| Definition | Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009972 |
| Length | 6,346,587 |
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The map label for this gene is 159896623
Identifier: 159896623
GI number: 159896623
Start: 114888
End: 118160
Strand: Direct
Name: 159896623
Synonym: Haur_0090
Alternate gene names: NA
Gene position: 114888-118160 (Clockwise)
Preceding gene: 159896622
Following gene: 159896624
Centisome position: 1.81
GC content: 51.67
Gene sequence:
>3273_bases ATGGCAGGGAACCAAGCAATTTTTGACCGTGCGTTAGAACAATATCAGCTTGCCTCACGTGCTGGCGATTGGAACAAAGC TTTAACCGAAGCTGCTCGGGCCATGACCGAATTTCCGACTCACGAGCAGGCTCGGATTGCTGTCGCCACCGCGTTGTTTC ATACCAATAAGCTTCCACAAGCGCTGCAATTGTGGCAGGAGTTGCTCAAGCGCAATCCTGATAATCCGATTTTTACCGAA TATATTGCCAAGATTTATCGCGCCCAAGGCGATACCGACCAAGCGATCGAGTTGTTTATGCAATTGGCTGAACGCTTGAT CGCCCAAAAATTGCCTTTGAAGGCAGTGCGAGCTTATCGCGATATTTTGGATATTCACCCCAGCCACGAAGAAGCCCGCG TGCGCTTGGCGATGGTACTGGCTGAATCGGGCGATAAGCCTGGCGCAATCCGTGAATATTTGCATTTGGGTCAGCAATTT TATGATGCTGAACAATACGATGCTGCTGATGAAGCCGCCGTCGAAGCCCTCAATGTTGACCCTGCTAGCCTCTCGGCCCA AGAATTCAAGAAGAAAGTTGATTTGGCACGGCAGGCCTTAATCACTGCTGCCACAGGCGATCAATTGCCCGATCAAGGTC GTTTGCAAACCAAAGAACAAATCGAACGCGCGGTCAATGAGGCGATTGAGTATCAAAATAATGGGTTGCTGGAGCAAGCC GCCCAAATGTATGAACGGGTGGTTGAAGTGCTGCCCGAACGCGCCGACATGCAGTATAGCTTGGGCTTGATTTACGATGA GCTTGAGCGGCATAAAGATGCCTTGCGGGTGCTCGAAATTGCCAGCCATAACGATGAATACGCCCTCTCTGCCCACTTTG CAATTGGTACGATCTACCAAAAGCTGGGCCAAATGGAACGTGCTGCCCAAGAGTTTGAGCAAGCGATTCGCTATGTCGAT TTGCAATCGATCGGCAAAGAAGAAGCCAACGATTTGATCGATATGTACGAAGCGACCTCGGCGATTTATCTTGAACTAGG CGATGTGGCGCGGGCAGCCTCGTTGTATTCAACCTTGGCAGGCTTTTTGCAGGGCAAACGTTGGGGCGCGGAACAAGCGG CGCAATACAATGCCAAGGCTAAAGAGCTGACCGACCGCAGCATGATGTCGAAATTGCGCATGCTTGGCACGGGTATTTTG AATGCGCCGCCACCTGAAGAGGCTGTGCCTGAACCACAGACCGAAACTTGGGGCAAGATGCCCTCGATCACCGATTTCCT CAGTCCCAAAAGTCGCGTCGAAGCCAGCCCAGTCGATGATATGGCCAGCCTTGAGGCCTTGCTTAGCGCTAATACCGGCC CAGCACCCCAAACGATGCTTACCGATATTGATCCGCTTGATGTGCTGGCCGCCAATTTGCCACCTGCTGGCGAAGTACAT TTTGCGCCGCTCACGCCAATTGATACCGAAGGCCGTAGCGAGCGGATTCAGCGTTTGGTTGAGGCCAGCGAATCGTTTGC CGAGCAAAATTTCTTGTATGCGGCGCTTGATGCCTGTCATGAAATTATTCGCTACGATCTGGAGTTTTATGCTATTCACC TGCGGATGGCTGAAATTCTCGAACGTTTGGGGCGTATGGATCAAGCGCTCGCCAAACTCAATTTGTTGATCGAAACCTAC AAAGCGCGGGGCGAAACCCACAAGGCGATTGGGGTCTATCACAAACTGATCGATCTTTCGGCTGATAGCACGATCATTCG GGCTGAATTGGCTGAGGTGCTACGCAAACAAGGCCGTAGCGATGAGGCCGCTGAGCAGTTGGCCTATGTTGCCAACCAAC AATTCCGCCAAGGCCAAACCGTCAAAGCCTTGGAGCAATTTCGCAAGTTGTTGGAATGGGCACCTGATAGCGTCAATTTA CGTGCTCAATATGGCCAAGTGTTGCTCAAACTCGAACGTTGGGAAGCAGCCTTGGAAGAATTCCGCCGAGTTATCGTGCA AAAACCCGATGATTTGGTGGTGATGGCCCAAGCCAATATTGCCCTGGCCATGATGGGCGAATTCCCCGATGCGATTTGGG ATTCAGTCGCAGCCTTGATTCAAAAGCTGGCTAGCAATCCGCAACAGCTTAACGATGTGCAAGCCGAATATCGCGCCGTC ACCCTGATTACTGATCGGGCGATTATTCAGTTTCTCTTGGGCTTGATTCAGCAATCAACCAAGCAACATCCGGCGGCGAT GCACTCATTCAATCAAGCGCTCGAATTGCTCGAAATTGATGCTGATCCCTTGGTTCCGCCAGTGCTGGTCTATCAAGCGA TTGCCGATAGCTACATTGCCGAGGGTAATGCTGCTGGCTCAATCGAACAGTTGCGCAAAATCGAGGCGATTTTGGTGACT GGCACTGTGCCAGCCATGAGCACCAAGCATGCCTTTGCCCAACCCTTCAACGAGGGTGAGTTGCAACGGCGTTTGGCCGA AGCCTATGCCGCTAATGAGAATTTCGAAGGCGCAATTCAGGCCTTGCAACGGGTCAAGCAATTGTTGCCCTACGACCGCC AAGCTTACACCAAATTGGCTGATATCTACTTCCGCCAAGGCCGCCTAAACGAAGCCTTGACCCAACTTGATGAGTTGGCA ACTTACTACGAAAGCCAAAGCCAGCTTGACCGTGCCTTGGAGATTTTGGCCACGGGCTTGCAATTAGCACCCAAGAATAT CCCAATCAAATCGCGCCATGCCCAGCTGATGATGCGGCGCGGCTATCTTGATGAGGGCTTGGTAGGCTTGGATGAATTGG CTGAGTTGCAGCGCAAACAAGGCTTGGTCAAGGATGCAGTGGCGAGCATTCAGCAAGTCGCTGATGTGTATTGGACGTTG GGCAAGGTTGATAAAGCTGCCGAGATGTACAACCGAATTGTGCAGATCGCGCCCAACGACACCGAAGCTCGTCAACACTT GGTCAGCTTTAACATTCTTTCGTTGCGCACCAAGGATGCAATTATCCAGTTGCGTGAAATTGCACGGCTCTCAATTCAGC AACGCAACTACGAAGAAGCGATTGCTTCCTATCACCAAGTGATTGCGCTCGATCAAAAAGATGCCGATGCCTACGAGCAA TTGGCCGATGTGCTGATGCGAGCACAAGAGTATGGTCAGGCCGTGCGTACCTATAAACAATTGGCGAAATTGTTGCCCGA TGATGATCGGGTCGAAGCTTTGCAAAGCGCCGCCCAACGCATGCTTGATCAGCAACAGGTGGCCAAAGGCTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases CGCCAACGGGCCGAGTGACATTTCGTCAGTCCAAGTATCTGGCTGTTGATCTGCTACTCATCCAACGAAGTTCTTCATCC TTGTGTCTGTGGGGGTTCGG
Downstream 100 bases:
>100_bases CATTCTCCTAAACTTCGCAAAATTCAAAGCAGCGCTGAAGCCTTGTGCTCGGCGCTGTTTTGGTTAATGGTTTGAGACAA TCAAGGAGCAGGTTGGCTAT
Product: TPR repeat-containing protein
Products: NA
Alternate protein names: Glycosyl Transferase Family Protein; Tetratricopeptide Repeat-Containing Protein
Number of amino acids: Translated: 1090; Mature: 1089
Protein sequence:
>1090_residues MAGNQAIFDRALEQYQLASRAGDWNKALTEAARAMTEFPTHEQARIAVATALFHTNKLPQALQLWQELLKRNPDNPIFTE YIAKIYRAQGDTDQAIELFMQLAERLIAQKLPLKAVRAYRDILDIHPSHEEARVRLAMVLAESGDKPGAIREYLHLGQQF YDAEQYDAADEAAVEALNVDPASLSAQEFKKKVDLARQALITAATGDQLPDQGRLQTKEQIERAVNEAIEYQNNGLLEQA AQMYERVVEVLPERADMQYSLGLIYDELERHKDALRVLEIASHNDEYALSAHFAIGTIYQKLGQMERAAQEFEQAIRYVD LQSIGKEEANDLIDMYEATSAIYLELGDVARAASLYSTLAGFLQGKRWGAEQAAQYNAKAKELTDRSMMSKLRMLGTGIL NAPPPEEAVPEPQTETWGKMPSITDFLSPKSRVEASPVDDMASLEALLSANTGPAPQTMLTDIDPLDVLAANLPPAGEVH FAPLTPIDTEGRSERIQRLVEASESFAEQNFLYAALDACHEIIRYDLEFYAIHLRMAEILERLGRMDQALAKLNLLIETY KARGETHKAIGVYHKLIDLSADSTIIRAELAEVLRKQGRSDEAAEQLAYVANQQFRQGQTVKALEQFRKLLEWAPDSVNL RAQYGQVLLKLERWEAALEEFRRVIVQKPDDLVVMAQANIALAMMGEFPDAIWDSVAALIQKLASNPQQLNDVQAEYRAV TLITDRAIIQFLLGLIQQSTKQHPAAMHSFNQALELLEIDADPLVPPVLVYQAIADSYIAEGNAAGSIEQLRKIEAILVT GTVPAMSTKHAFAQPFNEGELQRRLAEAYAANENFEGAIQALQRVKQLLPYDRQAYTKLADIYFRQGRLNEALTQLDELA TYYESQSQLDRALEILATGLQLAPKNIPIKSRHAQLMMRRGYLDEGLVGLDELAELQRKQGLVKDAVASIQQVADVYWTL GKVDKAAEMYNRIVQIAPNDTEARQHLVSFNILSLRTKDAIIQLREIARLSIQQRNYEEAIASYHQVIALDQKDADAYEQ LADVLMRAQEYGQAVRTYKQLAKLLPDDDRVEALQSAAQRMLDQQQVAKG
Sequences:
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Specific function: Unknown
COG id: COG0457
COG function: function code R; FOG: TPR repeat
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 122291; Mature: 122160
Theoretical pI: Translated: 4.72; Mature: 4.72
Prosite motif: PS50005 TPR ; PS50293 TPR_REGION
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.1 %Cys (Translated Protein) 2.4 %Met (Translated Protein) 2.5 %Cys+Met (Translated Protein) 0.1 %Cys (Mature Protein) 2.3 %Met (Mature Protein) 2.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAGNQAIFDRALEQYQLASRAGDWNKALTEAARAMTEFPTHEQARIAVATALFHTNKLPQ CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHH ALQLWQELLKRNPDNPIFTEYIAKIYRAQGDTDQAIELFMQLAERLIAQKLPLKAVRAYR HHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH DILDIHPSHEEARVRLAMVLAESGDKPGAIREYLHLGQQFYDAEQYDAADEAAVEALNVD HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHHCCC PASLSAQEFKKKVDLARQALITAATGDQLPDQGRLQTKEQIERAVNEAIEYQNNGLLEQA CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH AQMYERVVEVLPERADMQYSLGLIYDELERHKDALRVLEIASHNDEYALSAHFAIGTIYQ HHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHHH KLGQMERAAQEFEQAIRYVDLQSIGKEEANDLIDMYEATSAIYLELGDVARAASLYSTLA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHHHHHHHHHHHHH GFLQGKRWGAEQAAQYNAKAKELTDRSMMSKLRMLGTGILNAPPPEEAVPEPQTETWGKM HHHHCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHCCCC PSITDFLSPKSRVEASPVDDMASLEALLSANTGPAPQTMLTDIDPLDVLAANLPPAGEVH CCHHHHCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHCCCCCCCCEE FAPLTPIDTEGRSERIQRLVEASESFAEQNFLYAALDACHEIIRYDLEFYAIHLRMAEIL ECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ERLGRMDQALAKLNLLIETYKARGETHKAIGVYHKLIDLSADSTIIRAELAEVLRKQGRS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC DEAAEQLAYVANQQFRQGQTVKALEQFRKLLEWAPDSVNLRAQYGQVLLKLERWEAALEE HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FRRVIVQKPDDLVVMAQANIALAMMGEFPDAIWDSVAALIQKLASNPQQLNDVQAEYRAV HHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHH TLITDRAIIQFLLGLIQQSTKQHPAAMHSFNQALELLEIDADPLVPPVLVYQAIADSYIA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH EGNAAGSIEQLRKIEAILVTGTVPAMSTKHAFAQPFNEGELQRRLAEAYAANENFEGAIQ CCCCCCCHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHH ALQRVKQLLPYDRQAYTKLADIYFRQGRLNEALTQLDELATYYESQSQLDRALEILATGL HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QLAPKNIPIKSRHAQLMMRRGYLDEGLVGLDELAELQRKQGLVKDAVASIQQVADVYWTL HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GKVDKAAEMYNRIVQIAPNDTEARQHLVSFNILSLRTKDAIIQLREIARLSIQQRNYEEA HHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH IASYHQVIALDQKDADAYEQLADVLMRAQEYGQAVRTYKQLAKLLPDDDRVEALQSAAQR HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH MLDQQQVAKG HHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure AGNQAIFDRALEQYQLASRAGDWNKALTEAARAMTEFPTHEQARIAVATALFHTNKLPQ CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHH ALQLWQELLKRNPDNPIFTEYIAKIYRAQGDTDQAIELFMQLAERLIAQKLPLKAVRAYR HHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH DILDIHPSHEEARVRLAMVLAESGDKPGAIREYLHLGQQFYDAEQYDAADEAAVEALNVD HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCHHHHHHHHHCCC PASLSAQEFKKKVDLARQALITAATGDQLPDQGRLQTKEQIERAVNEAIEYQNNGLLEQA CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH AQMYERVVEVLPERADMQYSLGLIYDELERHKDALRVLEIASHNDEYALSAHFAIGTIYQ HHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHHH KLGQMERAAQEFEQAIRYVDLQSIGKEEANDLIDMYEATSAIYLELGDVARAASLYSTLA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHHHHHHHHHHHHH GFLQGKRWGAEQAAQYNAKAKELTDRSMMSKLRMLGTGILNAPPPEEAVPEPQTETWGKM HHHHCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHCCCC PSITDFLSPKSRVEASPVDDMASLEALLSANTGPAPQTMLTDIDPLDVLAANLPPAGEVH CCHHHHCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHCCCCCCCCEE FAPLTPIDTEGRSERIQRLVEASESFAEQNFLYAALDACHEIIRYDLEFYAIHLRMAEIL ECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ERLGRMDQALAKLNLLIETYKARGETHKAIGVYHKLIDLSADSTIIRAELAEVLRKQGRS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC DEAAEQLAYVANQQFRQGQTVKALEQFRKLLEWAPDSVNLRAQYGQVLLKLERWEAALEE HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FRRVIVQKPDDLVVMAQANIALAMMGEFPDAIWDSVAALIQKLASNPQQLNDVQAEYRAV HHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHH TLITDRAIIQFLLGLIQQSTKQHPAAMHSFNQALELLEIDADPLVPPVLVYQAIADSYIA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH EGNAAGSIEQLRKIEAILVTGTVPAMSTKHAFAQPFNEGELQRRLAEAYAANENFEGAIQ CCCCCCCHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHH ALQRVKQLLPYDRQAYTKLADIYFRQGRLNEALTQLDELATYYESQSQLDRALEILATGL HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QLAPKNIPIKSRHAQLMMRRGYLDEGLVGLDELAELQRKQGLVKDAVASIQQVADVYWTL HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GKVDKAAEMYNRIVQIAPNDTEARQHLVSFNILSLRTKDAIIQLREIARLSIQQRNYEEA HHHHHHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH IASYHQVIALDQKDADAYEQLADVLMRAQEYGQAVRTYKQLAKLLPDDDRVEALQSAAQR HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH MLDQQQVAKG HHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA