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The map label for this gene is virB6-4

Identifier: 148285054

GI number: 148285054

Start: 1889126

End: 1891693

Strand: Direct

Name: virB6-4

Synonym: OTBS_1954

Alternate gene names: NA

Gene position: 1889126-1891693 (Clockwise)

Preceding gene: 148285053

Following gene: 148285055

Centisome position: 88.81

GC content: 29.24

Gene sequence:

>2568_bases
ATGACTAAAATACTTAAAATTCTAATAACAAAAAACAAATCATTGATGACTTATTACATAAATATATTGATTTTGCTATC
ATATATTTTTGTGTCTACCAGTATTCAAGCTTCAAATGAATTACTTCAAGCTGGAGAGCAACTACCTACTTCTAATTCTC
TTCAATGGATGGATAAATATCCTAATGATAATAATACAGGATGTACAAATGTATCACCTACATGGTTGAGTGTTGCAGAT
GTAAAATGGATAGATATACAAGCTAACTCCAATAATAATTGGATTGATTCTGGTATTATGACTAAAGCTGGCAAAAGTAT
TTCAGTTGAGATTCCAAAGATTAGTCAAAATTTTAGAAAGTTACAGAAAAGATATCTAGTATTACATAGAGTTGATCCGC
GATTTCCTGTAATTGGGAAAACTTTTATTATTGAACTAGGCACAAACAATAAGCCTATTTCACGTCTTCATAATTTTGAG
AATGGTAAACTATTGAATTACCAAAATGAGAATAGTAGTAATTTTCAAAATGGTAGTACTAATTTTACGAATGCTATAAA
TCTGCAGAAAAAATTTTTTAATGGCGCAGACACTAAAATTAGTGTTAAAGCTGGTGATATTATCGATATAGCTTTAATTT
CGTCTGTCGATTTTTTTAATAAGTTGCAGTTAAAAGGTGGTACTGAAAAATCTGGATTTACTGGAGAGTTATATCCTAGG
TGGGATGATTATAAATATTATAAACCTTATGGCATATATACTGTATCACTAAAGTCTAATGTTGGTGTTGTTGATAATGC
TTTATTGGTTACTGGTCAAACTTCTGATAAGAAGGCATTAAGTAAGTTATTAGTTGGTGTTAAGAGTATTGATAGTATAA
GCAGTTTTGAAAAATGTAATTTGAATAACTTGTCTAAGTCTCAATCCTGTATAATGCAATCTGGAATAGGAATGGAAATT
AAATTGGATCAAGAAGTTCTAAAGTCTAAGTTTGATAAATTTTTAGTTGGTTATAATGTGGGGAATGCGAATAGCAGCGC
TTTTCTCGATAAGCCAATAGAGGGAATGTATCATATAGTAGCAAAAAGTGATGGTGACTTGAGTTTTTCTACGCCATTGT
TTAATAATAATGTAAAATACCGTACTAATGGACTGCAAGATGTGGAATATAGCAGTATATTAAGTAGCTGTAGTACATTG
AATGAATTTGAACAAAAATATTTAAATTCTATTCTTAGTTCTAAGCAAGAAATAATTCAAGGAATAGTTGTTGATAAAAC
ATTAGTAGGGCGGTACTTGATGTACATAACTATTGATAGACATAATATAGTTAGTGATGAATATGATGGTGATATAGAGT
ATATTATTTCAAATACAACTCCAAACTTATCTACTAAAGGTACTACTTTACCTCGAAATGGAATAAATATAGTTACTCCT
GAATCAGCAAAGCTATGGTTTCGTTTTGTAAAAACAAATAATGAACAATTTAATTTGAAGGTAACAGTTCCACCTGATAG
TGAAGGTAAAATAAAGGTTGCTGGATTTTTTTATGATAATATTTATATACCAATCAAGCAAAAAGTTGAAAAGTTTTCTA
AATTGTTTTATTTTGGCTTAGCTAAGAATGCAGCCTTAAAAAAGGTATTCAGTATTTTAGCAATTCTATACATTACACTA
TATGGTATTTATTTTTTATTAGGAGTAGTAAAAGTTACTGCTTACGACTTACTTATACGATGTAGTAAAATTATAGTTAT
AGCAGCACTGTTTAACGAAAGTAGCCAATATATTTTTTATGATACTCTATTTCCAATGTTTGATGGTGGTATAAATAGTT
TAATTAGCTATGCTGTTAAAACTACTGCCAGTGATGTTGACAATCCGTTTAAGTTCTTTGATTTAGTTGTTAGTAGATAT
ATTGATGTTAACTTTCTAAAGATAATATTAATTGAAATAGTTAACATACATAATGGTTTGACGATATTAGGAATATTAAC
TTTATGGTCAATTATGAGGTTTATAATCATTATGGTTAAAGTATGTATGGAACTTTTGATGTCTATGATTGCCATTGCAA
TATTAGTTGGGTTGGCTCCGATGTTTATAATTTTTATATTATTTGATAGGACAGCTGAGATTTTTAAAAGATGGCTTACT
GCTCTTTTATTAAATACATTAATGCCAGTGATAATGATTATCTTTATATTAATTATTAATGAATTGATGTTAGTTGCAGT
GGAAGCTGCTTTTCCTGAAATTAGAATTTGTTGGGGCACATTGTTTGATATAGAATTAAATCTTGACTTATCTGCAATTG
GATTACCAACAGCATTTAGTATTCCTCTGATGGCTGTACCTTTCTACAACGTTGTTTTCGTTGGTGGAAATTTATTTAAT
GCTATGGATTTAGGTAACAGTTTTGCAGGTTCGTTAGCAGGAGTTTTTTTACTATATAACTTAGTTTTACTAGCTGGAAC
ACTAGTTGGTTCTCAAGTATTTACTAAGGGAATAAATAGAAAGGGAATGAGCTATGTAAAAAGTATCATGATGCAACTTT
TAAGTTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
AGGGTGAATAATCAAGAAATTGATTTGAATAGCCCAAAACCATCGCATAATGAATCTTCTGTTAGAAGGCATGATTTGAA
TAAGAAAAATTTTGAGAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TGTCATGATATTCAGTATTTTAGGAGAATAAGATTTATGAACAAGAAGGTTCTAATTTTATCTATGCTTGTAACTTTAGC
TCATTATTATGATTATCATT

Product: type IV secretion system protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 855; Mature: 854

Protein sequence:

>855_residues
MTKILKILITKNKSLMTYYINILILLSYIFVSTSIQASNELLQAGEQLPTSNSLQWMDKYPNDNNTGCTNVSPTWLSVAD
VKWIDIQANSNNNWIDSGIMTKAGKSISVEIPKISQNFRKLQKRYLVLHRVDPRFPVIGKTFIIELGTNNKPISRLHNFE
NGKLLNYQNENSSNFQNGSTNFTNAINLQKKFFNGADTKISVKAGDIIDIALISSVDFFNKLQLKGGTEKSGFTGELYPR
WDDYKYYKPYGIYTVSLKSNVGVVDNALLVTGQTSDKKALSKLLVGVKSIDSISSFEKCNLNNLSKSQSCIMQSGIGMEI
KLDQEVLKSKFDKFLVGYNVGNANSSAFLDKPIEGMYHIVAKSDGDLSFSTPLFNNNVKYRTNGLQDVEYSSILSSCSTL
NEFEQKYLNSILSSKQEIIQGIVVDKTLVGRYLMYITIDRHNIVSDEYDGDIEYIISNTTPNLSTKGTTLPRNGINIVTP
ESAKLWFRFVKTNNEQFNLKVTVPPDSEGKIKVAGFFYDNIYIPIKQKVEKFSKLFYFGLAKNAALKKVFSILAILYITL
YGIYFLLGVVKVTAYDLLIRCSKIIVIAALFNESSQYIFYDTLFPMFDGGINSLISYAVKTTASDVDNPFKFFDLVVSRY
IDVNFLKIILIEIVNIHNGLTILGILTLWSIMRFIIIMVKVCMELLMSMIAIAILVGLAPMFIIFILFDRTAEIFKRWLT
ALLLNTLMPVIMIIFILIINELMLVAVEAAFPEIRICWGTLFDIELNLDLSAIGLPTAFSIPLMAVPFYNVVFVGGNLFN
AMDLGNSFAGSLAGVFLLYNLVLLAGTLVGSQVFTKGINRKGMSYVKSIMMQLLS

Sequences:

>Translated_855_residues
MTKILKILITKNKSLMTYYINILILLSYIFVSTSIQASNELLQAGEQLPTSNSLQWMDKYPNDNNTGCTNVSPTWLSVAD
VKWIDIQANSNNNWIDSGIMTKAGKSISVEIPKISQNFRKLQKRYLVLHRVDPRFPVIGKTFIIELGTNNKPISRLHNFE
NGKLLNYQNENSSNFQNGSTNFTNAINLQKKFFNGADTKISVKAGDIIDIALISSVDFFNKLQLKGGTEKSGFTGELYPR
WDDYKYYKPYGIYTVSLKSNVGVVDNALLVTGQTSDKKALSKLLVGVKSIDSISSFEKCNLNNLSKSQSCIMQSGIGMEI
KLDQEVLKSKFDKFLVGYNVGNANSSAFLDKPIEGMYHIVAKSDGDLSFSTPLFNNNVKYRTNGLQDVEYSSILSSCSTL
NEFEQKYLNSILSSKQEIIQGIVVDKTLVGRYLMYITIDRHNIVSDEYDGDIEYIISNTTPNLSTKGTTLPRNGINIVTP
ESAKLWFRFVKTNNEQFNLKVTVPPDSEGKIKVAGFFYDNIYIPIKQKVEKFSKLFYFGLAKNAALKKVFSILAILYITL
YGIYFLLGVVKVTAYDLLIRCSKIIVIAALFNESSQYIFYDTLFPMFDGGINSLISYAVKTTASDVDNPFKFFDLVVSRY
IDVNFLKIILIEIVNIHNGLTILGILTLWSIMRFIIIMVKVCMELLMSMIAIAILVGLAPMFIIFILFDRTAEIFKRWLT
ALLLNTLMPVIMIIFILIINELMLVAVEAAFPEIRICWGTLFDIELNLDLSAIGLPTAFSIPLMAVPFYNVVFVGGNLFN
AMDLGNSFAGSLAGVFLLYNLVLLAGTLVGSQVFTKGINRKGMSYVKSIMMQLLS
>Mature_854_residues
TKILKILITKNKSLMTYYINILILLSYIFVSTSIQASNELLQAGEQLPTSNSLQWMDKYPNDNNTGCTNVSPTWLSVADV
KWIDIQANSNNNWIDSGIMTKAGKSISVEIPKISQNFRKLQKRYLVLHRVDPRFPVIGKTFIIELGTNNKPISRLHNFEN
GKLLNYQNENSSNFQNGSTNFTNAINLQKKFFNGADTKISVKAGDIIDIALISSVDFFNKLQLKGGTEKSGFTGELYPRW
DDYKYYKPYGIYTVSLKSNVGVVDNALLVTGQTSDKKALSKLLVGVKSIDSISSFEKCNLNNLSKSQSCIMQSGIGMEIK
LDQEVLKSKFDKFLVGYNVGNANSSAFLDKPIEGMYHIVAKSDGDLSFSTPLFNNNVKYRTNGLQDVEYSSILSSCSTLN
EFEQKYLNSILSSKQEIIQGIVVDKTLVGRYLMYITIDRHNIVSDEYDGDIEYIISNTTPNLSTKGTTLPRNGINIVTPE
SAKLWFRFVKTNNEQFNLKVTVPPDSEGKIKVAGFFYDNIYIPIKQKVEKFSKLFYFGLAKNAALKKVFSILAILYITLY
GIYFLLGVVKVTAYDLLIRCSKIIVIAALFNESSQYIFYDTLFPMFDGGINSLISYAVKTTASDVDNPFKFFDLVVSRYI
DVNFLKIILIEIVNIHNGLTILGILTLWSIMRFIIIMVKVCMELLMSMIAIAILVGLAPMFIIFILFDRTAEIFKRWLTA
LLLNTLMPVIMIIFILIINELMLVAVEAAFPEIRICWGTLFDIELNLDLSAIGLPTAFSIPLMAVPFYNVVFVGGNLFNA
MDLGNSFAGSLAGVFLLYNLVLLAGTLVGSQVFTKGINRKGMSYVKSIMMQLLS

Specific function: Unknown

COG id: COG3704

COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB6 components

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the trbL/virB6 family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR007688 [H]

Pfam domain/function: PF04610 TrbL [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 95902; Mature: 95771

Theoretical pI: Translated: 9.19; Mature: 9.19

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.8 %Cys     (Translated Protein)
2.7 %Met     (Translated Protein)
3.5 %Cys+Met (Translated Protein)
0.8 %Cys     (Mature Protein)
2.6 %Met     (Mature Protein)
3.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MTKILKILITKNKSLMTYYINILILLSYIFVSTSIQASNELLQAGEQLPTSNSLQWMDKY
CCHHEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCC
PNDNNTGCTNVSPTWLSVADVKWIDIQANSNNNWIDSGIMTKAGKSISVEIPKISQNFRK
CCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCEECCCCHHCCCCEEEEECCHHHHHHHH
LQKRYLVLHRVDPRFPVIGKTFIIELGTNNKPISRLHNFENGKLLNYQNENSSNFQNGST
HHHHHHHHEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCC
NFTNAINLQKKFFNGADTKISVKAGDIIDIALISSVDFFNKLQLKGGTEKSGFTGELYPR
CCCHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCCCCC
WDDYKYYKPYGIYTVSLKSNVGVVDNALLVTGQTSDKKALSKLLVGVKSIDSISSFEKCN
CCCCCEECCCEEEEEEECCCCCEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
LNNLSKSQSCIMQSGIGMEIKLDQEVLKSKFDKFLVGYNVGNANSSAFLDKPIEGMYHIV
CCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEECHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHEEEE
AKSDGDLSFSTPLFNNNVKYRTNGLQDVEYSSILSSCSTLNEFEQKYLNSILSSKQEIIQ
EECCCCCEEECCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GIVVDKTLVGRYLMYITIDRHNIVSDEYDGDIEYIISNTTPNLSTKGTTLPRNGINIVTP
HHHHHHHHHCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECC
ESAKLWFRFVKTNNEQFNLKVTVPPDSEGKIKVAGFFYDNIYIPIKQKVEKFSKLFYFGL
CCHHEEEEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
AKNAALKKVFSILAILYITLYGIYFLLGVVKVTAYDLLIRCSKIIVIAALFNESSQYIFY
HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCEEEE
DTLFPMFDGGINSLISYAVKTTASDVDNPFKFFDLVVSRYIDVNFLKIILIEIVNIHNGL
EHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCH
TILGILTLWSIMRFIIIMVKVCMELLMSMIAIAILVGLAPMFIIFILFDRTAEIFKRWLT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ALLLNTLMPVIMIIFILIINELMLVAVEAAFPEIRICWGTLFDIELNLDLSAIGLPTAFS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEEECCEEEECCCCHHC
IPLMAVPFYNVVFVGGNLFNAMDLGNSFAGSLAGVFLLYNLVLLAGTLVGSQVFTKGINR
CCEEECCCEEEEEECCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
KGMSYVKSIMMQLLS
CHHHHHHHHHHHHHC
>Mature Secondary Structure 
TKILKILITKNKSLMTYYINILILLSYIFVSTSIQASNELLQAGEQLPTSNSLQWMDKY
CHHEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCC
PNDNNTGCTNVSPTWLSVADVKWIDIQANSNNNWIDSGIMTKAGKSISVEIPKISQNFRK
CCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCEECCCCHHCCCCEEEEECCHHHHHHHH
LQKRYLVLHRVDPRFPVIGKTFIIELGTNNKPISRLHNFENGKLLNYQNENSSNFQNGST
HHHHHHHHEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCC
NFTNAINLQKKFFNGADTKISVKAGDIIDIALISSVDFFNKLQLKGGTEKSGFTGELYPR
CCCHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCCCCC
WDDYKYYKPYGIYTVSLKSNVGVVDNALLVTGQTSDKKALSKLLVGVKSIDSISSFEKCN
CCCCCEECCCEEEEEEECCCCCEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
LNNLSKSQSCIMQSGIGMEIKLDQEVLKSKFDKFLVGYNVGNANSSAFLDKPIEGMYHIV
CCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEECHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHEEEE
AKSDGDLSFSTPLFNNNVKYRTNGLQDVEYSSILSSCSTLNEFEQKYLNSILSSKQEIIQ
EECCCCCEEECCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GIVVDKTLVGRYLMYITIDRHNIVSDEYDGDIEYIISNTTPNLSTKGTTLPRNGINIVTP
HHHHHHHHHCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECC
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CCHHEEEEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
AKNAALKKVFSILAILYITLYGIYFLLGVVKVTAYDLLIRCSKIIVIAALFNESSQYIFY
HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCEEEE
DTLFPMFDGGINSLISYAVKTTASDVDNPFKFFDLVVSRYIDVNFLKIILIEIVNIHNGL
EHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCH
TILGILTLWSIMRFIIIMVKVCMELLMSMIAIAILVGLAPMFIIFILFDRTAEIFKRWLT
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ALLLNTLMPVIMIIFILIINELMLVAVEAAFPEIRICWGTLFDIELNLDLSAIGLPTAFS
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IPLMAVPFYNVVFVGGNLFNAMDLGNSFAGSLAGVFLLYNLVLLAGTLVGSQVFTKGINR
CCEEECCCEEEEEECCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
KGMSYVKSIMMQLLS
CHHHHHHHHHHHHHC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 11557893 [H]