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The map label for this gene is virB6-1

Identifier: 148285051

GI number: 148285051

Start: 1879463

End: 1881910

Strand: Direct

Name: virB6-1

Synonym: OTBS_1951

Alternate gene names: NA

Gene position: 1879463-1881910 (Clockwise)

Preceding gene: 148285050

Following gene: 148285052

Centisome position: 88.36

GC content: 32.72

Gene sequence:

>2448_bases
ATGCAGTGGTTGTATCAATTAGCTAAAATAGTTATATTAATATCAGTATTTGCACTACAAATTGAAGCTATTAAGGCTAT
TCCCGCAATTGATATGATTAATATGGGTGATATTATACCTGATGAAGTAAAGGATGTAGCTGACGATATTAAAGATGGAG
TTAAAAAAGTTGTAGATACATTATCAAATATAACTTGCGAAACTAGAGGAGTTAACAATTTATTGTTTAAAGATGAATTT
TCTCATACTTGTACTCCTGCTCCATTTTTTAGTTTAGCAACATCATCTATCTTAGGAGTAGGCACGTATCTTCCAATGGT
ATTAAAGTTAAATATGACTAATGCAGAGTTATTTGGTGAACAATTTCCTGGAGGACAATGTCTTAAAAAAAATCGCGCTG
ATCCTGCTGATCCGCGAATTAGCTTTGCTTTATGTAATAATGTTAAGTTAATGGTAGCAGCAGCAACTGCTATAGGTGGA
ACTGTAGTCAATGCTGCTGTTGCTATTGCATCTGGTGATAATGTTTGGGAGGCTGTTGCCAAAGCATGGCATATTAAGGC
TCAAGATATCTTTGAAGTATATAAGGATAAAGAGGTAGGATATTCTCATCACTTTGTGGATATTAATCTTGCTGGATCTC
CTTATATACCTTATAAAATAGTACGAGATAAAGATAAAATTTGTGTTGCTGCATGGACTTTATTGGGGGGATATTTAAAT
GTAGGGTGTAAGTATATTAGTGAACCTTGTAGTAGCTCTATATATAGTAATTTTTTAAATAACTCTTCTAGTGTATCAGA
TATATCAAAGCCAGTATGCCATACCGGAAATGGTAATAAAGAATCAAAAGAATTGTCTGATAAAAATAGATTAGTTGAAT
GTGGAAATATGAGCGGGTGTTATGCAGATGCAGTAGAAAATTCTAAAACTCTGCTACCTATTACTGGTCCTATAGTTAAG
TGTTTTGTACAGATGGCTCGTAAAATCCTTGGAGAATCAACTGTATGCAAGCTAAATGCTAAAGGGGATGAGGTTATAAC
AAATGCTAGTGATGTTAATATGATTAGTAAATTTAGCCGTCACATGCGCAGGGCAGTTGCTGCTTTTATGTGTTTATATA
TCATTTTTTGGGGATACAATATTTTGTTATCGCCAAATGAAATAAGTCGTAAAGATGTTATTAATACTGTTTTAAAGATA
GTGTTAGTAACATATTTTTCAATTGGAATTAGTACTGGTGATGATAAAAAATTAATTAATGGAGTACAAAGTTGGGGTAT
GGAGTTGCTACGCGGAGATGTAATGGCAAAAGTAGCAGCTTGGGTAATGACAAAATCTAGTAATGAAGAAGGTAAAAAAG
TATCTGGTTTATGCAATTTTCAGCCTAGTGATTATGATTCTAGTAAACACGGAGCTGATGCTAGGCAGCTTTTAGCATTA
TGGGATTCTATTGATTGCAGGCTAACACATTATTTAGGAATAAATGCTATTAAAGATTATGTTAGGCAAAAAATTCAAGC
TGTAAAGGGTAGTGGTGGAGATCCTTTAGGTAATTCCATACCTCCATATTATTATTTGTTAGTTCCTGCTTTATGGAGTG
GCAATATGACTTTATTGGGGCTAGTTTTGTTTTATCCATTGCTTGTAATATCAATAGCAGCATACATGGTTAATGCATAT
ATAGTATGTATTATTGGAATATTAATCTTAGGATTATTGGCTCCTATATTTGTACCTATGGTGCTTTTTGAATATACTAA
AAGTTATTTTCATAGTTGGTTAAAATTAGTAATATCATTTGTACTACAGCCTATGGTTGTTATTGTTTTTATGATGATGA
TGTTTCACGTTTATGAATATGGCTTTTATACTGATTGTGCATATGATTATAGACTTGTAAAAGATAGTAGTGGCAATGTT
TCAAGAATGAGAAAGATGTTTTTTATTAATGTCAATGATAAAAATTTATATGATGGTGATGCTGATCAAAAAATTGCTAG
ATGTAAAAAAAGTTTAGGATGGATGTTAAATAATCCTCTGTTTGCAGTGATTAATACTGCTAAAACTGTAGCTAAGGATG
TTATCTCAGTAGACAATGTAGGATCAGAAGATGCTTCAGAAAATCATCAGTTTAGTGATACAGTAGAAGTGGATCAGGGA
TTATTTTTTAAAACTACTCGCTCTATTTTTCAATTAGTTAAAGATTTAATAATGGCGCTACTAGTTGCTTGTTTAACTTT
ATATTTGATTTATCACCTTAGTGATTCACTGTCACAGTTTGTATCATCATTAGTAAGCGGAATAAATCTTTCTGGTATGA
CTGTTAATCCTAAGCAAATGCATGATACTTTAGGCGTTTTGGCAAAAAAGGGAGGAGGAAAAGCGAGTTCAGCTATGAAA
GGTGGAGGAGATGGTGGGCAATCTATGAGAAGCGGTTCTCTAAAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTGAAACTGTAATATTATTAGATCAGTTAAGAAGCGAATATGGAGATGATTCTAGAAAATGGTTGCCTAAATTTTATAAG
CACTTAGAAACAGCGAAATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TATGGTATAAGTATTAATGAAATGATAAAGCATTTGCTATATAACTTTAGGATAGTAATTAACAATCATTCAATTCTTAA
AGCTTTTAAAGAAGCAATTT

Product: type IV secretion system protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 815; Mature: 815

Protein sequence:

>815_residues
MQWLYQLAKIVILISVFALQIEAIKAIPAIDMINMGDIIPDEVKDVADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGVGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWEAVAKAWHIKAQDIFEVYKDKEVGYSHHFVDINLAGSPYIPYKIVRDKDKICVAAWTLLGGYLN
VGCKYISEPCSSSIYSNFLNNSSSVSDISKPVCHTGNGNKESKELSDKNRLVECGNMSGCYADAVENSKTLLPITGPIVK
CFVQMARKILGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVAAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINTVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAKVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNV
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDASENHQFSDTVEVDQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGVLAKKGGGKASSAMK
GGGDGGQSMRSGSLK

Sequences:

>Translated_815_residues
MQWLYQLAKIVILISVFALQIEAIKAIPAIDMINMGDIIPDEVKDVADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGVGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWEAVAKAWHIKAQDIFEVYKDKEVGYSHHFVDINLAGSPYIPYKIVRDKDKICVAAWTLLGGYLN
VGCKYISEPCSSSIYSNFLNNSSSVSDISKPVCHTGNGNKESKELSDKNRLVECGNMSGCYADAVENSKTLLPITGPIVK
CFVQMARKILGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVAAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINTVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAKVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNV
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDASENHQFSDTVEVDQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGVLAKKGGGKASSAMK
GGGDGGQSMRSGSLK
>Mature_815_residues
MQWLYQLAKIVILISVFALQIEAIKAIPAIDMINMGDIIPDEVKDVADDIKDGVKKVVDTLSNITCETRGVNNLLFKDEF
SHTCTPAPFFSLATSSILGVGTYLPMVLKLNMTNAELFGEQFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGG
TVVNAAVAIASGDNVWEAVAKAWHIKAQDIFEVYKDKEVGYSHHFVDINLAGSPYIPYKIVRDKDKICVAAWTLLGGYLN
VGCKYISEPCSSSIYSNFLNNSSSVSDISKPVCHTGNGNKESKELSDKNRLVECGNMSGCYADAVENSKTLLPITGPIVK
CFVQMARKILGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSRHMRRAVAAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINTVLKI
VLVTYFSIGISTGDDKKLINGVQSWGMELLRGDVMAKVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLGLVLFYPLLVISIAAYMVNAY
IVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISFVLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNV
SRMRKMFFINVNDKNLYDGDADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDASENHQFSDTVEVDQG
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQMHDTLGVLAKKGGGKASSAMK
GGGDGGQSMRSGSLK

Specific function: Unknown

COG id: COG3704

COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB6 components

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the trbL/virB6 family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR007688 [H]

Pfam domain/function: PF04610 TrbL [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 89579; Mature: 89579

Theoretical pI: Translated: 8.03; Mature: 8.03

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.3 %Cys     (Translated Protein)
3.7 %Met     (Translated Protein)
6.0 %Cys+Met (Translated Protein)
2.3 %Cys     (Mature Protein)
3.7 %Met     (Mature Protein)
6.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MQWLYQLAKIVILISVFALQIEAIKAIPAIDMINMGDIIPDEVKDVADDIKDGVKKVVDT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSNITCETRGVNNLLFKDEFSHTCTPAPFFSLATSSILGVGTYLPMVLKLNMTNAELFGE
HHCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHC
QFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGGTVVNAAVAIASGDNVWEAVA
CCCCCHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHEEECCCHHHHHHH
KAWHIKAQDIFEVYKDKEVGYSHHFVDINLAGSPYIPYKIVRDKDKICVAAWTLLGGYLN
HHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHH
VGCKYISEPCSSSIYSNFLNNSSSVSDISKPVCHTGNGNKESKELSDKNRLVECGNMSGC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHEEECCCCCCC
YADAVENSKTLLPITGPIVKCFVQMARKILGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSR
HHHHHCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHH
HMRRAVAAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINTVLKIVLVTYFSIGISTGDDKKLIN
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
GVQSWGMELLRGDVMAKVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLG
HHCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHH
LVLFYPLLVISIAAYMVNAYIVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNVSRMRKMFFINVNDKNLYDGD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHEEEEEECCCCCCCCCC
ADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDASENHQFSDTVEVDQG
HHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCC
LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHH
HDTLGVLAKKGGGKASSAMKGGGDGGQSMRSGSLK
HHHHHHHHCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MQWLYQLAKIVILISVFALQIEAIKAIPAIDMINMGDIIPDEVKDVADDIKDGVKKVVDT
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LSNITCETRGVNNLLFKDEFSHTCTPAPFFSLATSSILGVGTYLPMVLKLNMTNAELFGE
HHCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHC
QFPGGQCLKKNRADPADPRISFALCNNVKLMVAAATAIGGTVVNAAVAIASGDNVWEAVA
CCCCCHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHEEECCCHHHHHHH
KAWHIKAQDIFEVYKDKEVGYSHHFVDINLAGSPYIPYKIVRDKDKICVAAWTLLGGYLN
HHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHH
VGCKYISEPCSSSIYSNFLNNSSSVSDISKPVCHTGNGNKESKELSDKNRLVECGNMSGC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHEEECCCCCCC
YADAVENSKTLLPITGPIVKCFVQMARKILGESTVCKLNAKGDEVITNASDVNMISKFSR
HHHHHCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHH
HMRRAVAAFMCLYIIFWGYNILLSPNEISRKDVINTVLKIVLVTYFSIGISTGDDKKLIN
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH
GVQSWGMELLRGDVMAKVAAWVMTKSSNEEGKKVSGLCNFQPSDYDSSKHGADARQLLAL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHCCEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH
WDSIDCRLTHYLGINAIKDYVRQKIQAVKGSGGDPLGNSIPPYYYLLVPALWSGNMTLLG
HHCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHH
LVLFYPLLVISIAAYMVNAYIVCIIGILILGLLAPIFVPMVLFEYTKSYFHSWLKLVISF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VLQPMVVIVFMMMMFHVYEYGFYTDCAYDYRLVKDSSGNVSRMRKMFFINVNDKNLYDGD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCEEEEECCCCCHHHHHEEEEEECCCCCCCCCC
ADQKIARCKKSLGWMLNNPLFAVINTAKTVAKDVISVDNVGSEDASENHQFSDTVEVDQG
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LFFKTTRSIFQLVKDLIMALLVACLTLYLIYHLSDSLSQFVSSLVSGINLSGMTVNPKQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHH
HDTLGVLAKKGGGKASSAMKGGGDGGQSMRSGSLK
HHHHHHHHCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA