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The map label for this gene is opuD [H]

Identifier: 118476242

GI number: 118476242

Start: 568304

End: 569923

Strand: Reverse

Name: opuD [H]

Synonym: BALH_0494

Alternate gene names: 118476242

Gene position: 569923-568304 (Counterclockwise)

Preceding gene: 118476249

Following gene: 118476224

Centisome position: 10.84

GC content: 36.17

Gene sequence:

>1620_bases
TTGACAATTACCCCTTCAATTGTTATGATTAATATAATTGTTAACTTTATTAAACAAGGGTGGGATTCTATGATAAAAAA
AGAAAACAGTGTATTCTATATCTCCATCTTGCTAACAACATTATTCATCATATGGGGAATTACCCCGGCAAGTTGGATAC
AAGGCTATGACTTACAAAGCGTTACATCTTCTTTAAACTCATTTATCCTCAATAAATTTGGATGGTTTTACTCTCTACTT
ATGACCGCAATGATTATTTTAGCCGCTTATTTAGCATTTTCTAAGTACGGTTCTATTCGTCTTGGTAAGGATGGAGAAAA
ACCAAAGTATAGTTATCCATCTTGGCTATCCATGTTATTTGGGGCAGGAATGGGAATTGGACTCCTCTTTTATGGAATTG
CTGAACCGATTTCACACTTTACAGATCCACTAACAGGAAAAGCAGGTACAGAGGAAAGCGCCAAGCTCGCTATGCAATAT
TCATTTTTCCACTGGGGTCTCTTTCCATGGTCACTATACGCAATGGTTGCTTTAACAATTGCATATTTCACATTCCGCAA
ACAAAAAGGTAGCACAATTGGGGCTACAGTTACTCCATTATTTAATCGATCGAAAAATTCTCCTATCGGAAAAACAGTCG
ATATTTTAGCTGTTTTAGCCACTGTATTCGGTATTGTGCCATCTGTTGGGATTGGTGCTCAACAAATCGCCGGAGGATTA
AGCTATTTATTCCCTTCTATTCATAACACGTTACTTACACAGCTCATACTTATCGCCATCTTCGCTGTTTTATATTTAAC
AAGCGCACAAACTGGCTTAGATCGTGGGATTAAATATTTGAGTAACTTAAATTTCTCTCTTGCAGGTATTTTACTCGTCT
CCTTTTTACTTTTAGGACCAACTGTATTTATTATGAAATATTTCACATCTACACTCGGTTCTTATATCGGAGCTTTACCT
AGTATGGGATTAAATTTAGGAGCATTTAATGAAAAATCTTCTTCTTGGATAGAAAATTGGACTATTTTCTATTGGGGATG
GTGGATCTCTTGGTCCCCATTCGTCGGTACATTCATCGCCCGTATTTCTAAAGGACGCACAATAAAAGAATTTATTTTTG
GAGTTGTATTAGTCCCAACTCTTATCTGCACATTTTGGTTTGCAGTATTTGGTGGTACCGCTATCCATATGGAAATGTTC
CAATCGCTTGGTATAGCTGATGAAATCGCAAAAAATGGTACAGAGATTGGATTATTTGCTGTTATTTCACATCTACCGTT
CTCTACATTTTTAACAATTATCGGGTTAATTTTAGTAGCCACATTTTTCGTTACTTCTGCCGACTCGGCAACGTTTGTTG
TTTCTATGCAAACGAGTAACGGAAGCTTATCACCGAAAAATAGTTTAAAACTTATATGGGGATTAACAATCGCAATAATC
GCAGCTATTTTATTACAAGCTGGAGGATTAAATGCACTACAAATTGCAGCTATAATCGCAGCACTACCATTTTCTATCGT
AGTCGTCCTTATGGTTACTTCACTGTTTAAAGAACTACGAAAAGAAGATGTTAATTTGCAAACGAAAGAAGTTCCGCAAA
AAATAAAAAAGGTTATGTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTGTACATATCGTGAACAATTTCCCTACTACCTAGCCGCCAATAGTTATGAATCTATAGCGATTAAACAGCCCTTTTATA
CATGTTAAAAATCGAATTTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGATTAACACCTCTTCTAAAAGAAGAATTCGGTCCTCAAATTAGTCCTGACCCTGTTATTACTGAGGGCGGCAAAGTACA
TGAAATAAACCCCATTCGTA

Product: glycine betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 539; Mature: 538

Protein sequence:

>539_residues
MTITPSIVMINIIVNFIKQGWDSMIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLL
MTAMIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQY
SFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGL
SYLFPSIHNTLLTQLILIAIFAVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALP
SMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMF
QSLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAII
AAILLQAGGLNALQIAAIIAALPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDVNLQTKEVPQKIKKVM

Sequences:

>Translated_539_residues
MTITPSIVMINIIVNFIKQGWDSMIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLL
MTAMIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQY
SFFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGL
SYLFPSIHNTLLTQLILIAIFAVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALP
SMGLNLGAFNEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMF
QSLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAII
AAILLQAGGLNALQIAAIIAALPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDVNLQTKEVPQKIKKVM
>Mature_538_residues
TITPSIVMINIIVNFIKQGWDSMIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQSVTSSLNSFILNKFGWFYSLLM
TAMIILAAYLAFSKYGSIRLGKDGEKPKYSYPSWLSMLFGAGMGIGLLFYGIAEPISHFTDPLTGKAGTEESAKLAMQYS
FFHWGLFPWSLYAMVALTIAYFTFRKQKGSTIGATVTPLFNRSKNSPIGKTVDILAVLATVFGIVPSVGIGAQQIAGGLS
YLFPSIHNTLLTQLILIAIFAVLYLTSAQTGLDRGIKYLSNLNFSLAGILLVSFLLLGPTVFIMKYFTSTLGSYIGALPS
MGLNLGAFNEKSSSWIENWTIFYWGWWISWSPFVGTFIARISKGRTIKEFIFGVVLVPTLICTFWFAVFGGTAIHMEMFQ
SLGIADEIAKNGTEIGLFAVISHLPFSTFLTIIGLILVATFFVTSADSATFVVSMQTSNGSLSPKNSLKLIWGLTIAIIA
AILLQAGGLNALQIAAIIAALPFSIVVVLMVTSLFKELRKEDVNLQTKEVPQKIKKVM

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=507, Percent_Identity=36.8836291913215, Blast_Score=327, Evalue=8e-91,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=460, Percent_Identity=30.2173913043478, Blast_Score=206, Evalue=2e-54,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=484, Percent_Identity=28.099173553719, Blast_Score=187, Evalue=1e-48,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 59137; Mature: 59005

Theoretical pI: Translated: 9.92; Mature: 9.92

Prosite motif: PS01303 BCCT

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.2 %Cys     (Translated Protein)
3.0 %Met     (Translated Protein)
3.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.2 %Cys     (Mature Protein)
2.8 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure 
TITPSIVMINIIVNFIKQGWDSMIKKENSVFYISILLTTLFIIWGITPASWIQGYDLQS
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCHHH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HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]