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The map label for this gene is ypbC

Identifier: 15673466

GI number: 15673466

Start: 1512823

End: 1514202

Strand: Direct

Name: ypbC

Synonym: L112499

Alternate gene names: 15673466

Gene position: 1512823-1514202 (Clockwise)

Preceding gene: 15673465

Following gene: 15673482

Centisome position: 63.95

GC content: 35.94

Gene sequence:

>1380_bases
ATGAGTAAAAAATCCAACTCTTATTATCTTAAGGAAGCGCCCATCAGAAAAGCAATTGCTCACTTATCAATTCCCATGAT
GATTGGAATTTCCGCAACAACAATCTACAACTTAATCAATGCCTACTTTATCGGCCTTGTCCATGACACAAATATGATGT
CAACAATCACTCTAGGTTTAACAATAACCATTGTTTTTATGGCCATCGGAAACCTTTTTGGTGTCGGAGGTGGAACCTAT
ATCACTCGCCTGCTAGGTTCTGGCGATAAAGAAAAAGGAAAGAAAATCGCTGGTTATTCTTTTTATATGAGTTTAATCAT
TGGTTTACTTATTGGGCTTGTTTCTCTTTTCTTTTTAAGTCCAATCGCTCATATTTTAGGATCAGACGCCGCAACTCTTA
CTTATACTAAAGAATATGCTGCAGTTTTATTAGGTGGTGGTTTTAGTATGATTTTAAACTATGGACTGGAACAATTAGTT
CGTGCAGAAGGTGCCTCAAAAGAATCAATGTATGGAATGTTCGTTGGGGTTGCGACTAGTATTGTCTTAGATGCCCTCTT
TATCCTAGTTTTAAATCTTCATGTCATTGGGGCTGGACTTTCAATGGTGATTGCAAATCTAGCTTCTACAGCTTATTATG
TCTGGTTTTTAGAAAATAAAAGTGAATCGCTTAAAGGATTTTTAAAACATTTTAAAATCAGTTTAAAAGACCAATTTGAA
ATCTATAAAATTGGGATTGCAGAAGTTTTCAAATCAGCATTTATGATTGTCACAACACTTTTGTTAAATCACTTTTCTGT
TCAATATGGTGATAATGTTCTTGCTAGCTTTGGGATTGCCCTTAGAATCACTCAACTGCCTGAATTTTTGACCATGGGAC
TCTTTTTGGGGGCCATTCCACTCTTTGCCTATAGTTTTGCTTCAAATAATACTCAACGATTAAAAGAAGCACTTAAAGAG
TTAACTCTTTGGATTGGCGGAATTTCTATTCTCTTTGCTTTAATTGTCTATCTTTTTAGAGTTCCTGTCATGCAACTCTT
TACTGATGATAGTGCAGTAATCAAAGTGGGCTTAATCGTACTAGCCGCACAACTGGTTTCATCTGTCTTCAATGGTTTTT
CGGGATTATTTACTGGAATTTTTGAAGCTTCTGGTCTAGGTGCACAAACTGGGGTAATGTCTACTATCCAAGGGATTCTT
TATATCCCAATCGTCATTATCTTACATCATTTTTACGGATTAACTGGCCTCATCTGGTCAATGACCCTAACAGAAGGAAT
TGCCTTTGTAGCAGGCCTCATCATGCTTATCCCTTATTTATTAAAATTAAACAATGGTAAACTTATGGAAAATCAACCTG
AATTAGCCGTTGCTGAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GGGTTGACAAAACAAAAAATAAGTATTATGATATTCTAATAGTTAGATATCTAACTATTAGAATATCTATCATTTCGATT
CAGAAAGAAGAACAATAAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TATATTAAAAACGAGGAAATTTATGGCCTCGTTTTTTTATATATTATTTTCCAGTCCAGACGTATTTATCATAATTTAAG
CCTGATAAAGCTTCAATTGT

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 459; Mature: 458

Protein sequence:

>459_residues
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTY
ITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLIIGLLIGLVSLFFLSPIAHILGSDAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLV
RAEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVQYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASNNTQRLKEALKE
LTLWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGVMSTIQGIL
YIPIVIILHHFYGLTGLIWSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE

Sequences:

>Translated_459_residues
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTY
ITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLIIGLLIGLVSLFFLSPIAHILGSDAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLV
RAEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVQYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASNNTQRLKEALKE
LTLWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGVMSTIQGIL
YIPIVIILHHFYGLTGLIWSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE
>Mature_458_residues
SKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGLTITIVFMAIGNLFGVGGGTYI
TRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLIIGLLIGLVSLFFLSPIAHILGSDAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLVR
AEGASKESMYGMFVGVATSIVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFEI
YKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVQYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIPLFAYSFASNNTQRLKEALKEL
TLWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIVLAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGVMSTIQGILY
IPIVIILHHFYGLTGLIWSMTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE

Specific function: Multidrug resistance efflux protein [H]

COG id: COG0534

COG function: function code V; Na+-driven multidrug efflux pump

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the multi antimicrobial extrusion (MATE) (TC 2.A.66.1) family. MepA subfamily [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002528
- InterPro:   IPR015522 [H]

Pfam domain/function: PF01554 MatE [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 49885; Mature: 49754

Theoretical pI: Translated: 8.87; Mature: 8.87

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.0 %Cys     (Translated Protein)
3.9 %Met     (Translated Protein)
3.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.0 %Cys     (Mature Protein)
3.7 %Met     (Mature Protein)
3.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGL
CCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH
TITIVFMAIGNLFGVGGGTYITRLLGSGDKEKGKKIAGYSFYMSLIIGLLIGLVSLFFLS
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
PIAHILGSDAATLTYTKEYAAVLLGGGFSMILNYGLEQLVRAEGASKESMYGMFVGVATS
HHHHHHCCCCCEEEEHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH
IVLDALFILVLNLHVIGAGLSMVIANLASTAYYVWFLENKSESLKGFLKHFKISLKDQFE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHH
IYKIGIAEVFKSAFMIVTTLLLNHFSVQYGDNVLASFGIALRITQLPEFLTMGLFLGAIP
HEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LFAYSFASNNTQRLKEALKELTLWIGGISILFALIVYLFRVPVMQLFTDDSAVIKVGLIV
HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH
LAAQLVSSVFNGFSGLFTGIFEASGLGAQTGVMSTIQGILYIPIVIILHHFYGLTGLIWS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
MTLTEGIAFVAGLIMLIPYLLKLNNGKLMENQPELAVAE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure 
SKKSNSYYLKEAPIRKAIAHLSIPMMIGISATTIYNLINAYFIGLVHDTNMMSTITLGL
CCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH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HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA