| Definition | Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009053 |
| Length | 2,274,482 |
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The map label for this gene is recC [H]
Identifier: 126209344
GI number: 126209344
Start: 2115561
End: 2118905
Strand: Reverse
Name: recC [H]
Synonym: APL_1884
Alternate gene names: 126209344
Gene position: 2118905-2115561 (Counterclockwise)
Preceding gene: 126209345
Following gene: 126209343
Centisome position: 93.16
GC content: 40.39
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
>100_bases TTACAAAAATACGGAAAAAACGACCGCTTGTCGGCAAAGGAAAGAGATTGAATCCGTTAGGTTTTTAGTGGACAATCATT CCGTTATACAAGGAGCTACT
Downstream 100 bases:
>100_bases GAAAGAATATGATTTCTCGTGCCATCAGCTACGCATTATCCGCCACTTTTGCGTTGGGGATAGCGTTGCCGACCTTTGCA AATAATCCTCAAAATCAGAC
Product: exodeoxyribonuclease V gamma chain
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1114; Mature: 1114
Protein sequence:
>1114_residues MFTVFFSQKLSSLAALLIRLQQNDPNPNPFEPETVLVQSVGMAQWLQMQIADQTGVAAHYQFPFPTSFLWQQYRVLFPEL PKENIFERESVTWRLMRLIPKYLEKAEFESLNLYLNKDARQYPLKLYQLAGKIADLFDQYLVYRPHWLVHWESNRIEAVL NEILAAIAFREKNERDILANLRWQSMLWNALIEDIKADSDEEVFMTSHRAYLQQQYFEKLDNLTESEKSKLPKRIFVLGI SSLPATQLAVLKKLSEHCEVYLFFLDPSQEYWAESVEDKTLEKLALKRQLSQQDLDALLAEQGNQLLTMWGKQGREFLVQ LVEQEPDNTIEVFDEYEGDSNLIKLKNAILNFNNEQRFELAEQDRSIQIHACHSVMREVEVLHNQLLQMFERNPTLAPKD IIVMSADIDKYAPYINAVFARYEKGDKRYIPFTLSDQKVTAVDPIIASFLMLLNLKESDFSAESLLDLLDVKALRERFNL QEQDLQTLRHWVNQVGIRFGLHIQQDDWQNHNAWENGLTRLLLGTSLKAESGIWQDSIAFNESYGLSATLVGFLAKFIEN LTAWYEFIQQDHTLEEWKARIQKLIGEFYQESNESLDALLLLNSTLEEVANKAEQAEFSESIGIEIIRLLLEDKLNQQQS SLQFLAGKVNFCTLLPMRAIPFKVVCLLGMNEADFPRQHSVNSFDLMQYAPKRGDRARRDDDRYLFLEALLSAQEIFYLS YIGQSATDNKQRLPSVLVSQLLDYLAEHLTEQARLQASEKDNFSEALFWQKMVVQQPLTVFSPKNFTPQYGSYDKEWLLE QQHEPLADFLNESFDLKAEIPTEINLEDLIAFVSNPIKYFFNHQLGVYFRNDEESIAESEKFSLSDLDDYQLRDQLVTLE PAEREAFFKQEQLKGNLPIANFAKVSLQDLDDSINELRELILPYLGESDILKIERLFEVEQLKIRLFGNIRNKFADEIVF WKVSSLKDKDYIRLWIYYLLIQAQGLNLELKAIARSKEKAEIFRFNQVSAEQAFSQLQTYISAYVTSFRQLAWGIWTDLD NYFEKLSDEQNVAEYCQQQLSALMDKQYFEKSYLQRVLQQSSQLDYAQIHTVTLEWFELMQQSKPTKTKIKEKK
Sequences:
>Translated_1114_residues MFTVFFSQKLSSLAALLIRLQQNDPNPNPFEPETVLVQSVGMAQWLQMQIADQTGVAAHYQFPFPTSFLWQQYRVLFPEL PKENIFERESVTWRLMRLIPKYLEKAEFESLNLYLNKDARQYPLKLYQLAGKIADLFDQYLVYRPHWLVHWESNRIEAVL NEILAAIAFREKNERDILANLRWQSMLWNALIEDIKADSDEEVFMTSHRAYLQQQYFEKLDNLTESEKSKLPKRIFVLGI SSLPATQLAVLKKLSEHCEVYLFFLDPSQEYWAESVEDKTLEKLALKRQLSQQDLDALLAEQGNQLLTMWGKQGREFLVQ LVEQEPDNTIEVFDEYEGDSNLIKLKNAILNFNNEQRFELAEQDRSIQIHACHSVMREVEVLHNQLLQMFERNPTLAPKD IIVMSADIDKYAPYINAVFARYEKGDKRYIPFTLSDQKVTAVDPIIASFLMLLNLKESDFSAESLLDLLDVKALRERFNL QEQDLQTLRHWVNQVGIRFGLHIQQDDWQNHNAWENGLTRLLLGTSLKAESGIWQDSIAFNESYGLSATLVGFLAKFIEN LTAWYEFIQQDHTLEEWKARIQKLIGEFYQESNESLDALLLLNSTLEEVANKAEQAEFSESIGIEIIRLLLEDKLNQQQS SLQFLAGKVNFCTLLPMRAIPFKVVCLLGMNEADFPRQHSVNSFDLMQYAPKRGDRARRDDDRYLFLEALLSAQEIFYLS YIGQSATDNKQRLPSVLVSQLLDYLAEHLTEQARLQASEKDNFSEALFWQKMVVQQPLTVFSPKNFTPQYGSYDKEWLLE QQHEPLADFLNESFDLKAEIPTEINLEDLIAFVSNPIKYFFNHQLGVYFRNDEESIAESEKFSLSDLDDYQLRDQLVTLE PAEREAFFKQEQLKGNLPIANFAKVSLQDLDDSINELRELILPYLGESDILKIERLFEVEQLKIRLFGNIRNKFADEIVF WKVSSLKDKDYIRLWIYYLLIQAQGLNLELKAIARSKEKAEIFRFNQVSAEQAFSQLQTYISAYVTSFRQLAWGIWTDLD NYFEKLSDEQNVAEYCQQQLSALMDKQYFEKSYLQRVLQQSSQLDYAQIHTVTLEWFELMQQSKPTKTKIKEKK >Mature_1114_residues MFTVFFSQKLSSLAALLIRLQQNDPNPNPFEPETVLVQSVGMAQWLQMQIADQTGVAAHYQFPFPTSFLWQQYRVLFPEL PKENIFERESVTWRLMRLIPKYLEKAEFESLNLYLNKDARQYPLKLYQLAGKIADLFDQYLVYRPHWLVHWESNRIEAVL NEILAAIAFREKNERDILANLRWQSMLWNALIEDIKADSDEEVFMTSHRAYLQQQYFEKLDNLTESEKSKLPKRIFVLGI SSLPATQLAVLKKLSEHCEVYLFFLDPSQEYWAESVEDKTLEKLALKRQLSQQDLDALLAEQGNQLLTMWGKQGREFLVQ LVEQEPDNTIEVFDEYEGDSNLIKLKNAILNFNNEQRFELAEQDRSIQIHACHSVMREVEVLHNQLLQMFERNPTLAPKD IIVMSADIDKYAPYINAVFARYEKGDKRYIPFTLSDQKVTAVDPIIASFLMLLNLKESDFSAESLLDLLDVKALRERFNL QEQDLQTLRHWVNQVGIRFGLHIQQDDWQNHNAWENGLTRLLLGTSLKAESGIWQDSIAFNESYGLSATLVGFLAKFIEN LTAWYEFIQQDHTLEEWKARIQKLIGEFYQESNESLDALLLLNSTLEEVANKAEQAEFSESIGIEIIRLLLEDKLNQQQS SLQFLAGKVNFCTLLPMRAIPFKVVCLLGMNEADFPRQHSVNSFDLMQYAPKRGDRARRDDDRYLFLEALLSAQEIFYLS YIGQSATDNKQRLPSVLVSQLLDYLAEHLTEQARLQASEKDNFSEALFWQKMVVQQPLTVFSPKNFTPQYGSYDKEWLLE QQHEPLADFLNESFDLKAEIPTEINLEDLIAFVSNPIKYFFNHQLGVYFRNDEESIAESEKFSLSDLDDYQLRDQLVTLE PAEREAFFKQEQLKGNLPIANFAKVSLQDLDDSINELRELILPYLGESDILKIERLFEVEQLKIRLFGNIRNKFADEIVF WKVSSLKDKDYIRLWIYYLLIQAQGLNLELKAIARSKEKAEIFRFNQVSAEQAFSQLQTYISAYVTSFRQLAWGIWTDLD NYFEKLSDEQNVAEYCQQQLSALMDKQYFEKSYLQRVLQQSSQLDYAQIHTVTLEWFELMQQSKPTKTKIKEKK
Specific function: Exhibits a wide variety of catalytic activities including ATP-dependent exonuclease, ATP-stimulated endonuclease, ATP-dependent helicase and DNA-dependent ATPase activities [H]
COG id: COG1330
COG function: function code L; Exonuclease V gamma subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1789186, Length=1069, Percent_Identity=36.1085126286249, Blast_Score=620, Evalue=1e-178,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR006697 - InterPro: IPR011335 [H]
Pfam domain/function: NA
EC number: =3.1.11.5 [H]
Molecular weight: Translated: 130340; Mature: 130340
Theoretical pI: Translated: 4.63; Mature: 4.63
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.5 %Met (Translated Protein) 2.0 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 2.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MFTVFFSQKLSSLAALLIRLQQNDPNPNPFEPETVLVQSVGMAQWLQMQIADQTGVAAHY CEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEE QFPFPTSFLWQQYRVLFPELPKENIFERESVTWRLMRLIPKYLEKAEFESLNLYLNKDAR ECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCH QYPLKLYQLAGKIADLFDQYLVYRPHWLVHWESNRIEAVLNEILAAIAFREKNERDILAN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHH LRWQSMLWNALIEDIKADSDEEVFMTSHRAYLQQQYFEKLDNLTESEKSKLPKRIFVLGI HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCEEEEEEC SSLPATQLAVLKKLSEHCEVYLFFLDPSQEYWAESVEDKTLEKLALKRQLSQQDLDALLA CCCCHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EQGNQLLTMWGKQGREFLVQLVEQEPDNTIEVFDEYEGDSNLIKLKNAILNFNNEQRFEL HCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHH AEQDRSIQIHACHSVMREVEVLHNQLLQMFERNPTLAPKDIIVMSADIDKYAPYINAVFA HHCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHH RYEKGDKRYIPFTLSDQKVTAVDPIIASFLMLLNLKESDFSAESLLDLLDVKALRERFNL HHHCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC QEQDLQTLRHWVNQVGIRFGLHIQQDDWQNHNAWENGLTRLLLGTSLKAESGIWQDSIAF CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC NESYGLSATLVGFLAKFIENLTAWYEFIQQDHTLEEWKARIQKLIGEFYQESNESLDALL CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHH LLNSTLEEVANKAEQAEFSESIGIEIIRLLLEDKLNQQQSSLQFLAGKVNFCTLLPMRAI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCHHC PFKVVCLLGMNEADFPRQHSVNSFDLMQYAPKRGDRARRDDDRYLFLEALLSAQEIFYLS CHHHHHEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH YIGQSATDNKQRLPSVLVSQLLDYLAEHLTEQARLQASEKDNFSEALFWQKMVVQQPLTV HHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHH FSPKNFTPQYGSYDKEWLLEQQHEPLADFLNESFDLKAEIPTEINLEDLIAFVSNPIKYF CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH FNHQLGVYFRNDEESIAESEKFSLSDLDDYQLRDQLVTLEPAEREAFFKQEQLKGNLPIA HCCCEEEEEECCHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCH NFAKVSLQDLDDSINELRELILPYLGESDILKIERLFEVEQLKIRLFGNIRNKFADEIVF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHE WKVSSLKDKDYIRLWIYYLLIQAQGLNLELKAIARSKEKAEIFRFNQVSAEQAFSQLQTY EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ISAYVTSFRQLAWGIWTDLDNYFEKLSDEQNVAEYCQQQLSALMDKQYFEKSYLQRVLQQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SSQLDYAQIHTVTLEWFELMQQSKPTKTKIKEKK HCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure MFTVFFSQKLSSLAALLIRLQQNDPNPNPFEPETVLVQSVGMAQWLQMQIADQTGVAAHY CEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEE QFPFPTSFLWQQYRVLFPELPKENIFERESVTWRLMRLIPKYLEKAEFESLNLYLNKDAR ECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCH QYPLKLYQLAGKIADLFDQYLVYRPHWLVHWESNRIEAVLNEILAAIAFREKNERDILAN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHH LRWQSMLWNALIEDIKADSDEEVFMTSHRAYLQQQYFEKLDNLTESEKSKLPKRIFVLGI HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCEEEEEEC SSLPATQLAVLKKLSEHCEVYLFFLDPSQEYWAESVEDKTLEKLALKRQLSQQDLDALLA CCCCHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH EQGNQLLTMWGKQGREFLVQLVEQEPDNTIEVFDEYEGDSNLIKLKNAILNFNNEQRFEL HCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHH AEQDRSIQIHACHSVMREVEVLHNQLLQMFERNPTLAPKDIIVMSADIDKYAPYINAVFA HHCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHH RYEKGDKRYIPFTLSDQKVTAVDPIIASFLMLLNLKESDFSAESLLDLLDVKALRERFNL HHHCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC QEQDLQTLRHWVNQVGIRFGLHIQQDDWQNHNAWENGLTRLLLGTSLKAESGIWQDSIAF CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC NESYGLSATLVGFLAKFIENLTAWYEFIQQDHTLEEWKARIQKLIGEFYQESNESLDALL CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHH LLNSTLEEVANKAEQAEFSESIGIEIIRLLLEDKLNQQQSSLQFLAGKVNFCTLLPMRAI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCHHC PFKVVCLLGMNEADFPRQHSVNSFDLMQYAPKRGDRARRDDDRYLFLEALLSAQEIFYLS CHHHHHEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH YIGQSATDNKQRLPSVLVSQLLDYLAEHLTEQARLQASEKDNFSEALFWQKMVVQQPLTV HHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHH FSPKNFTPQYGSYDKEWLLEQQHEPLADFLNESFDLKAEIPTEINLEDLIAFVSNPIKYF CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH FNHQLGVYFRNDEESIAESEKFSLSDLDDYQLRDQLVTLEPAEREAFFKQEQLKGNLPIA HCCCEEEEEECCHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCH NFAKVSLQDLDDSINELRELILPYLGESDILKIERLFEVEQLKIRLFGNIRNKFADEIVF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHE WKVSSLKDKDYIRLWIYYLLIQAQGLNLELKAIARSKEKAEIFRFNQVSAEQAFSQLQTY EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ISAYVTSFRQLAWGIWTDLDNYFEKLSDEQNVAEYCQQQLSALMDKQYFEKSYLQRVLQQ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SSQLDYAQIHTVTLEWFELMQQSKPTKTKIKEKK HCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7542800 [H]