADEKDPFFNPKDIINS IKDIDGISHIVPRIGGMAKDAKTLKDINIIGVDLNKQKAAFPIELIDKYKVKDKENEIIINEKYAKENSLKVGAKIKLLI GTKNKEFIISGISKNTGVFDPSMNTAMISIDNAQYLLDQKDNAYSIGITIKNLDDINNMIEKIKPKVSSKFIIQQRYDMD YFKSYVGTIDMALKIIGVLSIFITLFLTYSTFSLIIYERLHQIGILRSLGISKKDIKVSVIVENLLIVLTSIVIGSILTI PFVRIILNYIVQDGYFTLDLRKFLFIDLIIVIFSVLVILVSLRKILNMSVINLLKGIGKKYYTNKIGKIFKFSFGVVLLI VSIVILISEYKRENGTLALILGALFFIISFVFLAKLLLIMFNWIYQKIFSIFKGSVSILFKELVMQFSNIVDIVIITSII ICSIYVSVTLKNMINNGVMNVYGNADLMLSIDGTVEEDFTNKIKNIKYIKNSLLQSRTTEVIKDTKVDIAGIDGAQYKKD FSTEIIKKGENNIFDKLDDGKNIIITTTFSKNTGINLNDSLKINEVNYKVIGVVSSFENMGKVLFVSKDNFNKDIKVKDK ELCLIKVNNKQIKSTINEIEKLFKDKNENKYSIQELTVLNEENNNNNKKTFTIVNVLICISTIICIISMSNNVTINLLSR KKVYATKGALGISKGYLSKCILFEAIVLGSYSGIFGLGLGVTLSNYINKILSYYIGDMVFIKDYKIMVILVLISIGITVI SYIYPMRKIYRINIIDEIKSDE
Specific function: Part Of An ATP-Dependent Transport System Lolcde Responsible For The Release Of Lipoproteins Targeted To The Outer Membrane From The Inner Membrane. Such A Release Is Dependent Of The Sorting-Signal (Absence Of An Asp At Position 2 Of The Mature Lipoprot
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Integral Membrane Protein. Inner Membrane [C]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 93079; Mature: 93079
Theoretical pI: Translated: 9.97; Mature: 9.97
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.7 %Cys (Translated Protein) 2.4 %Met (Translated Protein) 3.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.7 %Cys (Mature Protein) 2.4 %Met (Mature Protein) 3.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRLFFKVAFNSIRKNKIRYMLLTCTLILSTIIMLSTSIIKDSAIKIREDQLRKTTLNSQL CEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEE VITTADEKDPFFNPKDIINSIKDIDGISHIVPRIGGMAKDAKTLKDINIIGVDLNKQKAA EEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCC FPIELIDKYKVKDKENEIIINEKYAKENSLKVGAKIKLLIGTKNKEFIISGISKNTGVFD CCHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEECCEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCC PSMNTAMISIDNAQYLLDQKDNAYSIGITIKNLDDINNMIEKIKPKVSSKFIIQQRYDMD CCCCEEEEEECCCCEEECCCCCEEEEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCHH YFKSYVGTIDMALKIIGVLSIFITLFLTYSTFSLIIYERLHQIGILRSLGISKKDIKVSV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEHH IVENLLIVLTSIVIGSILTIPFVRIILNYIVQDGYFTLDLRKFLFIDLIIVIFSVLVILV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SLRKILNMSVINLLKGIGKKYYTNKIGKIFKFSFGVVLLIVSIVILISEYKRENGTLALI HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHH LGALFFIISFVFLAKLLLIMFNWIYQKIFSIFKGSVSILFKELVMQFSNIVDIVIITSII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ICSIYVSVTLKNMINNGVMNVYGNADLMLSIDGTVEEDFTNKIKNIKYIKNSLLQSRTTE HHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VIKDTKVDIAGIDGAQYKKDFSTEIIKKGENNIFDKLDDGKNIIITTTFSKNTGINLNDS HHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCC LKINEVNYKVIGVVSSFENMGKVLFVSKDNFNKDIKVKDKELCLIKVNNKQIKSTINEIE EEEEECCEEEEEEHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCEEECCEEEEEEECCHHHHHHHHHHH KLFKDKNENKYSIQELTVLNEENNNNNKKTFTIVNVLICISTIICIISMSNNVTINLLSR HHHHCCCCCCEEHHHEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEEEEECC KKVYATKGALGISKGYLSKCILFEAIVLGSYSGIFGLGLGVTLSNYINKILSYYIGDMVF CEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEE IKDYKIMVILVLISIGITVISYIYPMRKIYRINIIDEIKSDE EECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHCCCCC >Mature Secondary Structure MRLFFKVAFNSIRKNKIRYMLLTCTLILSTIIMLSTSIIKDSAIKIREDQLRKTTLNSQL CEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEE VITTADEKDPFFNPKDIINSIKDIDGISHIVPRIGGMAKDAKTLKDINIIGVDLNKQKAA EEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCC FPIELIDKYKVKDKENEIIINEKYAKENSLKVGAKIKLLIGTKNKEFIISGISKNTGVFD CCHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEECCEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCC PSMNTAMISIDNAQYLLDQKDNAYSIGITIKNLDDINNMIEKIKPKVSSKFIIQQRYDMD CCCCEEEEEECCCCEEECCCCCEEEEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCHH YFKSYVGTIDMALKIIGVLSIFITLFLTYSTFSLIIYERLHQIGILRSLGISKKDIKVSV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEHH IVENLLIVLTSIVIGSILTIPFVRIILNYIVQDGYFTLDLRKFLFIDLIIVIFSVLVILV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SLRKILNMSVINLLKGIGKKYYTNKIGKIFKFSFGVVLLIVSIVILISEYKRENGTLALI HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHH LGALFFIISFVFLAKLLLIMFNWIYQKIFSIFKGSVSILFKELVMQFSNIVDIVIITSII HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ICSIYVSVTLKNMINNGVMNVYGNADLMLSIDGTVEEDFTNKIKNIKYIKNSLLQSRTTE HHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VIKDTKVDIAGIDGAQYKKDFSTEIIKKGENNIFDKLDDGKNIIITTTFSKNTGINLNDS HHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCC LKINEVNYKVIGVVSSFENMGKVLFVSKDNFNKDIKVKDKELCLIKVNNKQIKSTINEIE EEEEECCEEEEEEHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCEEECCEEEEEEECCHHHHHHHHHHH KLFKDKNENKYSIQELTVLNEENNNNNKKTFTIVNVLICISTIICIISMSNNVTINLLSR HHHHCCCCCCEEHHHEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCEEEEEECC KKVYATKGALGISKGYLSKCILFEAIVLGSYSGIFGLGLGVTLSNYINKILSYYIGDMVF CEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEE IKDYKIMVILVLISIGITVISYIYPMRKIYRINIIDEIKSDE EECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEHHHCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA