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The map label for this gene is rfc

Identifier: 158336669

GI number: 158336669

Start: 3578837

End: 3581443

Strand: Direct

Name: rfc

Synonym: AM1_3537

Alternate gene names: NA

Gene position: 3578837-3581443 (Clockwise)

Preceding gene: 158336667

Following gene: 158336670

Centisome position: 55.03

GC content: 50.4

Gene sequence:

>2607_bases
ATGGCCATATCCTCAGACTCACAATTTGATGATCTGAACCCCTCTTCTGCGGATATAGCGGCGGCTACCTCGTCGCGATC
GCTCCTCGGTATTCTCTGTCTAGGGTTGTATTTCCTATTTACGCTAATGCCCGATAGTCACAGCATCATGGTGTCGTGGC
CCTGGGTGTTTGTGTGGCAATTGACCTGGCTGTGTCCTGTGCTCTGGCTAGTGGGACAGCTTTGGCAGCGTTCACCGATC
CCTCGTTTACAGCAAGGTCTAGATTGGCTCGCTGCATTGACCATGGTGGGTTTGCTGCTATCGGCCTCCTTGGCTAGATT
CCCCAACCAGGCGCGTTGGTACACGGGGGCTGCCCTAGGTGGCATAGCCGCCATCTACTGCGTCAACGCCTGGGCAAGAA
CGCCCCTTCGCCGTCAACGATTACTAGTGACTCAAGGCATCGTGAGTGCTGGTCTGATTGTCACCAGCCTTGGCCTTTGG
GTGAGCCAGACCTTATTACCAGAGCTGAATCGCCTCCAGTCGCTGCAAAAATTAGGGGTGCAAGCTAGCTATAACTTCTC
AACTCTAGAACTGCGAAATTGGGCTCCCTTTGGTCATCAAAACTATGTGGCTGGCTATTTAGTGCTGGCTTTGCCCCTTT
TACTGGGCTTGGGGTTGACCCATCTGCGTTGGCGATGGTGGTGGTTTGGCTGTTTGGGTTTGGGCCTCATTGATCTGTAC
ACCACTAGCTCTAGAGGCGGTTGGTTAGGGCTTTTGGTTGCCGGTGTGTATTTGGGATTGGTCCTCTTTCGTCAACAGGG
ACTGAACCGTCGCTGGTTAATGGGCGGAACCTTGGCTAGCCTTGGCATTGTTGTCGTATTAGTATTCGCCAACAATCGCC
TTAGCAGTCAAATTAGTAATTTTTTGCAAGGCCGTTCCGGTGGAGATATGGCCTATCGACTGATTACTCATGTGGCCGGT
TGGAACATGGGACTGCAACAACCTGTGACGGGAATGGGCGTAGGAAGTGTGCCTTTGGCCTATCAAGCCTATCGACCTCA
CTGGGCAGGCTTAGAAGCCGAACATGCCTATCAGTTACATGGAACCTTGCCGCAAATTTGGGCCGAGCTGGGTTTGGCAG
GAATGGTTCCTTTTGTCCTCTTGCTGGGGTGGCTGATCTGGCAAGGGGGGCGATACATGACTCAAGCCACAGTCAATCTC
TTGCCCCAAAGTTTGCTCGCCGGCCTCTTAGGATACAGTCTCGTTTCTCTGACAGATTATCAGCTAGACAATATTGGCAT
TAGTGGTTTGATGATTATTAGCCTAGGTTGCCTTGCTGGCTTTATGGGGACTACAAGTGACGCAACCCAAGTCAAAGCGC
CATCTGATCAGCGGAGTAAATCAATGGCTGGCGTTCTGCTCGGTATTGTCTTAGCCTTTGGAATATCGGTCGCGCCCATT
CATGCTGCTTGGCAGGTGTCTCACCAAGGCTTTGCCGCTTTAGAACAGCAAGAGATCGACCGATTTCGCCAGCGCTTGGC
AAATGCTCAAGCCAAAGCCCCGTGGGAACCCTATTATTCCTACCAGTTGGGATGGAACTTAGGAGAGATGGGATTAAAAA
CCAAGGATCCCAAGCTCAGAAGTTACTTGATTCAAACCGCTAGTCAGCAATTTATTCAAGGCAATCAGGCCGCCCCAGAT
CAAGAGTTTGGCCATACCAACTTAGGGTGGCTATATTTGCAGACGGATCCACGACAAGCGACCCAAGAATTTGCCCAGTC
GGCAGAACTGCTGCCTGCAAAGCGAGGGGTCTTTTTTGGGTTGGGTCTGAGTTTATTAGGCCAGGGGCAAACCGATCTCG
CTGTGCAAGCTATGACCTTAGAATGCCTGCGCAATCCTATCTGGATTACGAGTCCTGCTTGGAAGTCGCCCCCCTTGCAG
TCGATTTATGACAAGGTTCTAGCTAAATTAGGACAAACCTATAACCAATTGTTGCAAGGGCATCAGCATTTAGATGATCT
AAATACCCATCTCCATAAAGGTAGAGGGAGTTTGGAGTGGTGGCGTGGCAACTTTGAGGCAGCCCAAGCCGATCTCGACA
CTTATGGTAGCCCCCTCAGTCGAGCTTTGGTAGAGGTGGCTCAAAGTAAACCAGGGGGACCCATTCAGGTTTCCCCAGAA
TTATCGAACGCCTCTCGCCATATCCTGCAAGCTTGGGCAATGCCTGATCAACGATTGTCTTTGTTGGCGAAAGCTTGGCT
TAGGGGAACGGAGACGGATGCAACAGAGCAACTGGTGCAAATTACCTCAGATAGTATGCAGCAGGCGCGAACGTTTCAGG
AGTGGTTGCAAGATTATCCCATCGTGCGTAAATATCATCGACAACGGTCTGGTTTTGGGGTTTTGAGTCGTCATACCGAT
GGTCCTAATCCGACAGACTTTTTTCGGGTCATCGATAATGTAGTTATGACCGAAATTTTTAGTGACATGATGCCTGTTCC
TGAATATTTTCCTGATTTAGATCGGGCCTTACAAGAGCGCCGTAATGCTTTGTTATCAGAGGTTAAAGCTATATCAGAGA
ATGCTATGCTGACCTCATCGCTGATTCAAAGTGGTGCCATGGATTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TGCCGTCGATCGATTGCCGCCATGCAGGGTCCCCCATTTTGAGTTGTCAGCTAAAGTTAGCGATCCGGGTAATCTGACTG
CAAGGTACCCAATATTTGTA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AACCCTCTAATTCCCTGTTGCAACCTGTCAACCTACTTTTTAATTGCGCTATTCTTCGGAGAATAACCCCATGAGTGAAC
CCAGCGATCAGGTCCCTATG

Product: O-antigen polymerase

Products: NA

Alternate protein names: O-Antigen Polymerase Domain-Containing Protein; O-Antigen Polymerase Family

Number of amino acids: Translated: 868; Mature: 867

Protein sequence:

>868_residues
MAISSDSQFDDLNPSSADIAAATSSRSLLGILCLGLYFLFTLMPDSHSIMVSWPWVFVWQLTWLCPVLWLVGQLWQRSPI
PRLQQGLDWLAALTMVGLLLSASLARFPNQARWYTGAALGGIAAIYCVNAWARTPLRRQRLLVTQGIVSAGLIVTSLGLW
VSQTLLPELNRLQSLQKLGVQASYNFSTLELRNWAPFGHQNYVAGYLVLALPLLLGLGLTHLRWRWWWFGCLGLGLIDLY
TTSSRGGWLGLLVAGVYLGLVLFRQQGLNRRWLMGGTLASLGIVVVLVFANNRLSSQISNFLQGRSGGDMAYRLITHVAG
WNMGLQQPVTGMGVGSVPLAYQAYRPHWAGLEAEHAYQLHGTLPQIWAELGLAGMVPFVLLLGWLIWQGGRYMTQATVNL
LPQSLLAGLLGYSLVSLTDYQLDNIGISGLMIISLGCLAGFMGTTSDATQVKAPSDQRSKSMAGVLLGIVLAFGISVAPI
HAAWQVSHQGFAALEQQEIDRFRQRLANAQAKAPWEPYYSYQLGWNLGEMGLKTKDPKLRSYLIQTASQQFIQGNQAAPD
QEFGHTNLGWLYLQTDPRQATQEFAQSAELLPAKRGVFFGLGLSLLGQGQTDLAVQAMTLECLRNPIWITSPAWKSPPLQ
SIYDKVLAKLGQTYNQLLQGHQHLDDLNTHLHKGRGSLEWWRGNFEAAQADLDTYGSPLSRALVEVAQSKPGGPIQVSPE
LSNASRHILQAWAMPDQRLSLLAKAWLRGTETDATEQLVQITSDSMQQARTFQEWLQDYPIVRKYHRQRSGFGVLSRHTD
GPNPTDFFRVIDNVVMTEIFSDMMPVPEYFPDLDRALQERRNALLSEVKAISENAMLTSSLIQSGAMD

Sequences:

>Translated_868_residues
MAISSDSQFDDLNPSSADIAAATSSRSLLGILCLGLYFLFTLMPDSHSIMVSWPWVFVWQLTWLCPVLWLVGQLWQRSPI
PRLQQGLDWLAALTMVGLLLSASLARFPNQARWYTGAALGGIAAIYCVNAWARTPLRRQRLLVTQGIVSAGLIVTSLGLW
VSQTLLPELNRLQSLQKLGVQASYNFSTLELRNWAPFGHQNYVAGYLVLALPLLLGLGLTHLRWRWWWFGCLGLGLIDLY
TTSSRGGWLGLLVAGVYLGLVLFRQQGLNRRWLMGGTLASLGIVVVLVFANNRLSSQISNFLQGRSGGDMAYRLITHVAG
WNMGLQQPVTGMGVGSVPLAYQAYRPHWAGLEAEHAYQLHGTLPQIWAELGLAGMVPFVLLLGWLIWQGGRYMTQATVNL
LPQSLLAGLLGYSLVSLTDYQLDNIGISGLMIISLGCLAGFMGTTSDATQVKAPSDQRSKSMAGVLLGIVLAFGISVAPI
HAAWQVSHQGFAALEQQEIDRFRQRLANAQAKAPWEPYYSYQLGWNLGEMGLKTKDPKLRSYLIQTASQQFIQGNQAAPD
QEFGHTNLGWLYLQTDPRQATQEFAQSAELLPAKRGVFFGLGLSLLGQGQTDLAVQAMTLECLRNPIWITSPAWKSPPLQ
SIYDKVLAKLGQTYNQLLQGHQHLDDLNTHLHKGRGSLEWWRGNFEAAQADLDTYGSPLSRALVEVAQSKPGGPIQVSPE
LSNASRHILQAWAMPDQRLSLLAKAWLRGTETDATEQLVQITSDSMQQARTFQEWLQDYPIVRKYHRQRSGFGVLSRHTD
GPNPTDFFRVIDNVVMTEIFSDMMPVPEYFPDLDRALQERRNALLSEVKAISENAMLTSSLIQSGAMD
>Mature_867_residues
AISSDSQFDDLNPSSADIAAATSSRSLLGILCLGLYFLFTLMPDSHSIMVSWPWVFVWQLTWLCPVLWLVGQLWQRSPIP
RLQQGLDWLAALTMVGLLLSASLARFPNQARWYTGAALGGIAAIYCVNAWARTPLRRQRLLVTQGIVSAGLIVTSLGLWV
SQTLLPELNRLQSLQKLGVQASYNFSTLELRNWAPFGHQNYVAGYLVLALPLLLGLGLTHLRWRWWWFGCLGLGLIDLYT
TSSRGGWLGLLVAGVYLGLVLFRQQGLNRRWLMGGTLASLGIVVVLVFANNRLSSQISNFLQGRSGGDMAYRLITHVAGW
NMGLQQPVTGMGVGSVPLAYQAYRPHWAGLEAEHAYQLHGTLPQIWAELGLAGMVPFVLLLGWLIWQGGRYMTQATVNLL
PQSLLAGLLGYSLVSLTDYQLDNIGISGLMIISLGCLAGFMGTTSDATQVKAPSDQRSKSMAGVLLGIVLAFGISVAPIH
AAWQVSHQGFAALEQQEIDRFRQRLANAQAKAPWEPYYSYQLGWNLGEMGLKTKDPKLRSYLIQTASQQFIQGNQAAPDQ
EFGHTNLGWLYLQTDPRQATQEFAQSAELLPAKRGVFFGLGLSLLGQGQTDLAVQAMTLECLRNPIWITSPAWKSPPLQS
IYDKVLAKLGQTYNQLLQGHQHLDDLNTHLHKGRGSLEWWRGNFEAAQADLDTYGSPLSRALVEVAQSKPGGPIQVSPEL
SNASRHILQAWAMPDQRLSLLAKAWLRGTETDATEQLVQITSDSMQQARTFQEWLQDYPIVRKYHRQRSGFGVLSRHTDG
PNPTDFFRVIDNVVMTEIFSDMMPVPEYFPDLDRALQERRNALLSEVKAISENAMLTSSLIQSGAMD

Specific function: Unknown

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 96187; Mature: 96056

Theoretical pI: Translated: 8.33; Mature: 8.33

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
2.5 %Met     (Translated Protein)
3.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
2.4 %Met     (Mature Protein)
3.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MAISSDSQFDDLNPSSADIAAATSSRSLLGILCLGLYFLFTLMPDSHSIMVSWPWVFVWQ
CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECHHHHHHH
LTWLCPVLWLVGQLWQRSPIPRLQQGLDWLAALTMVGLLLSASLARFPNQARWYTGAALG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHH
GIAAIYCVNAWARTPLRRQRLLVTQGIVSAGLIVTSLGLWVSQTLLPELNRLQSLQKLGV
HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
QASYNFSTLELRNWAPFGHQNYVAGYLVLALPLLLGLGLTHLRWRWWWFGCLGLGLIDLY
CCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
TTSSRGGWLGLLVAGVYLGLVLFRQQGLNRRWLMGGTLASLGIVVVLVFANNRLSSQISN
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
FLQGRSGGDMAYRLITHVAGWNMGLQQPVTGMGVGSVPLAYQAYRPHWAGLEAEHAYQLH
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHH
GTLPQIWAELGLAGMVPFVLLLGWLIWQGGRYMTQATVNLLPQSLLAGLLGYSLVSLTDY
CCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
QLDNIGISGLMIISLGCLAGFMGTTSDATQVKAPSDQRSKSMAGVLLGIVLAFGISVAPI
HHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH
HAAWQVSHQGFAALEQQEIDRFRQRLANAQAKAPWEPYYSYQLGWNLGEMGLKTKDPKLR
HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCHHHCCCCCCCHHHH
SYLIQTASQQFIQGNQAAPDQEFGHTNLGWLYLQTDPRQATQEFAQSAELLPAKRGVFFG
HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCHHHH
LGLSLLGQGQTDLAVQAMTLECLRNPIWITSPAWKSPPLQSIYDKVLAKLGQTYNQLLQG
HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HQHLDDLNTHLHKGRGSLEWWRGNFEAAQADLDTYGSPLSRALVEVAQSKPGGPIQVSPE
HHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCC
LSNASRHILQAWAMPDQRLSLLAKAWLRGTETDATEQLVQITSDSMQQARTFQEWLQDYP
CCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH
IVRKYHRQRSGFGVLSRHTDGPNPTDFFRVIDNVVMTEIFSDMMPVPEYFPDLDRALQER
HHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHCCHHHHHHHHH
RNALLSEVKAISENAMLTSSLIQSGAMD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
>Mature Secondary Structure 
AISSDSQFDDLNPSSADIAAATSSRSLLGILCLGLYFLFTLMPDSHSIMVSWPWVFVWQ
CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECHHHHHHH
LTWLCPVLWLVGQLWQRSPIPRLQQGLDWLAALTMVGLLLSASLARFPNQARWYTGAALG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHH
GIAAIYCVNAWARTPLRRQRLLVTQGIVSAGLIVTSLGLWVSQTLLPELNRLQSLQKLGV
HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
QASYNFSTLELRNWAPFGHQNYVAGYLVLALPLLLGLGLTHLRWRWWWFGCLGLGLIDLY
CCCCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
TTSSRGGWLGLLVAGVYLGLVLFRQQGLNRRWLMGGTLASLGIVVVLVFANNRLSSQISN
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
FLQGRSGGDMAYRLITHVAGWNMGLQQPVTGMGVGSVPLAYQAYRPHWAGLEAEHAYQLH
HHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHH
GTLPQIWAELGLAGMVPFVLLLGWLIWQGGRYMTQATVNLLPQSLLAGLLGYSLVSLTDY
CCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
QLDNIGISGLMIISLGCLAGFMGTTSDATQVKAPSDQRSKSMAGVLLGIVLAFGISVAPI
HHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH
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LSNASRHILQAWAMPDQRLSLLAKAWLRGTETDATEQLVQITSDSMQQARTFQEWLQDYP
CCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH
IVRKYHRQRSGFGVLSRHTDGPNPTDFFRVIDNVVMTEIFSDMMPVPEYFPDLDRALQER
HHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHCCHHHHHHHHH
RNALLSEVKAISENAMLTSSLIQSGAMD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA