| Definition | Shewanella sp. ANA-3 chromosome chromosome 1, complete sequence. |
|---|---|
| Accession | NC_008577 |
| Length | 4,972,204 |
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The map label for this gene is recC [H]
Identifier: 117920688
GI number: 117920688
Start: 2700260
End: 2703964
Strand: Direct
Name: recC [H]
Synonym: Shewana3_2245
Alternate gene names: 117920688
Gene position: 2700260-2703964 (Clockwise)
Preceding gene: 117920687
Following gene: 117920689
Centisome position: 54.31
GC content: 52.2
Gene sequence:
>3705_bases ATGCTGAAGTTAATCCAATCCAATCAAATGGAAGTGCTCTGTGCCCATCTTGCCGCGTATTTGCGCCAGCCGCTACCCGG CGCGGGGTTATTGCAAAGTGAGCATATTTTGGTGCAAAGCCCCGGGATGTCGACTTGGTTACGCCTTGAAATTGCAAAAC AAAATGGTATTGCCGCCGCGCTGGAGTTCCCACTACCTTCCAGCTTTATTTGGCAACTGTGCCACGATTTACTCCCCAAT GTCCCCAAGGAAAACGCCTTCACTAAGGCGGCTATGACCTGGAAGCTGATGCAACTACTGCCGCGGCTACTGGATGAACC TTCTTTTGGGCCACTGCGCCATTATTTGGGCCATACCATAGATAATCTGGAATCGAGCGCGGCTGACACCCATAGCAACC ATCAGCTTGGCGCCATAAGCGCCGATGATATTAAGCTTTACCAGCTCTGCGGCCGCATCGCCGATATCTTCGACCAGTAT TTAGTTTACCGCCCCGACTGGATTGCCGCGTGGGAAGCTAATGAGCCGCTCGAATCGCTCAAATTGAATGAGGAGCAAAG CTGGCAACCCATCCTCTGGCGCGCGCTGATTGCCTACAATCGCGATGAGCTGCGTCAAAGCCACTACCATAGGGCCAATC TGCATCAGGATTTGATTGCCGCATTGGGGGATAGCGCCAATTCCCTCGCAAAATTGCCGCAACGTTTATTTGTGTTTGGG ATCTCCTCCATGGCGCCCCAAACCATCGATGTGCTCCACCAGCTCGCGAGCCGCATCGATGTGATTATCTTAAGCCTTAG CCCCTGTCAGCATTACTGGGGCGACATTATCGACCCACGCCATCGGGCGCGTATGGCATTGCAATATGCAGGAAAACGCC AATTAGCTGAGCAATGGGAAGATAAACTCGAAGTCGGCAATCCCCTGCTCGCCAACAATGGCAAGATGGGCCGCGAATTA CTCGATATGCTGCTCGAACTGCCCCCAGAGCACTGTGACTTTGGCGACGATGTGTACTGCGAGCCCTGCGGCGATCCTAA CGATCCCCACACTAACGCAAGTATGCTGGCTGGTGTGCAATACGATATTTTAGAAATGCAGACACTCGATCGGGTACTCG GGCCGGATGCTGAGCTATATCAAGAGGTCGCGAATCGCCGGGTATTAACAGCCGACGATGATTCGATTCTAATCAAGAGT TGCCACAGCCCGCTTAGGGAAGTCGAAACCCTGCACGATCATTTACTCGACCTGCTGGATAGCGACAACCAACTCACCCC CAAAGACATAGTGGTAATGATGCCGGATGTCGCCGCCTACGCCCCCTATATCGATGCGGTGTTTGCGGCCAAACAGGGAC TGGAATATATCCCCTATGCCATTGCCGACCGCGGCGCGGCGCAGGAATCGCCACTCATTAATAGCTTTTTGAATTTACTC AATATTAATCAGAGCCGTTTCGGACTGACGGATATTTTAAGCATTCTCGAAGTCCCAGCCATTTTGCGACGTTTTCAGCT CGAAGAAGACGAGCTGCCACTCATTCGCCGCTGGTTAGATGAAGCAGGTGTGCGTTGGGGCCGCGATGAACAGAGCCGCC TTAAACAGGGTGTGCCCGCCTTCGAGCAAAACTCCTGGGCCTTTGGCATAAAACGCTTAATCTTAGGCTATGCCTTAAGG GACGATGCGCCGCTATATCAGTCATCCCCGCAGGGAATGCACTATTTAACGGTGGCTGGGGTGGAGGGTCAATCGGCACA GGCCCTTGGCAAACTGTTGAATTTTATTGAAGTCCTCGATGAGACCACCCAAGTATTAGCCAAGGCGCAAGCGCCCTCAC TGCGGTTACTCGAACTCACCGAGCTGTTAAACGCCTTTTACGCCCCCGATGAGGACGAACGAGAGCAGCTGCAGGAAATT CGCGATGCGATTGCCGCCTTAGAGCAAGAGCTACTTGCCGCCAGCCCTGCCGATATGGGTGCACAAGCCAACGACTTAGA TTTAAGCATCGAAGTGCTGGCGCTTTGGTTTAATCAACGCTTAACCGAGTCACGTGTCGGCCAACGATACCTCGCGGGCA GCGTAAATTTTTGTACCTTAATGCCGATGCGCTCGATTCCCTTCAAGGTGGTTTGTCTGCTGGGGATGAATGATGGTGTC TATCCTAGGGTGCAACATCCTGTGGGCTTTGATCTGATGGCCCATTTGGGTGCGCGCAAAGGCGATCGTTCCCGTAGATT AGATGATAGATACCTGTATTTAGAGGCGTTACTCTCGGCTCGGGAGCAGCTGTACATCAGTTATATTGGCCGTAGCGAAC GGGATAACTCGGAGCGTATTCCATCTATGCTGGTCTCCGAGCTAATAGAATATTGCCAGCTATGTTATTTACCTGAATCC CTTGCAGCAGAAGCTTCTAATGTCAGTAACGAAGTCGCCCAACAGGCATTGCTTGAGGCCATTGTGAGCCATCAGCCGCT GCAACCTTTTGATCCTAAACTGTATCAAGCAGCACTGCCGCAAGCCCTCACCTCCCATGGGATAAAACAGAGTTATAGCC AGCAGTGGTGTCCGCCCGATAGCAATAGCCAGTTGCAACATGGCCGATTTATCGAAGCCCATACCCAGATAGTGCTCGAA GATGACGCAATTGGTGATAGTGTTCAGGATATTGAGCCGCTTGGCGAAGCAGAGCATGTGGATATCTCGGCCTTTATTCG CTTCTTTCGCAATCCCGCGCAGTATTTCTTTAATCGTACCCTGAAAGTCGATTTAAACCTTAATATTCAAGCAGATGATA ACGATGAGCCCTTTAGTCTTAATGCGTTAGAGCGTTATTTATTACAGGCTCAGCTCCTTGGCGATGCGCTTGAGCAAGGA CAAAACGAGCCCAGCACTGAACTGTTACAACGCCTTAAAGCCAGCGGTAACTTGCCTATGCAGCCCTTTGATGATCTGCT ACTGCGCCAATACAGCCATGATATCGCGCCGCTGATCGGTAGAACCCTGTTTATGCGCGGCGATGTCGCTCCCCGGCATG CCGATATTCGGCTCAGCTTTGAGTTACCCCATCAGAACTCTGGAACTCAGTTAAAAGCCAAGCGGGTGATCCTCGAAGGT CGAATCGATGATATCAGCCCTAAAGGATTGGTCACTTGCCGCCCCGGCAGTGCCCATGGGCGGGACATTTTAGCCTTGTA TTTACGTCATTTATGTTTGATGGCCGCCGGAGTGGCTCAACCTAGCTACCTGCAACCTAGCTATCTGCTGGATATGGGGC ATTTTCATGCCCTCGCGCCCATTACGCCAGCGCTTGCCCATGCGCAGCTTGCCAACTTATTAAAGTATTTTTATCAGGGC CAAATTCATCCCCTGTGCTTTATGCCAAGAACCTCCCTCGCCTATGCCAGCGCTGAGGCGCATGAAGCGCAAGACTCGCA CACAAGCACAGACCCGCACAAAGCACGGCTCGAAGCGGCGCAGAGCGAATGGCTGGACGAGCAAGGTGAACTTGGCGAAG GCACAGATCCCCATTATCAGCGGCTGTTTCATTTTCCCGACGACTTTACCGAGGCACATTTTGGCAAGCTCGCCGATGAC ATCTATCGGCCAATGCTTAGCCTGTATCACAAGGATACCCTCGCCCAACTCGAGGAATTTGCCCTGAATGAAGCCCAAAC CGCCACGACAGAGGGAGCGCACTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases ACTGCAGGGGGACAAGATTGTTGAATCTTATAAATCAGTCACATAGAATTGCCAAGCCACTTTGCTATGCATAACAGCAA TCCCCAATCGTGAGTCGAAT
Downstream 100 bases:
>100_bases TGACTAAGGTATCACCCGCTTTGCCGTTAGATTCGCTCACCCTGCCATTTGGTGGCAGTCGCTTAATCGAGGCCAGTGCG GGCACGGGGAAAACCTACAC
Product: exodeoxyribonuclease V subunit gamma
Products: NA
Alternate protein names: Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide [H]
Number of amino acids: Translated: 1234; Mature: 1234
Protein sequence:
>1234_residues MLKLIQSNQMEVLCAHLAAYLRQPLPGAGLLQSEHILVQSPGMSTWLRLEIAKQNGIAAALEFPLPSSFIWQLCHDLLPN VPKENAFTKAAMTWKLMQLLPRLLDEPSFGPLRHYLGHTIDNLESSAADTHSNHQLGAISADDIKLYQLCGRIADIFDQY LVYRPDWIAAWEANEPLESLKLNEEQSWQPILWRALIAYNRDELRQSHYHRANLHQDLIAALGDSANSLAKLPQRLFVFG ISSMAPQTIDVLHQLASRIDVIILSLSPCQHYWGDIIDPRHRARMALQYAGKRQLAEQWEDKLEVGNPLLANNGKMGREL LDMLLELPPEHCDFGDDVYCEPCGDPNDPHTNASMLAGVQYDILEMQTLDRVLGPDAELYQEVANRRVLTADDDSILIKS CHSPLREVETLHDHLLDLLDSDNQLTPKDIVVMMPDVAAYAPYIDAVFAAKQGLEYIPYAIADRGAAQESPLINSFLNLL NINQSRFGLTDILSILEVPAILRRFQLEEDELPLIRRWLDEAGVRWGRDEQSRLKQGVPAFEQNSWAFGIKRLILGYALR DDAPLYQSSPQGMHYLTVAGVEGQSAQALGKLLNFIEVLDETTQVLAKAQAPSLRLLELTELLNAFYAPDEDEREQLQEI RDAIAALEQELLAASPADMGAQANDLDLSIEVLALWFNQRLTESRVGQRYLAGSVNFCTLMPMRSIPFKVVCLLGMNDGV YPRVQHPVGFDLMAHLGARKGDRSRRLDDRYLYLEALLSAREQLYISYIGRSERDNSERIPSMLVSELIEYCQLCYLPES LAAEASNVSNEVAQQALLEAIVSHQPLQPFDPKLYQAALPQALTSHGIKQSYSQQWCPPDSNSQLQHGRFIEAHTQIVLE DDAIGDSVQDIEPLGEAEHVDISAFIRFFRNPAQYFFNRTLKVDLNLNIQADDNDEPFSLNALERYLLQAQLLGDALEQG QNEPSTELLQRLKASGNLPMQPFDDLLLRQYSHDIAPLIGRTLFMRGDVAPRHADIRLSFELPHQNSGTQLKAKRVILEG RIDDISPKGLVTCRPGSAHGRDILALYLRHLCLMAAGVAQPSYLQPSYLLDMGHFHALAPITPALAHAQLANLLKYFYQG QIHPLCFMPRTSLAYASAEAHEAQDSHTSTDPHKARLEAAQSEWLDEQGELGEGTDPHYQRLFHFPDDFTEAHFGKLADD IYRPMLSLYHKDTLAQLEEFALNEAQTATTEGAH
Sequences:
>Translated_1234_residues MLKLIQSNQMEVLCAHLAAYLRQPLPGAGLLQSEHILVQSPGMSTWLRLEIAKQNGIAAALEFPLPSSFIWQLCHDLLPN VPKENAFTKAAMTWKLMQLLPRLLDEPSFGPLRHYLGHTIDNLESSAADTHSNHQLGAISADDIKLYQLCGRIADIFDQY LVYRPDWIAAWEANEPLESLKLNEEQSWQPILWRALIAYNRDELRQSHYHRANLHQDLIAALGDSANSLAKLPQRLFVFG ISSMAPQTIDVLHQLASRIDVIILSLSPCQHYWGDIIDPRHRARMALQYAGKRQLAEQWEDKLEVGNPLLANNGKMGREL LDMLLELPPEHCDFGDDVYCEPCGDPNDPHTNASMLAGVQYDILEMQTLDRVLGPDAELYQEVANRRVLTADDDSILIKS CHSPLREVETLHDHLLDLLDSDNQLTPKDIVVMMPDVAAYAPYIDAVFAAKQGLEYIPYAIADRGAAQESPLINSFLNLL NINQSRFGLTDILSILEVPAILRRFQLEEDELPLIRRWLDEAGVRWGRDEQSRLKQGVPAFEQNSWAFGIKRLILGYALR DDAPLYQSSPQGMHYLTVAGVEGQSAQALGKLLNFIEVLDETTQVLAKAQAPSLRLLELTELLNAFYAPDEDEREQLQEI RDAIAALEQELLAASPADMGAQANDLDLSIEVLALWFNQRLTESRVGQRYLAGSVNFCTLMPMRSIPFKVVCLLGMNDGV YPRVQHPVGFDLMAHLGARKGDRSRRLDDRYLYLEALLSAREQLYISYIGRSERDNSERIPSMLVSELIEYCQLCYLPES LAAEASNVSNEVAQQALLEAIVSHQPLQPFDPKLYQAALPQALTSHGIKQSYSQQWCPPDSNSQLQHGRFIEAHTQIVLE DDAIGDSVQDIEPLGEAEHVDISAFIRFFRNPAQYFFNRTLKVDLNLNIQADDNDEPFSLNALERYLLQAQLLGDALEQG QNEPSTELLQRLKASGNLPMQPFDDLLLRQYSHDIAPLIGRTLFMRGDVAPRHADIRLSFELPHQNSGTQLKAKRVILEG RIDDISPKGLVTCRPGSAHGRDILALYLRHLCLMAAGVAQPSYLQPSYLLDMGHFHALAPITPALAHAQLANLLKYFYQG QIHPLCFMPRTSLAYASAEAHEAQDSHTSTDPHKARLEAAQSEWLDEQGELGEGTDPHYQRLFHFPDDFTEAHFGKLADD IYRPMLSLYHKDTLAQLEEFALNEAQTATTEGAH >Mature_1234_residues MLKLIQSNQMEVLCAHLAAYLRQPLPGAGLLQSEHILVQSPGMSTWLRLEIAKQNGIAAALEFPLPSSFIWQLCHDLLPN VPKENAFTKAAMTWKLMQLLPRLLDEPSFGPLRHYLGHTIDNLESSAADTHSNHQLGAISADDIKLYQLCGRIADIFDQY LVYRPDWIAAWEANEPLESLKLNEEQSWQPILWRALIAYNRDELRQSHYHRANLHQDLIAALGDSANSLAKLPQRLFVFG ISSMAPQTIDVLHQLASRIDVIILSLSPCQHYWGDIIDPRHRARMALQYAGKRQLAEQWEDKLEVGNPLLANNGKMGREL LDMLLELPPEHCDFGDDVYCEPCGDPNDPHTNASMLAGVQYDILEMQTLDRVLGPDAELYQEVANRRVLTADDDSILIKS CHSPLREVETLHDHLLDLLDSDNQLTPKDIVVMMPDVAAYAPYIDAVFAAKQGLEYIPYAIADRGAAQESPLINSFLNLL NINQSRFGLTDILSILEVPAILRRFQLEEDELPLIRRWLDEAGVRWGRDEQSRLKQGVPAFEQNSWAFGIKRLILGYALR DDAPLYQSSPQGMHYLTVAGVEGQSAQALGKLLNFIEVLDETTQVLAKAQAPSLRLLELTELLNAFYAPDEDEREQLQEI RDAIAALEQELLAASPADMGAQANDLDLSIEVLALWFNQRLTESRVGQRYLAGSVNFCTLMPMRSIPFKVVCLLGMNDGV YPRVQHPVGFDLMAHLGARKGDRSRRLDDRYLYLEALLSAREQLYISYIGRSERDNSERIPSMLVSELIEYCQLCYLPES LAAEASNVSNEVAQQALLEAIVSHQPLQPFDPKLYQAALPQALTSHGIKQSYSQQWCPPDSNSQLQHGRFIEAHTQIVLE DDAIGDSVQDIEPLGEAEHVDISAFIRFFRNPAQYFFNRTLKVDLNLNIQADDNDEPFSLNALERYLLQAQLLGDALEQG QNEPSTELLQRLKASGNLPMQPFDDLLLRQYSHDIAPLIGRTLFMRGDVAPRHADIRLSFELPHQNSGTQLKAKRVILEG RIDDISPKGLVTCRPGSAHGRDILALYLRHLCLMAAGVAQPSYLQPSYLLDMGHFHALAPITPALAHAQLANLLKYFYQG QIHPLCFMPRTSLAYASAEAHEAQDSHTSTDPHKARLEAAQSEWLDEQGELGEGTDPHYQRLFHFPDDFTEAHFGKLADD IYRPMLSLYHKDTLAQLEEFALNEAQTATTEGAH
Specific function: Exhibits a wide variety of catalytic activities including ATP-dependent exonuclease, ATP-stimulated endonuclease, ATP-dependent helicase and DNA-dependent ATPase activities [H]
COG id: COG1330
COG function: function code L; Exonuclease V gamma subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1789186, Length=1211, Percent_Identity=36.168455821635, Blast_Score=645, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR006697 - InterPro: IPR011335 [H]
Pfam domain/function: NA
EC number: =3.1.11.5 [H]
Molecular weight: Translated: 138811; Mature: 138811
Theoretical pI: Translated: 4.77; Mature: 4.77
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.3 %Cys (Translated Protein) 2.1 %Met (Translated Protein) 3.4 %Cys+Met (Translated Protein) 1.3 %Cys (Mature Protein) 2.1 %Met (Mature Protein) 3.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLKLIQSNQMEVLCAHLAAYLRQPLPGAGLLQSEHILVQSPGMSTWLRLEIAKQNGIAAA CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCEEE LEFPLPSSFIWQLCHDLLPNVPKENAFTKAAMTWKLMQLLPRLLDEPSFGPLRHYLGHTI EECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHH DNLESSAADTHSNHQLGAISADDIKLYQLCGRIADIFDQYLVYRPDWIAAWEANEPLESL HHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHH KLNEEQSWQPILWRALIAYNRDELRQSHYHRANLHQDLIAALGDSANSLAKLPQRLFVFG CCCCCCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHH ISSMAPQTIDVLHQLASRIDVIILSLSPCQHYWGDIIDPRHRARMALQYAGKRQLAEQWE HHHCCCHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH DKLEVGNPLLANNGKMGRELLDMLLELPPEHCDFGDDVYCEPCGDPNDPHTNASMLAGVQ HHHHCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCHHHHHCCH YDILEMQTLDRVLGPDAELYQEVANRRVLTADDDSILIKSCHSPLREVETLHDHLLDLLD HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC SDNQLTPKDIVVMMPDVAAYAPYIDAVFAAKQGLEYIPYAIADRGAAQESPLINSFLNLL CCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHH NINQSRFGLTDILSILEVPAILRRFQLEEDELPLIRRWLDEAGVRWGRDEQSRLKQGVPA CCCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCCCCC FEQNSWAFGIKRLILGYALRDDAPLYQSSPQGMHYLTVAGVEGQSAQALGKLLNFIEVLD CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH ETTQVLAKAQAPSLRLLELTELLNAFYAPDEDEREQLQEIRDAIAALEQELLAASPADMG HHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCC AQANDLDLSIEVLALWFNQRLTESRVGQRYLAGSVNFCTLMPMRSIPFKVVCLLGMNDGV CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCC YPRVQHPVGFDLMAHLGARKGDRSRRLDDRYLYLEALLSAREQLYISYIGRSERDNSERI CCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHH PSMLVSELIEYCQLCYLPESLAAEASNVSNEVAQQALLEAIVSHQPLQPFDPKLYQAALP HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHH QALTSHGIKQSYSQQWCPPDSNSQLQHGRFIEAHTQIVLEDDAIGDSVQDIEPLGEAEHV HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEEEECCCCCCCHHHHCCCCCCCCC DISAFIRFFRNPAQYFFNRTLKVDLNLNIQADDNDEPFSLNALERYLLQAQLLGDALEQG 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CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCHHHHHHHHH HEAQDSHTSTDPHKARLEAAQSEWLDEQGELGEGTDPHYQRLFHFPDDFTEAHFGKLADD HHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH IYRPMLSLYHKDTLAQLEEFALNEAQTATTEGAH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 3520484; 9278503; 3534791 [H]