| Definition | Francisella tularensis subsp. tularensis WY96-3418, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009257 |
| Length | 1,898,476 |
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The map label for this gene is pdpC1
Identifier: 134301199
GI number: 134301199
Start: 38594
End: 42580
Strand: Reverse
Name: pdpC1
Synonym: FTW_0043
Alternate gene names: NA
Gene position: 42580-38594 (Counterclockwise)
Preceding gene: 134301200
Following gene: 134301198
Centisome position: 2.24
GC content: 26.41
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
>100_bases TGAAATATCAATTGAAAATAATAAAAAAAATCAGATATACCTAGGTTATTTTAATTTATGAAAAATCCGAATCACTATCT GATAAATTAAGGAGGTACAT
Downstream 100 bases:
>100_bases GTTAAGGATACAAATATATGAGTAAAAAAATATTTAAATTATTATCAATTTCAATAATATTTAGTATATATCAACAAACA TTTAGTAATACAATAACAGC
Product: pathogenicity determinant protein pdpC
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1328; Mature: 1328
Protein sequence:
>1328_residues MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRRLRSIHPSKIAMQKIKSIRNKKN SFIIAILSLDKIIHKTKFITFGHKTVIFDFKKLWGLVDFVIVHTSNKTWVNHKLTSFMPSITYCNQNIIHLAYHSDFLYI YHTPEFMDDINVDRENRRELVAKIPDPYWVRADTKENKINITSEKKNLEKDLKKITKLKNFEISANDIFFSKAIKAAPRL QHKNKSKLFNSLAIENNEKIKRDIIDYAISNAWYKNEGLLENLMTFLDALIVRHLYLIAVYSVYEIEIGIKSVKPEYSKL LKAGLLNKDIQNQLIYDQKKISNIIWLGETFHGLDIEEAQALCEFLDEENINPKINPINSKKLYKTYKENYKSDSEKILS FTKYKEKYNFLNNDKLREEHANKLSSILEDPKFRVLSYINAFLCSTKNYLVPYGYLGSNPLTYYNCMLETGKRRTSKEAY FADIRNKLFIVCYLPGFLSSVIADDDFIDWYSNKKENQELLKNSYLNNLYNSKQKYIKDFIDLDIIKLLKQTSSQIKPSY IPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHNQYSEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGMSLFSLNLTNEKEDG LRKVMLKVAQLYNLDFKVGISGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTTLSEVYEDIYNLNCLYSSLSE GSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKVVNNYNSYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKD FNLYSPDKEQINYLKYNFKDNKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNDFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN LHNEKYSFATPNSDSKIYRVSPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGKNLYHTNYEIWVGLSHQAISC FSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLWISSEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNRASKPVIERF LIILNIYNNTIDDNTLILIRCRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN NILILSLVEELKTKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLLIRLIEISTYHRILTKSIITNTTSLLYDILNKPEFQTINKL INKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKSDFFKKISS
Sequences:
>Translated_1328_residues MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRRLRSIHPSKIAMQKIKSIRNKKN SFIIAILSLDKIIHKTKFITFGHKTVIFDFKKLWGLVDFVIVHTSNKTWVNHKLTSFMPSITYCNQNIIHLAYHSDFLYI YHTPEFMDDINVDRENRRELVAKIPDPYWVRADTKENKINITSEKKNLEKDLKKITKLKNFEISANDIFFSKAIKAAPRL QHKNKSKLFNSLAIENNEKIKRDIIDYAISNAWYKNEGLLENLMTFLDALIVRHLYLIAVYSVYEIEIGIKSVKPEYSKL LKAGLLNKDIQNQLIYDQKKISNIIWLGETFHGLDIEEAQALCEFLDEENINPKINPINSKKLYKTYKENYKSDSEKILS FTKYKEKYNFLNNDKLREEHANKLSSILEDPKFRVLSYINAFLCSTKNYLVPYGYLGSNPLTYYNCMLETGKRRTSKEAY FADIRNKLFIVCYLPGFLSSVIADDDFIDWYSNKKENQELLKNSYLNNLYNSKQKYIKDFIDLDIIKLLKQTSSQIKPSY IPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHNQYSEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGMSLFSLNLTNEKEDG LRKVMLKVAQLYNLDFKVGISGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTTLSEVYEDIYNLNCLYSSLSE GSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKVVNNYNSYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKD FNLYSPDKEQINYLKYNFKDNKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNDFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN LHNEKYSFATPNSDSKIYRVSPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGKNLYHTNYEIWVGLSHQAISC FSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLWISSEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNRASKPVIERF LIILNIYNNTIDDNTLILIRCRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN NILILSLVEELKTKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLLIRLIEISTYHRILTKSIITNTTSLLYDILNKPEFQTINKL INKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKSDFFKKISS >Mature_1328_residues MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRRLRSIHPSKIAMQKIKSIRNKKN SFIIAILSLDKIIHKTKFITFGHKTVIFDFKKLWGLVDFVIVHTSNKTWVNHKLTSFMPSITYCNQNIIHLAYHSDFLYI YHTPEFMDDINVDRENRRELVAKIPDPYWVRADTKENKINITSEKKNLEKDLKKITKLKNFEISANDIFFSKAIKAAPRL QHKNKSKLFNSLAIENNEKIKRDIIDYAISNAWYKNEGLLENLMTFLDALIVRHLYLIAVYSVYEIEIGIKSVKPEYSKL LKAGLLNKDIQNQLIYDQKKISNIIWLGETFHGLDIEEAQALCEFLDEENINPKINPINSKKLYKTYKENYKSDSEKILS FTKYKEKYNFLNNDKLREEHANKLSSILEDPKFRVLSYINAFLCSTKNYLVPYGYLGSNPLTYYNCMLETGKRRTSKEAY FADIRNKLFIVCYLPGFLSSVIADDDFIDWYSNKKENQELLKNSYLNNLYNSKQKYIKDFIDLDIIKLLKQTSSQIKPSY IPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHNQYSEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGMSLFSLNLTNEKEDG LRKVMLKVAQLYNLDFKVGISGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTTLSEVYEDIYNLNCLYSSLSE GSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKVVNNYNSYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKD FNLYSPDKEQINYLKYNFKDNKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNDFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN LHNEKYSFATPNSDSKIYRVSPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGKNLYHTNYEIWVGLSHQAISC FSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLWISSEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNRASKPVIERF LIILNIYNNTIDDNTLILIRCRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN NILILSLVEELKTKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLLIRLIEISTYHRILTKSIITNTTSLLYDILNKPEFQTINKL INKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKSDFFKKISS
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 156247; Mature: 156247
Theoretical pI: Translated: 9.55; Mature: 9.55
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.9 %Cys (Translated Protein) 1.7 %Met (Translated Protein) 2.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.9 %Cys (Mature Protein) 1.7 %Met (Mature Protein) 2.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRRLR CCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCHHHEEEEEEECHHHHHHHHHHH SIHPSKIAMQKIKSIRNKKNSFIIAILSLDKIIHKTKFITFGHKTVIFDFKKLWGLVDFV CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHEEEECCCEEEEEHHHHHHHHHEE IVHTSNKTWVNHKLTSFMPSITYCNQNIIHLAYHSDFLYIYHTPEFMDDINVDRENRREL EEECCCCCEEHHHHHHHCCCHHHCCCCEEEEEEECCEEEEEECCHHHHCCCCCHHHHHHH VAKIPDPYWVRADTKENKINITSEKKNLEKDLKKITKLKNFEISANDIFFSKAIKAAPRL HHHCCCCEEEEECCCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH QHKNKSKLFNSLAIENNEKIKRDIIDYAISNAWYKNEGLLENLMTFLDALIVRHLYLIAV CCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YSVYEIEIGIKSVKPEYSKLLKAGLLNKDIQNQLIYDQKKISNIIWLGETFHGLDIEEAQ HHHEEEEECHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCCCHHHHH ALCEFLDEENINPKINPINSKKLYKTYKENYKSDSEKILSFTKYKEKYNFLNNDKLREEH HHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH ANKLSSILEDPKFRVLSYINAFLCSTKNYLVPYGYLGSNPLTYYNCMLETGKRRTSKEAY HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHH FADIRNKLFIVCYLPGFLSSVIADDDFIDWYSNKKENQELLKNSYLNNLYNSKQKYIKDF HHHHCCCEEEEEECHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IDLDIIKLLKQTSSQIKPSYIPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHN HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCHHHHHH QYSEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGMSLFSLNLTNEKEDGLRKVMLKVAQLYNLDFKVGI HHCCHHHEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEC SGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTT EEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH LSEVYEDIYNLNCLYSSLSEGSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKV HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEE VNNYNSYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKDFNLYSPDKEQINYLKYNFKD EECCCCHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCEEEEECCC NKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNDFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN CCCHHHHHCCCHHHHHHHHEEEEECCCCEEEEECHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCEEEE LHNEKYSFATPNSDSKIYRVSPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGK EECCCEEECCCCCCCEEEEECHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCC NLYHTNYEIWVGLSHQAISCFSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLWIS CCEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEC SEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNRASKPVIERFLIILNIYNNTIDDNTLILIR HHHHHCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEE CRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN EEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC NILILSLVEELKTKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLLIRLIEISTYHRILTKSIITN CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH TTSLLYDILNKPEFQTINKLINKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKS HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCHHHHHHHHEEEEHHHHHHHHHHHHHH DFFKKISS HHHHHHCC >Mature Secondary Structure MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRRLR CCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCHHHEEEEEEECHHHHHHHHHHH 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IDLDIIKLLKQTSSQIKPSYIPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHN HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCHHHHHH QYSEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGMSLFSLNLTNEKEDGLRKVMLKVAQLYNLDFKVGI HHCCHHHEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEC SGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTT EEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH LSEVYEDIYNLNCLYSSLSEGSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKV HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEE VNNYNSYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKDFNLYSPDKEQINYLKYNFKD EECCCCHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCEEEEECCC NKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNDFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN CCCHHHHHCCCHHHHHHHHEEEEECCCCEEEEECHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCEEEE LHNEKYSFATPNSDSKIYRVSPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGK EECCCEEECCCCCCCEEEEECHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCC NLYHTNYEIWVGLSHQAISCFSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLWIS CCEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEC SEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNRASKPVIERFLIILNIYNNTIDDNTLILIR HHHHHCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEE CRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN EEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC NILILSLVEELKTKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLLIRLIEISTYHRILTKSIITN CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH TTSLLYDILNKPEFQTINKLINKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKS HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHEEECCCCCCHHHHHHHHEEEEHHHHHHHHHHHHHH DFFKKISS HHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
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Specific activity: NA
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Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA